genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605325--605363	21	1.9	20	84	5	51	10	2	20	66	1.33
609465--609503	21	1.9	20	89	5	60	35	23	15	25	1.94
634596--634684	39	2.3	39	88	0	124	21	28	20	30	1.98
634617--634721	39	2.8	36	78	12	113	20	25	20	34	1.96
640622--640794	39	4.4	39	77	7	163	17	28	19	34	1.95
649790--649858	27	2.6	27	95	2	122	30	0	23	46	1.53
650791--650973	92	2.0	93	88	5	271	42	13	20	22	1.87
650790--650989	46	4.3	45	83	5	229	42	13	20	24	1.88
655525--655567	8	5.4	8	94	0	77	48	0	37	13	1.43
656807--657122	93	3.4	93	85	2	395	43	13	18	24	1.86
656807--657158	46	7.6	46	82	4	386	44	13	18	24	1.85
658762--658935	45	3.9	45	98	0	330	29	18	9	43	1.81
677621--677883	43	6.1	43	82	2	278	25	24	16	33	1.96
677621--677887	86	3.1	86	83	2	347	25	23	16	34	1.96
677621--677883	129	2.0	129	84	2	341	25	24	16	33	1.96
679872--679940	29	2.3	29	85	2	102	24	24	15	34	1.95
682162--682432	43	6.3	43	85	3	366	21	25	19	33	1.97
683833--683900	24	2.9	24	78	8	70	20	23	22	33	1.97
696640--696689	25	2.0	25	84	11	66	56	0	4	40	1.18
697912--697968	24	2.4	23	72	18	55	22	24	22	29	1.99
698421--698460	19	2.0	20	85	4	55	35	7	2	55	1.42
698399--698472	30	2.4	30	80	11	78	35	6	1	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699463--699558	40	2.4	40	87	0	138	32	14	17	35	1.90
701631--701676	20	2.4	19	85	3	56	56	4	13	26	1.55
702292--702324	14	2.5	14	90	9	52	39	6	15	39	1.72
711530--711568	21	1.9	20	84	5	51	43	5	15	35	1.69
713386--713430	19	2.4	19	84	0	54	60	2	11	26	1.42
717738--717770	15	2.2	15	94	0	57	33	27	27	12	1.92
725263--725325	23	2.7	24	77	2	65	31	20	28	19	1.97
725956--726005	21	2.5	20	87	9	66	32	26	12	30	1.92
730420--730465	20	2.4	19	85	3	56	56	4	13	26	1.55
742528--742590	23	2.7	24	80	2	74	31	20	28	19	1.97
748148--748561	59	7.1	59	89	1	618	34	19	11	33	1.88
748148--748561	117	3.5	118	89	1	618	34	19	11	33	1.88
748912--748972	22	3.0	20	81	11	70	26	29	14	29	1.95
748912--748948	20	1.9	19	89	10	58	24	27	16	32	1.96
748825--749047	95	2.3	95	93	0	374	26	26	15	32	1.95
755118--755286	84	2.0	84	97	0	320	34	20	21	23	1.97
761833--761986	83	1.9	79	81	10	186	44	5	7	42	1.54
767042--767067	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
767353--767393	19	2.1	20	90	4	66	39	4	14	41	1.67
767357--767402	20	2.4	19	85	3	56	43	6	13	36	1.69
769639--769731	47	2.0	48	82	6	118	34	20	21	23	1.97
769648--769742	47	2.0	47	81	4	111	35	21	21	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771061--771108	20	2.4	20	100	0	96	29	18	0	52	1.46
771322--771387	31	2.1	31	97	0	123	27	37	15	19	1.92
773424--773706	59	4.8	59	94	0	487	35	19	10	34	1.87
774126--774162	20	1.9	19	89	10	58	24	27	16	32	1.96
774038--774261	95	2.4	95	88	1	315	25	23	15	35	1.94
775507--775533	11	2.5	11	100	0	54	40	37	0	22	1.54
776801--776923	24	5.2	24	76	16	114	33	21	20	24	1.97
777067--777126	30	2.0	30	86	0	84	40	25	8	26	1.84
777087--777126	15	2.7	14	81	11	53	45	27	5	22	1.73
782941--782972	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
789447--789485	20	2.0	20	84	0	51	51	17	12	17	1.76
792406--792452	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
792649--792724	24	3.2	24	86	3	82	44	19	13	22	1.85
792666--792799	24	5.6	24	86	3	162	41	18	14	24	1.89
795260--795304	18	2.5	18	100	0	90	8	20	53	17	1.70
795253--795282	13	2.3	13	94	0	51	13	20	46	20	1.83
796187--796211	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
797386--797454	24	2.9	25	75	18	67	50	2	1	44	1.25
797480--797558	30	2.7	30	78	18	85	48	1	1	49	1.17
797530--797571	21	2.0	20	82	13	50	50	0	2	47	1.14
797648--798080	198	2.2	198	83	6	549	39	13	15	31	1.86
798087--798142	24	2.4	23	83	16	80	39	0	3	57	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798292--798336	23	2.0	23	86	0	63	40	13	11	35	1.80
799758--799916	60	2.7	58	81	5	176	39	5	22	33	1.76
801532--801576	18	2.5	18	85	0	63	24	26	11	37	1.89
803836--803867	16	2.0	16	100	0	64	43	6	25	25	1.77
807246--807283	20	1.9	20	88	0	58	31	23	10	34	1.89
817445--817609	52	3.2	51	91	5	269	30	12	21	35	1.91
817457--817631	52	3.5	48	87	6	212	28	13	20	38	1.90
825450--825481	3	10.7	3	93	0	55	0	37	0	62	0.95
825523--825605	3	28.3	3	92	4	143	1	33	0	65	1.01
825686--825928	123	2.0	122	91	2	398	30	14	18	36	1.90
825919--826020	48	2.1	48	94	1	179	15	22	14	47	1.82
826305--826336	12	2.8	12	90	9	50	0	25	0	75	0.81
828625--828658	17	2.0	17	94	0	59	35	38	5	20	1.77
831366--831428	16	3.9	16	75	8	58	47	0	0	52	1.00
833579--833632	28	2.0	27	85	3	72	33	5	1	59	1.31
841672--841846	75	2.3	75	85	3	228	28	17	22	31	1.96
842777--842854	22	3.5	22	77	19	90	34	14	12	38	1.84
843626--844233	46	13.1	46	91	3	934	25	21	18	34	1.96
844363--844425	16	3.9	16	79	8	67	49	0	0	50	1.00
850600--850641	22	1.9	22	85	9	59	50	4	21	23	1.68
851668--851748	34	2.4	33	89	6	128	14	4	2	77	1.04
851708--851762	24	2.3	24	93	3	94	12	9	1	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851708--851769	24	2.6	24	89	5	81	16	8	1	74	1.13
853129--853613	251	1.9	252	80	7	574	32	11	16	39	1.84
865144--865329	54	3.4	54	90	0	300	25	18	22	33	1.97
865748--865795	18	2.5	20	90	6	73	27	25	12	35	1.92
872502--872548	21	2.2	22	96	3	87	23	23	4	48	1.68
875051--875486	54	8.1	54	88	2	633	26	15	20	37	1.93
875094--875179	27	3.2	27	63	6	75	25	17	19	37	1.94
875017--875486	217	2.2	216	88	3	696	26	15	20	37	1.93
892001--892384	44	8.7	44	77	10	293	47	6	20	25	1.74
891999--892184	86	2.1	88	87	2	259	45	6	21	26	1.76
892026--892283	86	3.0	88	78	6	260	44	6	22	26	1.77
892001--892491	130	3.7	130	77	9	399	47	6	19	26	1.73
892276--892499	42	5.3	42	74	9	186	52	6	16	25	1.67
892467--892526	27	2.2	28	82	8	70	51	10	18	20	1.74
895228--895348	48	2.5	48	97	0	233	19	18	27	34	1.95
895812--896959	182	6.3	181	87	3	1543	43	11	16	28	1.83
895812--896959	547	2.1	545	88	3	1700	43	11	16	28	1.83
897346--897413	19	3.6	19	91	0	100	45	0	16	38	1.47
898668--898723	24	2.5	22	78	16	62	42	1	7	48	1.41
899347--899385	18	2.2	18	90	9	62	56	0	38	5	1.22
900857--900906	19	2.6	19	90	6	75	32	2	8	58	1.39
901278--901652	199	1.9	197	92	1	633	42	15	14	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902455--902493	20	2.0	20	89	0	60	38	23	20	17	1.93
904066--905351	199	6.5	198	89	2	1963	42	16	14	27	1.86
905715--905756	15	2.8	15	88	0	66	19	52	2	26	1.58
906920--906965	6	7.7	6	92	0	56	39	6	32	21	1.79
906920--906965	12	3.8	12	88	0	65	39	6	32	21	1.79
908341--908387	24	2.0	24	86	0	67	31	2	17	48	1.58
908572--909557	200	4.9	199	81	4	927	40	14	14	30	1.86
908619--909359	399	1.9	400	86	2	1051	42	13	14	29	1.84
909220--909784	199	2.8	199	83	5	685	37	14	13	34	1.86
913246--913917	181	3.8	176	80	11	742	44	13	15	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13