genome.fa.s8150.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3012591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654413--2654549	14	9.7	14	75	8	91	54	27	2	16	1.53
2654540--2654583	17	2.6	16	82	7	52	56	18	0	25	1.41
2654566--2654617	27	1.9	27	84	7	70	48	23	0	28	1.51
2655242--2655323	37	2.2	37	100	0	164	41	4	14	39	1.67
2661720--2661839	56	2.1	56	84	3	152	43	25	10	20	1.83
2662545--2662615	34	2.1	33	89	2	106	33	15	23	26	1.95
2663638--2663698	20	3.0	20	85	0	86	27	27	16	27	1.97
2663777--2663806	15	2.0	15	93	0	51	26	30	26	16	1.97
2663791--2663829	20	2.0	20	90	10	62	20	41	20	17	1.91
2666406--2666463	18	3.0	19	85	11	82	31	10	8	50	1.67
2666686--2666746	20	3.0	20	78	0	68	24	24	18	32	1.97
2666842--2666917	20	3.8	20	94	0	125	27	39	11	21	1.88
2668142--2668231	45	2.0	46	93	2	155	26	17	27	27	1.98
2676904--2676993	45	2.0	45	86	2	126	28	17	24	28	1.97
2683345--2683381	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
2687404--2687431	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2688654--2688756	7	14.9	7	70	9	50	22	0	32	45	1.53
2688643--2688715	35	2.1	35	85	10	96	28	0	27	43	1.55
2688711--2688756	20	2.2	21	92	3	76	15	0	34	50	1.44
2690435--2690521	26	3.3	26	86	1	129	1	19	24	55	1.50
2690878--2690914	17	2.2	17	95	0	65	24	16	29	29	1.96
2690899--2690962	11	5.6	11	78	7	65	29	25	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690908--2690963	12	4.9	11	79	12	60	32	26	19	21	1.97
2690899--2690963	23	2.8	23	95	0	112	29	26	21	23	1.99
2699056--2699102	17	2.7	17	78	15	60	17	6	8	68	1.37
2703434--2703458	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2705747--2705788	19	2.2	19	100	0	84	45	16	16	21	1.86
2716449--2716600	73	2.1	74	88	5	227	54	11	1	32	1.45
2720476--2720548	5	14.2	5	71	13	51	71	1	6	20	1.17
2726016--2726062	18	2.7	17	80	6	58	76	0	2	21	0.89
2726895--2727046	73	2.1	74	88	5	227	54	11	1	32	1.45
2727383--2727431	22	2.3	20	79	6	53	22	6	0	71	1.08
2727399--2727451	14	3.8	13	78	12	52	26	3	0	69	1.05
2730150--2730196	20	2.2	20	85	7	58	74	6	14	4	1.17
2741885--2741923	20	2.0	19	85	5	51	38	5	23	33	1.77
2743494--2743797	6	50.8	6	73	9	201	3	40	0	55	1.21
2743494--2743797	15	20.3	15	76	7	201	3	40	0	55	1.21
2743494--2743797	33	9.2	33	77	7	233	3	40	0	55	1.21
2744070--2744104	12	2.9	12	86	0	52	8	14	42	34	1.76
2756216--2756277	31	2.0	31	96	0	115	27	30	9	32	1.89
2757652--2757681	14	2.1	14	93	0	51	23	33	6	36	1.81
2760070--2760123	22	2.5	22	100	0	108	42	9	9	38	1.69
2762690--2762723	3	11.7	3	93	6	61	0	0	64	35	0.94
2763810--2763857	21	2.3	21	100	0	96	33	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773612--2773767	18	8.3	18	70	16	86	46	5	2	45	1.38
2773598--2773802	13	15.3	13	66	19	57	46	4	3	44	1.43
2773605--2773779	49	3.6	49	73	15	173	46	4	2	45	1.38
2773617--2773797	98	1.8	98	93	0	317	45	4	4	44	1.45
2773799--2773909	57	1.9	57	88	0	168	46	1	4	46	1.33
2774168--2774277	42	2.6	42	92	0	166	40	8	12	39	1.73
2774211--2774276	16	4.5	15	71	24	52	40	6	12	40	1.67
2774209--2774277	24	3.1	23	66	30	60	40	5	11	42	1.65
2774298--2774335	2	18.5	2	94	5	67	50	2	0	47	1.15
2774413--2774465	7	7.6	7	73	0	52	43	33	5	16	1.72
2774413--2774488	14	5.5	14	74	1	73	40	31	3	23	1.73
2774413--2774480	21	3.2	21	78	0	73	42	30	4	22	1.73
2774500--2774534	18	1.9	18	94	0	61	40	11	5	42	1.65
2774608--2774894	2	146.0	2	67	19	124	49	2	4	43	1.36
2774608--2774894	7	39.6	7	66	20	55	49	2	4	43	1.36
2774635--2774778	13	11.3	13	76	16	92	50	4	4	41	1.41
2774626--2774761	71	1.9	69	83	8	175	50	3	4	41	1.40
2774980--2775013	7	4.9	7	92	0	59	44	17	0	38	1.49
2774977--2775013	14	2.6	14	95	0	65	45	18	0	35	1.50
2775074--2775209	57	2.4	57	84	4	188	41	8	6	42	1.62
2775146--2775194	23	2.2	21	79	17	55	42	8	4	44	1.53
2775460--2775508	25	2.1	22	85	11	62	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775448--2775519	28	2.5	28	81	4	72	47	1	1	50	1.18
2775459--2775519	22	2.8	23	79	18	69	45	0	1	52	1.10
2777185--2777225	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
2777786--2777830	20	2.2	20	84	0	54	15	8	17	57	1.63
2777923--2777976	23	2.3	23	80	0	63	25	11	25	37	1.89
2778599--2778664	15	4.4	15	71	21	66	39	6	3	51	1.42
2778754--2778800	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
2778752--2778801	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
2779062--2779107	15	2.9	16	80	6	58	45	13	21	19	1.84
2781869--2781956	40	2.1	42	81	8	101	31	21	20	26	1.98
2781963--2782347	41	9.4	41	79	2	360	27	17	18	36	1.94
2783223--2783307	41	2.1	40	86	6	118	12	22	31	32	1.92
2786937--2787214	42	6.7	42	79	5	314	23	20	20	35	1.96
2786937--2787214	85	3.3	83	83	4	330	23	20	20	35	1.96
2787163--2787269	54	2.0	54	85	7	146	20	24	23	31	1.98
2787843--2788162	93	3.4	92	84	3	365	42	5	10	41	1.63
2789568--2789598	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2790979--2791030	3	17.7	3	80	11	63	61	1	1	34	1.18
2790970--2791015	23	2.0	23	82	0	56	56	2	4	36	1.31
2791206--2791360	56	2.8	56	75	13	156	27	22	19	30	1.98
2791264--2791476	54	3.9	54	85	1	264	20	27	19	32	1.97
2791454--2791695	55	4.4	55	91	2	373	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792730--2792778	22	2.3	22	83	13	66	8	18	4	69	1.30
2797297--2797489	96	2.0	96	90	2	307	19	23	19	37	1.94
2799578--2799639	26	2.4	26	94	0	106	22	24	22	30	1.99
2803208--2803270	30	2.1	30	100	0	126	15	9	15	58	1.62
2806004--2806041	14	2.8	13	88	7	58	36	0	5	57	1.21
2807684--2807710	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2808230--2808281	19	2.7	19	96	0	95	32	30	17	19	1.95
2808165--2808318	83	1.8	84	83	6	206	32	24	16	26	1.96
2810645--2810702	3	19.7	3	79	10	66	60	3	1	34	1.24
2814026--2814184	65	2.5	64	83	6	207	31	22	17	28	1.97
2814026--2814200	64	2.7	64	76	15	173	30	22	18	28	1.97
2814406--2814443	17	2.2	18	85	4	51	60	10	13	15	1.59
2820205--2820229	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
2823372--2823453	23	3.6	22	77	8	85	26	25	21	25	2.00
2823835--2823882	21	2.3	21	100	0	96	25	12	8	54	1.65
2825790--2825828	17	2.3	17	100	0	78	41	0	43	15	1.46
2826218--2826341	46	2.7	46	90	3	180	29	21	16	31	1.96
2829777--2829832	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2838934--2839181	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
2838948--2839212	130	2.0	129	81	4	309	38	12	13	34	1.83
2839649--2839682	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2839804--2839846	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839815--2839900	35	2.5	35	82	0	91	37	1	19	41	1.59
2840413--2840442	12	2.4	13	94	5	53	66	0	10	23	1.21
2848785--2848841	23	2.6	21	71	10	51	29	26	19	24	1.98
2848741--2848841	44	2.3	43	86	5	132	30	24	19	24	1.98
2848765--2848832	23	3.0	22	72	8	66	27	26	20	25	1.99
2850771--2850926	45	3.5	45	89	1	215	21	3	22	53	1.60
2850784--2850905	45	2.7	45	96	1	219	21	4	19	54	1.60
2850931--2850972	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2855617--2855677	22	2.6	23	74	10	61	32	8	21	37	1.83
2857011--2857045	17	2.1	16	89	5	52	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14