genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659441--2660551	556	2.0	555	97	0	2098	32	17	14	35	1.90
2664654--2664695	16	2.6	16	96	0	75	54	9	21	14	1.68
2666940--2667297	178	2.0	179	93	0	610	30	15	21	32	1.94
2667867--2667918	20	2.6	20	84	6	61	32	15	21	30	1.94
2690027--2690092	23	2.9	23	81	0	78	33	24	22	19	1.97
2690482--2690543	2	31.5	2	96	3	117	48	0	0	51	1.00
2691462--2691499	20	1.9	20	94	0	67	26	23	15	34	1.95
2691633--2691660	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
2692874--2692913	20	2.1	19	90	4	62	15	22	0	62	1.32
2694890--2694950	22	2.7	23	82	5	88	31	24	27	16	1.96
2695312--2695355	2	22.0	2	95	0	79	50	0	2	47	1.13
2696247--2696296	20	2.4	21	90	3	75	24	24	18	34	1.96
2696247--2696299	21	2.6	20	90	3	79	24	24	18	32	1.97
2701400--2701462	30	2.2	30	80	5	76	42	3	12	41	1.59
2702592--2702699	3	37.0	3	92	5	177	63	0	1	34	1.05
2702592--2702699	26	4.1	26	95	2	157	63	0	1	34	1.05
2703005--2703645	107	5.9	110	82	9	768	30	19	13	36	1.90
2704355--2704566	83	2.5	84	96	1	383	37	24	13	24	1.92
2705333--2705377	18	2.7	16	82	6	54	55	8	4	31	1.51
2705696--2705744	6	8.3	6	80	10	57	0	16	0	83	0.64
2705696--2705758	10	6.0	11	73	19	55	1	17	0	80	0.78
2705696--2705749	18	3.1	16	82	15	63	1	14	0	83	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705695--2705758	29	2.2	28	78	13	76	1	18	0	79	0.81
2705712--2705758	18	2.6	18	86	10	69	2	14	0	82	0.75
2705695--2705761	23	2.9	25	79	20	76	1	19	0	79	0.82
2716252--2716296	18	2.4	19	82	10	58	64	2	2	31	1.18
2717129--2717197	30	2.3	31	84	2	95	43	2	11	42	1.56
2718365--2718430	3	22.0	3	96	0	123	65	0	0	34	0.93
2718515--2718550	18	1.9	19	94	5	65	13	8	5	72	1.27
2718511--2718558	18	2.6	18	81	18	62	14	8	4	72	1.23
2719055--2719083	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2720651--2720721	20	3.5	20	77	19	69	25	19	23	30	1.98
2723488--2723529	20	2.1	20	86	0	57	50	16	0	33	1.46
2725826--2725946	65	1.9	65	87	5	183	25	20	23	30	1.98
2725826--2725961	64	2.1	63	81	8	150	27	19	22	30	1.98
2728618--2728697	22	3.6	22	77	5	81	23	25	23	27	2.00
2728644--2728697	21	2.5	22	81	3	65	24	25	20	29	1.99
2734450--2734609	65	2.5	65	87	5	218	27	18	23	31	1.97
2734560--2734599	19	2.1	19	90	0	62	30	15	25	30	1.95
2736407--2736455	25	2.0	25	88	8	73	67	4	14	14	1.37
2753325--2753486	40	4.1	40	99	0	315	22	17	27	32	1.96
2753633--2753803	48	3.8	47	79	13	198	36	5	21	36	1.78
2753633--2753790	47	3.5	48	80	15	201	35	6	20	37	1.78
2753695--2753779	40	2.2	39	93	2	143	36	3	20	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760853--2760904	22	2.4	22	86	0	68	19	44	9	26	1.81
2762810--2762856	20	2.3	20	79	17	53	27	23	2	46	1.63
2762860--2762893	17	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2762860--2762932	29	2.5	31	85	10	102	32	0	2	64	1.08
2769957--2769999	22	2.0	22	81	9	52	30	6	2	60	1.35
2770751--2770819	26	2.6	26	81	6	77	56	5	2	34	1.38
2782124--2782177	21	2.6	21	81	0	54	27	1	9	61	1.37
2788533--2788573	18	2.4	17	83	4	55	60	4	4	29	1.38
2790299--2790332	16	2.1	16	94	0	59	23	26	17	32	1.97
2796886--2796968	35	2.4	36	81	18	104	27	8	9	54	1.62
2800507--2800608	42	2.4	42	86	3	125	26	29	22	21	1.99
2800528--2800616	42	2.1	42	97	0	169	28	28	21	22	1.99
2801999--2802068	31	2.2	33	82	14	85	27	4	1	67	1.18
2802482--2802517	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
2803059--2803098	21	1.9	21	85	10	55	45	2	2	50	1.28
2803698--2803738	14	3.3	13	83	16	52	53	4	2	39	1.35
2804916--2804950	13	2.6	14	90	4	54	54	5	0	40	1.24
2806467--2806556	27	3.3	27	92	0	153	36	1	25	36	1.64
2807024--2807065	22	1.9	23	85	9	61	35	23	9	30	1.87
2807737--2807797	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
2814341--2814365	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2816693--2816718	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823431--2823490	25	2.4	25	97	0	111	53	0	40	6	1.27
2825588--2825631	19	2.3	19	100	0	88	31	0	25	43	1.55
2826649--2826691	21	2.0	21	86	0	59	37	34	9	18	1.83
2827254--2827291	15	2.5	16	87	8	53	23	0	0	76	0.79
2834916--2834997	22	3.7	23	79	6	80	25	30	24	19	1.98
2842576--2842639	31	2.1	31	87	0	92	60	4	4	29	1.37
2847206--2847257	19	2.7	20	76	8	54	34	1	1	61	1.18
2847285--2847388	23	4.5	24	74	10	92	49	1	0	49	1.12
2847284--2847372	45	2.0	45	90	0	142	49	2	0	48	1.13
2847306--2847401	50	2.0	49	81	16	114	50	3	0	46	1.17
2848098--2848201	25	4.1	24	72	17	61	45	4	0	50	1.23
2848117--2848186	22	3.0	22	83	12	86	44	4	0	51	1.21
2848117--2848199	22	3.3	24	80	19	82	44	3	0	51	1.18
2848186--2848233	20	2.4	20	82	6	62	43	2	4	50	1.33
2848877--2848934	29	2.0	29	89	0	89	15	32	29	22	1.95
2848979--2849043	14	4.2	14	77	21	67	24	36	30	7	1.84
2848973--2849061	34	2.5	34	89	5	124	23	34	30	11	1.90
2848991--2849024	10	3.4	10	84	15	52	23	38	29	8	1.85
2849025--2849109	33	2.6	33	88	3	118	25	27	38	8	1.84
2849113--2849168	29	1.9	29	92	0	94	19	28	37	14	1.91
2849762--2849796	17	2.1	17	88	0	52	22	0	17	60	1.37
2851161--2851274	32	3.6	32	78	0	120	33	15	12	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851161--2851293	64	2.1	63	84	5	169	33	16	12	38	1.86
2854033--2854082	25	2.0	26	84	4	66	50	2	0	48	1.12
2854802--2854864	22	2.6	24	80	12	67	42	3	1	52	1.27
2854845--2854922	27	3.0	27	77	7	72	37	1	3	57	1.25
2855834--2855868	17	2.1	17	88	0	52	22	0	17	60	1.37
2857195--2857348	32	4.8	31	76	7	132	35	21	7	35	1.82
2857210--2857389	32	5.6	32	78	3	125	34	20	9	36	1.85
2858593--2858633	21	2.0	20	90	4	64	31	24	9	34	1.88
2883300--2883346	23	2.0	24	87	4	69	19	2	14	63	1.40
2883824--2883864	16	2.7	15	89	10	66	24	0	7	68	1.15
2887464--2887507	23	1.9	23	90	0	70	45	18	11	25	1.82
2887465--2887520	23	2.4	23	84	0	67	46	21	12	19	1.83
2887603--2887647	4	11.2	4	85	0	54	44	0	6	48	1.29
2887603--2887647	6	7.5	6	84	0	54	44	0	6	48	1.29
2887603--2887647	10	4.5	10	88	0	54	44	0	6	48	1.29
2890861--2890916	28	2.0	28	82	6	69	42	8	5	42	1.59
2890919--2891115	29	6.7	29	71	8	114	48	11	6	33	1.64
2890949--2891145	90	2.2	88	79	7	195	49	9	6	35	1.61
2891638--2891679	22	2.0	21	90	4	66	26	19	30	23	1.98
2893841--2894006	31	5.2	31	85	8	235	39	16	16	27	1.90
2893950--2894006	30	2.0	27	92	3	69	42	14	15	28	1.86
2901992--2902025	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902580--2902624	20	2.3	20	81	11	58	46	4	0	48	1.22
2904685--2904733	25	1.9	26	87	4	73	51	0	6	42	1.27
2914430--2914506	15	5.1	15	76	3	66	35	15	19	29	1.93
2919805--2919859	15	3.7	15	80	0	56	32	14	20	32	1.92
2937292--2937457	80	2.1	80	97	0	314	39	22	9	28	1.84
2937905--2937949	19	2.3	20	81	7	58	35	24	2	37	1.68
2942713--2942777	25	2.6	25	92	2	103	20	13	9	56	1.64
2943261--2943313	19	2.8	20	78	13	60	43	1	0	54	1.11
2943465--2943533	24	2.7	24	82	15	77	57	1	1	39	1.16
2943733--2943788	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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