genome.fa.s8150.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3012591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102839--2102909	11	6.5	11	78	16	76	11	7	0	81	0.86
2102871--2102920	8	6.1	8	79	11	57	10	10	0	80	0.92
2102830--2102920	9	10.1	9	85	11	91	12	7	0	80	0.91
2102850--2102920	24	3.0	23	86	11	92	9	9	0	80	0.91
2102848--2102909	11	5.5	11	81	14	81	9	8	0	82	0.85
2115373--2115405	18	1.9	18	88	11	52	51	6	9	33	1.58
2124299--2124386	24	3.7	24	84	6	115	37	21	17	23	1.94
2126868--2126905	18	2.1	18	95	0	67	13	21	47	18	1.82
2127809--2127900	30	3.1	30	85	6	132	30	15	5	48	1.67
2130531--2130580	20	2.7	19	85	14	61	68	2	2	28	1.12
2130579--2130617	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2132255--2132289	13	2.7	13	100	0	70	22	17	20	40	1.92
2132226--2132327	52	2.0	52	94	0	177	23	21	13	41	1.89
2132268--2132538	39	6.9	39	84	1	337	21	22	13	42	1.88
2132268--2132535	78	3.4	78	89	2	403	22	22	13	41	1.88
2132543--2132804	73	3.6	73	95	0	461	39	12	16	32	1.85
2133898--2134055	55	2.9	54	89	0	253	26	23	13	36	1.93
2135735--2135763	15	1.9	15	100	0	58	20	17	13	48	1.81
2136484--2136521	15	2.4	16	86	8	51	0	26	0	73	0.83
2139095--2139119	11	2.3	11	100	0	50	8	12	0	80	0.92
2139727--2139769	18	2.5	17	85	14	54	27	9	0	62	1.25
2144314--2144340	9	3.0	9	100	0	54	88	0	11	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145400--2145461	31	2.0	32	84	12	85	17	16	3	62	1.45
2146634--2146674	6	6.0	7	83	16	59	58	9	17	14	1.62
2146634--2146674	13	3.0	14	86	13	59	58	9	17	14	1.62
2149615--2149658	17	2.5	19	89	10	67	68	0	2	29	1.02
2149513--2149810	141	2.1	138	81	7	345	45	6	5	41	1.53
2150802--2150896	45	2.1	45	86	0	127	28	14	32	24	1.95
2150951--2150993	19	2.2	20	80	12	54	25	0	2	72	0.97
2153498--2153553	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2154250--2154278	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2154277--2154318	13	3.3	12	81	18	50	35	9	0	54	1.33
2154284--2154330	6	7.4	7	75	20	50	34	8	0	57	1.29
2154277--2154330	12	4.3	13	81	11	60	33	9	0	57	1.31
2154288--2154330	19	2.3	18	84	4	59	32	6	0	60	1.23
2155080--2155115	15	2.5	15	95	4	65	16	30	33	19	1.94
2157224--2157257	18	1.9	18	94	5	61	50	23	5	20	1.70
2158395--2158435	15	2.7	15	84	3	55	65	2	2	29	1.18
2159495--2159624	66	2.0	66	86	3	181	31	22	17	28	1.97
2159501--2159640	66	2.1	65	84	2	172	32	22	16	29	1.95
2160637--2160723	22	3.9	23	72	10	65	56	19	0	24	1.42
2160797--2160875	28	2.8	27	79	9	77	58	20	0	21	1.40
2160749--2160843	36	2.6	37	74	15	99	53	21	0	25	1.46
2160838--2160919	21	4.0	20	73	19	62	52	23	1	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160832--2160919	14	6.3	14	79	12	74	53	22	1	22	1.53
2160981--2161035	21	2.6	22	80	8	60	49	30	0	20	1.49
2161134--2161194	28	2.2	28	90	0	95	44	29	1	24	1.63
2161134--2161696	7	79.7	7	65	17	80	48	23	2	25	1.64
2161303--2161375	14	5.3	14	90	1	103	54	23	0	21	1.45
2161398--2161507	36	2.9	36	77	18	100	48	24	1	25	1.61
2161489--2161575	29	3.1	28	74	9	81	51	20	2	25	1.59
2161538--2161658	21	5.8	21	73	8	95	48	23	3	24	1.66
2161588--2161651	28	2.3	28	88	0	92	46	23	4	25	1.71
2161600--2161693	35	2.7	35	85	3	127	46	23	3	26	1.67
2161757--2162262	21	24.2	21	64	16	74	48	22	2	26	1.63
2161927--2162012	14	6.1	14	67	10	50	44	25	3	26	1.70
2161892--2162086	35	5.6	34	71	10	101	46	23	3	27	1.67
2162033--2162269	7	33.6	7	72	9	70	49	23	1	26	1.58
2162033--2162150	35	3.3	35	82	7	123	53	21	0	24	1.51
2162093--2162151	22	2.7	23	84	5	68	54	18	0	27	1.44
2162309--2162470	7	23.1	7	67	18	70	46	23	1	29	1.60
2162363--2162434	29	2.6	29	88	4	103	44	22	1	31	1.61
2162033--2163382	14	96.2	14	64	14	180	48	22	1	26	1.60
2162398--2162485	21	4.2	21	74	17	67	50	21	0	28	1.49
2162445--2162488	20	2.2	20	83	4	61	52	22	0	25	1.48
2162744--2163382	7	91.6	7	67	12	154	47	23	1	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162673--2162761	38	2.5	35	78	10	99	53	24	2	19	1.56
2162736--2162783	22	2.2	22	84	0	60	45	29	0	25	1.53
2162809--2162863	15	3.7	15	87	2	67	50	23	0	25	1.49
2162745--2162876	22	6.1	22	76	5	99	46	27	0	25	1.53
2166018--2166067	22	2.3	22	80	16	59	54	12	6	28	1.60
2166560--2166608	20	2.5	20	83	3	64	30	12	2	55	1.48
2168410--2168462	21	2.5	21	96	0	97	26	11	20	41	1.86
2172888--2172928	18	2.3	18	87	8	57	0	31	19	48	1.49
2174420--2174503	23	3.7	23	87	1	116	20	22	30	26	1.98
2178312--2178351	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2190736--2190761	12	2.2	12	100	0	52	30	26	19	23	1.98
2194548--2194582	8	4.4	8	96	0	61	80	0	11	8	0.92
2196422--2196481	22	2.7	22	100	0	120	30	20	25	25	1.99
2208096--2208218	44	2.8	44	80	4	135	22	18	16	42	1.89
2211344--2211375	15	2.2	14	94	5	55	31	3	0	65	1.08
2216215--2216438	99	2.3	99	85	5	310	37	14	14	33	1.87
2217137--2217221	42	2.0	42	81	0	98	27	11	28	32	1.92
2218196--2218239	16	2.8	16	83	12	56	40	20	0	38	1.53
2218358--2218822	62	7.5	62	78	4	400	26	22	14	35	1.93
2218359--2218822	124	3.7	123	83	2	509	26	22	14	35	1.93
2218358--2218710	186	1.9	186	85	1	483	27	21	13	37	1.91
2218863--2219890	90	11.5	90	84	2	1208	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2218863--2220155	180	7.3	180	82	3	1440	32	18	21	28	1.97
2218863--2220155	359	3.6	359	84	3	1532	32	18	21	28	1.97
2219820--2219966	76	1.9	76	90	0	231	34	18	24	23	1.96
2219725--2220052	166	2.0	166	87	1	478	33	19	21	25	1.97
2219892--2220155	90	2.9	90	85	0	348	34	18	19	26	1.96
2221168--2221238	20	3.5	21	79	9	67	30	15	23	29	1.95
2221563--2221768	54	3.8	54	89	4	290	31	19	17	30	1.96
2221563--2221793	108	2.1	109	84	4	297	30	19	19	30	1.96
2222278--2222466	81	2.3	82	86	0	254	37	24	16	20	1.93
2222594--2222636	3	13.7	3	80	9	50	34	0	4	60	1.17
2222594--2222636	19	2.3	18	92	8	68	34	0	4	60	1.17
2225261--2225460	81	2.5	81	80	8	210	33	20	18	27	1.96
2225348--2225503	42	3.8	41	72	17	135	29	21	19	30	1.97
2230135--2230185	20	2.4	20	80	9	57	64	0	0	35	0.94
2231433--2231585	69	2.2	69	95	2	274	39	3	3	53	1.36
2238151--2238246	42	2.3	43	85	8	135	31	13	31	23	1.93
2238175--2238265	21	4.5	21	76	16	86	31	10	31	25	1.90
2238689--2238728	21	1.9	21	90	10	64	35	5	10	50	1.58
2238915--2238968	23	2.3	23	96	0	99	27	16	24	31	1.96
2238915--2238975	23	2.7	23	92	0	86	27	19	22	29	1.98
2239103--2239148	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
2245621--2245671	21	2.4	21	90	0	75	39	11	19	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245804--2245875	21	3.3	21	70	14	65	23	11	27	37	1.89
2245804--2245889	44	2.0	44	90	0	136	24	12	26	36	1.92
2250595--2250715	38	3.2	36	83	9	134	42	5	10	41	1.64
2278089--2278474	194	2.0	195	83	7	498	33	13	18	33	1.91
2286089--2286119	7	4.4	7	100	0	62	54	0	12	32	1.38
2286747--2286955	75	2.8	75	80	5	221	52	13	5	29	1.62
2288450--2288482	13	2.5	13	95	0	57	24	6	6	63	1.40
2289029--2289091	5	11.8	5	76	15	56	14	7	0	77	0.97
2289006--2289091	39	2.2	39	78	14	97	13	9	1	75	1.10
2298401--2298443	18	2.4	18	88	7	61	20	4	2	72	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14