genome.fa.s8301.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3376434

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350647--2350711	9	7.3	9	77	10	71	0	29	0	70	0.87
2350639--2350704	8	7.8	8	75	12	60	1	25	0	72	0.93
2350675--2350723	18	2.8	18	75	6	57	0	36	0	63	0.95
2356341--2356384	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
2356346--2356576	126	1.8	125	81	8	290	45	7	7	39	1.61
2358125--2358162	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
2366180--2366231	4	14.0	4	92	8	60	26	0	0	73	0.84
2366202--2366258	3	19.0	3	82	7	71	33	0	0	66	0.92
2366190--2366242	24	2.2	25	86	10	83	26	0	0	73	0.83
2366185--2366257	36	2.0	36	86	5	103	30	0	0	69	0.88
2366197--2366243	24	2.0	24	95	0	85	27	0	0	72	0.85
2367650--2367680	16	1.9	16	93	0	53	38	3	3	54	1.32
2368058--2368097	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
2368594--2368619	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2375798--2375857	24	2.8	21	85	10	68	23	33	26	16	1.96
2379611--2379693	43	1.9	43	87	0	121	32	12	25	30	1.92
2379945--2379983	14	2.8	14	84	0	51	28	10	5	56	1.54
2399200--2399286	43	2.0	44	88	2	131	31	10	24	34	1.89
2399534--2399572	14	2.8	14	88	0	60	28	12	5	53	1.60
2405522--2405689	75	2.3	71	81	9	189	35	14	20	29	1.93
2407430--2407852	113	3.8	111	85	1	542	39	14	17	28	1.90
2407762--2408464	123	5.7	123	93	0	1185	39	14	17	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408832--2408894	3	21.0	3	87	6	92	34	0	0	65	0.93
2410655--2410697	11	3.4	13	81	12	54	48	2	0	48	1.14
2413392--2413447	11	5.2	11	77	16	55	76	0	5	17	0.96
2413383--2413447	21	3.1	22	81	18	70	76	0	4	18	0.95
2413386--2413430	17	2.6	17	80	13	56	80	0	2	17	0.82
2413386--2413452	33	2.0	34	85	11	93	76	0	7	16	1.01
2413394--2413435	13	3.2	13	80	16	50	80	0	4	14	0.86
2413529--2413638	37	3.2	36	72	21	101	57	2	7	32	1.40
2419684--2419787	46	2.3	46	89	3	156	19	16	26	37	1.92
2419721--2419766	18	2.5	19	89	7	76	17	17	28	36	1.92
2434837--2434878	19	2.2	19	91	0	66	14	30	30	23	1.94
2434861--2434911	24	2.2	24	96	3	95	17	23	39	19	1.92
2441852--2442010	64	2.5	63	81	13	168	22	20	22	35	1.96
2446520--2446678	64	2.5	64	82	11	177	21	19	23	35	1.96
2453382--2453459	23	3.5	23	80	15	85	73	0	15	11	1.11
2453387--2453480	7	13.4	7	73	23	65	73	1	13	11	1.15
2453442--2453507	6	10.8	6	72	25	50	75	3	16	4	1.09
2453410--2453515	28	3.8	27	72	20	85	76	1	12	9	1.10
2453448--2453496	18	2.6	18	83	6	62	75	4	14	6	1.14
2453469--2453506	10	4.0	10	80	13	53	81	2	15	0	0.80
2454861--2455117	54	4.7	55	88	1	347	29	17	24	27	1.98
2454861--2455109	109	2.3	109	88	1	356	29	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459241--2459300	30	2.0	31	93	3	104	33	31	8	26	1.86
2459907--2459997	3	30.7	3	89	6	141	35	1	0	63	1.02
2472823--2472906	1	84.0	1	75	0	69	86	0	11	1	0.62
2472825--2472906	24	3.6	23	80	9	96	86	0	12	1	0.63
2472820--2472907	32	2.8	32	83	13	110	85	0	13	1	0.66
2472823--2472892	9	7.4	9	85	7	86	88	0	10	1	0.57
2473216--2473260	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
2474006--2474225	114	1.9	114	95	0	395	32	15	21	29	1.95
2474921--2475540	114	5.5	111	86	7	761	37	13	20	28	1.91
2474927--2475540	225	2.7	223	85	8	800	37	13	20	28	1.91
2475670--2475758	3	30.7	3	83	10	114	37	1	1	60	1.11
2475669--2475758	11	7.8	11	85	12	119	37	1	1	60	1.12
2475673--2475758	17	5.0	17	87	5	120	37	1	1	60	1.12
2478454--2478492	19	2.1	19	100	0	78	30	20	20	28	1.98
2479829--2479915	36	2.5	35	92	1	138	26	9	29	34	1.87
2482713--2482939	113	2.0	113	97	1	429	46	8	22	22	1.78
2482930--2482979	21	2.4	21	93	0	82	54	14	6	26	1.63
2485191--2485269	36	2.2	36	100	0	158	21	24	12	41	1.87
2489533--2489773	85	2.9	85	89	4	366	34	13	9	41	1.78
2490161--2490223	30	2.1	30	81	0	72	33	11	17	38	1.85
2491070--2491107	16	2.3	17	86	4	60	57	0	0	42	0.98
2492865--2492915	3	17.0	3	80	8	59	62	1	0	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492851--2492915	29	2.2	29	84	13	80	56	1	0	41	1.08
2493071--2493674	76	8.0	76	94	3	1073	34	21	21	22	1.97
2494333--2494383	21	2.4	21	80	6	59	39	15	7	37	1.77
2496638--2496857	114	2.0	111	89	2	341	30	20	15	33	1.94
2498904--2498953	6	9.0	6	77	16	54	0	14	2	84	0.72
2498904--2498951	16	2.9	16	87	3	69	0	12	2	85	0.69
2498900--2498950	10	5.0	10	83	9	59	0	13	1	84	0.71
2503182--2503233	18	2.8	18	86	13	79	65	0	1	32	1.04
2503175--2503232	20	2.8	20	82	5	62	67	0	1	31	1.01
2503701--2503736	16	2.3	15	85	4	54	58	0	0	41	0.98
2503710--2503764	28	2.0	28	85	7	76	56	0	1	41	1.10
2503707--2503770	28	2.4	25	80	12	65	57	0	3	39	1.14
2503826--2503871	22	2.1	22	84	4	58	58	0	2	39	1.10
2503988--2504021	18	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
2504226--2504663	219	2.0	218	96	3	819	52	6	9	31	1.59
2505748--2505796	3	17.0	3	79	8	57	63	2	0	34	1.06
2506244--2506439	63	3.0	66	76	13	233	28	12	11	47	1.75
2506521--2506584	32	2.0	32	90	6	103	26	6	17	50	1.69
2521276--2521328	11	5.2	11	84	15	78	33	9	28	28	1.88
2521279--2521328	9	5.1	9	86	13	64	34	10	30	26	1.89
2521279--2521328	20	2.5	20	100	0	100	34	10	30	26	1.89
2521713--2521759	14	3.5	13	77	11	51	57	0	40	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524556--2524613	24	2.6	23	86	8	75	53	6	0	39	1.28
2524576--2524743	11	14.1	11	68	15	93	46	10	1	42	1.45
2524606--2524695	26	3.7	23	75	18	74	45	8	1	44	1.42
2524617--2524704	26	3.4	26	77	13	101	45	10	1	43	1.45
2524495--2524743	86	2.9	84	77	17	217	45	9	2	42	1.48
2524578--2524670	35	2.6	34	77	13	64	47	9	0	43	1.36
2525021--2525101	21	3.5	23	81	14	87	50	8	0	40	1.33
2525036--2525115	38	2.1	38	81	9	92	51	7	0	41	1.30
2525052--2525141	14	6.9	14	72	17	70	46	7	2	43	1.44
2525351--2525465	60	1.9	60	94	0	203	43	13	1	40	1.55
2525331--2525576	109	2.3	109	92	0	402	44	12	2	41	1.53
2525411--2525576	49	3.2	49	79	17	206	45	12	0	42	1.46
2525461--2525545	21	4.2	20	68	22	61	47	11	0	41	1.40
2525374--2525555	60	3.0	60	84	7	194	45	12	1	41	1.48
2525451--2525584	60	2.2	60	93	1	225	46	11	0	41	1.45
2529624--2529677	28	1.9	28	96	0	99	57	12	1	27	1.46
2529620--2529684	28	2.3	28	84	10	96	55	10	1	32	1.44
2529654--2529702	21	2.3	21	82	3	62	53	14	2	30	1.52
2532139--2532180	3	14.3	3	95	5	77	64	0	35	0	0.94
2538622--2538682	20	2.9	21	80	9	61	26	24	27	21	1.99
2540101--2540155	12	4.6	12	79	0	56	14	14	45	25	1.83
2545872--2545912	19	2.1	19	86	9	55	24	2	12	60	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546814--2546876	13	4.8	14	74	14	55	53	1	1	42	1.19
2546899--2546949	23	2.2	24	92	3	86	43	1	5	49	1.38
2547198--2547238	11	3.6	11	87	6	55	51	2	7	39	1.43
2547699--2547737	20	2.0	20	84	0	51	56	17	10	15	1.66
2548909--2548958	25	2.0	25	92	0	82	12	4	40	44	1.60
2548915--2548966	25	2.1	24	86	10	70	13	1	38	46	1.54
2549759--2549836	6	13.3	6	69	28	53	50	1	0	48	1.09
2549785--2549836	21	2.5	20	85	11	70	48	1	0	50	1.12
2549727--2549847	43	2.9	41	71	20	106	48	1	0	48	1.17
2549923--2549967	21	2.1	21	87	0	63	42	4	8	44	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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