genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18584--18635	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
18626--18748	21	5.7	21	67	15	63	35	21	21	21	1.96
18637--18686	25	2.0	25	88	0	73	32	18	28	22	1.97
18716--18907	60	3.2	60	81	3	235	35	26	19	18	1.95
18716--18906	20	9.6	20	80	7	210	35	26	19	18	1.95
18757--18902	78	1.9	79	88	4	224	32	26	19	21	1.97
19285--19355	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
19475--19529	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
19475--19545	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
19541--19637	19	5.7	19	68	24	72	10	24	22	42	1.85
19546--19659	33	3.5	33	93	1	203	9	24	21	44	1.82
19563--19651	14	5.7	14	73	24	72	8	25	23	41	1.83
20432--20892	184	2.5	182	96	3	856	21	12	19	46	1.82
20432--20892	93	5.0	93	96	3	864	21	12	19	46	1.82
20924--21052	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
20960--21052	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
20924--21052	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
21048--21182	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
21070--21126	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
21053--21145	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
23102--23137	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
23244--23345	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23352--23675	33	9.5	33	75	15	257	13	20	18	46	1.83
23374--23675	19	17.4	19	77	19	331	13	20	18	47	1.83
23360--23447	14	5.6	14	73	23	68	12	20	19	47	1.81
23374--23647	52	5.2	52	88	9	343	13	21	17	47	1.82
23440--23608	71	2.4	71	97	0	320	14	20	17	46	1.83
25951--25975	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
26150--26196	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
26878--27246	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
35578--35624	16	3.0	16	78	3	51	23	2	0	74	0.93
35576--35642	32	2.2	30	80	17	77	23	4	0	71	1.04
35560--35619	14	4.4	14	70	19	54	28	1	0	70	0.97
35560--35642	41	2.0	41	83	7	103	27	3	0	68	1.06
35577--35641	31	2.1	31	85	8	87	24	4	0	70	1.06
39647--40508	84	10.4	82	80	5	846	30	24	20	25	1.99
39638--40478	249	3.4	247	89	1	1207	30	24	20	24	1.99
41547--41602	26	2.2	26	90	0	85	58	3	32	5	1.37
41948--41986	19	2.0	19	85	14	53	25	0	0	74	0.82
41948--41986	9	4.0	9	87	12	51	25	0	0	74	0.82
42657--42688	15	2.3	15	89	10	50	40	3	3	53	1.33
52230--52267	16	2.4	16	100	0	76	21	15	5	57	1.57
55776--55905	67	1.9	68	87	1	190	43	9	3	43	1.54
56780--56805	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57073--57202	66	1.9	68	82	4	165	45	6	3	43	1.49
58747--58779	16	2.0	17	88	5	50	33	15	6	45	1.70
60743--60813	35	2.1	36	82	10	87	15	12	1	70	1.24
63407--63468	19	3.3	19	75	4	72	4	12	29	53	1.59
63440--63475	18	1.9	19	88	5	56	2	13	36	47	1.58
74757--74834	25	2.8	25	74	22	75	67	0	0	32	0.90
74772--74903	34	3.9	34	83	7	162	61	1	1	35	1.15
76988--77055	3	22.0	3	83	16	86	32	0	0	67	0.91
76988--77055	13	5.0	13	86	13	93	32	0	0	67	0.91
78322--78363	16	2.6	17	81	11	52	38	0	2	59	1.10
78360--78393	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
78403--78428	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78523--78585	33	2.0	33	84	6	85	41	0	1	57	1.08
78636--78696	29	2.1	30	84	3	79	47	1	0	50	1.10
79309--79348	21	1.9	21	90	10	64	52	0	2	45	1.14
86655--86703	24	2.1	22	88	11	71	18	4	14	63	1.46
86655--86705	25	2.1	25	92	7	88	17	3	15	62	1.47
87463--87489	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
92166--92198	17	2.0	17	88	5	50	24	0	6	69	1.10
92355--92415	24	2.5	24	84	10	88	16	27	32	22	1.96
93185--93226	14	2.9	14	85	3	57	42	28	21	7	1.79
93342--93419	10	7.1	10	72	18	57	57	17	11	12	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93345--93418	24	3.1	24	82	5	80	56	18	12	12	1.66
93376--93419	23	1.9	23	90	0	70	61	18	6	13	1.54
104265--104311	16	2.8	17	78	21	62	17	6	21	55	1.64
104275--104311	16	2.3	16	95	0	65	18	5	18	56	1.60
104837--105079	121	2.0	123	98	1	472	29	14	16	39	1.88
105029--105132	52	2.0	52	100	0	208	32	11	19	36	1.87
118684--118713	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
118690--118734	18	2.5	18	92	0	72	13	20	51	15	1.76
120848--120919	24	3.0	24	85	2	101	50	18	12	19	1.78
120852--120920	12	5.8	12	75	10	61	49	18	14	17	1.80
120857--120943	24	3.7	23	82	3	84	48	18	13	19	1.81
123314--123345	13	2.5	13	94	0	55	15	25	43	15	1.86
123322--123358	18	2.1	18	89	0	56	13	24	43	18	1.86
123316--123376	31	2.0	31	90	0	95	18	21	42	18	1.89
125983--126027	16	2.8	16	90	6	65	42	17	2	37	1.62
126500--126605	53	2.0	53	90	5	171	28	21	11	38	1.88
132098--132152	28	2.0	28	100	0	110	29	14	21	34	1.93
141133--141181	17	2.7	19	78	12	66	14	12	20	53	1.73
141287--141361	32	2.3	32	100	0	150	49	21	13	16	1.79
149748--149842	45	2.1	45	100	0	190	30	13	8	47	1.73
150705--150747	16	2.7	16	89	7	61	34	18	6	39	1.78
151210--151313	53	2.0	50	87	9	147	27	22	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171682--171711	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
176579--176653	21	3.5	21	88	3	105	34	25	24	16	1.95
178550--178584	14	2.4	14	95	4	61	28	14	22	34	1.93
186784--186843	16	3.8	15	82	8	66	73	3	1	21	1.07
186799--186836	8	4.8	8	93	0	58	73	2	2	21	1.07
187217--187254	15	2.4	16	82	8	51	44	0	0	55	0.99
187250--187282	16	2.2	15	89	10	50	42	3	0	54	1.15
190034--190081	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
190603--190643	18	2.4	17	84	8	55	24	4	9	60	1.47
204924--205064	3	47.0	3	100	0	282	66	0	33	0	0.92
209727--210421	372	1.9	370	86	2	1013	23	24	22	28	1.99
212278--212321	16	2.8	16	89	3	72	40	11	25	22	1.87
212348--212374	13	2.1	13	100	0	54	33	14	22	29	1.94
212787--212836	22	2.2	24	82	13	70	38	0	0	62	0.96
222064--222111	15	3.4	14	80	11	53	64	2	0	33	1.05
223409--223452	11	4.0	11	84	0	52	59	0	0	40	0.98
223420--223471	3	18.0	3	77	15	56	63	0	0	36	0.95
223409--223471	14	4.6	14	78	21	71	60	0	0	39	0.97
223430--223477	15	3.1	15	90	6	69	64	0	0	35	0.94
223597--224368	75	10.5	76	91	5	1250	35	22	20	22	1.96
224316--224843	181	2.9	185	94	2	940	39	13	15	31	1.86
225769--225923	53	2.9	53	84	3	195	24	19	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226601--227375	389	2.0	385	96	2	1446	29	20	17	33	1.95
228410--228750	114	3.0	114	93	0	565	31	19	14	34	1.92
236489--236518	14	2.1	14	93	6	51	66	0	0	33	0.92
237872--237928	3	19.0	3	79	13	64	61	0	0	38	0.96
237861--237926	31	2.2	31	84	15	95	57	0	0	42	0.98
237872--237935	34	1.9	33	90	3	101	60	0	0	39	0.97
239624--239665	18	2.3	18	83	0	57	57	0	0	42	0.99
239673--239721	19	2.6	17	84	12	53	57	14	4	24	1.55
240458--240616	80	2.0	79	91	1	255	29	8	9	52	1.62
242727--242754	10	2.8	10	100	0	56	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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