genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964255--1965404	380	3.0	378	83	5	1240	30	16	17	35	1.92
1965012--1966290	222	5.8	222	82	3	1376	30	16	17	35	1.92
1965999--1967041	376	2.8	374	83	5	1178	31	16	16	36	1.91
1966500--1966809	158	2.0	151	83	4	386	28	15	17	38	1.90
1966651--1968579	223	8.7	222	81	4	2038	30	16	17	35	1.92
1966651--1968579	878	2.2	884	83	4	2398	30	16	17	35	1.92
1968465--1968713	134	1.9	134	87	3	367	29	20	12	38	1.88
1968600--1969167	223	2.5	224	84	5	711	28	17	17	36	1.93
1969004--1969310	155	2.0	156	83	7	392	27	16	17	39	1.91
1969155--1971089	221	8.7	223	82	4	2115	30	16	17	35	1.92
1969155--2005770	443	81.1	446	66	15	4576	30	16	17	35	1.92
1970974--1971222	133	1.9	133	86	3	358	28	20	12	38	1.89
1971109--1971674	223	2.5	223	83	5	700	28	17	17	36	1.93
1971513--1971820	158	2.0	155	84	7	399	27	15	17	38	1.90
1971662--1976075	219	19.7	219	72	11	2243	30	16	17	35	1.92
1971662--1973579	220	8.7	221	80	7	1943	30	16	17	35	1.92
1973074--1973488	209	2.0	210	87	3	604	32	16	16	34	1.91
1974148--1976073	662	2.9	655	82	7	2228	30	16	17	35	1.92
1974148--1976075	885	2.2	878	84	5	2404	30	16	17	35	1.93
1976131--1976662	222	2.4	224	83	5	682	29	17	16	36	1.92
1976499--1976808	158	2.0	157	84	4	410	26	15	17	40	1.90
1976650--1981074	223	19.7	222	72	10	2496	30	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976650--1978587	665	2.9	659	82	5	2299	30	16	17	35	1.92
1976650--1978589	888	2.2	886	85	4	2546	30	16	17	35	1.92
1978456--1978697	134	1.8	134	85	3	344	29	21	12	36	1.90
1979009--1979316	156	2.0	157	88	0	456	26	18	17	37	1.93
1980943--1981184	134	1.8	134	87	3	362	29	21	13	35	1.92
1981077--1981663	223	2.6	222	84	3	732	28	18	17	35	1.94
1981500--1981807	156	2.0	157	88	0	456	26	18	17	37	1.93
1981651--1985074	223	15.7	222	79	6	3267	30	16	17	35	1.92
1981651--1988464	219	31.1	220	74	10	4295	30	16	17	35	1.92
1981732--1988464	437	15.4	436	73	11	3430	30	16	17	35	1.92
1985075--1985641	213	2.6	216	81	8	638	29	16	17	36	1.92
1985481--1985783	155	2.0	153	88	2	446	27	15	18	39	1.90
1985630--1988464	217	13.1	222	78	7	2598	30	16	17	35	1.92
1988674--1989228	212	2.6	212	79	9	560	28	16	18	36	1.93
1989071--1989365	150	2.0	152	83	6	386	27	16	18	37	1.92
1989398--1991331	435	4.4	436	79	8	1965	30	16	17	35	1.93
1989444--1991331	868	2.2	866	81	7	2181	30	17	17	35	1.93
1991739--1992225	223	2.2	218	85	4	631	32	17	15	35	1.90
1992254--1992500	126	2.0	123	84	4	316	27	18	24	30	1.98
1991839--1992935	567	1.9	566	81	6	1299	30	17	18	34	1.94
1992377--2005720	443	29.7	444	72	10	7541	30	16	16	35	1.92
1992377--2002919	223	47.0	223	70	11	4135	30	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1995222--1995529	156	2.0	157	88	1	458	27	16	17	38	1.91
1995373--2002919	220	33.7	221	73	9	4310	30	16	16	35	1.91
1998856--1999442	222	2.6	223	86	3	804	29	16	17	36	1.92
1999279--1999586	156	2.0	157	88	0	456	27	15	17	38	1.90
2002919--2003505	222	2.6	223	86	3	804	28	16	17	36	1.92
2003342--2003649	156	2.0	157	88	0	465	27	15	17	39	1.90
2003493--2005770	223	10.3	222	81	3	2345	30	17	17	34	1.93
2008517--2010404	223	8.4	223	80	6	1973	31	15	18	33	1.93
2008517--2010404	443	4.2	444	80	6	1958	31	15	18	33	1.93
2011983--2012107	31	4.0	31	90	2	189	20	18	23	38	1.93
2015246--2015301	21	2.7	21	100	0	112	23	19	21	35	1.96
2016149--2016273	62	2.0	62	92	3	207	20	19	22	38	1.94
2016149--2016259	31	3.6	31	98	0	213	18	19	22	39	1.92
2016946--2023390	223	28.9	223	81	3	6818	31	16	17	34	1.92
2025806--2026323	222	2.3	221	87	3	747	33	17	16	33	1.92
2026136--2026510	194	1.9	193	92	0	633	30	17	15	36	1.91
2026323--2027399	212	5.1	212	79	11	986	29	16	17	35	1.93
2026323--2027399	418	2.6	429	81	9	1181	29	16	17	35	1.93
2027227--2027570	177	2.0	177	83	8	440	34	15	14	35	1.88
2027427--2030078	206	12.7	213	76	13	1991	32	16	16	35	1.91
2030097--2031148	223	4.8	223	83	4	1243	32	16	16	34	1.91
2031178--2033097	222	8.7	221	80	6	1825	31	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032942--2033276	180	1.9	181	83	5	437	36	16	13	34	1.88
2033124--2033715	215	2.7	217	79	7	628	32	17	16	33	1.92
2033718--2035675	223	8.8	223	81	3	2067	32	16	16	35	1.91
2033744--2035675	443	4.3	441	81	4	2247	32	16	16	34	1.91
2035756--2036257	223	2.3	222	83	3	607	31	16	17	34	1.92
2036260--2038209	219	8.8	224	79	6	1927	31	16	16	34	1.92
2038853--2039226	190	2.0	181	91	8	610	34	13	17	34	1.89
2039034--2039946	221	4.1	221	82	3	1025	31	15	16	36	1.90
2039032--2039941	444	2.1	438	84	1	1181	31	15	16	36	1.90
2039034--2039941	223	4.1	222	82	2	1060	31	15	16	36	1.90
2039769--2040121	175	2.0	175	86	1	492	29	16	18	35	1.93
2039944--2043458	222	15.9	223	80	5	3422	31	16	17	35	1.92
2039951--2043458	891	4.0	887	83	4	4060	31	16	17	35	1.92
2039944--2043458	669	5.3	664	81	5	3551	31	16	17	35	1.92
2043297--2043610	156	2.0	157	90	1	497	26	15	18	39	1.91
2043460--2044031	223	2.6	222	87	3	783	30	16	17	35	1.92
2043878--2044185	154	2.0	154	88	2	458	26	17	17	38	1.92
2044032--2045139	223	5.0	223	83	3	1331	29	15	18	36	1.92
2044032--2045139	444	2.5	444	84	3	1408	29	15	18	36	1.92
2045048--2045236	95	2.0	96	88	4	283	38	12	15	32	1.86
2044826--2045434	315	1.9	316	86	3	877	33	14	16	34	1.90
2045140--2046034	220	4.1	218	79	11	942	32	15	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2045140--2045975	437	1.9	439	83	8	1098	32	15	17	34	1.92
2045954--2046117	81	2.0	81	89	6	253	28	19	10	41	1.84
2048146--2048298	60	2.7	57	84	5	184	32	10	17	39	1.84
2059916--2060630	351	2.0	350	94	3	1269	61	4	10	23	1.46
2062409--2062564	43	3.4	43	69	13	141	21	18	25	34	1.96
2062389--2062973	98	5.9	98	94	3	991	22	19	24	33	1.97
2062644--2062815	55	3.3	55	67	21	172	23	19	23	33	1.97
2062781--2062973	105	1.8	105	96	0	359	22	20	24	32	1.98
2063810--2063834	10	2.5	10	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2073247--2073281	10	3.4	10	92	4	52	74	0	2	22	0.95
2073253--2073281	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
2076367--2076407	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2087312--2087505	97	2.0	96	89	3	300	29	20	12	37	1.90
2097595--2097624	15	2.0	15	100	0	60	33	6	33	26	1.83
2098806--2098853	24	2.0	24	100	0	96	45	4	8	41	1.53
2101734--2101769	18	1.9	19	88	5	56	52	0	8	38	1.32
2101753--2101810	23	2.6	23	76	13	57	51	3	3	41	1.35
2101773--2101826	22	2.4	22	87	3	72	48	3	7	40	1.49
2101977--2102014	18	2.1	19	90	5	60	50	0	5	44	1.24
2101994--2102059	26	2.5	26	85	7	80	51	4	3	40	1.38
2102029--2102102	22	3.5	21	83	7	87	45	4	8	41	1.52
2102041--2102102	21	2.9	21	85	2	79	46	3	8	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102131--2102218	25	3.7	25	82	17	116	44	0	4	51	1.22
2102286--2102336	20	2.5	20	84	9	59	19	7	1	70	1.21
2107185--2107264	6	12.8	6	71	23	51	7	15	1	76	1.07
2107202--2107264	17	3.9	16	75	19	67	7	14	0	77	0.97
2107224--2107254	9	3.3	9	95	4	53	9	9	0	80	0.90
2107202--2107264	16	3.9	16	80	17	67	7	14	0	77	0.97
2115208--2115245	20	1.9	20	94	0	67	7	39	5	47	1.55
2118152--2118487	131	2.6	131	83	1	399	39	18	10	31	1.85
2119050--2119118	28	2.5	27	84	11	86	62	5	8	23	1.46
2123964--2124009	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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