genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899475--1899511	19	2.0	19	89	5	58	56	2	0	40	1.13
1899860--1899885	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
1901942--1901984	21	2.0	21	86	0	59	34	2	2	60	1.22
1902901--1902934	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
1902947--1903301	37	9.8	36	75	15	270	42	3	5	48	1.42
1903095--1903311	103	2.1	102	84	7	271	42	2	7	47	1.46
1903335--1903389	10	4.9	11	81	16	60	20	1	0	78	0.85
1903330--1903389	29	2.1	29	84	6	77	20	1	1	76	0.96
1903329--1903389	16	3.6	16	81	14	77	19	1	1	77	0.95
1903324--1903382	6	9.8	6	77	14	59	18	1	3	76	1.02
1904673--1904703	16	1.9	16	100	0	62	12	0	3	83	0.75
1904671--1904715	22	2.0	22	83	8	56	15	4	2	77	1.02
1904732--1904782	15	3.4	15	72	17	52	27	3	0	68	1.07
1904741--1904798	15	3.9	14	77	11	53	31	3	0	65	1.09
1905842--1905872	16	1.9	16	93	0	53	12	9	0	77	0.99
1910248--1910406	37	4.4	36	84	3	203	25	18	13	41	1.88
1910248--1910406	73	2.2	73	89	1	239	25	18	13	41	1.88
1910459--1910546	36	2.6	33	89	8	140	40	19	10	29	1.84
1910459--1910546	35	2.5	36	92	5	146	40	19	10	29	1.84
1911197--1911489	77	3.9	74	81	8	322	42	4	6	46	1.49
1911205--1911514	118	2.7	116	78	13	300	42	3	7	46	1.48
1911205--1911502	37	7.8	38	79	10	243	41	3	7	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1911523--1911562	10	4.0	10	81	12	55	20	2	0	77	0.88
1912621--1912677	22	2.7	22	69	15	57	21	15	3	59	1.51
1912790--1912846	29	1.9	30	82	10	73	26	3	1	68	1.15
1917132--1917156	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1923118--1923170	21	2.5	21	96	0	97	30	18	18	32	1.96
1932373--1932419	3	15.0	3	82	8	58	31	2	0	65	1.04
1932372--1932419	13	3.8	13	81	13	64	31	2	0	66	1.03
1932373--1932425	19	2.7	19	88	2	70	32	3	0	64	1.12
1939630--1939744	36	3.2	37	82	8	155	32	17	13	36	1.89
1939899--1940061	67	2.5	66	82	4	184	27	18	12	41	1.87
1939967--1940117	63	2.3	65	81	8	184	24	18	15	41	1.89
1940143--1940561	132	3.2	132	83	5	506	26	32	16	25	1.96
1940307--1940514	43	4.7	42	66	20	113	27	32	15	24	1.95
1940758--1940802	3	15.0	3	81	9	56	33	0	0	66	0.92
1944028--1944104	29	2.7	29	84	9	88	29	3	7	58	1.44
1947979--1948011	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
1948374--1948513	68	2.1	66	89	7	212	35	16	15	33	1.90
1951602--1951706	42	2.3	44	84	12	124	33	1	13	51	1.52
1958177--1958202	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1978131--1978247	60	2.0	60	89	3	182	36	19	15	28	1.92
1979276--1979326	21	2.3	22	81	15	61	50	3	15	29	1.62
1979689--1979803	43	2.8	41	81	2	131	37	17	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1989506--1989662	56	2.8	56	82	7	169	35	11	18	35	1.87
1989532--1989670	56	2.5	54	84	9	174	32	10	20	36	1.87
1989888--1990166	68	4.1	68	86	3	393	31	15	23	30	1.95
1989902--1990205	136	2.2	136	85	3	407	32	14	23	29	1.94
1990206--1990523	81	4.0	81	87	5	459	36	12	22	28	1.91
1990206--1990523	157	2.0	158	87	4	451	36	12	22	28	1.91
1990496--1990551	28	2.0	28	89	0	85	46	5	19	28	1.72
1990687--1990723	2	18.5	2	88	0	56	45	0	2	51	1.15
1992584--1992642	20	2.8	21	76	7	66	38	11	18	30	1.87
1992979--1993126	56	2.7	54	87	5	208	33	10	21	35	1.87
1993338--1993554	68	3.2	68	88	1	321	29	16	24	29	1.96
1993338--1993592	135	1.9	136	85	4	354	31	15	24	28	1.95
1993542--1993777	81	2.9	81	87	1	339	38	11	22	27	1.88
2000135--2000500	41	8.9	41	79	1	345	34	18	19	28	1.95
2003636--2003738	23	4.5	23	79	6	102	18	21	24	35	1.95
2003728--2003784	24	2.4	23	82	2	69	19	12	28	40	1.87
2010651--2010737	23	3.7	23	84	1	93	18	24	21	35	1.95
2010721--2010776	24	2.4	23	90	3	85	19	14	26	39	1.90
2011424--2011477	16	3.4	16	92	2	92	50	5	16	27	1.68
2011755--2011801	18	2.5	20	83	16	66	51	2	4	42	1.33
2020097--2020148	2	27.0	2	92	7	90	50	0	0	50	1.00
2021954--2022039	41	2.1	41	84	2	109	29	18	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021832--2022267	238	1.8	237	88	2	669	31	14	17	35	1.91
2022176--2022268	42	2.2	41	82	1	105	25	18	20	35	1.95
2022293--2022781	264	1.9	263	86	2	712	32	14	18	33	1.92
2022677--2022773	42	2.3	41	80	1	113	21	21	24	31	1.98
2022856--2022899	8	5.5	8	83	5	54	81	0	15	2	0.78
2022857--2022904	12	4.1	12	79	12	55	79	0	16	4	0.89
2023180--2023447	45	5.9	46	78	4	258	22	14	20	42	1.89
2023225--2023449	92	2.5	90	83	2	297	21	15	20	42	1.89
2023183--2023449	137	2.0	135	81	3	311	22	14	20	41	1.89
2023407--2023519	50	2.2	51	82	4	140	22	21	19	37	1.95
2024136--2024727	134	4.5	134	80	5	609	30	19	18	31	1.96
2024136--2024740	263	2.3	262	82	5	702	31	19	18	31	1.96
2025069--2025093	10	2.5	10	100	0	50	32	16	8	44	1.76
2075229--2075373	30	4.7	30	82	3	155	34	12	22	30	1.91
2075228--2075373	60	2.4	62	81	6	172	34	13	22	30	1.92
2075856--2075902	18	2.5	20	83	16	66	55	2	0	42	1.12
2084375--2084701	160	2.0	162	98	1	633	34	14	13	36	1.86
2092982--2093421	55	8.0	55	88	1	639	33	10	19	35	1.87
2094664--2094702	3	13.3	3	89	5	62	69	2	0	28	1.02
2100426--2100729	130	2.3	133	87	3	418	24	16	30	28	1.96
2100752--2100877	36	3.7	36	71	21	117	39	16	22	21	1.92
2100754--2100932	66	2.7	65	90	1	277	38	15	23	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100899--2100958	21	2.9	21	89	0	93	38	13	23	25	1.91
2100838--2101019	87	2.1	87	85	4	242	38	14	22	24	1.91
2102358--2102402	24	1.9	23	86	4	63	2	13	4	80	0.97
2106379--2106428	3	16.7	3	91	0	82	66	2	2	30	1.14
2106468--2106514	18	2.6	19	83	10	62	53	2	4	40	1.32
2106979--2107013	17	2.1	17	100	0	70	22	40	17	20	1.92
2115300--2115332	15	2.2	15	89	10	50	36	15	0	48	1.45
2120184--2120245	6	10.3	6	76	0	52	25	0	62	11	1.28
2120183--2120230	21	2.3	21	100	0	96	27	0	58	14	1.37
2120217--2120247	15	2.1	15	93	0	53	19	0	70	9	1.14
2120183--2120247	21	3.1	21	90	0	76	24	0	61	13	1.32
2121829--2121890	28	2.3	27	83	10	74	50	6	4	38	1.50
2123801--2123863	29	2.1	30	85	2	83	38	22	3	36	1.70
2126167--2126200	18	1.9	18	88	5	52	26	26	8	38	1.85
2126531--2126591	15	4.2	15	80	13	58	31	0	0	68	0.89
2126543--2126591	15	3.3	14	81	13	62	32	0	0	67	0.91
2126544--2126592	16	3.1	16	74	14	57	34	0	0	65	0.93
2130892--2130928	5	7.2	5	90	3	56	16	2	2	78	0.98
2132167--2132219	7	7.6	7	100	0	106	43	13	28	15	1.84
2133886--2133926	18	2.3	18	100	0	82	39	19	24	17	1.92
2136211--2136279	6	11.5	6	93	6	122	33	50	15	0	1.45
2136850--2136891	6	7.5	6	91	2	54	0	14	57	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139163--2139210	24	2.0	24	84	12	62	54	29	12	4	1.56
2146419--2146485	32	2.1	32	91	0	107	14	38	8	37	1.78
2148552--2148589	20	1.9	20	94	0	67	26	13	15	44	1.83
2151008--2151038	14	2.2	14	94	0	53	0	16	3	80	0.83
2151355--2151412	22	2.8	21	85	12	84	27	25	20	25	1.99
2151355--2151414	19	3.0	20	88	9	86	28	25	20	26	1.99
2157162--2157281	21	5.7	20	80	15	120	28	26	19	25	1.99
2157162--2157281	43	2.8	42	82	14	140	28	26	19	25	1.99
2159960--2160038	22	3.9	21	83	8	101	27	26	20	25	1.99
2166605--2166649	21	2.1	21	95	0	81	22	4	20	53	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13