genome.fa.s8150.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3012591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298590--2298620	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2300516--2300557	16	2.6	16	88	0	66	19	26	16	38	1.92
2303946--2304147	86	2.3	86	94	0	350	48	15	10	25	1.78
2304057--2304276	102	2.2	102	94	1	379	50	17	10	22	1.76
2304650--2304694	17	2.6	17	92	0	72	8	6	42	42	1.62
2304603--2304660	6	9.8	6	81	3	64	3	3	43	50	1.36
2305414--2305469	14	4.0	13	78	19	51	44	0	1	53	1.11
2305410--2305521	24	4.8	24	72	13	81	48	1	1	48	1.22
2305424--2305492	15	4.7	15	83	13	74	49	0	1	49	1.09
2305440--2305499	30	2.1	30	81	12	72	53	0	0	46	1.00
2305481--2305543	31	2.1	30	88	8	92	50	4	3	41	1.39
2305568--2305656	15	5.6	15	67	21	56	50	2	3	43	1.31
2305510--2305693	65	2.8	66	78	10	196	48	4	4	42	1.42
2305645--2305746	22	4.7	22	75	11	86	49	8	5	36	1.58
2305674--2305726	21	2.5	21	87	0	79	47	5	7	39	1.56
2305766--2305858	41	2.3	39	78	14	98	43	7	8	40	1.64
2305787--2305873	41	2.1	43	84	4	115	43	6	9	40	1.63
2305936--2305988	14	3.8	14	76	0	52	20	0	33	45	1.52
2306096--2306169	37	2.1	36	84	5	96	40	12	8	39	1.72
2306372--2306611	2	123.0	2	65	21	64	44	4	2	47	1.38
2306379--2306434	30	1.9	28	85	7	76	42	7	1	48	1.41
2306468--2306502	13	2.5	14	90	9	54	37	2	8	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307897--2307936	19	2.1	19	100	0	80	57	7	30	5	1.48
2309826--2309915	27	3.4	26	72	18	78	42	3	1	53	1.24
2309826--2309897	25	2.8	25	81	10	74	41	4	1	52	1.29
2309871--2309903	17	2.0	17	88	5	50	36	3	0	60	1.12
2309846--2309934	27	3.3	26	80	13	92	41	2	1	55	1.20
2309876--2310008	30	4.4	29	74	15	101	39	3	0	56	1.23
2310996--2311044	19	2.8	16	77	19	53	22	0	0	77	0.77
2310996--2311044	6	8.3	6	84	6	57	22	0	0	77	0.77
2310997--2311046	16	3.3	16	79	20	63	24	0	0	76	0.80
2311097--2311191	44	2.1	43	83	11	111	46	3	6	44	1.44
2311140--2311439	36	8.3	36	80	12	305	44	3	7	45	1.48
2311125--2311214	43	2.0	43	85	10	119	44	4	6	44	1.50
2311293--2311318	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
2311144--2311511	139	2.6	141	82	12	422	44	3	8	43	1.51
2311282--2311435	38	4.0	37	85	7	175	45	3	5	44	1.46
2311409--2311459	14	3.7	13	80	12	57	49	1	5	43	1.38
2311996--2312036	17	2.4	17	87	0	55	78	9	9	2	1.06
2313890--2313952	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
2313942--2313989	17	2.8	16	75	12	51	29	6	0	64	1.18
2313953--2314001	25	2.0	25	84	8	64	22	10	0	67	1.20
2313942--2314005	34	1.9	33	81	12	78	25	9	0	65	1.22
2314096--2314208	9	12.9	9	73	16	78	16	4	2	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314062--2314200	60	2.3	60	83	11	171	15	6	2	75	1.12
2314104--2314209	14	7.8	13	73	17	74	16	3	2	76	1.05
2314063--2314208	51	2.9	50	76	19	140	15	6	2	75	1.12
2325651--2326261	124	4.8	123	81	9	654	33	25	16	24	1.96
2326657--2326686	16	1.9	16	93	6	53	43	6	0	50	1.28
2327834--2327866	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2328288--2328428	5	29.6	5	72	20	108	19	1	2	75	1.00
2328294--2328428	68	2.0	68	81	11	161	20	1	2	75	1.01
2337954--2337991	18	2.1	18	100	0	76	21	13	5	60	1.52
2340565--2340619	6	9.2	6	93	0	74	49	5	1	43	1.36
2343779--2343827	20	2.5	20	75	0	53	22	14	6	57	1.59
2348922--2349239	119	2.7	120	93	2	543	31	16	11	41	1.83
2349030--2349094	20	3.2	20	65	16	53	30	15	7	46	1.74
2348922--2349239	40	8.0	40	92	2	534	31	16	11	41	1.83
2348924--2349262	159	2.1	159	90	3	515	30	16	11	41	1.84
2349230--2349412	36	5.1	36	90	3	273	25	18	14	42	1.87
2349230--2349412	71	2.6	71	90	3	271	25	18	14	42	1.87
2349427--2349671	73	3.4	73	85	0	312	29	18	14	37	1.90
2349514--2349623	36	3.0	36	72	2	121	25	19	14	40	1.89
2349477--2349599	37	3.4	37	72	2	113	30	19	13	37	1.89
2350061--2350347	105	2.7	107	85	7	393	37	16	23	23	1.93
2352081--2352159	2	39.5	2	97	0	149	49	1	0	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353105--2353142	16	2.3	17	90	4	60	28	5	2	63	1.30
2358525--2358587	3	22.0	3	80	9	78	61	0	0	38	0.96
2358527--2358599	37	2.0	37	81	10	87	64	1	0	34	1.02
2359072--2359640	117	5.0	112	79	11	652	26	17	15	40	1.89
2358984--2359622	117	5.5	116	78	13	622	26	18	14	41	1.89
2358984--2359641	230	2.8	231	91	3	997	26	17	14	40	1.89
2366219--2366430	43	4.9	43	78	3	194	26	13	23	35	1.92
2366884--2366945	21	3.0	21	80	0	79	0	35	22	41	1.54
2375912--2376004	42	2.2	42	82	0	123	27	30	16	25	1.96
2377519--2377669	41	3.7	40	79	6	151	33	17	13	35	1.89
2377583--2377813	42	5.6	40	68	16	114	30	18	14	36	1.91
2379143--2379202	3	20.0	3	83	6	77	63	1	0	35	1.05
2382691--2382727	18	2.1	18	90	10	58	16	0	13	70	1.17
2384209--2384264	16	3.3	16	81	13	76	19	0	25	55	1.43
2384207--2384278	35	1.9	37	89	10	112	19	0	26	54	1.45
2384207--2384278	19	3.9	19	82	12	96	19	0	26	54	1.45
2385848--2385907	8	7.5	8	83	7	68	43	1	0	55	1.10
2385857--2385903	2	24.5	2	87	8	71	46	0	0	53	1.00
2387154--2387198	7	6.3	7	85	14	65	15	0	0	84	0.62
2387159--2387206	5	9.8	5	86	8	55	12	0	2	85	0.69
2387154--2387212	17	3.8	16	75	22	63	13	0	1	84	0.69
2387127--2387206	29	2.7	29	84	1	88	18	1	2	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387152--2387213	10	6.2	10	81	5	63	16	0	1	82	0.75
2387250--2387311	25	2.5	24	84	10	72	14	4	4	75	1.13
2391592--2391620	13	2.3	13	94	5	51	86	0	13	0	0.58
2392555--2392738	65	2.7	68	85	6	241	39	19	14	26	1.90
2393749--2393797	22	2.3	21	80	13	55	14	6	2	77	1.05
2393769--2393802	17	2.1	17	88	5	52	11	2	2	82	0.89
2393860--2394061	10	20.9	9	70	15	68	13	4	4	76	1.10
2393865--2394078	7	28.4	7	69	20	59	13	4	5	76	1.11
2393905--2393934	6	5.2	6	92	8	53	0	0	16	83	0.65
2393894--2394025	69	1.9	71	81	12	164	11	6	5	77	1.11
2393948--2394004	24	2.4	24	85	5	71	10	7	0	82	0.84
2393972--2394078	20	5.7	19	77	16	93	17	2	4	74	1.11
2394019--2394054	16	2.3	15	90	9	63	19	0	8	72	1.10
2401626--2401701	27	2.8	27	73	11	75	19	13	39	27	1.89
2404159--2404196	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2405163--2405300	64	2.2	64	91	0	222	35	22	18	23	1.95
2405350--2405392	16	2.7	16	81	0	59	30	27	9	32	1.88
2414587--2414630	18	2.4	18	96	0	79	45	0	2	52	1.13
2417275--2417300	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2426299--2426367	32	2.1	33	83	2	86	57	2	0	39	1.13
2427497--2427576	3	27.0	3	80	12	94	62	0	2	35	1.09
2427886--2428294	192	2.1	194	88	2	608	28	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428149--2428368	113	2.0	113	88	0	334	25	20	15	39	1.92
2429884--2429943	16	3.6	16	73	6	57	15	15	0	70	1.18
2437283--2437316	16	2.1	16	88	0	50	52	2	20	23	1.60
2440026--2440100	3	25.0	3	78	10	82	62	1	2	33	1.17
2440132--2440183	23	2.3	23	75	0	59	28	28	5	36	1.80
2442575--2442623	23	2.2	22	88	3	71	4	26	0	69	1.06
2442575--2442632	23	2.6	22	82	12	66	6	24	0	68	1.13
2442614--2442660	24	1.9	25	86	4	69	8	17	0	74	1.05
2442580--2442665	12	7.2	12	68	21	56	6	19	0	73	1.06
2442844--2442991	39	3.8	41	77	8	155	30	14	36	18	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14