genome.fa.s8245.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008245.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6601124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  14  of  33  ( 3922 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2669786--2669851	29	2.3	29	85	12	84	33	1	6	59	1.31
2674727--2675017	138	2.1	140	82	8	342	36	18	22	22	1.95
2675678--2675839	25	6.4	25	85	5	202	38	19	16	25	1.92
2675697--2675840	76	1.9	75	91	1	234	38	20	15	26	1.92
2681169--2681328	25	6.4	25	87	2	214	36	20	16	26	1.93
2681169--2681328	75	2.1	76	89	3	243	36	20	16	26	1.93
2682328--2682370	19	2.3	19	91	0	68	48	4	2	44	1.36
2683284--2683322	2	19.5	2	94	0	69	0	51	0	48	1.00
2683279--2683321	10	4.2	10	93	3	59	0	53	0	46	1.00
2690961--2691015	27	2.1	27	82	3	67	40	14	14	30	1.86
2693492--2693744	140	1.8	139	79	10	300	45	8	20	25	1.78
2693623--2693832	87	2.5	86	82	8	243	46	7	19	26	1.75
2693624--2693919	42	6.9	43	71	15	168	48	7	17	27	1.73
2696141--2696180	20	2.0	20	100	0	80	35	10	10	45	1.71
2699357--2699429	30	2.5	30	86	2	103	15	35	13	35	1.87
2702719--2702793	35	2.1	35	90	0	114	46	16	0	37	1.47
2704272--2704396	31	4.0	31	86	2	162	38	20	17	23	1.93
2706712--2706756	15	3.0	15	83	0	63	24	4	22	48	1.68
2711528--2711592	18	3.6	18	85	0	76	29	23	16	30	1.96
2714068--2714132	31	2.1	31	91	2	105	43	16	3	36	1.64
2721193--2721315	60	2.0	60	98	0	237	40	25	4	30	1.74
2723871--2723947	37	2.1	37	90	0	118	51	12	11	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725196--2725348	75	2.0	75	100	0	306	35	3	15	44	1.65
2725948--2725985	16	2.2	18	86	9	53	47	2	2	47	1.30
2726665--2726708	22	2.0	22	100	0	88	40	22	13	22	1.89
2727358--2727402	22	2.0	22	91	0	72	57	24	11	6	1.57
2731306--2731494	76	2.4	77	81	6	204	28	15	18	37	1.91
2731357--2731505	76	1.9	77	86	1	210	30	17	18	33	1.94
2731593--2731739	79	1.9	79	89	0	231	29	19	17	34	1.94
2732063--2732106	17	2.6	17	88	0	61	13	18	11	56	1.66
2733228--2733329	24	4.3	24	81	7	120	33	23	19	23	1.97
2733930--2733976	18	2.6	18	93	0	76	27	27	14	29	1.96
2739844--2739992	24	6.3	24	87	4	171	30	22	23	23	1.99
2740542--2740597	22	2.7	20	76	10	58	23	32	12	32	1.92
2744744--2744768	13	1.9	13	100	0	50	48	16	20	16	1.82
2745171--2745431	132	2.0	132	93	0	441	51	9	14	25	1.71
2750028--2750067	20	2.0	20	90	9	64	42	5	12	40	1.64
2751386--2751591	74	2.8	76	85	4	267	20	22	32	25	1.98
2752170--2752210	16	2.7	15	88	7	64	56	29	0	14	1.39
2759846--2760043	74	2.6	76	84	4	258	20	22	32	24	1.98
2762130--2762169	14	2.8	14	92	3	62	75	0	10	15	1.05
2769550--2769608	23	2.5	24	83	5	75	10	8	38	42	1.69
2769883--2769934	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2769923--2770034	20	5.7	20	84	5	120	31	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769921--2770034	60	1.9	59	85	1	156	32	24	18	24	1.97
2770534--2770599	19	3.4	19	85	2	87	46	25	16	10	1.79
2770595--2770759	19	9.1	19	72	18	120	12	23	20	44	1.84
2770638--2770734	33	3.0	33	87	7	144	11	23	23	41	1.87
2770702--2770759	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
2772386--2772556	90	1.9	87	88	8	256	21	13	18	46	1.83
2772808--2772928	41	3.0	40	72	5	129	21	38	17	22	1.93
2772909--2772974	21	3.2	20	68	10	51	25	34	21	18	1.96
2772774--2772974	81	2.5	81	87	4	244	22	36	17	22	1.95
2774292--2774323	14	2.3	14	94	0	55	31	0	25	43	1.55
2774463--2774591	32	4.0	33	81	10	169	17	23	19	40	1.91
2774463--2774591	65	2.0	66	91	5	212	17	23	19	40	1.91
2776856--2776880	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2777055--2777108	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2777876--2777927	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2777954--2778003	20	2.5	20	76	0	64	36	20	18	26	1.95
2778213--2778300	20	4.4	20	80	5	115	38	23	21	15	1.92
2778331--2778384	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
2778511--2778547	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2780362--2780417	19	2.9	19	78	2	67	37	23	23	16	1.93
2780417--2780539	14	7.9	14	72	21	93	47	21	17	12	1.80
2780401--2780544	32	4.4	33	97	0	256	47	21	18	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780401--2780555	65	2.4	64	90	3	231	47	22	18	12	1.81
2780573--2780630	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
2780556--2780643	32	2.7	33	91	3	142	13	18	20	47	1.82
2780631--2780674	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
2782465--2782505	20	2.0	20	90	0	64	51	21	14	12	1.75
2782473--2782520	20	2.4	20	92	0	78	39	27	14	18	1.90
2782980--2783055	39	1.9	40	86	7	111	22	15	21	40	1.90
2782974--2783046	20	3.7	20	67	12	60	21	16	21	39	1.92
2783129--2783169	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
2784131--2784281	59	2.5	60	91	1	241	44	2	7	45	1.47
2795558--2795681	62	2.0	60	89	3	185	39	4	12	42	1.65
2798167--2798210	14	3.1	14	81	12	54	22	9	25	43	1.82
2812345--2812380	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
2812533--2812609	37	2.1	37	100	0	154	27	15	16	40	1.89
2812953--2813038	2	45.0	2	90	9	144	50	0	0	50	1.00
2813842--2813870	7	4.1	7	100	0	58	0	13	0	86	0.58
2815147--2815176	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2819350--2819817	20	23.2	20	83	11	534	42	22	19	15	1.89
2819910--2819975	6	11.0	6	100	0	132	33	50	16	0	1.46
2820473--2820571	6	16.5	6	100	0	198	0	16	50	33	1.45
2820666--2820876	40	5.2	40	91	3	325	16	19	24	39	1.92
2820666--2820953	20	14.2	20	77	14	272	15	19	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821149--2821263	60	1.9	60	80	7	135	30	10	17	41	1.83
2831466--2831504	19	2.0	21	85	14	57	33	0	2	64	1.08
2834968--2835276	46	6.7	46	88	0	429	21	22	12	43	1.86
2835079--2835243	20	7.3	20	65	24	62	20	24	12	43	1.86
2835007--2835269	26	11.3	25	65	22	108	21	22	12	43	1.86
2840680--2840744	24	2.8	23	79	4	76	32	23	26	18	1.97
2840857--2840900	23	1.9	23	90	0	70	29	27	27	15	1.96
2852880--2852940	23	2.7	23	73	0	68	19	24	24	31	1.98
2854047--2854106	26	2.3	27	75	8	63	43	10	1	45	1.47
2855558--2855589	16	1.9	17	93	6	57	50	0	50	0	1.00
2857467--2857682	46	4.7	46	88	2	317	22	21	12	43	1.86
2857572--2857688	20	5.2	20	63	22	54	20	25	12	41	1.88
2858613--2858642	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
2861233--2861306	32	2.3	32	100	0	148	45	2	12	39	1.56
2861475--2861532	18	3.2	18	79	11	57	51	0	0	48	1.00
2861495--2861532	18	2.0	18	90	10	58	52	0	0	47	1.00
2861480--2861508	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2862268--2862296	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2865481--2865613	60	2.2	60	82	4	153	38	14	3	44	1.60
2866664--2866728	29	2.2	29	78	5	69	26	16	16	40	1.90
2871486--2871901	163	2.5	163	94	1	717	21	9	32	35	1.86
2876635--2876755	59	2.0	59	84	4	154	38	14	12	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877847--2877928	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
2877847--2877928	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
2877842--2877928	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
2877911--2877980	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
2878138--2878240	29	3.5	29	78	20	92	53	1	0	43	1.18
2878253--2878300	14	3.3	14	76	5	51	56	0	0	43	0.99
2878226--2878300	29	2.4	31	85	12	93	50	0	1	48	1.09
2878226--2878300	30	2.5	28	82	12	78	50	0	1	48	1.09
2878500--2878614	42	2.7	42	97	0	212	44	19	19	17	1.87
2882207--2882251	18	2.5	18	92	0	72	40	6	20	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33