genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174446--2174504	31	1.9	31	92	0	100	25	0	15	59	1.36
2174633--2174710	25	3.0	25	73	10	68	58	1	1	38	1.14
2176455--2176486	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
2182470--2182559	32	2.8	32	98	0	171	41	25	12	21	1.87
2184853--2184973	36	3.3	36	86	6	165	43	20	4	31	1.71
2189037--2189068	16	1.9	17	93	6	57	34	21	6	37	1.79
2196561--2196886	176	1.9	175	85	4	460	39	6	7	47	1.56
2199300--2199506	76	2.7	76	88	2	283	20	23	32	23	1.98
2200107--2200148	17	2.5	16	84	7	57	57	28	0	14	1.38
2202069--2202120	23	2.3	24	74	12	65	15	21	42	21	1.89
2209686--2209716	9	3.3	9	95	4	53	51	9	3	35	1.51
2210080--2210116	19	1.9	19	88	0	56	13	27	35	24	1.93
2220667--2220710	22	1.9	24	86	9	65	79	2	11	6	1.01
2223714--2224129	152	2.7	153	90	1	649	41	12	14	31	1.83
2224477--2224647	93	1.9	91	86	3	245	27	28	7	37	1.83
2230844--2230884	21	1.9	22	85	14	59	51	4	9	34	1.56
2232996--2233182	64	2.9	63	77	12	161	29	16	22	31	1.96
2233520--2233558	16	2.3	16	86	8	51	20	43	0	35	1.52
2233531--2233567	16	2.2	17	95	4	67	16	45	0	37	1.47
2235814--2235871	24	2.6	23	81	8	66	29	18	22	29	1.98
2242343--2242431	45	2.0	45	86	2	124	28	16	24	30	1.97
2242451--2242488	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2250928--2250967	21	1.9	21	89	0	62	27	0	35	37	1.57
2251647--2251686	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2251667--2251729	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2257455--2257651	76	2.6	75	91	4	308	21	25	32	20	1.97
2257606--2257649	22	2.0	23	82	8	56	18	22	38	20	1.93
2260206--2260292	45	1.9	46	88	2	131	27	18	25	28	1.98
2260314--2260351	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2262563--2262600	20	2.0	20	89	5	60	26	10	2	60	1.43
2264411--2264447	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2267486--2267523	20	1.9	20	88	0	58	55	0	2	42	1.14
2274123--2274148	11	2.4	11	100	0	52	34	0	11	53	1.37
2274284--2274327	22	2.0	22	86	4	61	27	34	18	20	1.96
2275134--2275495	29	12.1	29	69	19	154	28	19	18	33	1.95
2275145--2275501	56	6.0	56	74	14	275	28	18	18	34	1.94
2275198--2275449	67	3.9	67	77	11	274	27	19	17	34	1.95
2275107--2275503	123	3.2	122	89	0	596	28	18	17	34	1.94
2275478--2275530	27	2.0	27	84	0	70	35	11	15	37	1.83
2275672--2275995	82	4.0	82	82	5	388	39	20	18	21	1.93
2275672--2275980	164	1.9	163	87	2	449	38	20	19	21	1.93
2278056--2278097	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
2283052--2283164	56	2.0	56	96	3	210	35	9	7	46	1.66
2286409--2286439	16	1.9	16	100	0	62	29	0	32	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288950--2289002	23	2.3	23	86	0	79	18	20	22	37	1.94
2297149--2297186	18	2.1	18	95	0	67	42	13	10	34	1.78
2299297--2299334	2	19.5	2	94	5	69	52	0	47	0	1.00
2305099--2305216	58	2.0	58	98	0	227	34	21	12	31	1.91
2309850--2309894	21	2.2	21	96	4	83	33	0	22	44	1.53
2309945--2310085	64	2.2	63	81	7	160	33	17	23	26	1.96
2311356--2311421	31	2.1	31	86	5	89	21	19	22	36	1.95
2311370--2311432	31	2.1	31	84	3	83	20	19	25	34	1.96
2311677--2311722	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2311874--2311900	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2312382--2312468	33	2.6	33	88	3	120	13	10	32	43	1.78
2314318--2314499	96	1.9	96	90	0	292	26	15	17	40	1.89
2320590--2320653	25	2.6	24	80	12	67	59	23	0	17	1.37
2325624--2325840	117	1.9	117	84	3	294	48	7	14	29	1.71
2328104--2328149	19	2.4	19	96	0	83	26	21	23	28	1.99
2329723--2329779	21	2.7	21	91	5	89	26	31	14	28	1.94
2330286--2330323	13	3.0	13	88	3	60	34	13	7	44	1.72
2332067--2332093	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
2336875--2336914	19	2.1	19	86	9	55	25	35	17	22	1.95
2362860--2362898	17	2.3	17	90	0	60	23	23	12	41	1.88
2370387--2370483	51	1.9	51	89	0	149	32	9	10	47	1.69
2370445--2370527	42	2.0	42	90	0	130	25	9	10	54	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371630--2371672	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2371652--2371789	67	2.1	67	86	5	190	27	23	29	18	1.98
2372165--2372224	30	2.0	31	86	3	86	38	8	20	33	1.82
2372444--2372510	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2378554--2378596	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2378576--2378728	68	2.2	68	85	6	195	26	26	28	18	1.98
2379088--2379147	30	2.0	31	86	3	86	36	8	21	33	1.84
2379367--2379433	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2383226--2383314	41	2.2	42	79	6	101	32	11	13	42	1.80
2393497--2393522	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2395371--2395421	21	2.5	21	87	3	68	27	17	23	31	1.97
2395950--2396318	130	2.8	131	85	2	508	40	15	11	32	1.84
2396786--2396815	10	3.0	10	95	0	51	73	0	0	26	0.84
2397145--2397374	109	2.1	108	79	5	250	48	16	14	20	1.80
2398317--2398378	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
2398549--2399260	132	5.3	137	76	8	365	29	15	22	33	1.94
2398549--2399260	135	5.3	136	76	8	366	29	15	22	33	1.94
2398790--2399259	132	3.5	132	79	6	455	29	15	22	32	1.95
2400442--2400792	131	2.7	131	85	2	438	38	16	10	34	1.83
2402846--2403532	134	5.1	135	82	2	718	30	14	23	32	1.94
2404818--2404852	18	1.9	18	88	11	54	5	14	0	80	0.89
2404832--2404912	22	3.8	22	72	25	59	8	13	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408393--2408452	2	30.0	2	96	0	111	50	1	0	48	1.11
2414630--2414666	16	2.3	16	90	0	56	21	29	18	29	1.97
2415923--2416291	131	2.8	130	84	0	468	38	15	12	33	1.86
2418456--2418495	18	2.2	18	86	0	53	12	22	22	42	1.87
2418416--2418678	107	2.5	107	86	2	350	24	17	17	39	1.91
2420996--2421043	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2421301--2421340	21	1.9	21	89	0	62	50	10	0	40	1.36
2424061--2424098	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2425574--2425622	23	2.2	22	88	3	71	38	8	2	51	1.43
2430136--2430430	20	14.6	20	75	9	188	37	24	18	18	1.94
2430197--2430408	41	5.2	41	93	1	347	37	24	18	19	1.94
2430136--2430429	40	7.3	40	85	5	335	37	24	18	19	1.94
2430479--2430566	21	4.2	21	92	0	140	19	28	17	35	1.94
2430563--2430655	20	4.7	20	93	2	143	35	24	20	19	1.96
2430991--2431084	20	4.8	18	83	12	107	34	23	22	20	1.97
2430991--2431084	40	2.3	40	87	10	147	34	23	22	20	1.97
2431056--2431151	33	2.8	33	88	3	129	42	19	23	13	1.87
2431161--2431241	33	2.4	33	87	2	108	12	25	20	40	1.88
2431343--2431379	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2432750--2432840	42	2.2	42	80	4	103	23	17	38	20	1.93
2433319--2433405	20	4.3	20	94	0	138	39	21	18	20	1.93
2433440--2433483	19	2.3	19	92	0	70	11	15	29	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2433449--2433516	19	3.8	19	81	18	92	7	16	29	47	1.73
2433474--2433532	14	3.9	14	74	20	55	8	18	25	47	1.77
2433455--2433579	33	3.8	33	87	2	146	11	20	23	44	1.83
2433507--2433565	14	3.9	14	74	20	55	13	25	18	42	1.87
2433667--2434046	94	4.1	94	94	1	647	47	18	12	21	1.81
2435728--2435783	20	2.8	20	80	20	80	39	19	25	16	1.91
2435824--2435880	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2435808--2435888	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
2435872--2435943	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
2436501--2436673	20	8.6	20	78	7	179	17	19	24	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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