genome.fa.s8150.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3012591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442848--2442991	79	1.8	77	85	2	198	30	15	35	18	1.92
2447394--2447480	21	4.0	21	73	5	66	39	24	13	22	1.91
2447388--2447476	44	2.0	44	86	0	124	37	24	13	24	1.92
2447417--2447476	21	2.8	21	80	14	68	38	26	10	25	1.87
2447883--2447917	13	2.7	13	95	0	61	28	14	8	48	1.73
2464864--2464897	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
2470751--2470804	24	2.2	25	74	9	58	25	16	12	44	1.84
2470912--2470942	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2472603--2472646	20	2.2	20	87	0	61	61	11	4	22	1.48
2478066--2478102	15	2.5	15	95	0	65	54	0	16	29	1.43
2478450--2478502	20	2.7	20	97	2	99	24	18	15	41	1.89
2482715--2482739	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
2486410--2486453	19	2.2	20	88	8	63	36	9	15	38	1.80
2489315--2489381	18	3.8	18	92	4	118	50	16	2	29	1.60
2489789--2489835	21	2.2	22	84	3	60	25	8	2	63	1.34
2489788--2489837	22	2.3	23	79	10	59	26	8	2	64	1.32
2492491--2492534	19	2.3	19	84	7	54	27	2	4	65	1.23
2496943--2497321	146	2.6	146	91	0	607	32	20	26	20	1.97
2503945--2504322	125	3.0	125	84	3	485	32	17	26	23	1.96
2505472--2505570	36	2.8	36	81	1	119	41	22	16	20	1.90
2505997--2507682	54	31.7	54	86	3	2086	32	19	25	21	1.97
2505997--2507682	212	7.9	213	86	4	2147	32	19	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508208--2508586	146	2.6	146	91	0	607	32	20	26	20	1.97
2510224--2510433	117	1.8	116	80	6	255	42	8	18	30	1.79
2510619--2510661	19	2.3	19	100	0	86	37	13	0	48	1.43
2519062--2519095	15	2.3	15	95	5	61	79	0	14	5	0.91
2519055--2519095	15	2.7	16	85	11	59	80	2	12	4	0.97
2519062--2519102	21	2.0	20	90	5	55	80	0	14	4	0.87
2519055--2519105	15	3.5	15	81	2	50	80	1	13	3	0.94
2530240--2530281	18	2.2	20	91	8	70	38	7	9	45	1.64
2530240--2530282	19	2.2	20	84	12	63	39	6	9	44	1.64
2538182--2538225	18	2.5	17	78	7	52	22	4	2	70	1.17
2538525--2538573	23	2.2	22	82	10	55	24	12	10	53	1.69
2547090--2547164	31	2.4	31	84	0	105	28	30	9	32	1.88
2549097--2549174	31	2.5	31	85	0	102	35	14	24	25	1.93
2552674--2552742	34	2.0	34	88	0	102	31	11	17	39	1.85
2552812--2552858	21	2.2	21	84	0	58	34	21	14	29	1.93
2554682--2554719	12	3.2	12	96	0	67	50	18	10	21	1.76
2564121--2564372	47	5.2	47	78	11	260	48	12	20	18	1.80
2564159--2564247	27	3.3	27	93	0	142	48	13	21	16	1.81
2564719--2564883	81	2.0	81	91	0	267	33	11	23	31	1.90
2564997--2565146	44	3.4	44	81	5	106	51	8	18	22	1.72
2565034--2565204	45	3.8	44	86	3	225	49	8	19	22	1.74
2565033--2565204	89	1.9	91	87	2	258	50	8	19	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565033--2565204	44	3.8	44	86	3	227	50	8	19	22	1.74
2565033--2565251	91	2.4	89	80	3	215	48	7	19	24	1.75
2571044--2571651	39	16.6	38	83	11	731	45	2	7	44	1.44
2571120--2571184	26	2.5	26	94	2	103	44	1	7	46	1.41
2571184--2571248	26	2.5	26	89	2	103	43	1	7	47	1.41
2571353--2571527	11	14.1	11	65	28	61	45	1	8	44	1.43
2571325--2571378	28	1.9	28	85	7	74	46	0	7	46	1.31
2572944--2572979	17	2.1	17	89	5	54	19	2	0	77	0.88
2573822--2574055	118	2.0	118	93	0	405	27	19	17	35	1.94
2579976--2580034	17	3.4	17	65	21	50	18	20	5	55	1.61
2579976--2580044	35	2.0	35	97	0	129	18	23	5	52	1.67
2583412--2583496	44	1.9	44	92	0	143	42	17	23	16	1.89
2584991--2585449	39	13.3	38	70	23	292	44	1	7	45	1.43
2585056--2585327	26	10.5	26	68	17	131	44	2	8	45	1.45
2585084--2585449	37	10.6	37	72	23	307	45	1	7	45	1.41
2585121--2585327	66	3.2	64	81	8	208	44	1	8	45	1.44
2585258--2585442	64	2.8	65	81	10	225	47	1	7	44	1.40
2585327--2585386	26	2.4	25	85	2	84	45	0	8	46	1.33
2585389--2585442	28	1.9	28	88	0	81	48	0	3	48	1.19
2585220--2585457	64	3.7	63	80	7	212	46	1	6	45	1.37
2585456--2585500	21	2.1	21	87	4	63	26	0	2	71	0.98
2585453--2585504	26	2.0	25	85	10	70	26	0	1	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585453--2585519	22	3.0	22	82	10	75	22	2	1	73	1.06
2588422--2588573	76	2.0	76	100	0	304	31	11	15	40	1.84
2599964--2600026	23	2.6	24	78	19	60	50	1	0	47	1.10
2599998--2600044	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
2599992--2600068	30	2.5	32	79	16	90	46	2	0	50	1.15
2600213--2600257	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2600296--2600365	33	2.3	30	83	11	90	48	2	0	48	1.16
2600557--2600590	14	2.4	14	90	0	50	41	14	20	23	1.89
2600594--2600623	14	2.1	14	93	0	51	36	13	6	43	1.70
2602819--2602887	30	2.3	31	75	7	79	14	4	7	73	1.20
2603138--2603168	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2609953--2610000	20	2.4	20	89	6	71	62	2	2	33	1.18
2610003--2610075	31	2.2	33	81	11	89	68	2	8	20	1.28
2610020--2610073	16	3.2	17	82	17	69	66	1	9	22	1.30
2610550--2610610	30	2.0	30	87	9	88	59	0	1	39	1.08
2611258--2611307	25	2.0	25	88	0	73	48	2	14	36	1.55
2612107--2612145	16	2.5	15	88	12	60	30	0	2	66	1.05
2613492--2613582	12	8.2	11	68	14	53	29	3	4	62	1.30
2613521--2613582	3	19.7	3	79	15	63	29	3	3	64	1.25
2614956--2615046	46	1.9	49	84	10	127	37	14	18	29	1.90
2619169--2619465	165	1.8	165	89	1	470	38	12	22	25	1.90
2619669--2619735	7	8.9	7	83	16	73	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619659--2619728	17	4.3	16	83	7	79	82	0	15	1	0.73
2619660--2619735	23	3.3	22	87	12	100	82	0	15	1	0.73
2619669--2619736	16	4.4	15	85	12	77	83	0	16	0	0.64
2624065--2624122	22	2.6	22	88	0	89	32	17	13	36	1.89
2624514--2625367	112	7.6	112	95	0	1487	37	16	19	26	1.93
2625690--2625732	3	14.7	3	81	13	54	32	0	2	65	1.06
2625690--2625732	16	2.8	15	80	13	52	32	0	2	65	1.06
2625690--2625732	19	2.3	19	92	8	70	32	0	2	65	1.06
2627187--2627250	3	21.7	3	79	17	64	29	3	0	67	1.06
2627248--2627283	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2628595--2628658	4	16.8	4	80	9	80	51	21	1	25	1.57
2628601--2628654	23	2.4	22	93	3	90	51	20	1	25	1.57
2628704--2628769	32	2.1	31	91	2	105	45	15	4	34	1.66
2628752--2628837	4	21.8	4	72	14	54	47	16	3	32	1.63
2628760--2628808	19	2.6	18	78	9	53	48	16	4	30	1.64
2628720--2628832	46	2.4	47	84	10	142	46	15	4	32	1.66
2630013--2630386	194	1.9	194	84	3	502	41	17	10	29	1.83
2630883--2631040	60	2.7	61	82	4	180	36	14	15	32	1.88
2630878--2631053	60	3.0	60	80	5	162	36	15	14	33	1.88
2631917--2631973	18	3.3	16	79	13	53	80	3	3	12	0.96
2633335--2633372	20	1.9	20	89	10	60	63	5	0	31	1.17
2635139--2635171	16	2.1	15	94	5	57	21	3	0	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637383--2637629	98	2.5	98	84	5	336	22	20	28	28	1.98
2639488--2639540	12	4.4	12	85	0	70	9	28	7	54	1.59
2641261--2641294	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2651087--2651121	18	2.0	18	88	5	54	77	8	2	11	1.10
2651501--2651534	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2653610--2654048	144	3.1	140	78	4	409	33	11	15	40	1.83
2654211--2654303	14	6.6	14	75	9	73	51	24	3	20	1.62
2654233--2654303	28	2.5	28	81	0	88	53	25	1	19	1.53
2654361--2654528	14	12.0	14	82	0	183	53	26	1	17	1.54
2654361--2654552	28	6.8	28	81	0	177	52	26	2	18	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14