genome.fa.s8033.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3048429

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575943--2576004	13	4.7	13	73	15	56	4	14	1	79	0.98
2575950--2576006	18	2.9	18	74	18	60	5	14	3	77	1.08
2576712--2576762	19	2.6	20	90	3	77	43	5	13	37	1.69
2577545--2577580	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2579202--2579262	17	3.8	16	72	21	56	78	3	16	1	0.96
2588618--2588656	19	2.1	19	85	9	53	23	10	0	66	1.22
2593503--2593562	17	3.5	18	80	11	63	80	3	15	1	0.93
2593500--2593563	16	3.8	17	73	19	62	79	4	14	1	0.96
2593502--2593558	8	6.6	8	76	11	51	80	3	14	1	0.92
2593508--2593557	15	3.2	15	78	10	55	80	4	14	2	0.95
2615524--2615583	30	2.0	31	83	3	77	28	10	10	51	1.67
2616492--2616543	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2617850--2617884	14	2.5	14	85	0	52	60	17	11	11	1.59
2619714--2619773	30	2.0	31	83	3	77	28	10	10	51	1.67
2621414--2621461	25	1.9	25	87	8	71	77	4	14	4	1.08
2627604--2627667	26	2.5	26	83	14	80	7	17	4	70	1.29
2627620--2627675	16	3.5	15	79	11	58	3	16	5	75	1.13
2631436--2631548	36	3.2	36	91	3	167	33	35	3	27	1.74
2631469--2631534	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
2631437--2631563	36	3.6	33	84	11	105	32	36	3	28	1.73
2631999--2632045	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
2632173--2632224	16	3.3	15	77	17	52	15	17	0	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635514--2635626	36	3.2	36	91	1	165	32	35	3	28	1.74
2635514--2635612	13	8.3	11	71	23	67	31	35	3	30	1.73
2635562--2635665	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
2636372--2636423	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2646557--2646606	17	2.9	17	81	0	64	38	14	4	44	1.63
2648428--2648497	17	4.1	17	81	0	77	35	21	5	37	1.77
2655811--2655841	15	2.1	15	93	0	53	38	12	29	19	1.89
2669706--2669747	20	2.1	20	86	0	57	11	28	19	40	1.87
2685376--2685487	56	2.0	56	100	0	224	28	26	21	23	1.99
2691298--2691340	14	3.1	14	86	3	52	27	39	0	32	1.57
2696916--2696950	16	2.2	16	100	0	70	40	17	11	31	1.85
2704881--2704919	20	2.0	19	85	5	51	41	10	17	30	1.83
2708190--2708240	19	2.6	20	93	3	86	49	5	11	33	1.64
2711081--2711252	48	3.6	48	95	1	301	35	13	20	29	1.92
2712568--2712699	36	3.7	36	89	0	192	28	36	5	29	1.79
2717054--2717185	36	3.7	36	89	0	192	28	36	5	29	1.79
2719332--2719380	25	2.0	25	95	0	89	24	26	10	38	1.87
2726624--2726672	20	2.5	20	89	0	71	22	38	0	38	1.54
2729723--2729765	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2730973--2731001	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
2734758--2735132	187	2.0	187	98	0	732	29	25	14	30	1.95
2735419--2735679	132	2.0	132	96	0	486	29	20	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737391--2737433	14	3.1	14	86	3	52	27	39	0	32	1.57
2741210--2741261	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
2742053--2742103	19	2.6	20	93	3	86	49	5	11	33	1.64
2744085--2744144	24	2.5	24	72	0	57	31	18	20	30	1.96
2746013--2746063	19	2.6	20	84	3	68	47	3	13	35	1.62
2751288--2751332	8	5.5	8	87	12	65	0	20	2	77	0.87
2751279--2751334	16	3.5	16	86	13	71	0	19	3	76	0.93
2756413--2756442	13	2.3	13	94	0	51	0	20	0	80	0.72
2757177--2757227	21	2.5	21	90	6	79	47	7	7	37	1.62
2763118--2763156	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
2763491--2763530	21	2.0	21	95	5	73	47	7	10	35	1.65
2763492--2763542	19	2.5	21	87	6	70	47	7	15	29	1.74
2767428--2767479	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
2771323--2771373	21	2.6	20	87	9	70	47	9	13	29	1.75
2774555--2774604	24	2.1	23	88	3	73	62	8	18	12	1.53
2793279--2793321	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2796853--2796916	13	5.4	11	74	22	58	31	35	3	29	1.73
2796853--2796929	36	2.2	35	88	2	109	33	35	3	27	1.75
2796900--2796968	33	2.1	33	83	5	86	30	34	1	33	1.67
2810722--2810788	32	2.1	33	81	13	77	59	0	25	14	1.36
2811946--2812013	26	2.6	26	92	0	109	27	20	33	17	1.95
2813024--2813070	16	2.9	16	93	0	85	42	0	27	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819507--2819831	164	2.0	158	96	3	596	32	14	10	42	1.80
2830150--2830320	91	1.9	91	83	2	225	20	27	22	29	1.99
2833846--2833897	22	2.4	22	93	0	86	19	25	26	28	1.98
2834068--2834118	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
2834535--2834570	19	1.9	20	88	11	58	22	11	0	66	1.22
2834531--2834573	19	2.4	17	82	17	52	23	9	0	67	1.19
2838840--2838958	59	2.0	59	100	0	238	24	28	13	33	1.93
2843799--2843929	64	2.0	65	95	4	237	19	25	12	41	1.86
2850620--2850730	35	3.2	35	85	2	143	31	2	37	27	1.71
2854424--2854489	26	2.6	26	95	2	116	37	0	36	25	1.57
2854956--2854994	15	2.5	15	87	4	60	58	0	25	15	1.37
2855140--2855250	35	3.2	35	81	2	116	34	4	35	26	1.77
2879347--2879381	12	3.0	12	95	4	63	8	17	8	65	1.44
2879701--2879729	13	2.2	13	100	0	58	93	6	0	0	0.36
2879700--2879733	17	2.0	17	94	0	59	91	8	0	0	0.43
2880720--2880858	72	1.9	71	82	7	174	21	17	20	39	1.92
2884537--2884599	13	5.3	11	74	22	56	31	36	3	28	1.73
2884537--2884612	36	2.1	35	90	2	116	32	36	3	26	1.75
2885056--2885101	13	3.4	14	76	14	51	78	2	17	2	0.96
2885054--2885111	26	2.2	27	75	9	66	72	5	18	3	1.18
2888535--2888597	13	5.3	11	74	22	56	31	36	3	28	1.73
2888535--2888611	36	2.2	35	90	2	118	33	36	3	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2888547--2888650	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
2892558--2892620	13	5.3	11	74	22	56	31	36	3	28	1.73
2892558--2892634	36	2.2	35	90	2	118	33	36	3	25	1.75
2892570--2892673	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
2899248--2899272	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2901830--2901898	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
2905155--2905204	9	5.9	9	75	20	54	0	20	2	78	0.86
2905152--2905204	16	3.2	16	86	7	72	0	18	1	79	0.83
2905159--2905205	17	2.9	17	79	17	55	0	19	4	76	0.95
2913048--2913185	71	1.9	71	81	8	165	21	16	21	40	1.91
2915790--2915919	36	3.6	36	87	0	188	28	35	6	30	1.81
2918629--2918741	36	3.2	36	89	1	165	32	35	3	28	1.74
2918629--2918727	13	8.3	11	71	23	67	31	35	3	30	1.73
2918713--2918782	32	2.2	32	82	5	79	31	35	1	31	1.67
2921971--2922012	22	1.9	22	85	9	59	35	0	19	45	1.50
2923134--2923246	36	3.2	36	91	3	167	31	36	4	27	1.77
2923146--2923285	36	4.1	33	82	9	97	29	36	3	30	1.74
2927773--2927885	36	3.2	36	91	3	167	31	36	4	27	1.77
2927785--2927924	36	4.1	33	82	9	97	29	36	3	30	1.74
2932441--2932572	36	3.7	36	89	0	192	28	36	5	29	1.79
2955042--2955090	19	2.4	21	80	16	59	65	0	10	24	1.23
2959320--2959374	5	10.8	5	78	21	53	0	20	1	78	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2959327--2959374	8	5.9	8	88	11	71	0	20	2	77	0.88
2965214--2965298	11	7.2	11	72	22	66	31	36	2	29	1.70
2965212--2965315	36	2.9	36	94	1	174	30	36	2	29	1.72
2980396--2980433	20	1.9	19	89	5	58	26	10	7	55	1.61
2984663--2984696	16	2.2	16	89	5	52	0	20	0	79	0.73
2984685--2984738	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
2986473--2986512	17	2.4	17	91	0	62	40	17	5	37	1.72
2988732--2988770	15	2.6	15	84	8	53	56	0	23	20	1.42
2990005--2990167	73	2.3	72	92	4	267	44	10	7	38	1.67
2990110--2990151	22	1.9	22	85	0	57	42	16	0	40	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14