genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443282--2443315	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2444293--2444480	73	2.6	73	95	0	331	32	15	11	39	1.83
2444491--2445185	39	17.5	39	75	11	466	39	12	22	26	1.89
2444412--2445106	361	1.9	362	88	1	1036	37	12	21	27	1.90
2446485--2446552	34	2.0	34	91	0	109	17	7	2	72	1.21
2446519--2446572	26	2.1	25	82	3	63	22	7	3	66	1.33
2452559--2452591	17	1.9	17	88	11	50	66	3	6	24	1.28
2453661--2453921	87	3.0	87	84	4	328	27	16	21	33	1.95
2453975--2454316	136	2.5	134	82	5	384	26	21	16	35	1.94
2454252--2454588	182	1.9	181	86	3	480	24	22	14	37	1.92
2454252--2454591	91	3.7	91	84	2	425	24	23	14	37	1.92
2454888--2455227	36	9.7	36	72	14	221	36	14	20	28	1.92
2454960--2455085	66	1.9	66	85	3	173	34	15	19	30	1.93
2454951--2455226	102	2.7	101	84	5	340	36	14	19	29	1.91
2455119--2455310	39	5.0	38	79	8	183	38	14	18	29	1.89
2457785--2458058	149	1.8	149	82	1	352	20	24	18	36	1.94
2460103--2460152	21	2.4	21	76	6	57	66	10	2	22	1.32
2461989--2462074	32	2.7	32	81	3	93	37	13	13	34	1.85
2483319--2483355	19	1.9	19	88	0	56	27	24	18	29	1.98
2483404--2483652	20	12.6	20	68	15	90	29	22	9	38	1.86
2483585--2483653	35	2.0	35	94	0	120	27	20	10	42	1.84
2484533--2484595	24	2.6	24	82	0	81	23	15	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487085--2487123	20	2.0	20	84	0	51	56	20	7	15	1.63
2487152--2487189	20	1.9	20	100	0	76	42	15	10	31	1.81
2488864--2488909	21	2.2	21	84	0	56	28	10	36	23	1.89
2488871--2489024	21	7.3	21	76	8	91	25	12	37	24	1.91
2488889--2488997	42	2.6	42	77	2	103	24	11	39	24	1.88
2489322--2489414	42	2.2	43	79	9	120	39	33	8	18	1.81
2489307--2489488	21	8.7	21	68	11	97	35	33	12	18	1.88
2489307--2489488	63	2.9	61	75	8	177	35	33	12	18	1.88
2489430--2489497	21	3.2	21	80	12	86	35	33	10	20	1.87
2489597--2489718	42	2.9	42	87	2	156	25	17	32	24	1.96
2491231--2491296	34	1.9	34	87	6	98	48	22	13	15	1.80
2491313--2491351	20	2.0	20	89	0	60	17	10	17	53	1.71
2491808--2491877	20	3.5	20	75	9	63	35	12	20	31	1.90
2491808--2491861	19	2.8	20	77	11	58	37	12	20	29	1.90
2491886--2492018	20	6.7	19	71	10	63	28	10	27	33	1.90
2491804--2491955	81	1.9	79	80	10	175	32	12	22	32	1.91
2491948--2491997	20	2.5	20	87	9	68	22	8	32	38	1.83
2493329--2493373	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2497783--2497827	20	2.3	20	88	3	65	35	20	2	42	1.64
2499063--2499124	29	2.1	30	87	3	90	32	17	6	43	1.75
2503232--2503283	19	2.7	19	79	11	61	28	28	13	28	1.94
2509998--2510043	20	2.4	20	82	17	62	34	19	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511412--2511452	20	2.0	20	86	9	57	7	4	17	70	1.28
2514443--2514472	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2519869--2519911	21	1.9	22	86	13	61	32	11	20	34	1.89
2521059--2521223	84	2.0	84	90	0	258	18	15	27	37	1.92
2522142--2522241	42	2.4	42	88	1	139	48	17	10	25	1.78
2522152--2522266	42	2.7	42	85	2	124	46	19	10	24	1.81
2528372--2528567	85	2.3	84	84	9	249	31	2	10	55	1.48
2529175--2529208	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
2530726--2530775	21	2.4	21	86	0	64	42	20	18	20	1.90
2534902--2534938	19	1.9	19	88	0	56	21	8	0	70	1.13
2534922--2534950	11	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
2534922--2534952	16	1.9	16	100	0	62	19	0	0	80	0.71
2534903--2534952	5	10.0	5	87	8	57	20	6	0	74	1.03
2537718--2537756	19	2.1	19	85	4	53	51	10	10	28	1.68
2537362--2538082	217	3.3	214	87	2	1007	50	8	10	30	1.66
2538218--2538309	2	46.5	2	69	18	50	43	4	2	50	1.34
2538202--2538298	22	4.6	22	71	16	73	43	5	3	48	1.40
2538229--2538317	9	9.9	9	71	16	51	41	4	2	51	1.34
2538229--2538317	11	8.5	11	68	24	50	41	4	2	51	1.34
2538409--2538467	20	3.3	20	67	30	60	40	10	8	40	1.69
2538400--2538471	33	2.2	33	87	0	108	41	8	6	43	1.62
2538488--2538593	18	6.1	18	68	17	55	44	6	5	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538623--2538662	18	2.2	18	90	0	62	37	5	15	42	1.68
2538648--2538686	11	3.5	11	86	10	53	51	7	5	35	1.53
2538601--2538714	60	1.9	59	87	3	167	44	7	8	39	1.63
2538563--2538706	31	4.8	30	70	14	93	43	6	9	40	1.61
2538633--2538799	18	8.7	18	66	22	81	44	8	7	39	1.64
2538817--2538911	40	2.4	40	82	7	129	45	8	2	44	1.46
2538840--2538914	20	3.8	20	77	10	75	45	8	1	45	1.41
2538818--2538914	9	9.9	9	69	24	54	45	8	2	44	1.45
2539091--2539133	18	2.3	19	88	8	61	41	6	6	44	1.58
2539091--2539133	20	2.3	18	84	15	52	41	6	6	44	1.58
2539857--2539895	19	2.0	19	85	5	51	17	15	35	30	1.91
2541782--2541858	37	2.1	37	83	9	95	48	1	3	46	1.28
2542003--2542040	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2546605--2546644	17	2.4	17	95	0	71	2	37	15	45	1.59
2548008--2548085	22	3.8	21	79	17	92	19	20	34	25	1.96
2548449--2548521	18	4.2	18	73	16	73	46	5	4	43	1.45
2548524--2548573	21	2.4	21	80	6	66	40	22	12	26	1.88
2548861--2548902	11	3.5	11	84	15	57	52	11	0	35	1.38
2548867--2548901	13	2.6	14	86	9	54	48	14	0	37	1.44
2551876--2551908	16	2.0	17	88	5	50	33	18	9	39	1.82
2554756--2554795	18	2.2	18	90	0	62	47	42	0	10	1.37
2554767--2554807	18	2.3	18	86	0	55	51	36	0	12	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554852--2554891	12	3.3	12	89	0	53	42	27	10	20	1.83
2554876--2554938	23	2.7	24	80	5	74	46	38	3	12	1.58
2558059--2558099	18	2.3	18	84	12	50	24	9	0	65	1.22
2558222--2558306	25	3.3	26	67	22	72	18	12	8	60	1.57
2558222--2558405	51	3.6	51	85	2	235	19	12	10	57	1.64
2571628--2571753	54	2.3	53	79	15	143	27	17	23	30	1.97
2576150--2576190	21	2.1	19	86	9	55	34	24	17	24	1.96
2581989--2582047	30	2.0	30	93	0	100	25	33	10	30	1.89
2585635--2585854	117	1.9	118	85	7	313	38	14	22	24	1.92
2585861--2585984	42	3.0	42	81	7	153	29	25	17	28	1.98
2587196--2587392	51	3.9	50	86	1	232	17	11	13	57	1.65
2587194--2587380	102	1.8	102	84	2	259	18	11	11	58	1.63
2589716--2589945	112	2.1	111	85	5	313	36	17	15	30	1.91
2590454--2590509	22	2.6	22	86	5	71	26	23	12	37	1.90
2596170--2596246	6	12.8	6	78	0	73	22	15	32	29	1.95
2596173--2596240	12	5.7	12	85	0	91	20	16	35	27	1.94
2597658--2597698	22	1.9	21	90	5	64	24	2	36	36	1.69
2601883--2601946	33	1.9	33	82	17	80	9	12	4	73	1.23
2601899--2601923	8	3.1	8	100	0	50	12	12	0	76	1.04
2601899--2601956	17	3.4	17	80	17	59	6	13	3	75	1.13
2602206--2602238	16	1.9	18	88	11	52	60	0	18	21	1.36
2602275--2602315	22	1.9	21	90	5	64	24	2	34	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2605930--2605970	21	1.9	22	90	5	66	46	2	2	48	1.28
2605976--2606053	15	5.4	15	70	14	74	51	0	0	48	1.00
2605934--2606038	43	2.4	43	81	9	108	51	1	0	45	1.18
2609238--2609292	24	2.3	24	80	0	65	18	16	27	38	1.92
2609689--2609736	24	2.0	24	100	0	96	62	8	12	16	1.53
2610626--2610672	3	15.7	3	82	8	60	29	2	0	68	1.02
2610617--2610657	18	2.2	19	86	4	57	29	2	0	68	1.03
2612336--2612374	12	3.2	12	77	0	51	28	2	12	56	1.50
2613475--2613519	20	2.2	20	84	4	54	44	2	0	53	1.13
2613892--2613937	14	3.3	14	72	22	51	52	17	10	19	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13