genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550014--2550078	22	3.0	22	78	12	71	41	7	10	40	1.69
2550042--2550093	22	2.4	22	90	0	77	42	9	7	40	1.66
2550861--2551008	64	2.3	64	88	6	212	33	18	21	26	1.97
2550885--2551008	64	1.9	64	93	3	214	32	18	22	26	1.97
2552492--2552596	44	2.4	44	80	4	124	26	21	21	29	1.99
2558342--2558395	19	2.8	19	97	0	99	24	22	31	22	1.98
2558423--2558548	65	2.0	65	93	1	218	34	16	21	27	1.95
2558865--2558923	21	2.8	21	69	5	57	20	3	27	49	1.65
2558932--2558958	12	2.2	12	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2559021--2559052	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2559191--2559225	18	1.9	18	88	0	52	45	8	5	40	1.58
2560843--2560896	19	2.8	19	88	8	74	29	31	22	16	1.96
2560841--2560919	10	8.3	9	75	10	68	27	27	27	16	1.97
2568848--2568979	40	3.1	40	67	24	108	46	6	1	45	1.39
2568865--2569010	47	3.3	47	68	21	132	43	6	2	47	1.44
2568844--2569016	87	2.0	87	93	2	294	43	7	2	46	1.44
2568985--2569064	13	5.8	13	78	8	79	41	6	6	46	1.54
2568986--2569065	28	2.9	26	83	10	97	42	6	6	45	1.54
2569419--2569460	20	2.2	20	82	4	50	35	2	2	59	1.23
2571794--2571843	8	6.4	8	76	21	52	36	2	12	50	1.51
2572497--2572530	16	2.1	17	88	5	52	35	5	2	55	1.39
2574883--2574923	18	2.3	18	86	0	55	4	31	17	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576465--2576547	23	3.7	23	78	12	84	21	25	28	24	1.99
2587547--2587593	20	2.3	20	89	7	69	57	6	4	31	1.43
2592350--2592403	14	3.7	14	85	5	63	5	14	0	79	0.90
2593928--2593976	24	2.0	23	84	7	62	42	10	10	36	1.73
2595096--2595129	10	3.5	10	88	8	52	23	17	0	58	1.38
2596748--2596833	7	12.0	7	92	4	100	77	6	15	0	0.96
2596845--2596898	23	2.3	23	87	6	74	75	0	11	12	1.04
2599016--2599203	68	2.8	67	86	1	243	29	17	13	39	1.88
2600902--2600965	2	32.5	2	86	9	87	43	1	3	51	1.26
2609824--2609882	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2610010--2610195	102	1.8	102	82	0	237	32	17	8	41	1.79
2613891--2613934	21	2.1	21	83	8	54	29	0	2	68	1.02
2616328--2616367	21	1.9	21	85	10	55	35	15	12	37	1.85
2618122--2618161	21	1.9	21	85	10	55	35	15	12	37	1.85
2619558--2619640	4	21.2	4	76	20	70	75	0	21	2	0.91
2619564--2619633	18	3.9	18	75	7	79	75	0	21	2	0.93
2619590--2619641	7	7.7	7	81	12	56	78	0	19	1	0.84
2619551--2619641	25	3.8	24	79	13	89	76	0	20	2	0.88
2619564--2619636	36	2.0	36	84	5	94	76	0	20	2	0.90
2619551--2619636	29	3.1	29	74	16	101	76	0	20	2	0.89
2621609--2621880	58	4.8	56	82	7	280	33	9	19	37	1.85
2621601--2621880	114	2.4	116	79	7	300	34	9	18	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623738--2623799	23	2.7	23	87	2	81	6	19	20	53	1.67
2626163--2626227	31	2.1	31	88	0	94	32	12	12	43	1.79
2630876--2630971	46	2.0	48	96	4	178	39	16	10	33	1.83
2631303--2631359	24	2.4	24	96	0	105	31	14	12	42	1.82
2631345--2631397	18	2.8	18	83	11	63	37	16	11	33	1.85
2633540--2633567	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2635629--2635665	15	2.6	14	91	8	65	75	5	0	18	0.99
2636202--2636377	87	2.0	87	100	0	352	21	12	20	46	1.83
2639547--2639590	3	14.7	3	86	9	63	68	0	0	31	0.90
2639547--2639590	23	2.0	23	90	4	72	68	0	0	31	0.90
2640071--2640184	29	3.8	30	70	15	92	41	12	17	28	1.86
2640051--2640240	62	3.0	64	83	6	235	41	11	19	27	1.86
2640365--2640453	37	2.5	36	83	8	110	38	14	19	28	1.91
2643997--2644049	27	1.9	28	85	11	74	47	11	22	18	1.81
2647479--2647523	3	15.3	3	88	4	65	68	0	0	31	0.89
2647470--2647515	23	2.0	22	87	4	65	71	0	2	26	0.97
2649011--2649050	2	20.5	2	89	5	64	45	0	0	55	0.99
2651357--2651397	15	2.8	15	88	3	57	41	24	7	26	1.81
2651669--2651715	15	3.1	15	76	11	51	53	0	10	36	1.36
2653675--2653720	20	2.3	19	82	10	56	50	6	15	28	1.69
2658719--2658757	3	13.3	3	83	5	53	35	0	0	64	0.94
2660059--2660131	36	2.0	36	94	5	130	30	8	20	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660681--2660718	15	2.5	15	91	4	58	18	5	0	76	0.97
2662579--2662612	18	1.9	17	94	5	59	64	0	32	2	1.08
2662579--2662612	9	3.9	9	88	3	52	64	0	32	2	1.08
2671944--2672008	31	2.1	31	97	0	121	21	20	27	30	1.98
2671985--2672063	21	3.7	20	83	14	88	22	21	26	29	1.99
2672525--2672564	6	6.7	6	94	0	62	5	17	45	32	1.70
2672637--2672944	42	7.3	42	93	0	544	36	23	19	20	1.95
2676693--2677386	256	2.7	257	87	2	1002	34	16	16	33	1.91
2677515--2677568	3	17.7	3	77	11	56	33	0	3	62	1.12
2677809--2677869	30	2.0	30	100	0	122	16	29	26	27	1.97
2680648--2680735	41	2.1	43	89	6	135	21	21	22	34	1.97
2680673--2680806	71	1.9	71	95	0	241	23	23	20	31	1.98
2680749--2680846	44	2.2	45	83	5	119	20	26	21	31	1.98
2685244--2685370	53	2.4	53	94	0	218	31	22	17	28	1.97
2688737--2688802	32	2.1	32	100	0	132	40	9	9	40	1.68
2690194--2690222	9	3.2	9	100	0	58	79	0	20	0	0.74
2696943--2697164	112	2.0	108	94	4	390	30	22	11	36	1.90
2703240--2703275	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
2714541--2714579	20	2.0	20	94	0	69	43	25	7	23	1.80
2717566--2717634	23	3.0	23	80	0	75	28	24	24	21	1.99
2717653--2717867	103	2.1	103	94	0	376	37	24	12	26	1.90
2725475--2725520	19	2.4	19	81	3	56	17	0	15	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725611--2725644	14	2.4	14	100	0	68	64	14	5	14	1.46
2735149--2735255	24	4.5	24	77	6	76	38	0	38	23	1.55
2736479--2736608	41	3.2	41	81	5	140	30	17	16	34	1.93
2737269--2737307	5	7.6	5	88	5	60	20	2	2	74	1.06
2737269--2737307	16	2.5	15	91	4	60	20	2	2	74	1.06
2738848--2738911	31	2.1	31	93	0	110	37	18	6	37	1.76
2739480--2739591	35	3.2	35	88	2	145	42	17	5	33	1.72
2754734--2754797	23	2.8	23	83	9	94	28	26	26	18	1.98
2754816--2755128	103	3.0	103	93	1	547	36	23	13	27	1.92
2759132--2759179	19	2.5	19	79	3	51	47	8	12	31	1.71
2762297--2762347	19	2.7	19	90	0	75	29	1	7	60	1.36
2763578--2763622	18	2.5	18	81	0	54	68	4	4	22	1.25
2769529--2769642	41	2.8	41	80	7	133	18	18	22	40	1.91
2769722--2769748	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
2770234--2770311	6	13.5	6	95	1	126	0	16	53	29	1.43
2770409--2770484	22	3.6	22	72	16	63	35	27	19	17	1.94
2770403--2770503	20	4.9	20	74	9	87	37	24	21	15	1.93
2770428--2770522	41	2.3	41	98	0	181	34	27	18	18	1.95
2770451--2770545	21	4.6	21	80	2	120	33	26	16	23	1.96
2778006--2778040	17	2.0	18	88	5	54	17	45	22	14	1.84
2778048--2778187	29	4.8	29	90	0	217	22	10	21	45	1.83
2785245--2785406	29	5.7	28	84	3	191	22	9	25	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785274--2785406	57	2.3	57	86	7	173	23	9	26	41	1.84
2785303--2785434	28	4.6	28	79	7	99	26	8	25	40	1.84
2786943--2787152	65	3.3	63	79	12	221	26	19	24	30	1.98
2787488--2787605	64	2.0	59	87	12	170	37	11	11	40	1.76
2791188--2791214	12	2.2	12	100	0	54	40	37	7	14	1.74
2793429--2794180	54	13.9	54	83	4	802	27	18	20	33	1.96
2794131--2794223	49	2.0	46	85	14	127	27	17	20	34	1.95
2799096--2799458	161	2.2	162	86	4	511	27	16	20	35	1.94
2799096--2799452	54	6.6	54	87	4	488	27	17	20	35	1.94
2802167--2802195	15	1.9	15	100	0	58	27	10	41	20	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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