genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--302	50	5.9	51	84	10	352	27	27	14	29	1.96
1422--1547	26	4.6	27	71	20	91	6	19	0	73	1.09
1427--1530	18	5.8	18	73	17	74	6	20	0	72	1.13
1466--1553	11	7.7	11	70	12	54	5	17	1	76	1.04
1513--1554	22	1.9	22	100	0	84	4	14	0	80	0.86
1506--1553	11	4.5	11	84	2	62	6	16	0	77	0.97
7626--7667	22	1.9	22	100	0	84	42	16	0	40	1.48
9911--9971	20	2.9	21	85	4	79	16	24	37	21	1.93
9891--9971	20	3.9	20	75	12	65	14	24	37	23	1.93
22852--22902	11	4.7	11	75	4	50	0	27	1	70	0.98
22835--22907	30	2.4	30	80	11	76	2	23	1	72	1.05
22893--22948	20	2.8	20	82	12	71	5	16	1	76	1.05
26548--26586	20	2.0	19	85	14	53	56	5	2	35	1.35
26809--26873	29	2.2	30	78	13	73	60	4	4	30	1.37
27403--27427	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27787--27822	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
37773--37797	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
39056--39099	19	2.3	19	80	0	52	31	11	25	31	1.91
39059--39129	22	3.5	20	79	9	72	29	14	26	29	1.95
39460--39619	54	2.9	54	89	5	232	33	12	20	33	1.90
39825--40084	68	3.8	68	94	0	439	31	13	26	28	1.94
40034--40875	81	10.4	81	86	0	1085	34	11	23	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44587--45150	287	2.0	287	81	2	659	46	6	14	31	1.71
45500--45557	15	4.1	14	77	18	66	50	10	1	37	1.47
45425--45587	81	2.0	82	83	4	204	49	13	3	34	1.58
46855--46918	13	4.8	13	77	11	76	79	10	0	9	0.93
48292--48546	91	2.8	91	87	2	368	24	21	15	38	1.92
48596--48949	136	2.6	134	85	2	442	25	23	16	34	1.95
49562--49655	9	10.9	9	73	18	58	1	22	0	76	0.85
49566--49620	6	8.5	6	77	15	56	1	18	0	80	0.81
49566--49657	19	5.2	19	73	21	67	1	21	0	77	0.84
49566--49655	26	3.3	26	75	13	85	1	22	0	76	0.85
49561--49656	27	3.5	26	72	17	79	1	21	0	77	0.84
49561--49657	36	2.7	36	80	12	103	1	21	0	77	0.83
53375--53435	17	3.7	16	79	14	61	78	3	0	18	0.88
53377--53431	22	2.5	22	82	8	58	80	3	0	16	0.86
53377--53435	11	5.3	11	73	17	50	79	3	0	16	0.86
53482--53588	51	2.1	51	82	8	128	60	5	13	20	1.52
56218--56260	22	2.0	22	86	9	61	44	0	6	48	1.29
58718--58836	54	2.2	54	83	0	139	23	3	15	57	1.52
63744--63791	25	1.9	25	91	0	78	31	10	4	54	1.53
73051--73117	27	2.5	27	85	4	82	28	13	22	35	1.92
74064--74088	10	2.5	10	100	0	50	16	12	20	52	1.75
75354--75390	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80244--82116	138	13.6	138	87	1	2600	22	20	23	33	1.97
80244--82116	275	6.8	275	87	2	2599	22	20	23	33	1.97
80267--82117	688	2.7	685	88	2	2730	22	20	23	33	1.97
82240--82304	32	2.0	33	85	14	91	44	0	18	36	1.50
82266--82310	23	2.0	23	82	8	56	44	0	20	35	1.51
82547--82619	34	2.1	34	94	0	128	36	5	5	52	1.48
83176--83270	42	2.3	42	79	3	111	26	21	29	23	1.99
84892--84987	30	3.3	30	81	8	92	58	0	1	40	1.05
84925--84983	14	4.3	14	69	4	57	52	0	0	47	1.00
85188--85338	60	2.5	60	86	4	205	24	34	25	15	1.95
86666--86726	21	3.2	21	63	29	55	32	3	21	42	1.69
86658--86777	35	3.3	36	87	6	172	32	4	20	43	1.71
91254--91400	35	4.2	36	84	9	162	34	5	18	42	1.73
91281--91400	35	3.3	36	87	6	163	32	5	18	44	1.71
92965--93016	22	2.3	22	83	3	59	44	3	9	42	1.55
93474--93527	20	2.5	21	85	8	65	38	11	11	38	1.76
94668--94760	23	4.2	22	77	13	93	46	0	3	50	1.17
96409--96694	122	2.3	122	84	2	351	30	17	9	43	1.80
97278--97609	20	16.2	20	76	15	281	42	22	19	15	1.89
97705--97779	6	12.5	6	100	0	150	33	50	16	0	1.45
98280--98424	6	23.5	6	93	5	245	2	15	48	33	1.57
98528--98746	20	10.8	20	82	14	270	16	20	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98520--98746	60	3.7	60	83	13	302	16	19	24	38	1.92
98528--98827	40	7.4	40	85	7	344	16	19	23	40	1.90
98520--98827	20	15.2	20	75	15	235	15	19	23	41	1.90
100173--100314	75	1.9	75	91	2	232	45	11	9	33	1.73
101070--101154	43	2.0	43	86	4	118	30	21	17	30	1.96
105952--106016	10	6.3	10	72	12	51	81	0	13	4	0.84
105960--106020	17	3.8	16	82	6	79	81	0	11	6	0.85
105960--106015	7	8.1	7	76	11	53	82	0	12	5	0.83
105960--106027	16	4.2	15	78	12	64	80	0	11	7	0.89
107462--107693	125	1.9	125	90	0	374	29	21	19	29	1.98
109308--109375	35	1.9	35	85	5	93	26	1	23	48	1.59
109316--109576	49	5.3	48	71	14	147	24	0	28	46	1.56
109356--109614	7	37.5	6	69	18	59	22	0	29	47	1.52
109458--109509	22	2.4	21	81	12	61	21	0	25	53	1.45
109455--109536	43	1.9	43	82	9	105	21	0	28	50	1.49
109487--109576	28	3.2	28	75	10	85	21	0	31	47	1.51
112052--112141	17	5.3	17	98	0	162	23	20	30	26	1.98
112052--112179	34	3.7	34	89	3	177	24	20	27	28	1.99
112086--112223	23	6.0	23	69	10	75	26	21	25	26	2.00
112109--112201	11	8.6	11	66	17	52	27	21	23	26	1.99
116195--116854	341	1.9	342	91	2	1076	43	5	7	44	1.53
118524--118690	29	5.8	29	83	4	196	45	15	4	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118524--118724	58	3.5	57	82	5	208	45	15	3	34	1.65
118524--118726	29	7.0	29	79	6	187	45	15	3	34	1.65
118521--118727	87	2.4	88	82	4	240	44	15	4	35	1.66
122730--122779	22	2.3	22	82	0	64	12	32	28	28	1.92
123271--123315	14	3.1	14	87	6	54	46	4	2	46	1.35
123290--123320	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
127493--127694	29	7.0	29	77	7	178	44	13	5	37	1.67
127541--127708	58	2.9	60	85	5	204	44	13	7	35	1.72
127707--127746	18	2.2	18	90	0	62	15	20	42	22	1.88
128675--128724	26	1.9	26	84	8	66	48	2	2	48	1.24
130340--130446	31	3.6	30	68	20	91	52	9	10	28	1.66
130489--130528	21	1.9	21	89	0	62	65	0	5	30	1.14
133799--133838	14	2.9	14	85	3	55	35	20	15	30	1.93
138961--139004	21	2.1	21	83	8	54	40	11	4	43	1.61
139383--146779	134	54.9	135	79	7	5724	31	18	20	29	1.96
140222--140424	93	2.2	93	87	0	280	33	20	19	27	1.97
140094--140517	227	1.9	227	90	0	677	33	18	20	28	1.96
140812--140900	41	2.2	41	91	0	142	21	19	25	33	1.97
140684--141048	175	2.1	175	88	1	536	28	17	23	30	1.97
139362--146782	405	18.4	403	80	5	6721	31	18	20	29	1.96
139362--146782	539	13.8	538	79	6	6469	31	18	20	29	1.96
147462--147576	45	2.6	45	90	0	167	44	17	15	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147710--147847	45	3.1	45	81	3	163	39	22	17	21	1.93
149649--149694	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
152018--152053	16	2.2	17	90	9	58	58	5	11	25	1.54
152266--152509	127	1.9	129	85	4	341	44	12	17	25	1.83
153582--154284	139	5.1	139	86	0	895	26	16	27	29	1.97
153881--153979	40	2.4	41	80	10	103	27	14	28	30	1.95
154330--154530	103	1.9	104	84	1	269	36	16	16	29	1.92
154461--154524	20	3.3	20	63	12	53	39	21	18	20	1.93
154452--154612	74	2.2	74	91	0	268	35	16	21	26	1.95
154452--154614	37	4.4	37	87	0	236	35	17	21	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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