genome.fa.s8302.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008302.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110988_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3402722

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441122--2441250	31	4.0	31	72	16	109	39	8	3	48	1.49
2441122--2441308	30	6.1	29	68	19	80	40	8	3	47	1.50
2441147--2441264	38	3.3	38	70	20	101	41	7	3	47	1.49
2441122--2441270	68	2.2	69	86	4	212	40	7	3	48	1.48
2441200--2441326	58	2.3	56	82	9	163	41	8	3	45	1.53
2441266--2441339	33	2.4	31	84	11	89	43	10	2	43	1.53
2441185--2441339	30	5.1	30	74	10	102	42	7	3	46	1.48
2441472--2441510	16	2.4	17	91	4	62	56	5	12	25	1.57
2443155--2443280	63	2.0	64	87	1	182	11	31	6	50	1.64
2444101--2444156	14	3.9	14	74	4	58	41	12	16	30	1.85
2444093--2444153	29	2.1	29	96	0	113	37	14	14	32	1.87
2446912--2446956	23	2.0	23	81	0	54	33	20	24	22	1.97
2448310--2448349	20	2.1	19	85	4	53	42	5	20	32	1.73
2450063--2450098	16	2.2	17	90	5	56	36	0	19	44	1.51
2450555--2450587	16	2.1	16	88	5	50	57	6	21	15	1.59
2452803--2452831	13	2.1	14	93	6	51	51	0	13	34	1.42
2454898--2454932	17	2.1	17	89	5	54	48	5	22	22	1.72
2454885--2454932	17	3.0	16	81	6	53	50	8	20	20	1.74
2456535--2456928	204	1.9	204	92	1	664	36	13	13	35	1.85
2458507--2458535	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2460036--2460086	25	2.0	26	84	3	68	33	5	3	56	1.42
2460271--2460372	45	2.3	45	81	3	116	38	7	13	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460291--2460485	45	4.3	44	73	10	135	38	8	14	37	1.77
2460632--2460975	58	5.9	57	80	8	304	39	7	10	42	1.67
2460632--2460941	116	2.7	115	82	4	365	39	7	10	42	1.67
2460634--2460984	116	3.0	114	78	9	352	39	7	9	42	1.67
2460632--2460975	174	2.0	175	80	8	398	39	7	10	42	1.67
2460911--2461035	57	2.2	57	84	4	153	37	6	8	48	1.58
2461072--2461260	39	4.8	38	82	5	207	38	4	12	44	1.63
2461072--2461261	78	2.4	79	84	6	244	37	4	12	45	1.63
2465492--2466904	703	2.0	705	90	1	2212	39	13	16	30	1.87
2469012--2469170	78	2.0	79	97	1	302	40	14	20	24	1.89
2480649--2480707	29	2.0	29	83	3	73	27	8	8	55	1.58
2480475--2480832	183	2.0	182	87	5	517	30	10	11	47	1.73
2480896--2480976	32	2.5	33	82	6	103	59	1	4	34	1.27
2481008--2481078	25	2.9	25	76	16	76	50	0	4	45	1.21
2489559--2489593	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2489890--2489952	31	2.0	31	87	6	92	42	15	31	9	1.79
2490688--2490744	28	2.1	27	83	9	71	47	7	1	43	1.40
2494177--2494241	27	2.4	28	92	2	105	43	24	10	21	1.84
2495147--2495185	19	2.1	19	85	9	53	12	17	15	53	1.72
2495248--2495371	66	1.9	66	84	0	167	20	18	25	36	1.95
2495511--2495544	13	2.6	14	86	13	54	32	5	20	41	1.76
2509530--2509631	31	3.3	29	74	15	73	47	1	0	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509574--2509627	23	2.3	23	84	6	65	55	1	1	40	1.21
2509669--2509754	27	3.1	27	71	18	70	47	1	3	47	1.26
2509769--2509812	22	2.0	22	86	4	61	54	2	2	40	1.25
2509908--2509946	19	2.2	17	86	9	51	61	0	0	38	0.96
2509915--2509966	27	1.9	27	84	7	70	55	0	0	44	0.99
2510075--2510108	14	2.3	15	85	10	52	55	0	0	44	0.99
2512400--2512425	6	4.3	6	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2514847--2514878	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2515810--2515876	34	1.9	34	82	14	84	20	11	19	47	1.81
2520461--2520487	14	1.9	14	100	0	54	37	33	14	14	1.88
2520069--2520686	309	2.0	309	96	0	1139	33	14	15	35	1.88
2524658--2524701	20	2.3	19	85	14	63	34	2	2	61	1.21
2526173--2526210	20	1.9	19	94	5	67	31	2	2	63	1.22
2527438--2527480	20	2.2	20	95	0	77	25	39	23	11	1.88
2527475--2527545	22	3.2	22	89	0	97	16	21	25	36	1.94
2528245--2528320	31	2.5	31	91	0	116	14	23	30	31	1.94
2530013--2530040	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2531705--2531754	21	2.4	21	100	0	100	26	14	14	46	1.81
2535868--2535893	12	2.2	12	100	0	52	7	26	7	57	1.54
2536472--2536501	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2536522--2536684	85	1.9	85	82	2	202	30	18	19	31	1.96
2536663--2536698	13	2.8	13	91	0	54	38	8	22	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537588--2537637	19	2.7	19	75	12	50	38	0	2	60	1.09
2538662--2538686	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2538686--2538713	14	2.0	14	100	0	56	57	0	42	0	0.99
2539040--2539757	364	2.0	363	85	4	993	35	22	17	25	1.95
2540148--2540252	24	4.4	24	76	0	102	47	17	14	20	1.82
2540168--2540226	12	4.9	12	74	12	50	40	18	20	20	1.91
2542829--2542867	15	2.6	15	87	0	60	25	20	33	20	1.97
2542837--2542870	8	4.4	8	88	7	52	23	23	35	17	1.95
2542857--2542901	13	3.5	13	81	0	54	17	20	42	20	1.90
2546950--2546979	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
2551073--2551109	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
2554969--2555009	2	20.0	2	85	5	55	48	2	0	48	1.14
2556065--2556161	42	2.3	42	96	0	176	35	13	21	29	1.92
2556865--2556928	32	2.0	32	87	0	92	28	20	20	31	1.97
2556914--2556963	22	2.3	22	85	0	64	30	18	24	28	1.97
2557124--2557172	22	2.3	22	80	13	57	28	0	30	40	1.57
2559251--2559313	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
2560648--2560704	21	2.7	21	88	0	78	43	14	14	28	1.83
2560695--2560859	77	2.1	77	98	0	321	38	14	21	25	1.92
2562350--2562413	32	2.0	32	90	0	101	25	20	21	32	1.97
2562390--2562448	22	2.7	21	82	10	64	25	20	23	30	1.98
2562436--2562497	27	2.3	27	81	13	92	22	29	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562974--2563207	116	2.0	116	94	0	414	31	10	17	41	1.83
2563999--2564034	19	1.9	18	88	5	54	58	8	2	30	1.42
2573727--2573806	23	3.6	23	73	8	85	27	26	22	23	2.00
2573707--2573801	44	2.2	42	87	7	129	29	26	20	24	1.99
2573707--2573822	44	2.7	42	77	13	112	29	26	21	22	1.99
2581166--2581205	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
2583597--2583630	15	2.3	15	100	0	68	41	17	8	32	1.80
2585003--2585097	44	2.2	43	87	7	131	29	24	21	25	1.99
2587637--2587771	64	2.1	65	84	6	177	29	23	17	28	1.97
2589314--2589524	103	2.1	102	94	0	368	35	14	14	36	1.87
2590682--2590718	17	2.3	17	90	9	60	8	13	0	78	0.96
2594216--2594261	22	2.1	22	84	4	58	60	2	8	28	1.38
2611895--2612046	32	4.8	32	82	3	146	31	17	13	37	1.89
2614435--2614513	5	15.8	5	98	0	104	40	11	0	48	1.39
2614791--2614817	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2618256--2618334	39	2.0	39	92	0	131	41	5	7	45	1.54
2636032--2636056	10	2.5	10	100	0	50	36	20	20	24	1.95
2637880--2637912	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2644541--2644566	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2644665--2644785	50	2.5	49	80	10	131	61	2	1	33	1.19
2645841--2645884	3	15.0	3	84	13	56	68	2	0	29	1.02
2645841--2645884	19	2.5	18	82	13	56	68	2	0	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646053--2646689	38	17.5	35	73	15	195	24	23	11	40	1.88
2646053--2646749	39	19.0	38	78	13	565	23	24	11	40	1.88
2646053--2646749	77	9.5	76	78	13	639	23	24	11	40	1.88
2646276--2646336	20	3.1	20	63	13	54	24	26	9	39	1.86
2646075--2646749	148	4.6	143	78	10	536	23	24	11	40	1.88
2646235--2646448	104	2.1	102	87	4	313	23	23	11	41	1.86
2646338--2646749	75	5.4	76	81	9	443	23	25	11	39	1.88
2646270--2646471	104	2.0	103	79	3	217	23	23	11	40	1.88
2646146--2646543	213	1.9	210	83	9	522	23	23	12	40	1.88
2646338--2646749	113	3.6	113	80	10	414	23	25	11	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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