genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

This is table  5  of  33  ( 3922 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823507--823539	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
823837--823865	14	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
823859--823888	15	1.9	16	93	6	53	86	13	0	0	0.57
828902--828981	22	3.6	22	74	0	70	33	12	13	40	1.83
829643--830361	77	9.4	76	93	1	1132	23	19	20	36	1.95
829643--830361	153	4.7	152	94	1	1159	23	19	20	36	1.95
830488--830555	3	22.0	3	79	5	73	39	0	1	58	1.07
830482--830562	18	4.5	18	77	13	78	41	0	1	56	1.07
833404--833461	23	2.5	23	88	0	89	25	27	29	17	1.97
833477--833792	103	3.1	103	96	0	569	36	22	14	26	1.93
835478--835521	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
840765--840851	46	1.9	45	90	2	138	32	22	6	37	1.81
843206--843334	43	3.0	43	97	0	249	34	20	14	30	1.93
847273--847358	28	3.1	26	75	20	75	46	1	1	51	1.16
847333--847368	14	2.6	15	83	16	51	50	0	0	50	1.00
847537--847656	42	2.9	42	94	0	204	46	19	17	16	1.84
852640--852709	16	4.3	16	75	10	70	41	0	4	54	1.20
852693--852840	52	3.0	51	67	20	132	40	3	9	46	1.53
852675--852876	97	2.1	99	91	1	327	41	3	7	47	1.50
853180--853222	15	2.9	15	80	13	52	51	2	6	39	1.42
854334--854372	16	2.5	16	87	4	53	58	2	0	38	1.12
854316--854372	16	3.4	15	72	23	51	56	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855393--855523	60	2.2	60	80	9	135	39	9	12	38	1.75
858799--858851	20	2.8	18	81	13	54	33	0	0	66	0.92
858803--858848	21	2.2	21	84	7	58	30	0	0	69	0.89
858801--858840	12	3.0	13	85	14	55	32	0	0	67	0.91
858814--858851	12	3.5	11	83	16	53	31	0	0	68	0.90
858801--858869	27	2.6	27	76	15	63	34	0	2	62	1.10
858843--858908	15	4.3	15	77	9	71	40	0	4	54	1.21
858874--859061	90	2.1	91	88	7	285	43	4	6	45	1.49
859364--859406	15	2.9	15	80	13	52	51	2	6	39	1.42
862991--863051	29	2.2	29	83	11	76	49	0	1	49	1.10
863056--863270	114	1.9	113	83	9	285	47	8	9	34	1.66
863320--863388	7	9.4	7	73	17	52	66	1	2	28	1.14
864696--864760	3	23.0	3	76	17	68	60	0	0	40	0.97
864696--864741	5	9.0	5	88	11	67	60	0	0	39	0.97
864684--864760	18	4.6	17	84	11	88	58	0	0	41	0.98
864912--865689	149	5.2	152	94	3	1335	34	22	19	23	1.96
864912--865689	225	3.5	228	94	2	1335	34	22	19	23	1.96
864912--865689	76	10.4	76	94	2	1335	34	22	19	23	1.96
866365--866441	22	3.5	22	90	0	127	41	14	11	32	1.82
868757--868969	110	1.9	110	94	0	372	29	21	16	33	1.95
870613--870674	32	1.9	32	96	0	115	19	19	17	43	1.88
871212--871260	18	2.6	19	83	3	64	6	20	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874828--875707	443	2.0	443	98	0	1715	26	20	18	34	1.96
876801--876856	23	2.3	26	87	9	82	73	0	1	25	0.93
876804--876858	11	4.2	13	76	19	53	74	0	1	23	0.91
877330--877390	29	2.2	29	83	11	76	49	0	1	49	1.10
877446--877487	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
877667--877719	14	3.6	14	72	22	54	67	1	3	26	1.17
877752--877812	29	2.2	27	83	16	72	59	3	6	31	1.39
879035--879107	3	25.0	3	83	10	98	61	0	0	38	0.96
879023--879107	12	6.3	14	80	14	90	60	0	0	40	0.97
879968--880162	97	2.0	98	88	1	293	39	3	8	49	1.48
883998--884134	3	42.7	3	73	12	94	56	3	1	37	1.26
883998--884134	13	10.4	13	75	12	102	56	3	1	37	1.26
883998--884108	16	6.9	16	82	4	125	58	4	1	35	1.29
883991--884121	29	4.5	28	72	11	95	56	3	1	38	1.27
886224--886332	57	1.9	56	96	1	200	25	7	0	66	1.17
886777--886824	9	5.6	9	77	22	50	16	0	4	79	0.89
886766--886861	5	19.6	5	77	12	51	12	4	6	77	1.11
886767--886857	34	2.5	35	82	10	112	10	4	6	78	1.09
890717--890980	96	2.7	96	83	7	329	33	17	16	32	1.92
892074--892216	72	1.9	76	86	8	206	30	18	10	40	1.84
892229--892372	39	3.8	37	85	5	171	26	21	14	37	1.92
892222--892372	76	2.0	78	85	2	207	26	20	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892402--892474	37	2.0	37	89	5	112	26	19	15	39	1.90
892302--893308	102	10.0	101	91	1	1635	29	19	13	37	1.90
892490--892576	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
892596--892777	37	5.3	34	69	19	101	27	19	14	38	1.91
892691--892776	37	2.4	36	86	5	120	23	18	15	43	1.88
892302--893308	201	5.0	202	94	1	1671	29	19	13	37	1.90
892302--893308	303	3.3	304	91	1	1646	29	19	13	37	1.90
893259--893340	29	2.7	31	78	10	89	36	17	12	34	1.87
893347--893502	66	2.3	66	86	1	222	26	23	14	35	1.93
893452--893503	16	2.9	16	72	22	50	30	25	9	34	1.88
893545--893617	31	2.4	31	80	8	80	36	17	9	35	1.83
893624--893779	66	2.3	66	86	1	222	26	23	14	35	1.93
893268--893823	277	2.0	277	100	0	1112	30	20	13	35	1.91
893729--893780	16	2.9	16	72	22	50	30	25	9	34	1.88
896114--896151	19	2.1	19	85	14	53	15	10	0	73	1.09
898260--898308	25	2.0	25	92	8	82	53	4	10	32	1.54
898311--898378	25	2.8	23	84	10	75	61	1	1	35	1.14
901838--901906	29	2.3	29	95	2	120	18	31	7	42	1.78
905878--905914	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
905944--906095	82	1.8	83	84	6	211	30	16	18	34	1.93
906076--906121	13	3.5	13	87	0	74	30	19	21	28	1.98
906070--906121	26	2.0	26	88	0	77	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905951--906120	82	2.1	83	80	5	184	30	17	18	34	1.94
907064--907095	16	2.0	16	93	0	55	37	0	3	59	1.13
908650--908678	11	2.7	11	94	5	51	75	17	6	0	1.01
908767--908841	25	3.0	25	98	0	141	24	26	28	21	1.99
909370--909536	85	2.0	85	100	0	334	40	13	10	35	1.79
909535--909598	17	3.5	19	76	18	73	51	28	14	6	1.66
910391--910457	28	2.4	28	90	5	100	44	20	0	34	1.52
911262--911417	78	2.0	78	98	0	303	47	12	8	31	1.72
911658--911724	28	2.4	28	92	5	109	44	7	8	38	1.64
912648--912672	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
914485--914512	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
915415--915513	21	4.6	22	83	10	100	20	21	20	38	1.94
915430--915513	21	3.8	21	86	9	114	20	21	19	39	1.93
915430--915513	44	1.9	44	95	0	150	20	21	19	39	1.93
915610--915642	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
916135--916161	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
916258--916327	21	3.4	21	70	18	67	37	21	20	21	1.95
916279--916346	21	3.3	21	75	8	86	33	25	19	22	1.97
916254--916346	40	2.3	42	96	3	172	35	22	19	22	1.96
917121--917267	71	2.1	71	96	0	267	19	26	12	41	1.87
919691--919743	17	2.9	17	76	13	52	66	1	0	32	1.03
927307--927355	19	2.6	19	90	0	80	34	2	24	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927376--927412	19	1.9	19	100	0	74	37	5	29	27	1.79
927835--928021	40	4.6	40	84	2	221	34	22	21	21	1.97
927870--928204	61	5.6	61	76	12	282	33	22	21	22	1.97
927974--928269	40	7.6	40	73	13	206	34	22	20	22	1.97
927835--928175	143	2.5	141	85	6	457	34	22	21	22	1.97
928053--928204	53	2.7	58	84	10	206	33	21	21	23	1.97
927840--928269	21	21.9	19	73	11	221	34	21	21	22	1.97
928172--928239	35	1.9	35	84	0	91	36	14	22	26	1.93
928584--928633	22	2.2	21	82	13	55	56	2	4	38	1.30
928688--929170	117	4.2	117	72	10	413	37	13	16	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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