genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422381--2422447	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
2424046--2424301	140	1.8	136	84	5	343	23	9	16	50	1.75
2424894--2424933	21	2.0	21	95	5	73	20	15	15	50	1.79
2430971--2431224	21	12.2	20	92	4	314	19	25	21	33	1.97
2430971--2431224	42	6.1	42	92	2	399	19	25	21	33	1.97
2430971--2431224	63	4.1	63	92	3	399	19	25	21	33	1.97
2431920--2432203	21	13.6	21	91	0	419	34	21	22	21	1.97
2440424--2440467	21	2.1	21	82	0	52	52	4	38	4	1.42
2447798--2447835	18	2.1	18	85	9	51	39	0	2	57	1.12
2447989--2448027	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2447924--2448083	68	2.3	68	81	5	171	38	3	3	55	1.34
2448274--2448309	14	2.6	13	87	12	54	11	16	0	72	1.12
2449266--2449291	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2451924--2451971	24	2.0	24	91	0	78	37	8	33	20	1.83
2458359--2458389	15	2.0	16	93	6	55	83	6	9	0	0.79
2458324--2458456	68	2.0	68	82	8	164	58	12	18	11	1.62
2458361--2458516	78	2.0	79	92	1	260	60	11	17	9	1.56
2461779--2461900	57	2.1	57	83	10	151	30	3	2	63	1.23
2461952--2461987	10	3.6	10	89	10	56	19	0	0	80	0.71
2468824--2468854	10	3.2	10	95	4	55	9	9	6	74	1.23
2476045--2476075	15	2.1	15	93	0	53	51	0	12	35	1.40
2476477--2476523	19	2.5	19	79	3	51	61	6	6	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2479081--2479123	17	2.4	18	85	11	54	44	6	6	41	1.58
2479151--2479194	16	2.6	17	82	7	54	45	18	6	29	1.75
2479136--2479194	17	3.6	16	75	6	55	44	16	10	28	1.81
2481279--2481378	45	2.2	45	87	3	139	18	16	25	41	1.90
2482661--2482699	18	2.2	18	90	0	60	17	17	35	28	1.94
2485135--2485203	3	23.0	3	75	16	63	66	2	1	28	1.14
2485160--2485202	16	2.8	16	85	3	61	67	2	2	27	1.15
2485568--2485887	124	2.6	123	77	6	306	25	20	19	35	1.96
2486192--2486386	50	3.9	50	80	6	225	37	18	18	25	1.94
2486198--2486521	50	6.9	45	75	10	190	36	20	17	25	1.94
2488130--2488202	26	2.8	26	82	8	89	45	4	19	31	1.69
2488502--2488552	19	2.7	19	80	19	63	23	33	15	27	1.95
2488451--2488660	65	3.2	64	79	11	223	30	25	16	27	1.97
2488451--2488680	64	3.6	64	80	8	227	29	25	17	27	1.97
2494439--2494494	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
2496020--2496063	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
2497091--2497129	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2497028--2497236	65	3.2	64	82	11	230	30	25	16	27	1.97
2497028--2497257	64	3.6	64	81	6	234	29	26	17	26	1.97
2503092--2503149	3	19.0	3	75	10	55	65	1	1	31	1.13
2503082--2503158	21	3.5	21	82	12	77	68	2	2	25	1.15
2509145--2509173	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510361--2510393	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
2513959--2514010	7	7.4	7	100	0	104	57	13	28	0	1.36
2514474--2514516	14	3.1	14	79	0	50	65	2	0	32	1.06
2515385--2515431	24	2.0	24	82	0	58	46	4	0	48	1.21
2515464--2515523	21	2.9	22	73	24	58	41	0	5	53	1.23
2517046--2517099	28	1.9	28	92	0	90	25	40	12	20	1.88
2519794--2519866	36	2.0	36	97	0	137	41	6	21	30	1.79
2520002--2520035	17	1.9	18	88	5	52	44	5	14	35	1.70
2521958--2522249	43	6.8	43	92	1	471	16	27	24	31	1.97
2523998--2524281	93	3.2	92	81	6	293	32	12	18	36	1.89
2528521--2528590	21	3.3	21	80	4	79	47	11	38	2	1.55
2528989--2529153	84	1.9	85	83	7	210	29	18	17	33	1.94
2529006--2529223	85	2.6	84	79	8	212	32	18	16	32	1.94
2531554--2531590	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2531818--2531894	19	4.1	19	84	0	109	44	7	18	29	1.78
2531818--2531912	38	2.5	38	81	3	111	45	7	16	30	1.75
2531956--2531999	12	3.6	12	81	3	52	50	2	20	27	1.60
2533950--2533998	20	2.5	20	80	6	55	40	18	14	26	1.89
2542676--2542742	27	2.5	26	71	23	66	50	2	4	41	1.37
2556634--2556673	21	1.9	21	94	0	71	17	27	40	15	1.89
2558865--2558916	26	2.0	26	84	0	68	32	13	3	50	1.60
2561671--2561748	12	6.5	12	76	5	77	50	16	14	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561671--2561779	24	4.5	24	89	0	155	49	15	13	21	1.79
2566510--2566556	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2566923--2566962	12	3.5	12	80	13	57	17	15	20	47	1.83
2568402--2568496	24	4.0	24	85	0	127	49	16	13	20	1.79
2568402--2568479	12	6.5	12	73	5	68	50	17	14	17	1.79
2568675--2568713	19	2.0	20	90	5	62	33	10	23	33	1.88
2571836--2571875	17	2.3	18	86	4	55	40	0	0	60	0.97
2574116--2574173	25	2.3	25	100	0	116	48	8	13	29	1.73
2574174--2574224	21	2.4	21	93	3	84	43	0	21	35	1.53
2575016--2575088	30	2.4	30	88	2	101	42	13	1	42	1.53
2579105--2579161	25	2.3	25	93	0	96	56	15	0	28	1.40
2581054--2581079	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
2581186--2581345	79	2.0	79	98	0	311	38	8	8	45	1.65
2581510--2581605	2	48.0	2	100	0	192	50	0	0	50	1.00
2587327--2587384	2	29.0	2	85	0	80	50	6	0	43	1.29
2587327--2587375	20	2.5	20	100	0	98	51	8	0	40	1.32
2588102--2588146	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2589834--2589900	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
2592972--2593016	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2594707--2594773	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
2598815--2598882	35	1.9	35	87	0	100	20	17	30	30	1.96
2599790--2599824	7	5.0	7	85	0	52	14	42	0	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601675--2601724	19	2.7	18	78	9	64	42	2	0	56	1.11
2603599--2603631	15	2.1	17	88	11	52	39	0	0	60	0.97
2603579--2603641	25	2.5	25	71	5	65	52	0	0	47	1.00
2611293--2611365	3	24.3	3	100	0	146	32	0	67	0	0.91
2612478--2612527	17	3.0	17	78	18	52	62	4	0	34	1.14
2612563--2612598	18	2.0	18	89	10	56	50	2	2	44	1.31
2612961--2613011	21	2.5	21	83	3	59	35	1	5	56	1.35
2613303--2613343	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2613431--2613478	21	2.3	21	79	10	55	58	0	6	35	1.23
2614994--2615050	23	2.5	23	85	0	78	47	7	12	33	1.68
2615152--2615201	23	2.2	23	88	0	73	38	12	20	30	1.88
2615152--2615208	23	2.5	23	82	0	60	42	10	17	29	1.83
2614993--2615331	158	2.1	158	91	1	545	43	12	11	32	1.78
2615237--2615426	94	2.0	94	89	2	292	43	14	12	28	1.82
2617927--2617966	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
2620306--2621065	198	3.8	199	88	2	1073	30	14	13	40	1.86
2621906--2622705	394	2.0	398	89	2	1239	28	19	15	36	1.92
2622910--2622958	24	2.1	24	84	3	64	53	10	4	32	1.54
2622914--2622965	24	2.2	24	82	6	61	53	9	5	30	1.57
2624362--2624394	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
2625892--2627256	199	6.9	198	90	1	1937	32	15	14	38	1.87
2627124--2627365	127	1.9	127	91	0	394	28	13	11	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627123--2627436	127	2.5	127	83	5	368	29	12	11	46	1.77
2629894--2630020	67	1.9	67	95	0	227	37	19	7	35	1.79
2632008--2632055	18	2.7	18	80	0	51	10	54	4	31	1.53
2632455--2632491	15	2.5	15	95	0	65	35	32	5	27	1.79
2634320--2635104	182	4.3	182	90	1	1180	27	15	13	42	1.85
2634931--2635266	162	2.1	163	85	2	453	28	15	13	42	1.84
2643967--2644140	89	2.0	88	94	2	303	45	6	10	37	1.65
2645523--2645584	18	3.5	18	70	18	58	66	3	0	30	1.08
2650576--2650600	11	2.3	11	100	0	50	36	12	16	36	1.85
2658799--2658837	15	2.6	14	84	15	51	38	12	7	41	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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