genome.fa.s8281.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008281.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110943_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2054746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1093 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166561--166711	2	75.5	2	68	17	64	48	2	4	44	1.37
166581--166634	13	4.0	13	82	4	63	48	5	5	40	1.50
166590--166717	15	9.1	15	71	16	87	50	3	3	42	1.36
166562--166622	28	2.3	27	88	5	88	44	3	4	47	1.41
166715--166751	17	2.1	18	95	5	67	45	13	5	35	1.66
166907--166945	14	2.7	15	84	11	55	46	25	0	28	1.53
167092--167194	22	4.8	22	70	17	90	34	5	9	49	1.60
167176--167396	15	14.5	15	67	19	70	44	4	2	48	1.35
167250--167319	31	2.3	30	88	9	99	42	4	2	50	1.37
167311--167399	43	2.1	43	85	8	119	48	2	0	49	1.13
167303--167399	15	6.3	15	75	13	99	47	2	0	50	1.12
167323--167399	28	2.7	27	74	20	59	48	1	0	50	1.09
169028--169054	11	2.5	11	100	0	54	66	0	18	14	1.25
169326--169364	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
170929--170962	11	3.2	11	87	4	52	41	0	0	58	0.98
171820--172336	127	4.1	127	98	0	980	55	4	3	35	1.38
173192--173245	21	2.6	21	93	0	90	27	16	25	29	1.97
173316--173450	20	6.7	20	78	7	103	34	23	17	25	1.96
173313--173450	61	2.3	61	83	0	177	35	23	16	24	1.95
173618--173661	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
173925--173984	20	3.0	20	82	0	66	20	18	20	41	1.90
175301--175345	18	2.5	18	88	0	63	26	40	15	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175827--175893	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
175866--175953	32	2.7	33	85	3	124	47	18	18	15	1.83
175973--176030	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
175968--176046	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
176031--176086	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
176445--176560	40	2.8	41	81	3	126	22	39	17	20	1.92
177933--177966	14	2.4	14	90	0	50	32	0	20	47	1.51
178103--178151	18	3.0	17	75	22	59	44	18	24	12	1.84
178178--178265	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
178158--178245	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
178479--178570	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
178555--178611	20	2.8	21	81	5	71	19	21	15	43	1.87
179313--179366	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
179539--179575	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
181513--181556	12	3.6	12	75	6	52	52	15	13	18	1.75
181505--181554	25	2.0	25	100	0	100	56	12	16	16	1.68
181774--181838	19	3.7	19	74	19	77	44	20	23	12	1.84
181754--181836	33	2.3	36	78	18	100	40	21	22	14	1.90
181992--182028	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
183365--183533	80	2.1	82	89	8	267	23	16	38	21	1.93
183432--183487	19	2.9	19	76	7	60	17	16	44	21	1.86
185529--185660	19	7.1	19	80	11	130	43	18	23	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185656--185700	19	2.4	19	88	0	63	8	13	26	51	1.70
186254--186306	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
186315--186368	20	2.7	20	91	0	90	25	16	25	31	1.97
186357--186408	20	2.5	21	87	3	70	19	25	17	38	1.93
186719--186750	17	1.9	17	93	6	57	71	3	0	25	1.00
188081--188211	42	3.1	42	78	2	156	35	16	20	28	1.94
188074--188193	41	2.9	42	82	2	152	35	18	18	27	1.94
190429--190548	12	11.5	11	82	13	98	2	20	0	76	0.90
190429--190516	4	22.2	4	82	13	103	0	22	0	77	0.77
190475--190550	16	4.8	15	79	12	73	3	15	0	80	0.86
196858--196893	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
205661--205697	19	2.0	20	89	10	60	64	0	5	29	1.15
205685--205739	27	2.0	27	82	6	67	69	0	9	21	1.16
205762--205803	17	2.4	18	88	4	59	71	0	4	23	1.05
208490--208528	20	1.9	21	89	5	62	76	5	2	15	1.06
219115--219157	21	2.0	21	100	0	86	39	18	18	23	1.92
223996--224106	51	2.2	51	81	13	124	52	7	4	36	1.49
235268--235333	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
237974--238929	54	17.8	54	84	1	1096	31	17	14	35	1.91
238957--238991	18	1.9	18	88	11	54	48	8	2	40	1.49
240742--243133	54	44.3	54	85	2	2962	31	18	15	35	1.91
247356--247545	104	1.8	104	91	0	317	34	21	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247356--247593	104	2.3	104	85	1	307	33	22	16	27	1.96
247787--247815	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
248798--248827	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
248994--249026	2	17.5	2	87	12	52	45	0	0	54	0.99
250118--250301	83	2.2	83	80	0	206	30	16	20	32	1.95
250721--250762	22	1.9	22	90	0	66	52	4	9	33	1.55
251819--252052	42	5.6	42	72	12	180	31	18	16	34	1.93
251824--251994	83	2.0	83	93	3	290	30	18	14	36	1.90
251824--252034	84	2.5	82	85	7	241	31	17	15	36	1.91
251998--252119	42	2.9	42	82	0	145	27	17	17	37	1.92
260578--260756	44	4.1	43	73	11	150	30	21	16	31	1.95
265546--265607	20	3.2	19	82	8	81	48	3	16	32	1.62
271588--271641	3	18.7	3	92	7	94	66	0	0	33	0.92
271863--272046	80	2.3	80	79	3	192	26	17	19	36	1.94
275990--276071	33	2.5	33	84	5	105	32	9	31	25	1.88
276439--276486	25	1.9	25	87	8	71	31	25	12	31	1.92
287075--287146	37	2.1	33	85	12	92	54	5	8	31	1.54
287373--287419	15	3.1	15	81	0	58	17	29	17	36	1.92
287385--287426	21	2.0	21	95	0	75	11	28	21	38	1.89
288330--288457	66	2.0	64	90	6	206	46	8	11	32	1.71
302213--302247	12	2.8	13	86	8	54	40	5	8	45	1.58
303799--303823	12	2.1	12	100	0	50	8	0	52	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313545--313647	54	1.9	54	83	0	134	34	20	17	27	1.95
328458--328503	15	2.8	16	75	18	58	76	0	10	13	1.03
328446--328495	24	2.0	24	88	3	73	76	0	12	12	1.04
328446--328503	9	6.8	9	81	15	70	75	0	12	12	1.04
329852--331004	53	21.7	53	90	3	1741	31	17	25	25	1.97
329852--331004	107	10.8	107	92	2	1812	31	17	25	25	1.97
329852--330996	372	3.1	374	91	2	1862	31	17	25	25	1.97
330969--331086	55	2.2	54	80	6	123	29	13	27	29	1.94
337254--337306	3	17.7	3	96	0	88	62	0	3	33	1.13
342502--342563	22	2.8	22	73	9	72	35	14	16	33	1.89
344301--344519	121	1.8	120	82	5	280	44	13	15	27	1.83
344390--344922	139	3.8	138	80	4	574	46	12	13	28	1.79
344389--344922	277	1.9	277	83	3	691	46	12	13	28	1.79
345151--345205	16	3.6	15	77	18	60	60	5	12	21	1.53
348439--348476	7	4.9	8	81	18	53	10	10	0	78	0.95
348440--348483	16	2.7	16	89	3	70	6	13	0	79	0.92
348447--348483	9	4.3	9	83	13	51	8	13	0	78	0.96
363116--363180	30	2.2	30	82	0	76	18	12	6	63	1.49
363284--363638	176	2.0	179	98	1	689	31	9	11	48	1.70
369691--369718	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
369699--369735	19	1.9	19	88	0	56	18	29	21	29	1.97
379214--379368	77	2.0	77	100	0	310	33	16	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381396--382116	139	5.2	137	82	5	783	44	12	13	29	1.80
381420--382122	276	2.5	275	85	3	898	45	12	13	29	1.80
382086--382148	26	2.4	26	100	0	126	44	15	12	26	1.83
386666--386718	14	3.7	14	77	5	52	64	5	1	28	1.27
388979--389041	30	2.1	30	96	0	117	30	7	12	49	1.69
388979--389027	15	3.2	16	69	30	52	32	6	12	48	1.65
389358--389408	17	2.7	20	85	8	63	47	3	1	47	1.32
389496--389559	29	2.2	29	88	0	92	45	10	9	34	1.72
389866--389929	29	2.2	29	91	0	101	43	12	12	31	1.80
390109--390155	17	2.8	17	100	0	94	44	4	6	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10