genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166609--2166659	21	2.4	21	86	0	75	23	7	23	45	1.79
2166836--2166924	45	2.0	45	89	4	137	34	16	14	33	1.90
2167681--2167934	129	2.0	128	98	0	490	32	11	30	25	1.92
2170131--2170184	28	2.0	28	82	10	67	25	18	11	44	1.83
2170900--2170944	22	2.0	22	86	0	63	31	22	20	26	1.98
2171147--2171199	6	8.3	7	81	10	53	43	11	0	45	1.40
2171176--2171200	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2170630--2172987	775	3.0	775	92	2	3763	33	18	10	37	1.86
2175546--2175596	23	2.1	24	85	10	68	31	17	0	50	1.46
2182005--2182074	28	2.6	26	68	14	61	70	5	4	20	1.26
2186974--2187133	67	2.4	67	96	1	295	27	14	23	35	1.93
2190344--2190395	19	2.7	19	85	5	70	32	15	28	23	1.95
2192937--2193067	68	2.0	66	95	4	237	30	26	22	20	1.98
2196068--2196124	20	2.8	20	97	0	105	10	15	35	38	1.82
2198198--2198621	210	2.0	211	92	7	709	23	17	27	30	1.97
2205083--2205476	54	7.3	54	87	0	522	26	19	20	34	1.96
2205083--2205476	107	3.7	108	84	3	526	26	19	20	34	1.96
2215653--2215706	27	2.0	26	82	3	63	59	5	5	29	1.43
2220393--2220425	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2224878--2224927	23	2.2	23	82	7	57	46	0	0	54	1.00
2224911--2224967	24	2.5	21	81	13	60	47	0	1	50	1.11
2230375--2230407	13	2.5	14	85	14	52	48	3	9	39	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232698--2232763	23	3.0	23	76	12	75	28	19	24	27	1.99
2239699--2239737	18	2.3	18	86	8	55	5	15	0	79	0.90
2239689--2239745	28	2.1	27	83	3	69	3	17	1	77	1.00
2239699--2239778	11	7.0	10	71	23	52	6	12	3	77	1.09
2242614--2242700	46	1.9	46	90	2	140	29	18	6	44	1.75
2248449--2248482	16	2.1	16	88	0	50	47	29	14	8	1.75
2250485--2250586	47	2.1	50	89	7	156	27	11	23	37	1.90
2252172--2252201	12	2.5	12	100	0	60	43	10	16	30	1.81
2254198--2254315	27	4.3	27	87	6	173	9	27	13	49	1.73
2254198--2254315	57	2.1	56	89	4	177	9	27	13	49	1.73
2255470--2255529	16	3.9	16	71	18	56	48	5	1	45	1.34
2257146--2257213	3	22.0	3	82	5	82	60	1	0	38	1.06
2257138--2257213	12	6.1	12	78	16	75	59	1	0	39	1.06
2257346--2257615	76	3.6	76	92	2	436	33	21	21	22	1.97
2257560--2257662	47	2.2	47	96	0	188	31	19	23	26	1.98
2257481--2257738	123	2.1	123	97	0	480	32	22	21	23	1.98
2257407--2257814	199	2.1	197	95	0	726	33	22	21	23	1.97
2257604--2257952	76	4.6	76	96	1	630	35	22	20	21	1.96
2258794--2258870	22	3.5	22	92	0	136	38	14	11	35	1.82
2261237--2261459	114	2.0	114	88	0	329	30	20	13	34	1.92
2263275--2263313	20	2.0	20	85	10	53	0	5	7	87	0.68
2270022--2270097	12	5.8	13	77	14	77	57	1	0	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270030--2270097	3	22.0	3	79	5	73	58	1	0	39	1.07
2270022--2270095	15	5.6	14	73	17	61	56	1	0	41	1.07
2270068--2270103	18	2.0	18	94	0	63	58	0	0	41	0.98
2272808--2272851	17	2.5	17	81	3	52	47	11	0	40	1.39
2283171--2283200	15	1.9	16	93	6	53	40	10	3	46	1.54
2283186--2283262	29	2.6	28	80	11	84	35	20	2	41	1.66
2285990--2286075	15	5.3	15	74	24	77	20	20	36	22	1.96
2285981--2286094	33	3.4	33	95	3	194	21	20	36	21	1.95
2286118--2286159	21	2.0	21	90	9	68	16	26	33	23	1.96
2286233--2286291	31	1.9	31	100	0	118	44	18	5	32	1.72
2286403--2286459	19	3.0	18	85	12	78	49	8	12	29	1.70
2289293--2289333	20	2.0	20	95	0	73	14	12	36	36	1.84
2289599--2289656	30	1.9	30	89	0	89	46	13	5	34	1.66
2294864--2294955	34	2.7	34	94	0	157	26	14	23	35	1.93
2295008--2295074	18	3.6	18	74	7	71	41	7	19	31	1.79
2303548--2303593	20	2.3	20	88	3	67	39	26	0	34	1.57
2305452--2305755	80	3.8	81	86	4	395	35	11	23	29	1.90
2305452--2305756	161	1.9	160	83	6	402	35	11	23	29	1.90
2306216--2306271	10	5.5	10	80	2	58	8	10	19	60	1.55
2306231--2306268	20	1.9	20	100	0	76	5	7	21	65	1.38
2306485--2306636	64	2.4	63	88	6	227	32	17	20	30	1.95
2308898--2308933	18	2.0	18	88	0	54	27	2	16	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309232--2309323	45	2.1	44	82	13	109	26	19	23	30	1.98
2317573--2317603	13	2.4	13	100	0	62	22	22	6	48	1.73
2318971--2319010	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
2320882--2320925	18	2.4	19	85	11	56	34	18	22	25	1.96
2320896--2321051	64	2.5	63	89	6	235	33	16	21	28	1.95
2328069--2328105	18	2.1	18	94	0	65	32	13	8	45	1.73
2328392--2328439	17	3.0	15	77	14	51	56	27	4	12	1.54
2334198--2334240	20	2.2	20	83	8	52	37	4	2	55	1.33
2341855--2342298	54	8.1	54	89	1	600	33	12	15	38	1.85
2341868--2342382	54	9.5	54	87	1	591	33	13	15	36	1.87
2341869--2342382	218	2.4	217	84	2	586	34	13	15	36	1.87
2341868--2342406	272	2.0	270	82	1	648	33	13	16	36	1.88
2346513--2346562	25	2.0	25	100	0	100	20	8	28	44	1.79
2358811--2358902	34	2.7	34	86	0	121	22	15	22	39	1.92
2358955--2359021	18	3.6	18	76	7	71	41	5	20	31	1.77
2367464--2367509	20	2.3	20	88	3	67	39	26	0	34	1.57
2369400--2369646	81	3.1	81	84	2	329	34	11	23	29	1.90
2370356--2370511	64	2.5	63	85	6	199	32	16	19	32	1.93
2370516--2370553	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
2371465--2371519	27	2.0	27	82	6	67	36	12	43	7	1.71
2373067--2373165	21	4.5	21	72	20	69	28	21	22	28	1.99
2373067--2373165	45	2.2	44	82	12	123	28	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376950--2376989	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
2378868--2379023	64	2.5	63	88	6	226	32	16	22	28	1.96
2378977--2379044	18	3.8	18	72	16	70	27	16	26	29	1.97
2379028--2379065	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
2388077--2388148	30	2.4	30	97	0	135	34	11	8	45	1.70
2388168--2388209	20	2.0	21	90	9	68	30	16	0	52	1.44
2390492--2390881	54	7.2	54	87	0	537	32	11	17	39	1.85
2390495--2390965	54	8.7	54	85	0	510	32	12	16	38	1.87
2390834--2390994	54	3.0	54	79	5	155	30	19	18	32	1.95
2390551--2390989	217	2.0	216	79	3	463	32	13	17	36	1.89
2395230--2395279	25	2.0	25	96	0	91	20	8	26	46	1.78
2402606--2402716	57	1.9	57	94	0	195	27	8	27	36	1.85
2402616--2402704	28	3.1	28	69	15	83	28	5	28	38	1.79
2407687--2407723	16	2.3	16	95	0	65	40	5	13	40	1.67
2413153--2413187	15	2.2	16	90	5	54	57	14	0	28	1.38
2413051--2413898	419	2.0	418	85	4	1156	38	9	8	43	1.68
2416390--2416480	33	2.8	33	76	1	85	50	12	3	34	1.56
2416317--2416920	198	3.1	197	85	1	816	47	11	5	36	1.63
2416782--2416914	33	4.1	31	72	16	92	48	11	4	35	1.59
2416564--2416865	100	3.1	99	66	13	242	48	10	4	36	1.59
2416779--2416875	32	3.0	33	78	4	99	50	8	5	36	1.55
2421558--2421587	6	5.0	6	100	0	60	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2425179--2425245	33	2.0	33	91	5	109	20	5	2	70	1.22
2425206--2425269	25	2.5	26	82	5	87	21	6	3	68	1.26
2425206--2425265	26	2.4	25	88	2	84	21	6	3	68	1.28
2425267--2425302	14	2.6	14	91	8	56	25	11	2	61	1.43
2426354--2426394	17	2.6	16	88	7	57	12	17	7	63	1.50
2428999--2429060	12	5.3	11	83	11	70	79	0	17	3	0.87
2430470--2430599	42	3.1	42	65	12	106	35	17	22	24	1.95
2431050--2431251	54	3.7	54	88	2	300	35	14	24	25	1.93
2431619--2431677	20	2.8	21	84	7	75	40	10	10	38	1.73
2433073--2433106	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13