genome.fa.s8150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3012591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6866--6919	20	2.8	20	85	2	65	24	22	29	24	1.99
6913--6970	17	3.4	17	92	0	98	18	41	24	15	1.89
6960--6996	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
6960--6992	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
11769--11809	17	2.4	17	100	0	82	31	4	7	56	1.48
12795--13003	20	10.5	20	79	9	123	35	25	15	22	1.94
12893--13017	40	3.1	39	76	17	139	40	21	16	20	1.91
12872--13003	60	2.2	61	86	4	178	37	23	16	21	1.93
12893--13017	20	6.2	20	75	15	100	40	21	16	20	1.91
13151--13193	22	2.0	22	95	0	77	25	44	13	16	1.85
13452--13492	20	2.1	20	90	4	66	46	24	19	9	1.80
15651--15725	21	3.6	21	81	0	87	25	36	14	24	1.93
17141--17194	14	3.9	14	77	0	63	35	0	18	46	1.50
17302--17357	20	2.8	20	94	0	103	39	25	19	16	1.91
17613--17699	39	2.2	39	93	0	147	18	12	21	47	1.82
18008--18044	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
18431--18480	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
18546--18612	20	3.3	20	87	0	98	38	22	17	20	1.93
18936--18971	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
21224--21277	24	2.2	24	90	0	81	37	20	20	22	1.95
21403--21436	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
22022--22064	22	2.0	22	86	9	61	30	6	37	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22195--22250	20	2.8	20	86	0	85	19	19	23	37	1.94
25586--25662	26	3.0	26	92	1	129	29	24	9	36	1.86
32598--32672	33	2.3	34	86	4	100	29	10	2	57	1.46
34989--35026	19	2.0	19	100	0	76	47	5	10	36	1.61
36963--37072	58	1.9	58	83	10	145	59	4	8	28	1.46
37767--37814	24	2.1	24	88	7	73	0	12	27	60	1.32
37758--37814	24	2.5	22	83	8	71	0	10	26	63	1.27
38238--38272	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
38277--38309	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
40464--40494	13	2.5	13	94	5	55	45	3	0	51	1.17
41152--41179	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
44085--44326	22	10.7	21	75	15	168	45	3	8	42	1.50
44074--44305	21	10.5	21	75	14	157	46	3	8	42	1.50
44279--44338	29	2.2	28	88	11	90	46	3	8	41	1.50
46144--46290	60	2.4	61	82	4	174	41	6	17	35	1.74
47935--47990	28	2.0	28	100	0	112	32	25	17	25	1.97
52008--52038	16	1.9	16	93	0	53	58	16	12	12	1.64
53066--53106	14	2.9	14	88	0	64	56	21	12	9	1.65
53075--53117	14	3.4	14	75	24	58	51	25	16	6	1.69
55296--55351	24	2.3	24	96	0	103	39	16	17	26	1.91
55852--55877	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
55863--55895	11	3.1	11	91	4	50	18	33	30	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56229--56285	13	4.4	13	81	0	60	29	21	14	35	1.92
59889--60098	105	2.0	105	90	0	330	44	6	25	22	1.77
64340--64381	17	2.5	17	81	14	59	26	0	4	69	1.08
69002--69044	12	3.5	12	80	3	50	18	20	23	37	1.94
70526--70612	21	4.1	21	71	19	72	24	16	25	34	1.95
78256--78296	17	2.4	17	91	0	64	29	2	2	65	1.18
85874--86275	193	2.1	193	85	2	540	39	11	11	37	1.78
87166--87210	18	2.4	19	85	3	56	64	6	2	26	1.30
89176--89217	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
94086--94159	27	2.7	27	77	6	69	64	4	5	25	1.32
94261--94306	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
95942--96777	105	8.0	105	88	3	1127	21	19	26	32	1.97
108001--108033	14	2.4	14	90	10	50	66	0	21	12	1.23
110119--110168	23	2.2	23	85	0	64	46	26	6	22	1.74
110380--110495	42	2.8	42	82	12	132	38	16	19	25	1.92
110437--110574	41	3.4	40	81	6	111	39	16	18	25	1.91
110481--110574	40	2.3	40	87	3	127	39	17	17	26	1.91
112844--112881	17	2.4	16	86	8	51	63	5	7	23	1.42
125777--125827	23	2.2	23	80	10	59	45	0	0	54	0.99
125995--126073	25	3.3	24	75	18	76	45	0	2	51	1.14
127638--127666	4	7.5	4	92	7	51	24	0	0	75	0.80
127839--127874	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127973--128020	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
129818--129843	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
131449--131503	26	2.1	26	93	0	92	21	30	20	27	1.98
140640--140798	64	2.4	65	93	3	275	56	1	0	42	1.07
140694--140775	25	3.2	25	79	16	89	54	1	0	43	1.07
140697--140768	24	2.8	27	80	14	82	52	1	0	45	1.09
141327--141360	18	1.9	18	88	5	52	26	29	26	17	1.98
141868--141910	23	1.9	22	90	4	68	23	0	4	72	1.04
142942--143179	104	2.3	103	83	7	297	29	16	13	40	1.86
143575--143796	117	1.9	118	85	1	313	41	14	19	24	1.89
167461--167512	25	2.1	25	96	0	95	50	7	13	28	1.69
194544--194582	17	2.4	16	84	16	53	35	5	0	58	1.20
194862--194906	23	2.0	22	82	4	54	57	0	4	37	1.19
196207--196235	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
199998--200056	22	2.7	22	84	2	66	13	13	25	47	1.79
205618--205694	38	2.0	38	89	0	118	36	20	10	32	1.87
208062--208458	93	4.3	92	70	12	228	36	19	18	25	1.95
215572--215771	88	2.3	88	81	4	233	38	22	14	25	1.92
218969--220110	391	2.9	390	86	4	1515	39	13	19	27	1.89
231767--232268	253	2.0	245	91	3	797	48	10	7	33	1.65
242447--242488	18	2.4	17	81	14	50	64	2	0	33	1.07
242443--242506	14	4.2	15	67	16	51	60	1	3	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243684--243748	32	2.0	32	93	0	112	29	7	10	52	1.64
244075--244117	23	1.9	22	90	4	68	72	2	0	25	0.97
245413--245453	19	2.2	19	83	12	50	39	0	4	56	1.21
247185--247214	15	1.9	16	93	6	53	10	23	33	33	1.88
247303--247375	3	23.7	3	86	5	83	58	0	1	39	1.06
247304--247346	22	2.0	22	100	0	86	65	0	2	32	1.06
247559--247708	45	3.3	45	91	1	228	34	20	22	24	1.97
247485--248019	167	3.2	167	96	0	989	33	21	22	22	1.97
247716--247875	45	3.5	46	86	3	207	31	22	23	22	1.99
247771--247998	122	1.9	122	88	1	350	33	21	22	23	1.97
247887--248019	45	2.9	46	88	3	196	31	20	24	23	1.98
248686--248719	15	2.3	15	100	0	68	44	8	17	29	1.79
248701--248753	22	2.4	22	90	0	88	43	11	11	33	1.76
253525--253550	9	2.9	9	100	0	52	0	19	0	80	0.71
256292--256321	16	1.9	15	93	6	51	56	6	16	20	1.62
257741--257802	27	2.3	27	100	0	124	6	29	8	56	1.53
258203--258228	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
258196--258237	18	2.3	18	80	8	50	85	2	0	11	0.68
258697--258758	28	2.3	27	76	17	67	64	1	3	30	1.19
258709--258766	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
259259--259299	19	2.2	19	83	12	50	39	0	4	56	1.21
259380--259421	16	2.4	18	84	11	52	64	0	2	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259596--259628	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
261159--261236	3	25.0	3	84	7	93	60	0	1	38	1.05
261446--261497	22	2.4	22	78	9	61	48	17	9	25	1.77
263187--263223	19	1.9	19	94	0	65	40	24	8	27	1.83
265760--265803	14	3.1	14	75	18	54	61	2	2	34	1.21
266287--266952	106	6.4	106	88	5	946	23	17	25	33	1.96
266573--266728	43	3.4	43	68	14	125	21	19	25	33	1.97
266631--266943	107	3.0	102	92	1	446	23	16	25	33	1.96
266335--266946	307	2.0	306	92	0	1026	23	17	25	34	1.96
278658--278690	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14