genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942230--1942616	54	7.2	54	83	6	439	36	18	12	31	1.89
1942229--1942617	108	3.6	108	88	1	530	36	18	13	31	1.89
1943564--1943624	6	10.2	6	76	0	59	32	21	1	44	1.62
1943958--1944074	39	2.8	41	83	7	139	29	18	13	37	1.90
1944672--1944711	19	2.0	20	85	4	55	40	10	10	40	1.72
1949422--1949500	31	2.5	31	85	4	115	34	25	16	24	1.95
1949422--1949512	31	2.9	32	80	9	107	36	23	17	23	1.95
1952912--1952938	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
1953466--1953511	23	2.1	23	84	11	62	60	4	4	30	1.35
1953509--1953549	21	2.0	21	95	0	73	43	19	0	36	1.51
1954394--1954711	157	2.0	158	97	2	602	31	13	13	42	1.82
1958215--1958266	20	2.5	20	87	3	68	26	0	23	50	1.50
1962128--1962166	18	2.2	18	85	0	51	30	0	10	58	1.31
1962314--1962375	31	2.0	31	93	0	106	38	19	3	38	1.68
1963439--1963496	20	2.6	22	86	10	75	29	22	22	25	1.99
1964689--1964753	31	2.1	31	88	5	96	21	20	21	36	1.95
1964739--1964810	29	2.4	30	86	2	92	18	18	30	33	1.94
1967159--1967183	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1967546--1967605	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
1968068--1968129	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
1968124--1968271	63	2.4	63	95	3	264	56	1	0	42	1.08
1970626--1970671	23	2.1	22	84	15	60	32	6	4	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1975116--1975180	20	3.2	20	82	2	85	32	23	12	32	1.91
1975394--1975440	22	2.1	22	96	0	85	19	44	17	19	1.87
1977947--1978050	21	5.0	21	76	8	86	25	33	14	25	1.94
1977947--1978065	42	2.8	41	77	7	132	26	33	15	25	1.95
1987932--1988100	64	2.6	64	91	0	266	26	2	16	53	1.57
1988162--1988263	20	5.1	20	84	0	114	39	21	17	21	1.93
1988162--1988263	40	2.5	40	82	0	132	39	21	17	21	1.93
1988578--1988613	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
1991074--1991153	35	2.3	35	81	12	94	53	10	8	27	1.63
2013100--2013196	46	2.1	46	84	5	126	22	15	16	45	1.85
2015756--2015820	28	2.3	28	86	0	94	29	7	20	43	1.79
2018298--2018359	30	2.0	30	84	3	79	40	12	9	37	1.77
2020314--2020439	41	3.1	41	64	22	113	46	5	18	29	1.71
2020313--2020471	79	2.0	79	100	0	318	45	5	17	32	1.70
2022824--2022885	22	2.6	25	73	23	71	77	0	8	14	0.98
2022941--2022967	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2023070--2023096	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2023170--2023228	2	30.5	2	89	6	95	54	0	0	45	0.99
2024254--2024517	96	2.7	95	85	5	325	34	17	16	32	1.92
2026700--2027077	84	4.5	84	88	0	504	22	20	24	32	1.98
2027096--2027421	124	2.6	123	84	3	415	26	17	23	31	1.97
2029063--2029326	96	2.7	95	86	4	341	31	15	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033286--2033370	13	6.5	13	70	16	50	76	1	8	14	1.07
2033289--2033370	43	1.9	42	83	14	105	76	1	8	13	1.06
2033559--2033599	14	2.8	16	79	20	54	73	0	9	17	1.09
2033562--2033613	14	3.6	14	75	12	52	73	0	9	17	1.09
2033609--2033648	2	20.0	2	89	0	62	50	0	2	47	1.14
2037822--2037846	12	2.1	12	100	0	50	36	8	24	32	1.84
2040256--2040299	22	2.0	22	95	0	79	40	15	13	29	1.86
2042023--2042086	31	2.1	31	96	0	119	29	7	37	25	1.84
2043650--2043696	2	24.0	2	86	4	60	51	0	0	48	1.00
2052554--2052585	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2054686--2054839	83	1.9	81	90	2	245	40	4	11	44	1.60
2056387--2056469	24	3.5	24	80	3	87	51	16	12	19	1.75
2058928--2058976	22	2.2	23	85	10	66	55	24	0	20	1.44
2061209--2061300	18	4.9	18	85	7	130	29	32	19	18	1.96
2061209--2061300	39	2.5	36	89	5	130	29	32	19	18	1.96
2066253--2066287	18	1.9	18	88	0	52	25	31	20	22	1.98
2069581--2069615	18	1.9	18	88	0	52	25	31	20	22	1.98
2076988--2077175	94	2.0	94	100	0	376	30	24	17	27	1.97
2078614--2078662	15	3.3	15	85	0	71	8	14	65	12	1.47
2083887--2083919	16	2.1	16	94	0	57	39	3	6	51	1.42
2084718--2084792	31	2.4	31	86	2	96	37	14	16	32	1.89
2090751--2090896	64	2.3	65	80	9	149	34	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091536--2091597	27	2.3	27	97	0	115	37	9	24	29	1.87
2092949--2092981	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2093098--2093179	24	3.5	23	75	18	62	37	1	3	57	1.24
2093123--2093166	20	2.4	19	88	11	65	43	0	4	52	1.22
2099389--2099437	22	2.2	22	100	0	98	32	12	16	38	1.86
2100119--2100162	20	2.2	20	95	0	79	29	15	22	31	1.95
2100359--2100513	45	3.4	45	69	17	131	39	13	24	22	1.90
2100308--2100511	90	2.3	90	92	0	336	40	13	23	22	1.89
2100916--2100975	16	3.8	16	71	8	59	45	0	1	53	1.10
2102262--2102305	20	2.4	19	88	11	65	43	0	4	52	1.22
2103742--2103962	121	1.8	121	89	3	347	30	17	6	45	1.74
2104866--2104937	22	3.2	22	77	14	92	34	41	20	2	1.67
2104850--2104980	24	5.3	24	75	11	106	36	43	17	2	1.62
2104888--2104976	12	7.4	12	71	0	52	33	44	19	2	1.63
2104863--2104990	48	2.7	46	88	4	184	34	42	19	3	1.67
2104873--2104962	22	4.0	22	75	16	85	33	44	20	2	1.63
2104926--2104975	22	2.3	22	85	0	64	38	44	16	2	1.59
2104936--2105033	6	15.0	6	70	16	61	31	44	19	4	1.69
2104936--2105033	14	7.5	12	75	17	61	31	44	19	4	1.69
2104945--2105028	20	4.1	20	82	3	96	32	44	19	4	1.71
2105237--2105628	186	2.1	186	93	1	671	42	3	8	44	1.53
2108497--2108539	22	2.0	22	95	0	77	39	0	2	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110432--2110469	3	13.0	3	88	5	60	63	0	0	36	0.95
2111460--2111499	19	2.1	19	85	0	53	32	2	5	60	1.32
2111621--2111881	136	1.9	136	90	1	416	46	8	8	36	1.65
2111998--2112442	181	2.5	178	77	9	447	38	10	9	41	1.73
2114700--2114860	60	2.7	60	93	0	261	32	6	24	36	1.81
2115538--2115579	8	4.8	9	83	13	52	69	0	9	21	1.17
2115537--2115579	18	2.5	17	88	3	59	69	0	9	20	1.15
2115749--2115816	2	35.0	2	88	11	106	48	1	0	50	1.10
2117153--2117356	106	1.9	106	90	2	329	21	19	24	34	1.96
2117726--2117853	65	1.9	67	85	4	179	38	10	21	28	1.88
2117810--2117918	31	3.4	32	87	6	150	32	11	19	37	1.87
2117960--2118072	36	3.1	35	77	7	120	39	12	18	29	1.87
2118136--2118210	35	2.1	35	83	11	91	44	13	20	22	1.86
2118099--2118376	100	2.8	99	91	3	441	36	11	19	31	1.88
2118226--2118464	37	7.0	37	67	22	155	36	12	20	30	1.90
2118263--2118442	66	2.8	65	90	5	276	35	12	21	31	1.90
2118171--2118543	166	2.2	165	90	4	581	36	12	19	31	1.89
2118326--2118563	101	2.3	103	87	5	333	36	13	20	29	1.91
2123884--2123922	19	2.1	19	86	13	55	74	0	7	17	1.05
2123919--2123951	12	2.6	13	90	4	50	72	6	3	18	1.18
2125661--2126032	181	2.0	184	97	2	723	23	20	18	37	1.94
2134426--2134455	14	2.1	14	100	0	60	53	6	30	10	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137414--2137454	15	2.7	15	92	3	64	43	17	4	34	1.70
2141124--2141159	14	2.6	14	100	0	72	0	52	22	25	1.47
2143798--2143874	29	2.6	30	79	6	86	42	3	6	46	1.48
2164030--2164085	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
2164037--2164106	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
2164833--2164904	10	7.4	10	68	22	55	9	11	20	58	1.60
2164836--2164900	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
2165223--2165265	22	1.9	23	90	4	70	46	0	6	46	1.30
2165234--2165280	22	2.1	22	84	7	60	55	0	2	42	1.12
2173691--2173736	15	3.1	15	93	0	74	8	65	17	8	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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