genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596064--596203	10	14.3	9	75	14	100	17	26	26	30	1.97
596064--596196	29	4.5	31	81	12	97	17	26	26	30	1.97
596170--596210	19	2.2	19	86	0	55	21	24	29	24	1.99
596226--596268	22	2.0	22	90	0	68	20	46	20	11	1.82
596208--596256	17	2.9	17	87	0	80	20	46	20	12	1.82
598023--598057	18	1.9	18	100	0	70	11	28	34	25	1.91
598898--598938	18	2.2	20	86	8	59	46	7	7	39	1.60
604521--604545	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
604853--604907	19	2.9	18	92	7	92	12	27	34	25	1.92
608825--608920	32	2.9	32	85	10	131	35	8	19	36	1.82
608825--608928	34	3.1	35	89	6	153	35	8	20	35	1.83
609900--609948	24	2.0	24	84	0	62	46	8	34	10	1.67
614672--614700	11	2.5	12	88	11	51	17	0	0	82	0.66
614675--614700	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
615154--615190	14	2.6	15	83	12	51	45	2	0	51	1.15
621164--621189	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
627750--627777	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
631850--631943	19	4.8	19	88	5	125	19	18	24	38	1.93
631850--631953	39	2.7	40	83	10	142	17	21	23	38	1.93
635659--635683	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
637168--637878	359	2.0	360	96	0	1325	32	12	16	37	1.87
637908--637943	18	1.9	19	88	5	56	52	16	11	19	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
639609--639655	15	2.9	16	78	12	51	46	2	0	51	1.13
639577--639815	131	1.8	132	83	7	324	46	2	4	46	1.37
645390--645432	8	5.6	8	83	10	54	51	11	0	37	1.39
645848--645939	3	30.7	3	91	0	148	34	3	0	61	1.12
645935--645969	9	3.8	9	85	7	52	57	2	0	40	1.14
645938--645981	19	2.3	19	88	0	61	63	2	0	34	1.07
648551--648601	22	2.3	22	86	0	75	31	27	13	27	1.94
648552--648591	11	3.6	11	79	0	53	27	27	15	30	1.96
649937--649967	14	2.2	14	94	0	53	16	12	19	51	1.76
649935--650001	24	2.8	23	77	8	71	11	11	22	53	1.70
649974--650008	10	3.5	10	96	0	61	8	11	25	54	1.64
649951--650021	34	2.1	34	83	0	88	11	11	21	56	1.65
650668--650741	10	7.6	10	72	22	68	10	8	20	60	1.54
650666--650734	16	4.3	16	86	0	102	11	7	20	60	1.54
650668--650730	32	2.0	32	96	0	117	11	7	20	60	1.55
652490--652614	7	18.3	7	80	1	112	44	32	1	21	1.62
652490--652614	14	9.2	13	81	8	126	44	32	1	21	1.62
652486--652610	21	6.1	21	79	10	125	44	32	1	21	1.62
652692--652721	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
658219--658292	28	2.6	28	79	12	80	39	1	4	55	1.27
658708--659057	175	2.0	175	98	1	684	27	19	20	32	1.97
659790--659837	24	2.0	25	87	4	71	58	2	4	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662027--662082	29	2.0	29	85	3	78	51	17	5	25	1.66
669518--669558	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
674265--674310	22	2.1	22	87	0	65	26	30	21	21	1.99
674765--674806	18	2.4	17	81	14	50	33	14	2	50	1.56
675095--675187	31	3.0	31	78	9	93	34	20	18	26	1.96
675951--675993	21	2.0	22	86	4	61	34	27	13	23	1.93
677066--677291	113	2.0	113	96	1	418	34	26	13	25	1.93
687522--687567	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
689396--689429	11	3.0	11	91	8	59	79	0	0	20	0.73
705315--705351	17	2.2	17	86	13	51	56	0	5	37	1.22
705370--705402	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
709177--709236	29	2.1	29	96	0	111	38	15	16	30	1.89
710383--710517	60	2.2	60	84	5	166	34	17	17	30	1.94
711358--711396	17	2.4	17	82	4	53	46	0	5	48	1.24
712834--712989	78	2.0	76	86	4	215	42	7	9	41	1.65
712834--712989	76	2.0	78	86	4	219	42	7	9	41	1.65
726171--726207	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
726926--727024	23	4.3	23	79	2	99	35	21	22	21	1.96
726926--727024	47	2.1	46	81	1	108	35	21	22	21	1.96
727113--727151	16	2.5	16	88	12	55	38	23	7	30	1.83
729087--729312	79	2.9	78	88	4	328	34	19	20	26	1.96
729018--729312	158	1.9	151	83	8	380	34	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729400--729425	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
731614--731677	28	2.4	28	82	10	73	29	4	1	64	1.23
732772--732833	13	4.8	13	91	0	88	32	19	14	33	1.92
747163--747210	25	2.0	24	83	4	60	6	14	4	75	1.16
753908--753945	17	2.1	18	85	9	51	23	26	2	47	1.65
757976--758071	11	8.5	11	74	17	72	25	23	19	31	1.98
757958--758060	46	2.2	45	80	10	109	26	23	20	30	1.99
757976--758060	23	3.7	23	88	0	125	24	23	20	31	1.98
769330--769399	24	2.9	24	73	0	68	45	15	11	27	1.80
770086--770152	29	2.3	29	87	10	93	41	22	4	31	1.73
770113--770169	29	2.0	29	85	0	78	42	21	5	31	1.75
770266--770305	18	2.2	18	90	0	62	15	20	45	20	1.86
776522--776591	24	2.9	24	78	0	77	45	17	11	25	1.81
777279--777420	29	4.9	29	72	5	106	39	16	7	36	1.76
777475--777516	18	2.3	18	100	0	84	9	23	50	16	1.75
777464--777508	23	2.0	23	95	0	81	8	20	51	20	1.73
779950--780020	28	2.5	29	77	11	76	42	2	7	47	1.45
781167--781216	26	2.0	25	84	4	64	6	14	4	76	1.13
781286--781316	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
781335--781434	8	13.0	7	75	18	67	12	3	3	82	0.91
781347--781434	8	11.6	7	78	17	70	11	2	3	82	0.87
781346--781434	15	5.8	16	75	22	75	11	2	3	83	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781357--781437	14	5.5	14	73	20	58	11	2	3	82	0.89
781442--781519	40	1.9	40	84	5	93	17	11	3	66	1.38
782095--782155	21	2.8	22	72	5	61	49	32	0	18	1.48
782193--782246	28	1.9	28	88	7	83	48	20	0	31	1.50
782472--782679	112	1.8	113	85	3	267	35	19	14	30	1.92
798017--798095	37	2.2	36	84	6	106	35	1	6	56	1.32
798017--798094	36	2.1	36	86	6	104	35	1	5	57	1.29
799392--799456	33	1.9	34	90	3	105	43	9	1	46	1.45
801984--802285	166	1.8	166	95	0	550	38	9	15	36	1.80
802340--802384	14	3.3	14	81	6	56	46	22	0	31	1.52
802322--802394	21	3.5	20	75	3	65	43	27	0	28	1.55
802463--802572	7	15.7	7	80	3	78	48	30	2	18	1.62
802463--802572	21	5.2	21	75	4	87	48	30	2	18	1.62
803962--804070	11	9.7	11	80	7	112	26	15	26	31	1.96
804076--804106	16	1.9	16	93	0	53	12	12	25	48	1.77
809935--810103	20	7.5	20	67	22	77	44	10	23	21	1.83
809953--810255	20	13.0	25	66	24	101	44	10	21	22	1.83
809920--810255	46	7.3	46	87	2	449	44	11	21	22	1.83
809920--810255	139	2.4	138	89	2	485	44	11	21	22	1.83
810595--810909	81	3.9	81	85	3	411	36	9	23	30	1.86
810595--810909	161	2.0	162	85	3	429	36	9	23	30	1.86
810961--811053	47	2.0	45	83	8	116	46	8	18	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812154--812206	23	2.3	23	90	0	88	28	26	26	18	1.98
812222--812535	103	3.0	103	98	0	592	36	23	14	26	1.92
814223--814266	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
816665--816732	3	22.0	3	82	5	82	38	1	0	60	1.06
816659--816739	18	4.5	18	80	13	87	40	1	0	58	1.06
818002--818055	22	2.4	21	81	9	54	42	1	0	55	1.10
819329--819478	46	3.2	46	97	0	273	39	16	18	26	1.91
821221--821289	21	3.2	22	75	15	54	14	15	10	59	1.61
821218--821298	37	2.2	37	86	2	110	16	16	8	59	1.60
821234--821289	7	7.9	7	73	11	51	14	16	8	60	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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