genome.fa.s8302.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008302.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110988_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3402722

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  11  of  17  ( 1926 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059922--2060001	32	2.4	33	87	6	108	52	30	5	12	1.60
2060235--2060276	22	1.9	21	85	9	57	30	11	7	50	1.66
2060266--2060295	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2062950--2063048	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2063016--2063208	20	9.6	20	83	5	237	34	27	19	18	1.95
2063588--2063658	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2063738--2063833	21	4.7	21	77	10	108	47	16	21	13	1.81
2063740--2063830	42	2.2	40	88	3	128	48	16	21	13	1.80
2063853--2063892	19	2.1	19	95	0	71	12	22	17	47	1.81
2063858--2063966	19	5.8	19	75	14	102	11	22	17	47	1.80
2063902--2063966	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2065651--2065873	93	2.4	93	99	0	437	22	13	18	44	1.85
2065987--2066080	33	2.8	33	86	0	143	48	26	15	8	1.74
2065971--2066080	19	6.3	19	71	20	78	47	27	15	10	1.77
2066076--2066248	19	9.6	19	76	12	159	10	20	23	45	1.81
2066098--2066154	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
2066076--2066248	33	4.8	38	80	8	168	10	20	23	45	1.81
2068169--2068204	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2068311--2068389	19	4.4	19	76	16	96	46	16	22	13	1.82
2068404--2068693	72	4.1	69	77	16	292	14	22	16	46	1.83
2068406--2068679	125	2.2	125	87	6	378	14	22	16	46	1.83
2068422--2068693	53	5.2	52	88	8	392	13	22	16	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070977--2071001	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2071915--2072105	20	9.6	20	85	4	224	20	17	25	35	1.95
2071920--2072142	60	3.7	60	80	4	182	19	17	25	36	1.94
2076220--2076263	2	22.0	2	90	0	70	54	0	45	0	0.99
2076212--2076263	12	4.3	12	95	0	86	55	0	42	1	1.10
2078691--2078754	27	2.5	25	74	20	60	26	7	3	62	1.38
2085567--2085661	48	2.0	48	81	8	113	26	14	31	27	1.95
2091716--2091769	28	1.9	28	88	0	81	24	12	18	44	1.85
2092663--2092699	16	2.3	16	95	0	65	43	8	27	21	1.80
2096606--2096641	16	2.2	16	95	0	63	38	5	27	27	1.79
2096593--2096640	25	1.9	25	84	16	64	43	4	25	27	1.72
2100386--2100439	23	2.3	23	83	6	63	25	7	11	55	1.61
2101144--2101191	22	2.3	22	89	7	73	20	4	0	75	0.97
2106635--2106708	23	3.2	23	98	0	139	33	13	18	33	1.90
2107272--2107317	19	2.3	20	88	7	67	28	2	0	69	1.00
2110596--2110642	23	2.0	23	95	0	85	31	19	21	27	1.97
2110945--2111192	84	3.0	83	90	3	367	41	4	10	43	1.59
2121279--2121471	98	2.0	98	91	0	314	21	20	20	36	1.95
2122427--2122463	19	1.9	19	100	0	74	70	8	0	21	1.13
2129851--2129887	19	1.9	19	100	0	74	70	8	0	21	1.13
2142555--2142591	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2143921--2143959	21	1.9	20	84	5	51	30	20	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146840--2146880	21	2.0	21	90	0	64	29	24	12	34	1.91
2147241--2147274	13	2.8	12	86	8	50	20	8	0	70	1.13
2150010--2150040	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2150859--2150933	5	15.2	5	78	15	68	58	1	0	40	1.06
2151085--2151114	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
2154562--2154952	186	2.1	187	89	3	587	46	8	3	41	1.52
2159876--2159900	10	2.5	10	100	0	50	48	20	0	32	1.50
2160260--2160319	19	3.1	19	70	27	54	26	30	28	15	1.96
2161502--2161541	17	2.4	17	100	0	80	52	22	0	25	1.47
2167158--2167196	19	2.0	19	90	5	60	58	2	5	33	1.33
2168754--2168796	19	2.3	19	80	11	52	20	0	20	58	1.40
2179901--2179945	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
2179925--2180219	149	2.0	149	93	2	504	35	19	17	27	1.94
2181102--2181136	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2181709--2181752	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
2182320--2182630	156	2.0	154	97	2	568	35	18	10	35	1.85
2185304--2185390	35	2.5	34	78	12	88	54	11	6	27	1.62
2189269--2189319	16	3.2	16	88	0	84	19	23	13	43	1.87
2189586--2189635	23	2.1	24	88	3	75	44	0	4	52	1.20
2192028--2192280	18	14.2	18	66	21	106	42	6	7	43	1.57
2192003--2192204	51	3.8	50	69	20	135	42	5	6	45	1.54
2192038--2192155	33	3.8	33	73	19	128	43	6	7	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192036--2192299	51	4.9	56	73	18	256	42	6	7	43	1.57
2192147--2192301	33	4.5	33	81	10	186	42	6	6	44	1.55
2192097--2192256	86	1.9	85	90	2	259	43	6	6	43	1.58
2192293--2192323	14	2.2	14	100	0	62	22	0	25	51	1.48
2192330--2192404	34	2.2	33	83	6	89	44	1	8	46	1.41
2192365--2192405	20	2.0	20	90	0	64	51	0	4	43	1.23
2192397--2192473	14	5.6	14	73	10	52	50	27	1	20	1.56
2192410--2192473	28	2.3	27	81	7	76	50	29	1	18	1.57
2192410--2192473	7	9.3	7	75	16	53	50	29	1	18	1.57
2192476--2193379	209	4.2	215	91	3	1448	30	11	8	49	1.68
2196933--2196996	20	3.2	20	91	4	103	34	17	9	39	1.82
2201190--2201226	15	2.4	16	91	8	60	64	0	0	35	0.94
2212475--2212544	18	3.7	18	76	14	77	21	22	31	24	1.98
2228156--2228198	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2228335--2228397	32	2.0	32	87	0	90	28	19	12	39	1.88
2230260--2230294	18	1.9	18	100	0	70	8	28	17	45	1.77
2231605--2231660	19	2.8	21	81	5	71	16	26	32	25	1.96
2237500--2237537	21	1.9	19	85	15	51	13	23	36	26	1.91
2238640--2238680	20	2.0	20	90	0	64	46	0	2	51	1.14
2238857--2238918	27	2.3	27	83	10	83	56	1	3	38	1.25
2238951--2238981	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2240016--2240164	60	2.5	59	75	9	149	42	5	17	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246117--2246168	3	17.0	3	84	4	68	32	1	1	63	1.16
2247556--2247626	15	4.6	15	69	19	56	28	5	1	64	1.24
2248059--2248094	17	2.3	15	90	9	54	61	0	2	36	1.11
2248531--2248586	30	2.0	29	82	10	71	32	5	1	60	1.29
2250681--2250778	37	2.7	36	78	7	92	19	18	9	53	1.71
2254891--2255114	114	2.0	114	89	0	340	33	16	20	30	1.94
2257292--2257437	54	2.8	54	77	10	142	40	15	21	22	1.90
2257800--2257876	22	3.5	22	89	0	118	36	11	11	40	1.78
2258427--2258799	187	2.0	185	91	3	606	31	13	14	40	1.86
2258740--2259149	76	5.4	76	98	0	784	22	19	22	34	1.96
2259294--2259345	3	17.0	3	84	4	68	32	1	1	63	1.16
2260730--2260800	15	4.6	15	69	19	56	28	5	1	64	1.24
2261233--2261268	17	2.3	15	90	9	54	61	0	2	36	1.11
2262969--2263038	18	3.9	18	90	0	113	18	22	34	24	1.96
2267339--2267372	7	5.0	7	89	7	52	32	0	26	41	1.56
2268064--2268195	66	2.0	66	84	0	174	35	7	18	37	1.80
2271703--2271730	8	3.5	8	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2273011--2273104	39	2.4	39	94	0	161	23	2	23	51	1.59
2273040--2273103	21	3.2	20	66	20	53	26	3	21	48	1.65
2274669--2274785	60	2.0	60	84	3	155	36	2	24	35	1.70
2274672--2274821	60	2.5	60	79	6	151	42	4	20	33	1.71
2275125--2275173	16	3.1	16	75	0	53	20	0	6	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275187--2275229	17	2.6	16	82	10	50	11	11	2	74	1.17
2275168--2275232	29	2.2	29	84	10	80	9	12	3	75	1.15
2275299--2275330	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
2275433--2275488	22	2.7	21	89	8	87	39	1	35	23	1.65
2276474--2276618	76	1.9	76	85	5	204	28	2	10	59	1.42
2277216--2277249	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
2277304--2277357	7	7.7	7	80	0	63	20	1	0	77	0.86
2277304--2277357	21	2.6	21	87	0	72	20	1	0	77	0.86
2277287--2277367	21	3.9	21	73	16	62	23	3	0	72	1.00
2277333--2277375	19	2.3	19	80	12	52	25	4	0	69	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17