genome.fa.s8302.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008302.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110988_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3402722

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280267--2280343	36	2.1	36	85	7	102	48	1	3	46	1.28
2280484--2280526	20	2.3	18	80	11	50	20	25	9	44	1.81
2282432--2282466	15	2.3	15	90	0	52	51	5	37	5	1.50
2287823--2287866	22	1.9	23	81	9	54	56	0	4	38	1.20
2288455--2288479	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2288688--2288726	21	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
2288688--2288728	22	2.0	20	85	9	55	65	0	0	34	0.93
2288720--2288822	49	2.1	48	89	3	161	58	2	9	29	1.45
2290478--2290513	18	1.9	19	88	5	56	75	0	2	22	0.94
2290471--2290514	13	3.5	12	81	9	52	72	0	2	25	0.96
2290539--2290580	16	2.7	16	81	3	50	57	4	9	28	1.51
2292649--2292705	20	2.7	22	84	15	84	33	15	21	29	1.94
2292609--2292705	42	2.3	41	86	8	126	32	15	22	28	1.95
2293543--2293613	21	3.3	21	69	21	56	25	16	25	32	1.96
2298350--2298597	43	5.8	42	84	3	309	17	24	23	34	1.96
2298350--2298597	85	2.9	85	88	3	356	17	24	23	34	1.96
2298359--2298597	128	1.9	128	91	1	390	17	24	24	33	1.96
2300534--2300653	57	2.1	57	93	0	204	21	32	23	22	1.98
2303058--2303305	43	5.8	43	87	2	340	16	24	24	33	1.96
2303059--2303305	85	2.9	85	89	2	379	17	24	24	33	1.96
2303062--2303305	128	1.9	128	91	1	400	16	24	25	33	1.96
2306899--2306998	42	2.4	42	89	0	155	32	14	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307877--2307947	23	3.2	22	77	15	83	26	15	23	33	1.95
2309796--2309823	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2311308--2311340	13	2.5	13	95	0	57	9	15	0	75	1.03
2315029--2315101	35	2.1	36	84	2	94	19	23	20	36	1.95
2315219--2315261	18	2.4	18	100	0	86	20	39	13	25	1.90
2317881--2317910	13	2.3	13	94	0	51	23	3	0	73	0.98
2319620--2319677	13	4.6	13	72	12	50	53	27	1	17	1.53
2319621--2319683	24	2.6	23	78	12	72	55	26	1	15	1.50
2321815--2322010	45	4.4	45	85	5	254	30	17	11	40	1.85
2328488--2328600	45	2.5	45	85	2	156	30	18	11	38	1.86
2335470--2335695	122	1.9	119	79	6	258	38	10	18	33	1.84
2342586--2342616	13	2.5	12	90	10	53	51	0	0	48	1.00
2342748--2342794	2	23.5	2	93	0	76	44	2	0	53	1.12
2344011--2344060	26	1.9	26	87	0	73	32	2	12	54	1.49
2344675--2344710	18	1.9	19	88	5	56	38	8	2	50	1.47
2347673--2348100	54	8.2	54	83	8	462	38	17	13	29	1.89
2347887--2348078	46	4.0	46	81	10	224	40	17	11	30	1.85
2360389--2360458	26	2.6	27	95	2	124	50	4	14	31	1.62
2360721--2360763	3	14.3	3	95	0	68	27	32	0	39	1.57
2361245--2361313	3	22.7	3	97	2	129	68	0	0	31	0.90
2361414--2361463	25	2.0	25	92	7	84	50	20	12	18	1.78
2361804--2361832	11	2.5	12	88	11	51	27	0	17	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364645--2364704	20	3.0	19	80	7	66	76	1	3	18	1.00
2364664--2364705	10	4.4	9	83	16	50	76	0	4	19	0.96
2364772--2364830	31	1.9	32	89	6	95	37	13	5	44	1.66
2365217--2365331	44	2.6	44	80	2	124	25	16	24	33	1.96
2375151--2375197	18	2.6	18	86	6	60	31	10	0	57	1.33
2376412--2376478	16	3.8	18	75	16	70	76	0	2	20	0.92
2376461--2376519	24	2.5	24	80	2	66	69	0	5	25	1.09
2377650--2377686	16	2.3	16	90	9	58	78	0	0	21	0.75
2377653--2377683	11	2.7	11	95	5	53	80	0	0	19	0.71
2377700--2377993	36	7.9	36	74	13	208	45	7	4	43	1.50
2377722--2377934	73	2.9	72	79	12	193	46	7	5	40	1.55
2377836--2377860	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2377872--2377896	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2377704--2377966	110	2.4	108	80	10	266	45	7	4	42	1.53
2378609--2379103	164	3.0	164	87	1	697	24	20	24	30	1.99
2384222--2384280	8	7.2	8	75	16	50	74	0	5	20	1.00
2384268--2384326	24	2.5	24	80	2	66	69	0	5	25	1.09
2385457--2385493	16	2.3	16	90	9	58	78	0	0	21	0.75
2385460--2385490	11	2.7	11	95	5	53	80	0	0	19	0.71
2385507--2385774	36	7.2	36	73	13	165	45	7	4	42	1.52
2385529--2385666	74	1.9	71	85	8	188	45	8	5	40	1.57
2385642--2385666	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385507--2385798	72	3.9	74	78	10	265	45	7	4	43	1.50
2385678--2385702	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2385493--2385844	34	9.5	37	73	13	233	46	7	3	42	1.50
2387413--2387449	10	3.7	10	92	7	58	78	0	13	8	0.96
2390502--2390531	9	3.3	9	100	0	60	70	0	10	20	1.16
2400263--2400293	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
2403519--2403605	35	2.5	34	77	18	90	55	9	8	27	1.60
2403596--2403672	34	2.2	35	82	11	88	61	15	1	22	1.42
2406111--2406153	3	14.7	3	80	4	52	32	2	2	62	1.20
2409305--2409682	185	2.0	185	96	0	702	37	5	20	36	1.75
2409744--2409771	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2410037--2410128	32	2.9	31	76	12	98	34	17	15	32	1.91
2411173--2411271	51	1.9	51	89	0	153	23	29	32	15	1.95
2411460--2411564	30	3.6	29	71	23	87	42	2	1	52	1.27
2411463--2411551	13	6.5	14	68	19	53	42	2	2	52	1.26
2411463--2411569	57	1.9	57	90	3	173	41	2	3	52	1.34
2411538--2411612	30	2.5	29	81	12	80	42	8	4	45	1.52
2411658--2411691	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2412689--2412725	19	2.0	18	89	5	56	67	0	5	27	1.12
2414583--2414659	31	2.5	31	87	4	93	28	23	10	37	1.88
2415591--2415716	63	2.0	64	85	1	173	11	32	7	48	1.67
2418473--2418520	14	3.2	14	85	11	60	75	0	4	20	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418482--2418530	22	2.2	23	85	3	64	71	0	2	26	0.97
2418538--2418970	34	12.2	35	76	16	294	44	7	3	45	1.48
2418540--2418870	34	9.5	35	81	10	319	44	5	3	46	1.43
2418613--2418942	71	4.6	69	80	12	224	44	6	3	44	1.48
2418964--2419095	2	67.5	2	85	4	180	46	0	3	48	1.25
2419068--2419106	18	2.2	18	90	0	60	58	2	0	38	1.12
2419146--2419172	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2419192--2419228	19	1.9	19	88	0	56	56	2	0	40	1.13
2420152--2420447	43	6.9	43	91	3	458	34	25	23	16	1.95
2420125--2420447	129	2.5	129	92	2	526	35	25	22	17	1.95
2424404--2424804	80	4.9	80	84	4	489	26	20	21	30	1.98
2424947--2425020	37	2.0	38	83	2	96	44	12	16	27	1.82
2424993--2425036	21	2.1	21	91	0	70	50	15	15	18	1.79
2424964--2425073	58	1.9	58	84	3	150	46	14	18	20	1.84
2425103--2425254	36	4.2	36	90	0	241	39	11	19	28	1.87
2425160--2425224	21	3.4	21	64	24	61	44	9	21	24	1.81
2426566--2426829	95	2.7	95	86	6	345	32	18	17	32	1.94
2428728--2428772	21	2.1	22	87	4	65	24	11	4	60	1.49
2429051--2429104	25	2.2	25	100	0	108	18	40	11	29	1.85
2429385--2429434	19	2.6	19	93	0	91	20	32	16	32	1.94
2432732--2432800	23	3.0	23	76	0	75	33	26	24	15	1.95
2433329--2433598	134	2.0	135	98	1	524	32	11	7	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434468--2434525	20	2.7	20	81	10	62	27	20	18	32	1.97
2438616--2438649	14	2.5	14	95	4	61	79	0	5	14	0.91
2438691--2439022	38	9.2	37	83	11	372	44	6	3	45	1.46
2438682--2438973	75	4.0	74	77	17	269	44	5	3	45	1.45
2438986--2439042	27	2.2	26	84	6	78	43	5	1	49	1.35
2438946--2439075	63	2.0	64	85	12	180	46	5	3	44	1.41
2438741--2439022	75	3.9	71	85	9	251	44	6	4	45	1.48
2439014--2439112	37	2.6	37	79	9	103	44	7	2	46	1.42
2439145--2439236	2	47.0	2	90	4	143	51	1	0	47	1.07
2440977--2441106	64	2.0	64	92	0	215	23	23	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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