genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124266--2124580	106	3.0	104	90	5	479	36	26	10	26	1.89
2124627--2124747	39	3.2	39	76	14	119	33	19	28	18	1.95
2124677--2124744	35	1.9	35	85	5	93	35	25	25	14	1.94
2124728--2124761	14	2.4	14	100	0	68	38	11	35	14	1.83
2126121--2126178	30	2.0	30	82	3	73	34	13	10	41	1.79
2128368--2128563	107	1.8	107	91	1	320	41	21	9	27	1.83
2128621--2128792	39	4.4	38	75	10	150	31	24	25	18	1.98
2128621--2128792	78	2.2	78	80	6	197	31	24	25	18	1.98
2132517--2132549	14	2.4	14	100	0	66	24	24	6	45	1.75
2132515--2132552	14	2.4	16	79	20	53	21	23	5	50	1.69
2147208--2147249	22	1.9	22	85	0	57	14	11	21	52	1.73
2147794--2148043	39	6.6	38	72	19	168	40	10	5	44	1.61
2148018--2148076	22	2.6	21	82	15	64	44	11	5	38	1.63
2148068--2148099	12	2.7	12	95	0	55	43	3	0	53	1.16
2153014--2153061	13	3.6	14	76	21	57	33	2	2	62	1.18
2153533--2153591	29	2.1	28	83	3	73	44	6	0	49	1.29
2155628--2155672	22	2.0	22	87	12	65	22	11	0	66	1.22
2155595--2155679	28	3.1	27	75	8	64	27	10	3	58	1.47
2175103--2175369	132	2.0	132	96	0	489	37	5	23	34	1.77
2175564--2175604	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2176124--2176234	40	3.3	31	75	20	98	23	17	18	40	1.91
2176129--2176208	40	2.0	40	100	0	160	22	15	17	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176182--2176251	30	2.3	31	85	2	88	28	20	20	31	1.97
2176283--2176330	24	2.0	24	100	0	96	25	12	25	37	1.91
2180087--2180129	19	2.3	19	95	0	77	48	11	6	32	1.66
2185146--2185560	209	2.0	208	84	3	539	31	9	18	41	1.82
2185146--2185577	54	8.1	53	76	11	359	30	9	18	41	1.82
2185350--2185577	110	2.1	108	84	6	291	29	8	19	42	1.81
2185473--2185639	58	2.9	57	81	1	147	34	8	18	38	1.81
2187342--2187374	17	1.9	17	93	0	57	51	6	18	24	1.68
2190584--2190651	28	2.4	28	100	0	118	32	23	16	27	1.96
2193582--2193688	52	2.1	52	87	3	153	31	10	18	39	1.84
2198443--2198551	53	2.1	53	83	0	137	34	13	16	34	1.88
2198652--2198719	32	2.1	32	81	5	75	19	26	27	26	1.99
2215400--2215442	21	2.0	21	86	0	59	30	30	23	16	1.96
2215977--2216398	103	4.1	103	95	1	751	25	12	23	37	1.91
2215981--2216390	204	2.0	204	95	0	741	26	12	23	37	1.91
2216415--2216477	23	2.7	23	85	4	83	20	25	26	26	1.99
2216690--2216718	14	2.0	15	93	6	51	34	0	3	62	1.12
2222520--2222562	21	2.0	21	86	0	59	30	30	23	16	1.96
2223099--2223522	103	4.1	103	96	0	785	25	13	23	37	1.91
2223538--2223601	23	2.8	23	73	4	67	21	25	25	28	1.99
2231546--2231587	22	1.9	22	100	0	84	33	19	14	33	1.91
2238079--2238202	65	1.9	64	81	4	151	33	16	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240879--2240912	10	3.4	10	92	8	52	8	17	11	61	1.54
2241142--2241265	65	1.9	64	81	4	151	33	16	20	28	1.95
2244184--2244306	65	1.9	64	81	5	149	34	17	18	29	1.94
2244643--2244672	15	2.0	15	93	0	51	20	46	3	30	1.66
2246909--2246990	23	3.6	22	74	14	78	26	21	24	26	2.00
2251060--2251305	124	2.0	124	89	4	381	44	15	15	24	1.85
2256882--2256947	22	3.0	23	75	6	64	16	9	13	60	1.58
2257353--2257384	16	2.0	16	93	0	55	12	9	12	65	1.47
2259206--2259245	19	2.0	20	85	4	55	75	5	7	12	1.18
2259700--2259762	24	2.7	25	85	11	73	55	0	3	41	1.16
2259718--2259762	7	6.0	7	82	14	54	57	0	2	40	1.11
2259719--2259775	8	7.2	8	84	9	64	59	0	1	38	1.08
2259725--2259756	17	1.9	17	93	6	57	53	0	3	43	1.16
2259709--2259764	24	2.3	24	93	0	103	58	0	3	37	1.15
2260367--2260429	13	5.1	13	79	13	62	26	0	3	69	1.03
2263919--2263943	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2265018--2265152	59	2.3	58	80	11	132	34	14	16	35	1.88
2265448--2265507	27	2.4	24	86	8	75	43	3	6	46	1.46
2265492--2265615	36	3.5	35	77	12	137	42	3	9	44	1.53
2265482--2265653	73	2.4	73	81	12	203	41	3	9	45	1.53
2267040--2267072	12	2.6	13	95	4	59	15	6	0	78	0.93
2267537--2267562	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272252--2272836	84	7.0	84	81	3	680	30	25	19	24	1.98
2273483--2273728	38	6.8	36	73	19	192	44	4	7	44	1.50
2273510--2273570	27	2.3	26	88	5	88	42	3	6	47	1.45
2273483--2273614	65	2.0	66	91	4	214	44	3	6	44	1.48
2275005--2275056	26	2.0	25	81	3	59	19	7	0	73	1.07
2276594--2276622	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2280425--2280585	60	2.7	62	74	12	165	31	24	4	39	1.75
2283384--2283413	12	2.5	12	88	0	51	23	0	0	76	0.78
2285052--2285091	19	2.1	19	95	0	71	30	7	15	47	1.72
2286010--2286272	95	2.7	95	87	3	339	32	15	17	34	1.92
2287515--2287972	244	1.9	238	87	6	672	32	23	17	26	1.96
2287914--2288114	107	1.9	107	87	7	302	32	25	17	24	1.97
2288266--2288538	82	3.3	82	84	2	359	33	24	18	23	1.97
2291252--2291541	148	2.0	144	89	2	445	50	7	15	26	1.71
2297460--2297490	13	2.4	13	94	0	53	54	25	3	16	1.56
2298058--2298696	182	3.6	183	85	4	781	42	12	15	28	1.84
2300852--2300882	15	2.1	15	93	0	53	22	6	58	12	1.58
2301004--2301130	66	1.9	65	85	1	173	30	2	42	24	1.67
2301155--2301187	14	2.2	16	89	10	52	51	0	33	15	1.43
2302492--2302532	20	2.0	20	85	0	55	46	26	9	17	1.79
2306477--2306722	123	2.0	123	90	0	384	28	25	19	27	1.98
2309001--2309746	198	3.8	196	84	5	925	38	13	15	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309710--2309747	20	1.9	20	94	0	67	28	10	7	52	1.64
2309798--2309828	15	2.1	15	93	0	53	54	29	6	9	1.57
2310040--2310098	18	3.5	16	78	17	66	22	42	5	30	1.75
2310544--2310862	159	2.0	161	98	1	624	33	15	18	31	1.92
2312654--2312698	24	1.9	23	90	4	72	31	2	15	51	1.56
2312658--2312710	24	2.2	24	82	0	61	33	1	15	49	1.55
2314070--2314614	192	2.8	197	87	9	763	41	13	13	31	1.84
2314758--2314799	21	2.0	21	90	0	66	28	9	9	52	1.65
2316599--2316624	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2317219--2317272	22	2.4	23	93	6	94	33	18	12	35	1.89
2323001--2323083	3	27.7	3	92	0	130	68	27	0	3	1.06
2323585--2323704	37	3.5	35	71	22	119	41	12	20	25	1.87
2323590--2323798	65	3.2	65	84	4	269	41	13	18	26	1.87
2329520--2329628	55	2.0	56	98	1	211	49	16	14	19	1.80
2331196--2331221	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2337755--2337794	20	2.0	20	100	0	80	25	0	30	45	1.54
2338310--2338466	76	2.1	77	98	1	307	28	8	12	50	1.69
2342102--2342146	17	2.6	17	86	10	56	0	17	4	77	0.92
2342096--2342154	23	2.6	23	81	7	59	0	18	3	77	0.90
2342119--2342157	17	2.4	17	86	4	53	0	17	2	79	0.84
2342732--2342771	21	1.9	21	84	0	53	47	0	5	47	1.24
2342739--2342955	120	1.8	117	84	6	294	42	8	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343143--2343187	19	2.4	18	81	3	54	66	2	4	26	1.22
2343092--2343274	88	2.1	87	95	4	332	57	4	4	33	1.38
2343231--2343276	19	2.5	18	83	13	58	65	2	4	28	1.23
2344578--2344628	3	17.0	3	95	0	93	64	1	0	33	1.05
2344871--2345011	25	6.0	25	64	17	86	36	16	22	24	1.94
2344889--2345025	45	3.0	45	93	5	240	35	17	24	22	1.95
2345059--2345646	46	12.8	46	94	0	1009	32	18	23	25	1.97
2345059--2345646	137	4.3	138	96	0	1018	32	18	23	25	1.97
2346322--2346379	22	2.6	22	94	0	98	36	15	17	31	1.91
2346746--2346895	54	2.9	54	78	7	136	30	22	14	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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