genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154627--154835	103	2.0	104	82	2	251	35	10	14	39	1.80
154855--155035	37	4.9	37	78	7	172	41	11	14	32	1.81
154873--155040	72	2.3	72	81	8	196	41	11	13	33	1.81
159854--159892	17	2.3	18	86	8	55	58	5	5	30	1.41
160739--160774	16	2.2	16	90	0	54	61	5	5	27	1.41
160805--160847	16	2.7	16	77	0	50	30	6	32	30	1.84
160930--160964	5	6.8	5	87	6	52	77	0	2	20	0.90
160832--161235	131	3.1	131	84	7	511	44	14	16	24	1.85
162670--162818	77	1.9	79	81	2	185	43	6	11	38	1.65
163904--164606	139	5.1	139	84	1	852	25	15	28	30	1.96
164921--165330	194	2.1	193	80	5	436	38	12	13	36	1.82
167978--168005	11	2.5	11	100	0	56	7	17	67	7	1.37
169763--170012	103	2.4	102	82	4	295	38	14	20	28	1.91
169930--170160	37	6.5	36	77	10	208	38	16	19	25	1.92
169961--170160	103	1.9	104	87	3	296	37	16	19	27	1.92
170099--170369	104	2.6	101	86	5	362	36	12	16	34	1.87
169821--170246	140	3.0	139	86	5	547	35	14	19	30	1.92
170111--170373	103	2.5	104	88	2	386	36	12	16	34	1.87
170326--170498	37	4.9	36	71	11	126	39	10	17	31	1.85
170393--170477	37	2.3	37	89	2	127	41	11	17	29	1.85
172462--172586	37	3.5	36	87	6	175	39	1	11	48	1.49
173699--173749	14	3.6	14	78	17	52	19	15	7	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174029--174055	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
174428--174510	28	3.4	24	78	15	80	55	1	0	43	1.07
174435--174498	28	2.3	27	87	12	87	53	1	0	45	1.10
174411--174487	40	1.9	40	82	10	95	50	2	1	45	1.23
174536--174584	22	2.2	22	88	0	71	46	0	0	53	1.00
174534--174592	30	1.9	32	89	6	95	49	0	0	50	1.00
174548--174604	22	2.7	21	81	10	62	50	0	0	49	1.00
174462--174603	79	1.9	75	80	15	166	50	0	0	48	1.11
174818--174909	42	2.2	42	92	0	148	48	19	15	16	1.81
175045--175141	32	3.0	32	80	0	104	24	7	18	49	1.73
176493--176616	3	41.3	3	100	0	248	33	0	0	66	0.92
178097--178235	62	2.2	61	80	11	140	18	7	12	61	1.55
178655--179022	131	2.8	129	84	3	441	32	11	16	40	1.83
189833--189915	1	83.0	1	71	0	58	85	0	4	9	0.73
189829--189929	35	2.9	34	88	5	132	83	0	5	10	0.81
189829--189929	9	11.2	9	78	10	84	83	0	5	10	0.81
189830--189931	19	5.7	18	75	21	74	82	0	6	10	0.84
191197--191454	134	1.9	134	82	1	320	32	22	16	28	1.96
191725--191830	3	36.7	3	92	7	184	33	0	0	66	0.92
193020--193163	75	1.9	75	81	8	177	35	15	20	28	1.93
193646--193953	45	6.9	44	83	6	316	39	9	19	31	1.83
193615--193953	135	2.5	135	84	3	405	39	9	20	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196096--196151	22	2.5	22	97	0	103	17	10	28	42	1.83
200246--200339	22	4.5	22	77	7	97	35	11	23	29	1.90
200243--200339	42	2.3	42	96	0	176	34	11	25	28	1.91
200753--201043	90	3.2	88	83	6	363	37	10	22	29	1.87
200753--201060	45	6.9	45	83	5	327	37	10	22	29	1.87
201954--202092	62	2.2	63	79	12	162	17	10	12	59	1.59
202531--202900	131	2.8	130	83	2	445	34	12	13	39	1.82
204494--204532	13	3.0	13	100	0	78	30	0	15	53	1.42
205015--205078	18	3.5	18	77	12	60	43	1	3	51	1.26
208206--208239	3	11.7	3	87	6	52	61	0	0	38	0.96
208605--209090	136	3.6	136	88	3	657	26	22	17	34	1.95
209393--209543	76	2.0	72	82	5	176	38	11	21	27	1.89
209515--209633	40	3.0	40	90	1	150	38	14	18	28	1.90
209547--209614	23	3.2	23	60	23	58	39	14	14	30	1.87
209540--209633	40	2.3	40	98	0	179	40	13	17	28	1.87
211860--211924	9	7.2	9	78	11	55	3	6	6	84	0.85
211860--211917	16	3.3	18	79	16	59	3	6	6	82	0.93
211855--211926	25	2.9	25	77	12	76	4	6	6	81	0.96
211841--211922	16	5.2	16	71	15	55	2	8	8	80	0.99
213401--213442	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
213916--213945	15	2.0	15	100	0	60	26	26	0	46	1.53
218142--218168	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218167--218193	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
218449--218538	24	3.8	24	85	5	110	16	13	11	58	1.62
218461--218526	14	5.1	13	75	18	57	16	10	12	60	1.58
218467--218511	10	4.1	10	79	20	54	17	11	11	60	1.59
218914--218946	16	2.1	16	94	0	57	3	12	24	60	1.46
220356--220393	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
220852--220897	20	2.1	23	76	23	62	43	13	21	21	1.86
220857--220899	20	2.2	20	100	0	86	41	13	23	20	1.88
221187--221219	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
222483--222644	43	3.8	42	87	2	216	27	29	14	28	1.95
222659--222867	39	5.3	39	86	4	242	36	15	16	31	1.90
222659--222871	79	2.7	79	86	2	288	37	15	16	30	1.90
222692--223259	40	14.3	40	85	3	571	41	13	15	30	1.85
223174--223242	23	3.3	23	62	29	62	39	14	13	33	1.85
223258--223366	10	12.3	9	79	16	106	0	16	0	83	0.65
223262--223367	1	106.0	1	69	0	59	0	16	0	83	0.64
223259--223369	28	4.1	27	81	15	133	0	17	0	82	0.66
223258--223369	24	4.6	24	79	14	115	0	16	0	83	0.66
223272--223371	19	5.0	20	80	17	111	0	17	0	83	0.66
226174--226252	37	2.1	37	90	4	124	17	21	15	45	1.85
227564--227603	17	2.3	18	87	8	57	60	10	5	25	1.49
227876--227961	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227978--228019	22	2.0	22	85	4	59	66	9	7	16	1.42
228414--228459	20	2.1	23	76	23	62	43	13	21	21	1.86
228419--228461	20	2.2	20	100	0	86	41	13	23	20	1.88
228749--228781	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
230272--230490	89	2.5	89	90	4	327	33	19	20	26	1.97
230467--230580	42	2.7	41	82	4	131	29	23	21	25	1.99
230625--230872	43	5.8	43	82	7	274	27	28	14	28	1.96
231035--231589	40	13.9	40	90	2	753	42	10	15	30	1.82
231399--231467	23	3.3	23	62	29	62	42	8	14	34	1.77
234497--234572	11	6.5	12	73	19	63	2	14	0	82	0.77
234498--234583	9	10.1	8	79	14	77	2	16	0	81	0.79
234520--234581	31	2.0	30	90	3	97	0	16	0	83	0.64
234492--234581	10	9.1	10	77	9	78	3	15	0	81	0.83
234510--234585	40	1.9	40	89	5	118	1	17	0	81	0.76
240342--240479	21	6.5	21	91	2	181	45	21	16	16	1.85
244845--244910	15	4.4	16	73	19	61	69	0	15	15	1.19
246150--246182	16	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
246757--246826	34	2.1	34	97	0	131	38	15	5	40	1.71
247888--247974	21	4.0	21	73	10	61	65	2	2	29	1.17
247945--247998	26	2.2	24	84	12	67	66	0	0	33	0.92
247902--248009	38	2.8	39	78	12	107	63	1	1	32	1.15
248834--248869	17	2.2	17	95	5	65	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251528--251592	22	3.0	22	93	0	112	18	20	18	43	1.89
251516--251591	12	6.7	12	75	11	79	18	22	19	39	1.92
256066--256118	3	17.3	3	88	11	81	35	0	0	64	0.94
257514--257542	14	2.1	14	100	0	58	34	20	27	17	1.95
257581--257628	16	3.0	17	85	8	57	29	6	4	60	1.40
257637--257676	21	2.0	20	90	5	62	20	0	7	72	1.08
260845--260876	16	2.0	16	100	0	64	43	12	12	31	1.80
263440--263475	9	3.9	9	92	7	63	80	0	19	0	0.71
263441--263475	10	3.6	10	96	3	63	82	0	17	0	0.66
266440--266597	75	2.1	75	89	2	237	29	16	23	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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