genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139821--2139880	31	2.0	29	84	12	77	51	3	16	28	1.60
2139941--2139974	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2150871--2150967	31	3.1	31	89	2	149	22	17	25	34	1.96
2150944--2151003	22	2.7	22	84	0	75	21	20	26	31	1.98
2153050--2153091	22	1.9	22	90	0	66	30	4	0	64	1.14
2153070--2153142	31	2.3	31	85	2	92	38	6	4	50	1.48
2153135--2153208	24	3.1	23	77	13	60	36	2	0	60	1.11
2153068--2153218	29	5.2	29	75	8	137	39	4	1	54	1.33
2153241--2153321	29	2.7	30	83	7	112	49	2	9	38	1.49
2153354--2153400	18	2.6	18	86	3	58	38	0	12	48	1.41
2156172--2156235	26	2.5	26	100	0	128	0	10	42	46	1.39
2157691--2157741	22	2.3	23	82	3	59	52	5	1	39	1.37
2158000--2158032	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
2158002--2158053	21	2.4	22	81	18	56	48	1	1	48	1.24
2159705--2159750	20	2.3	19	85	7	56	43	0	4	52	1.21
2174570--2174609	20	2.0	21	90	5	64	15	12	35	37	1.85
2178722--2178763	16	2.7	15	82	13	50	21	7	2	69	1.25
2180225--2180288	17	3.6	17	74	12	56	26	29	25	18	1.98
2180223--2180317	37	2.5	38	86	3	138	24	27	24	24	2.00
2180505--2180554	17	2.9	17	71	11	57	30	16	8	46	1.75
2180500--2180578	34	2.3	34	86	8	106	30	16	8	44	1.78
2187064--2187159	38	2.5	38	89	0	147	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187308--2187434	39	2.9	45	83	16	187	31	17	7	43	1.77
2193300--2193343	22	2.0	23	86	8	65	25	18	15	40	1.90
2196703--2196741	20	1.9	21	94	5	71	15	15	30	38	1.88
2204294--2204455	81	2.0	81	93	0	279	25	28	18	27	1.98
2209566--2209618	21	2.5	21	84	0	70	30	16	15	37	1.90
2214469--2214576	10	11.1	10	76	13	109	18	22	28	30	1.97
2214469--2214578	19	5.7	19	89	3	157	18	23	28	30	1.98
2214469--2214578	39	2.8	39	91	1	168	18	23	28	30	1.98
2214572--2214629	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
2222642--2222718	31	2.5	31	78	2	82	15	27	29	27	1.96
2226098--2226151	21	2.6	21	78	0	63	38	5	16	38	1.72
2227774--2227920	70	2.1	70	83	6	181	25	21	24	28	1.99
2227829--2227878	20	2.5	20	86	3	64	20	20	26	34	1.96
2227795--2227936	70	2.0	71	82	8	173	24	21	23	30	1.99
2231847--2231886	21	1.9	21	84	0	53	30	10	20	40	1.85
2231926--2231959	17	2.1	17	88	5	52	38	5	17	38	1.74
2231709--2232015	147	2.1	147	97	0	589	33	12	17	37	1.86
2232094--2232144	23	2.3	23	93	3	86	15	25	25	33	1.95
2235105--2235149	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2242171--2242486	150	2.1	149	94	1	553	33	21	18	26	1.96
2244745--2244779	5	7.0	5	100	0	70	60	20	0	20	1.37
2246465--2246725	43	6.0	43	75	5	240	50	6	17	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246469--2246703	87	2.8	84	81	10	253	50	6	16	26	1.69
2249745--2249777	2	16.5	2	93	0	57	3	45	0	51	1.16
2255614--2255644	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2258619--2258655	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2259017--2259064	23	2.1	23	92	0	78	27	14	25	33	1.94
2261712--2261832	46	2.7	44	86	10	147	33	8	21	36	1.83
2263154--2263192	20	2.0	20	89	0	60	51	0	5	43	1.24
2263980--2264021	14	2.9	15	82	13	52	38	0	7	54	1.28
2264918--2265074	65	2.4	65	92	1	251	31	16	25	26	1.97
2268421--2268454	17	1.9	18	88	5	52	52	2	5	38	1.41
2268755--2268799	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2274597--2274621	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2279977--2280007	10	3.1	10	95	0	53	25	32	41	0	1.56
2284082--2284208	40	3.2	40	78	7	132	30	17	18	33	1.94
2284107--2284215	40	2.7	41	81	4	141	27	17	20	34	1.95
2284231--2284330	44	2.3	44	84	3	130	27	19	22	32	1.97
2286471--2286734	81	3.3	79	79	8	248	33	17	18	31	1.94
2291944--2291991	24	2.0	24	95	0	87	25	31	16	27	1.97
2293547--2293653	36	3.0	36	97	0	196	23	22	19	34	1.96
2301876--2301913	18	2.1	18	95	0	67	39	15	26	18	1.91
2306577--2306658	32	2.6	30	81	7	92	25	6	18	50	1.70
2307245--2307309	29	2.2	29	89	5	96	29	12	10	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307363--2307419	29	2.0	29	93	3	98	24	10	10	54	1.66
2307260--2307451	105	1.8	105	82	6	246	27	8	9	53	1.63
2308383--2308420	11	3.5	11	82	7	51	65	0	2	31	1.06
2308657--2308814	67	2.4	67	81	4	194	38	15	22	23	1.92
2311289--2311338	22	2.3	22	100	0	100	14	4	46	36	1.63
2313765--2313914	77	1.9	77	87	0	219	27	12	11	49	1.74
2325197--2325301	35	3.1	34	67	20	78	22	2	26	47	1.65
2326077--2326143	29	2.3	30	84	7	84	34	2	32	29	1.73
2339660--2339692	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2339935--2340000	20	3.0	22	76	17	73	42	4	16	36	1.69
2339945--2339998	10	5.1	10	74	12	54	44	3	14	37	1.63
2340816--2340892	24	3.2	24	90	1	120	33	22	24	19	1.97
2346414--2346445	15	2.1	15	100	0	64	21	28	6	43	1.77
2346420--2346453	15	2.3	15	89	0	50	17	38	5	38	1.74
2347242--2347303	23	2.7	23	79	0	79	38	24	20	16	1.92
2352480--2352602	63	2.0	63	80	3	140	45	3	6	44	1.45
2358572--2358644	18	3.8	18	71	16	65	58	4	5	31	1.39
2358568--2358658	41	2.2	41	98	0	173	59	3	4	32	1.33
2358590--2358658	23	3.2	22	68	19	65	59	2	2	34	1.27
2358686--2358716	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
2359714--2359741	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2363717--2363802	43	2.0	43	84	6	113	34	22	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370440--2370471	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2371770--2371815	22	2.0	23	87	4	67	34	19	13	32	1.90
2371938--2372016	31	2.7	29	78	11	88	34	16	5	44	1.70
2372497--2372547	24	2.2	23	89	6	77	49	7	0	43	1.32
2372829--2372927	31	3.1	32	84	7	121	26	11	21	41	1.86
2379751--2379826	31	2.5	31	76	4	82	34	26	25	14	1.94
2383028--2383097	29	2.4	30	81	13	83	34	18	8	38	1.81
2383047--2383102	29	1.9	29	89	7	87	30	16	8	44	1.78
2393481--2393510	14	2.1	15	93	6	53	76	0	0	23	0.78
2406915--2407403	228	2.1	228	96	1	910	44	7	8	39	1.64
2407452--2407498	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
2407633--2407679	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2407642--2407684	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2409896--2409939	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2409973--2410038	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2411808--2411855	18	2.6	19	86	6	71	31	2	10	56	1.45
2411972--2413730	197	8.9	200	95	2	3146	36	14	17	30	1.90
2415171--2415262	6	15.3	6	81	0	76	36	6	34	21	1.80
2415186--2415266	3	27.0	3	78	0	81	35	4	34	24	1.77
2415174--2415250	36	2.1	36	92	0	127	35	7	35	22	1.83
2415174--2415262	12	7.4	12	87	0	97	35	6	34	22	1.81
2415171--2415262	18	5.1	18	79	0	85	36	6	34	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416739--2417587	183	4.7	181	92	2	1418	35	14	16	32	1.90
2416739--2417591	366	2.4	362	96	1	1568	35	14	16	32	1.90
2420054--2420117	24	2.6	25	80	5	85	35	9	14	40	1.78
2420458--2420521	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
2420952--2420988	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2420944--2420990	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
2421247--2421333	39	2.2	39	89	0	138	49	19	12	18	1.79
2421744--2421816	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2421819--2421855	19	1.9	19	88	0	56	27	16	10	45	1.80
2422164--2422236	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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