genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616123--2616183	3	20.0	3	93	3	104	31	0	1	67	1.01
2618326--2618360	18	1.9	18	88	0	52	40	11	2	45	1.55
2619856--2619886	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2627485--2627514	15	1.9	16	93	6	53	53	23	10	13	1.69
2631608--2631662	23	2.4	24	90	6	87	34	12	30	21	1.91
2632057--2632243	36	5.1	36	85	2	239	31	19	11	36	1.88
2632512--2632734	117	1.9	114	87	4	322	28	18	13	40	1.88
2632612--2632809	66	3.0	66	87	7	264	28	19	12	39	1.88
2632637--2632886	66	3.7	67	85	8	285	25	20	12	41	1.87
2632703--2632890	36	5.3	36	76	10	183	24	20	13	42	1.88
2632893--2633298	134	3.0	135	81	4	460	29	29	14	26	1.95
2642174--2642229	22	2.5	22	85	5	69	28	17	23	30	1.97
2645320--2645370	27	1.9	26	84	4	66	21	17	9	50	1.74
2647133--2647205	23	3.2	22	90	3	110	39	13	20	26	1.90
2647600--2647823	37	6.1	36	84	2	232	31	18	12	37	1.88
2647643--2647819	36	4.9	36	87	2	201	32	19	12	35	1.89
2647836--2648068	99	2.3	97	77	11	222	37	14	10	36	1.81
2648077--2648400	133	2.4	133	82	8	374	28	19	13	38	1.90
2648073--2648475	67	6.0	66	80	9	406	26	20	13	39	1.90
2648284--2648473	36	5.4	36	80	8	203	23	22	14	39	1.91
2648474--2648879	134	3.0	135	85	4	530	28	30	16	24	1.97
2651834--2651897	32	2.0	32	100	0	128	28	21	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654261--2654358	31	3.2	31	95	0	169	38	27	22	11	1.88
2671852--2671883	13	2.5	13	89	0	55	46	25	3	25	1.67
2671994--2672055	3	21.0	3	93	3	108	35	0	0	64	0.94
2678023--2678055	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2679160--2679227	34	2.0	34	88	0	100	35	22	10	32	1.88
2679517--2679600	33	2.5	34	82	3	109	34	16	13	35	1.88
2679707--2679835	68	2.0	66	83	7	165	32	18	11	37	1.87
2680142--2680285	78	1.8	78	83	5	193	22	31	18	27	1.97
2680135--2680334	40	4.9	40	73	14	119	24	32	19	24	1.98
2680474--2680514	3	14.0	3	89	5	66	36	0	0	63	0.95
2687036--2687128	47	2.0	47	93	0	159	32	18	17	32	1.94
2692834--2693207	102	3.7	100	80	10	370	40	9	17	32	1.82
2693162--2693284	38	3.3	37	82	3	147	43	3	14	38	1.62
2693361--2693677	116	2.7	116	84	2	379	26	22	15	35	1.94
2696308--2696361	24	2.3	23	87	3	72	24	24	18	33	1.97
2707634--2707684	15	3.5	15	81	5	59	41	7	17	33	1.79
2707834--2707892	24	2.5	24	88	2	84	25	20	23	30	1.98
2707823--2707900	23	3.3	23	80	7	86	21	23	24	30	1.99
2710277--2710320	13	3.4	13	83	0	52	31	20	15	31	1.94
2716814--2716874	28	2.2	28	96	0	113	31	22	6	39	1.80
2716899--2717005	39	2.7	39	82	0	124	18	26	25	29	1.98
2719967--2719999	17	2.0	17	88	5	50	24	18	6	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722423--2722499	23	3.3	23	87	0	109	27	11	23	37	1.89
2722420--2722520	46	2.2	47	81	3	123	25	15	22	35	1.94
2722672--2722726	23	2.4	23	90	6	85	45	3	9	41	1.53
2726216--2726249	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2729562--2729623	29	2.1	29	82	11	74	41	4	11	41	1.62
2730314--2730384	21	3.4	21	78	5	74	38	9	21	30	1.86
2736263--2737197	81	11.5	81	87	0	1278	30	21	11	36	1.89
2737548--2737746	94	2.1	95	79	6	224	26	21	12	39	1.89
2742065--2742989	81	11.5	81	87	2	1249	31	20	11	36	1.87
2742065--2742989	161	5.8	162	87	1	1276	31	20	11	36	1.87
2743409--2743604	94	2.1	93	81	6	218	26	20	13	40	1.89
2747702--2747786	36	2.4	36	85	0	107	43	16	14	25	1.85
2747717--2747799	36	2.3	36	89	0	121	42	14	15	27	1.86
2748010--2748107	36	2.7	36	82	0	124	24	13	18	43	1.85
2752961--2753056	36	2.7	36	88	0	138	28	12	17	41	1.86
2753672--2753766	36	2.6	36	91	0	145	26	12	17	43	1.85
2760086--2760124	14	2.8	14	96	0	69	28	7	15	48	1.72
2760330--2760419	23	3.9	23	91	0	135	25	24	22	27	2.00
2764993--2765220	44	5.4	44	81	12	280	42	11	21	25	1.86
2765062--2765125	33	1.9	34	93	3	112	42	9	20	28	1.83
2765018--2765169	78	2.0	77	90	1	241	40	11	21	26	1.87
2765096--2765245	44	3.4	44	92	0	237	39	12	24	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770660--2770745	44	2.0	44	88	0	127	43	10	20	25	1.84
2774894--2774945	23	2.3	23	90	6	79	19	13	28	38	1.89
2774910--2774958	23	2.1	23	84	0	62	30	20	20	28	1.98
2778425--2778472	24	2.0	24	87	0	69	35	25	12	27	1.92
2778463--2778504	20	2.1	20	86	0	57	45	19	16	19	1.86
2778757--2778787	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2778846--2778902	16	3.6	16	92	0	96	57	21	12	8	1.61
2786338--2786410	24	3.1	24	82	5	78	30	27	20	21	1.98
2786349--2786418	24	2.9	24	82	4	88	27	25	24	22	2.00
2787052--2787090	15	2.6	15	95	0	69	30	23	12	33	1.92
2788655--2788692	19	2.0	20	89	5	60	26	0	7	65	1.19
2788904--2788969	24	2.8	24	77	6	73	21	22	22	33	1.97
2790204--2790276	31	2.3	31	90	2	110	31	12	27	28	1.93
2794487--2794533	19	2.5	19	83	10	60	8	4	29	57	1.48
2795439--2795476	19	2.0	20	89	5	60	26	0	7	65	1.19
2803831--2803866	14	2.6	14	90	0	54	52	8	0	38	1.32
2806075--2806126	20	2.6	20	81	6	61	25	26	23	25	2.00
2806115--2806165	21	2.5	20	81	9	59	31	21	13	33	1.92
2806915--2806948	12	2.8	12	90	0	50	70	0	29	0	0.87
2809639--2809678	18	2.2	18	95	0	71	60	2	25	12	1.45
2810517--2810578	32	1.9	32	90	0	97	33	16	11	38	1.84
2815204--2815445	49	4.9	49	79	6	243	37	20	6	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815259--2815442	101	1.8	99	86	4	262	36	21	7	34	1.82
2818947--2819012	27	2.5	28	90	9	95	54	7	22	15	1.66
2819779--2820387	226	2.7	226	86	1	857	39	12	14	33	1.84
2820385--2820699	128	2.5	128	79	4	314	35	13	10	41	1.78
2820722--2821068	179	1.9	178	82	2	428	32	15	13	38	1.86
2820593--2821432	378	2.2	381	81	5	959	34	13	12	38	1.83
2823265--2823546	138	2.1	137	82	3	343	28	13	16	41	1.87
2823620--2823645	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2825246--2825817	54	10.6	54	87	0	727	31	16	18	33	1.93
2826117--2826252	67	2.0	68	85	4	186	31	13	25	29	1.93
2826286--2826544	46	5.7	46	92	1	396	47	9	21	21	1.78
2826286--2826544	91	2.8	91	89	2	394	47	9	21	21	1.78
2826289--2826548	137	1.9	136	91	0	421	48	9	20	21	1.77
2826289--2826602	137	2.3	136	85	4	407	47	9	21	21	1.79
2826291--2826602	91	3.4	92	82	7	348	47	9	21	21	1.79
2826523--2826620	45	2.2	45	80	7	110	42	11	23	22	1.85
2828351--2828377	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2830702--2831181	54	8.9	54	90	0	737	32	16	17	33	1.92
2831525--2831651	68	1.9	68	84	0	173	31	15	22	30	1.95
2831688--2831950	46	5.8	46	88	1	379	49	7	19	23	1.73
2836866--2837150	138	2.1	137	81	4	324	28	12	16	42	1.85
2840225--2840278	24	2.2	24	93	0	90	27	37	7	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848020--2848161	70	2.0	72	85	8	193	30	7	38	23	1.82
2849711--2850091	197	1.9	194	84	3	496	32	16	12	39	1.85
2850314--2850893	199	2.9	199	85	2	736	32	13	14	38	1.85
2852900--2852929	15	2.0	15	93	0	51	50	13	6	30	1.67
2856813--2857287	197	2.4	197	80	6	509	31	15	13	40	1.85
2861983--2862035	22	2.3	23	80	12	63	35	15	16	32	1.90
2861992--2862037	22	2.1	22	91	0	74	36	17	15	30	1.91
2868391--2868433	19	2.2	20	87	4	61	23	9	9	58	1.58
2871989--2872029	4	10.2	4	94	0	73	26	0	21	51	1.48
2886729--2887478	165	4.5	164	78	4	738	32	19	20	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13