genome.fa.s8281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008281.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110943_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2054746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224--287	19	3.6	19	72	20	66	46	21	18	12	1.82
299--356	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
294--372	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
294--372	14	4.8	17	71	22	62	10	18	24	46	1.80
2389--2490	19	5.6	19	88	9	151	45	18	22	13	1.85
2509--2566	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
3626--3679	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
6166--6296	19	7.7	19	65	23	85	43	19	22	14	1.87
6166--6292	33	3.8	33	86	4	193	43	19	22	14	1.88
6167--6299	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
6456--6492	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
7848--7914	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
7848--7970	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
9996--10094	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
9971--10174	19	11.1	19	78	13	203	44	22	21	11	1.84
10170--10236	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
10753--10804	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
10753--10846	20	4.7	20	77	2	80	24	18	24	32	1.97
10835--10927	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
10774--10908	41	3.3	41	81	8	141	20	21	20	37	1.94
10835--10927	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
18640--18673	17	2.0	17	88	0	50	32	11	5	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18746--18771	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19626--19686	28	2.2	27	85	5	77	42	19	6	31	1.77
20328--20376	22	2.2	23	92	3	82	28	22	14	34	1.93
26742--26784	19	2.3	19	91	0	68	20	20	25	32	1.97
32962--33005	22	2.0	22	90	0	70	27	22	15	34	1.95
33660--33698	20	2.0	20	85	10	53	38	25	5	30	1.78
35492--35516	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
35660--35712	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
37291--37405	41	2.8	41	71	11	110	31	18	19	31	1.95
37291--37471	81	2.2	82	81	4	206	30	18	18	32	1.95
37780--37871	41	2.3	40	78	9	107	30	19	13	36	1.90
37882--37993	42	2.7	42	84	0	143	33	14	15	36	1.87
40975--41470	134	3.7	133	84	3	550	32	19	18	28	1.96
42136--42374	45	5.3	45	79	5	205	42	19	15	22	1.89
42121--42374	90	2.8	90	80	4	253	40	19	15	24	1.90
42460--42802	123	2.8	121	84	4	424	38	16	17	27	1.91
42344--42802	80	5.7	80	72	13	309	39	15	17	26	1.90
42344--42802	42	11.4	38	73	12	287	39	15	17	26	1.90
48443--48497	21	2.6	21	94	0	92	36	10	20	32	1.87
49030--49428	44	9.0	44	84	4	414	40	12	20	26	1.88
49030--49423	132	3.0	131	83	5	463	41	11	20	26	1.87
55053--55080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58696--58746	18	2.8	17	80	11	57	29	35	19	15	1.93
62512--62775	44	6.0	44	91	0	413	39	12	23	25	1.89
64195--64292	46	2.1	47	81	5	119	34	21	9	34	1.85
67385--67418	18	1.9	18	94	5	61	14	47	26	11	1.79
69731--69817	45	1.9	45	90	0	138	54	11	3	31	1.53
87026--87073	21	2.3	21	96	0	87	25	0	27	47	1.52
89059--89125	18	3.7	18	97	0	125	29	10	25	34	1.89
89423--89768	54	6.4	54	90	0	557	31	13	16	37	1.88
89423--89821	108	3.7	108	88	1	557	31	15	16	36	1.90
89417--89821	162	2.5	163	87	1	499	31	15	16	37	1.90
90415--90457	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
91060--91527	41	11.4	41	73	7	297	31	18	14	34	1.92
94168--94517	43	8.1	43	73	9	196	25	19	23	31	1.98
94925--95043	21	5.6	21	78	5	114	1	35	21	42	1.63
94999--95045	12	4.2	12	79	20	57	0	36	23	40	1.55
101165--101201	18	2.1	18	94	0	65	45	16	8	29	1.76
106845--106915	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
106972--107551	81	7.2	81	89	1	840	30	22	12	35	1.90
108301--108351	22	2.4	21	87	6	68	29	21	15	33	1.94
110034--110070	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
112495--112740	123	2.0	123	100	0	492	30	16	15	37	1.90
112813--112902	9	9.7	9	75	13	60	23	37	32	6	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112816--112902	22	4.0	22	87	3	104	22	39	31	6	1.81
112816--112898	13	6.3	13	80	13	82	24	38	30	7	1.82
112916--112963	19	2.5	19	86	0	60	27	37	29	6	1.81
117353--118042	81	8.5	81	88	0	968	31	21	12	35	1.90
118799--118865	19	3.3	19	78	13	71	28	26	14	29	1.96
121218--121289	21	3.4	21	78	3	63	23	5	18	52	1.66
121648--121718	27	2.6	28	79	12	78	12	22	25	39	1.89
126085--127248	122	9.8	126	75	16	1132	23	25	19	31	1.98
126296--126493	100	2.0	98	97	2	369	24	23	21	30	1.99
126085--127248	347	3.3	349	89	9	1637	23	25	19	31	1.98
126085--127231	472	2.5	453	88	10	1612	23	25	19	31	1.98
126757--127215	230	2.0	229	92	5	766	23	25	19	31	1.98
127290--127360	31	2.3	31	82	7	81	47	2	15	33	1.60
128248--128386	21	6.6	21	81	8	115	23	19	36	20	1.95
130089--130172	33	2.7	31	75	8	80	59	2	0	38	1.10
131519--131567	3	16.3	3	91	0	80	28	0	2	69	1.00
131845--131887	22	2.0	22	81	9	52	32	18	20	27	1.96
133313--133359	24	2.0	23	91	4	76	59	2	0	38	1.09
133335--133369	16	2.1	18	89	10	56	54	0	0	45	0.99
134805--134879	36	2.1	36	84	0	96	40	17	12	30	1.86
135501--135541	7	6.0	7	81	13	50	17	14	12	56	1.68
135577--135637	20	2.9	21	85	14	81	16	16	6	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135585--135637	20	2.5	22	90	6	83	15	15	7	62	1.53
137635--137672	8	4.8	8	81	12	51	86	0	13	0	0.56
137638--137672	13	2.8	13	87	12	56	85	0	14	0	0.59
141056--141258	54	3.8	54	90	1	282	35	17	23	24	1.95
141612--141668	22	2.6	22	94	0	96	33	14	14	38	1.85
142371--142495	36	3.5	36	71	6	128	28	17	14	39	1.89
142508--142838	122	2.7	123	91	0	529	39	15	19	26	1.91
142770--142832	20	3.2	20	62	20	51	41	9	23	25	1.85
142753--143104	139	2.6	137	86	5	480	38	15	19	26	1.91
143375--143408	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
143425--143484	30	1.9	32	83	12	81	30	36	15	18	1.91
147165--147200	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
148345--148427	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
148360--148434	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
150012--150046	18	2.1	17	89	10	54	57	0	0	42	0.99
154462--154511	26	2.0	25	84	4	64	30	16	28	26	1.96
154917--154953	16	2.5	16	87	12	53	51	5	2	40	1.39
154919--155623	216	3.3	209	89	3	1072	51	8	11	28	1.67
155658--156000	2	171.5	2	63	21	80	45	3	4	45	1.42
155658--155776	11	11.1	11	67	20	56	46	3	3	47	1.36
155842--155991	79	1.9	81	82	8	191	46	2	4	47	1.35
156081--156143	9	6.2	11	75	18	57	50	11	1	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156172--156241	20	3.6	20	77	14	92	45	8	5	40	1.58
156169--156249	18	4.3	18	74	14	74	43	7	7	41	1.61
156220--156289	24	2.9	24	79	12	72	40	8	10	41	1.69
156359--156412	18	3.1	18	84	10	67	44	5	1	48	1.37
159181--159216	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
160360--160442	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
160375--160449	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
164565--164600	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
165684--165773	23	3.8	24	83	4	121	25	16	20	37	1.93
165684--165773	47	1.9	47	88	4	137	25	16	20	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10