genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

This is table  35  of  56  ( 6656 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7608716--7608741	12	2.2	12	100	0	52	76	0	23	0	0.78
7611237--7611341	45	2.3	46	86	3	158	35	18	12	34	1.88
7625374--7625401	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
7629658--7630059	70	5.8	69	73	11	282	42	10	19	27	1.83
7630100--7630275	75	2.4	74	82	4	205	42	7	18	31	1.78
7636153--7636289	58	2.3	60	80	10	160	45	5	2	46	1.37
7636201--7636333	20	6.5	19	75	17	92	45	2	1	50	1.23
7636222--7636310	41	2.2	41	86	9	121	46	3	2	48	1.31
7636201--7636336	23	6.3	23	70	19	91	46	2	1	50	1.23
7636302--7636425	2	65.5	2	72	16	59	48	4	0	47	1.20
7636302--7636425	37	3.4	36	77	12	103	48	4	0	47	1.20
7636179--7636425	40	6.2	39	71	17	120	46	4	0	47	1.28
7640242--7640283	22	2.0	21	86	13	59	35	38	2	23	1.68
7654304--7654358	23	2.4	22	76	11	56	40	3	5	50	1.43
7655632--7655674	22	2.0	22	85	0	59	37	32	0	30	1.58
7656095--7656132	13	2.8	13	96	4	67	50	0	0	50	1.00
7656426--7656475	22	2.3	22	96	0	91	12	30	24	34	1.91
7657408--7657457	12	3.9	12	82	17	57	60	2	4	34	1.27
7658888--7658938	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
7659623--7659681	3	19.0	3	93	6	100	32	0	0	67	0.91
7660430--7660813	156	2.5	155	87	3	520	45	5	20	29	1.73
7665058--7665636	267	2.2	268	86	4	801	26	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7665058--7665634	134	4.3	132	84	4	741	26	17	24	30	1.97
7666809--7666856	20	2.3	21	86	13	64	14	10	2	72	1.19
7666809--7666856	21	2.3	20	82	13	53	14	10	2	72	1.19
7666823--7666874	21	2.6	20	80	14	54	11	11	1	75	1.14
7667173--7667222	25	2.0	25	92	0	82	34	22	18	26	1.96
7670280--7670355	24	3.3	24	63	26	65	30	22	7	39	1.82
7670279--7670421	44	3.3	44	89	2	218	33	21	6	38	1.79
7672325--7672386	30	2.1	30	84	6	81	37	16	6	40	1.74
7676284--7676383	2	56.0	2	74	21	80	56	0	0	44	0.99
7676283--7676384	34	2.9	34	92	5	159	55	0	0	44	0.99
7676567--7676633	34	2.0	34	82	5	82	46	10	2	40	1.53
7679183--7679228	23	2.0	23	91	0	74	26	32	26	15	1.95
7681507--7681541	18	2.0	18	88	5	54	37	8	11	42	1.72
7681541--7681607	30	2.2	30	89	0	107	28	20	26	23	1.99
7684460--7684508	23	2.1	23	92	0	80	36	16	20	26	1.93
7687329--7687358	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7687357--7687390	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7696392--7697116	249	2.9	248	84	7	928	31	16	16	35	1.91
7697008--7697108	42	2.4	41	86	4	132	21	20	21	35	1.96
7697105--7697332	99	2.3	99	90	1	359	32	16	19	32	1.94
7697472--7697545	3	24.7	3	100	0	148	33	0	0	66	0.92
7700850--7700907	30	2.0	30	82	3	73	27	20	5	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7713602--7713636	3	11.7	3	87	0	52	28	65	2	2	1.21
7713614--7713762	48	3.1	48	97	0	271	31	44	6	16	1.74
7713767--7713838	30	2.4	32	100	0	116	30	36	11	22	1.89
7713698--7714143	84	5.2	83	67	17	277	31	42	7	18	1.79
7713875--7714404	48	11.3	48	77	16	454	31	44	6	17	1.75
7713984--7714062	36	2.2	36	97	0	149	31	41	8	17	1.80
7714166--7714404	54	4.6	54	87	6	334	31	45	6	16	1.73
7714475--7714512	12	3.2	12	88	7	51	23	65	0	10	1.23
7717757--7718060	59	5.2	59	91	0	455	29	21	13	35	1.92
7718039--7718082	22	2.0	22	95	0	79	34	22	9	34	1.86
7717980--7718141	81	2.0	81	91	0	261	30	22	12	34	1.91
7718061--7718255	59	3.3	59	89	0	291	28	24	11	35	1.91
7717921--7718200	140	2.0	140	91	0	452	30	22	12	34	1.91
7717862--7718255	199	2.0	199	90	0	626	28	23	12	35	1.91
7724698--7725117	59	7.1	59	90	0	651	28	23	13	34	1.93
7725040--7725197	81	2.0	81	91	5	257	30	22	12	34	1.91
7726683--7726722	20	2.0	20	95	0	71	27	17	25	30	1.97
7731970--7732365	134	3.0	134	84	7	440	24	17	14	43	1.86
7731970--7732252	134	2.1	137	90	2	446	25	18	13	43	1.86
7732404--7732460	29	2.0	29	83	13	73	24	8	5	61	1.46
7743474--7743524	19	2.6	19	75	3	57	17	15	0	66	1.25
7743475--7743517	20	2.1	21	83	8	54	18	11	0	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7749738--7750261	274	1.9	274	90	1	845	26	17	20	34	1.95
7749733--7750301	273	2.1	267	87	5	776	27	17	20	34	1.95
7751162--7751348	91	2.1	91	90	0	293	38	17	20	23	1.93
7751272--7751335	17	3.3	19	67	20	51	39	12	25	23	1.90
7752463--7752747	135	2.1	134	86	3	394	23	15	11	48	1.79
7756453--7756565	35	3.2	34	88	5	163	42	23	0	33	1.60
7757575--7757686	35	3.2	34	85	6	136	36	0	20	41	1.59
7759194--7759260	29	2.2	31	86	5	93	46	5	0	47	1.27
7759303--7759365	2	33.0	2	87	9	96	49	1	0	49	1.10
7759271--7759356	31	3.0	28	83	14	90	53	0	0	46	1.00
7765312--7765429	49	2.4	49	91	0	191	26	18	15	39	1.90
7772188--7772350	49	3.3	49	89	0	227	26	16	15	41	1.89
7777264--7777296	12	2.6	13	90	4	50	3	18	3	75	1.06
7779022--7779073	18	2.9	17	72	11	50	78	0	9	11	0.95
7779015--7779045	13	2.4	13	100	0	62	87	0	6	6	0.68
7779026--7779079	27	2.0	27	82	10	67	72	0	12	14	1.13
7784574--7784627	18	2.9	18	81	8	56	66	1	9	22	1.30
7785757--7785891	65	2.1	64	79	9	141	41	14	5	38	1.70
7802009--7802940	54	17.4	54	85	3	1147	36	20	16	26	1.94
7803511--7803540	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7807809--7808080	54	5.0	54	92	0	447	33	11	16	38	1.84
7815808--7816473	54	12.4	54	86	3	819	36	19	16	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7816329--7816413	27	3.1	27	63	6	64	35	12	18	32	1.89
7822602--7822651	21	2.3	22	89	3	75	44	8	0	48	1.32
7823379--7823833	202	2.2	203	79	3	479	27	18	19	33	1.96
7842753--7842805	27	2.0	26	85	3	70	73	0	3	22	0.99
7842747--7842845	26	4.1	24	75	21	75	68	1	7	23	1.20
7842845--7842921	2	38.5	2	94	0	136	48	0	2	49	1.15
7843032--7843088	22	2.6	22	81	10	73	40	5	1	52	1.34
7843427--7843505	24	3.3	24	73	16	74	24	13	16	45	1.84
7843471--7843517	24	2.0	24	86	0	67	21	17	17	44	1.86
7847762--7848573	287	2.9	279	76	8	705	33	15	5	45	1.70
7850222--7850415	54	3.6	54	85	2	257	35	21	18	24	1.95
7853284--7853329	19	2.4	19	100	0	92	23	21	26	28	1.99
7857611--7857750	65	2.2	65	81	8	153	33	20	16	29	1.95
7857636--7857800	65	2.6	65	79	12	180	31	19	18	30	1.95
7857860--7857915	21	2.7	21	91	0	94	19	23	26	30	1.98
7863085--7863165	30	2.8	28	74	7	81	37	14	6	41	1.71
7866123--7866174	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
7866291--7866324	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
7867789--7867837	23	2.1	23	85	7	64	57	10	4	28	1.50
7871050--7871094	20	2.2	20	84	7	56	64	0	22	13	1.28
7875634--7875674	21	2.0	21	90	0	64	29	14	24	31	1.95
7879624--7879817	59	3.3	58	87	7	268	35	28	21	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879624--7879817	57	3.3	57	86	9	259	35	28	21	14	1.93
7893183--7893232	23	2.2	23	88	0	73	42	10	6	42	1.63
7893263--7893302	21	1.9	21	89	0	62	37	5	17	40	1.72
7893313--7893354	20	2.1	20	95	0	75	38	16	9	35	1.81
7900087--7900129	16	2.7	16	81	0	50	25	0	2	72	0.97
7902214--7902252	20	2.0	20	100	0	78	41	10	20	28	1.85
7902974--7903012	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
7904384--7904536	83	1.9	83	81	4	193	30	16	16	36	1.91
7910180--7910215	18	2.1	18	94	5	65	69	16	13	0	1.19
7913404--7913488	44	1.9	44	90	0	134	35	21	20	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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