genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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This is table  4  of  56  ( 6656 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641502--641622	59	2.0	59	87	7	174	59	1	0	38	1.07
641651--641698	20	2.4	20	85	0	60	33	25	16	25	1.96
644913--644951	20	2.0	20	90	10	62	28	25	20	25	1.99
644970--645038	18	3.8	18	98	0	129	23	30	17	28	1.97
645803--645847	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
646415--646449	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
647278--647719	145	3.0	148	93	5	769	26	17	20	34	1.95
647698--647742	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
653814--653911	21	4.4	21	72	19	74	27	22	19	30	1.98
658626--658682	24	2.4	24	96	0	105	24	28	22	24	2.00
658997--659072	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
659218--659255	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
660193--660253	22	2.8	22	78	9	70	27	13	21	37	1.90
661231--661258	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
661510--661583	18	3.9	20	79	10	93	28	29	21	20	1.98
668393--668465	18	3.9	18	82	7	92	28	28	21	20	1.98
668392--668468	38	2.0	38	89	0	118	28	27	22	22	1.99
669101--669152	19	2.7	19	93	0	86	23	28	15	32	1.95
672177--672219	21	2.0	23	81	9	54	30	2	20	46	1.63
674709--674998	143	2.0	143	89	3	445	35	7	9	47	1.63
675023--675054	12	2.5	13	90	10	57	25	9	0	65	1.22
675483--675578	35	2.7	34	81	9	95	33	1	25	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680103--680127	4	6.2	4	100	0	50	24	24	24	28	2.00
680279--680314	9	4.1	9	89	3	56	44	0	41	13	1.44
680279--680314	18	2.1	17	94	5	63	44	0	41	13	1.44
680978--681035	29	2.0	28	87	9	82	39	6	17	36	1.76
685247--685272	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
688034--688072	16	2.4	16	82	0	51	46	23	10	20	1.81
688062--688123	16	3.9	16	73	0	52	46	25	11	16	1.80
688137--688183	16	2.9	16	69	12	51	42	36	14	6	1.72
688238--688290	17	2.9	18	77	11	63	49	0	5	45	1.26
688238--688282	18	2.5	17	85	7	54	44	0	6	48	1.29
692378--692422	18	2.5	18	77	0	54	75	8	8	6	1.19
692644--692679	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
694377--694425	16	2.9	17	79	14	57	40	2	0	57	1.10
694803--694843	3	14.3	3	80	10	50	34	2	2	60	1.23
698550--698600	26	2.0	25	88	3	75	47	1	1	49	1.24
698583--698642	31	1.9	32	93	3	104	63	1	1	33	1.14
698937--698996	21	2.9	21	97	0	111	43	8	0	48	1.33
702339--702672	42	8.0	42	86	2	420	14	27	24	32	1.95
709359--709424	32	2.1	32	100	0	132	43	3	16	36	1.64
715247--715286	21	1.9	22	90	10	66	15	5	37	42	1.68
715420--715483	15	4.0	15	75	25	60	23	21	34	20	1.97
715399--715493	34	2.7	34	95	3	163	22	20	36	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726634--726689	22	2.5	22	76	2	58	28	19	17	33	1.95
728246--728311	3	21.7	3	83	9	80	33	1	4	60	1.26
730707--731448	81	9.2	81	87	0	1002	31	20	11	36	1.89
738180--738216	19	1.9	19	100	0	74	40	37	5	16	1.71
741393--741426	17	2.0	17	94	0	59	23	32	20	23	1.98
742414--742455	10	4.1	11	90	6	54	59	14	16	9	1.60
753012--753093	24	3.4	24	93	0	137	23	17	20	39	1.92
753012--753104	48	1.9	48	86	0	132	24	18	19	37	1.94
758976--759005	14	2.1	14	93	0	51	43	10	30	16	1.81
760395--760558	45	3.6	45	88	5	240	21	3	6	68	1.26
760350--760575	92	2.6	85	80	10	258	21	3	6	68	1.29
760494--760590	47	2.1	47	80	3	106	23	3	9	63	1.38
762501--762556	29	1.9	29	86	13	80	35	5	30	28	1.80
763586--763614	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
764032--764100	35	1.9	37	85	5	97	44	4	0	50	1.21
766117--766159	22	2.0	21	86	4	59	34	6	4	53	1.49
769634--769660	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
772309--772423	21	5.6	21	78	12	103	20	14	26	38	1.92
772338--772423	21	4.0	21	87	6	120	18	16	26	38	1.92
772313--772423	41	2.7	42	80	10	122	20	15	26	37	1.92
773147--773263	20	5.8	20	69	19	66	72	0	4	22	1.07
773101--773255	44	3.6	42	71	16	113	71	1	5	20	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773211--773318	55	1.9	54	85	12	139	71	2	7	18	1.22
773147--773335	11	17.1	10	70	23	64	71	1	5	20	1.15
773377--773478	6	17.5	6	89	7	59	51	3	0	43	1.26
773386--773476	2	46.5	2	91	4	150	52	1	0	46	1.07
775638--775676	15	2.6	15	87	0	51	25	10	25	38	1.87
775748--775917	37	4.5	37	81	7	200	44	5	4	45	1.47
775748--775939	37	5.1	38	80	8	169	44	5	4	45	1.45
778341--778365	12	2.1	12	100	0	50	16	36	0	48	1.46
779224--779261	12	3.1	12	96	3	67	57	0	23	18	1.40
781026--781058	17	1.9	17	88	11	50	48	0	0	51	1.00
788313--788371	7	8.6	7	94	3	93	0	54	0	45	0.99
789135--789179	20	2.3	20	84	3	56	22	11	31	35	1.89
795337--795399	19	3.3	18	80	6	63	28	17	26	26	1.98
796672--796712	21	1.9	22	85	14	59	36	0	21	41	1.54
796752--796788	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
798038--798067	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
799034--799078	20	2.3	20	84	3	65	37	4	6	51	1.49
799649--799694	9	5.1	9	79	10	58	21	2	2	73	1.04
799649--799696	5	9.4	5	79	20	55	22	2	2	72	1.05
799654--799696	22	1.9	23	95	4	79	23	2	2	72	1.08
803100--803324	36	6.3	36	85	1	290	32	22	24	20	1.97
803099--803325	107	2.1	107	88	0	328	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805316--805367	15	3.2	16	80	17	63	38	11	21	28	1.88
805528--805585	24	2.5	24	77	2	64	17	24	25	32	1.96
805580--805631	23	2.3	23	82	0	59	23	23	25	28	1.99
809157--809191	5	7.0	5	100	0	70	0	40	0	60	0.97
810445--810482	15	2.3	18	73	26	55	42	5	23	28	1.76
810450--810488	15	2.6	15	100	0	78	43	5	20	30	1.73
810661--810739	23	3.4	23	81	5	88	21	24	24	30	1.99
810671--810736	24	2.8	23	84	4	78	18	24	25	31	1.97
810729--810786	23	2.5	23	86	5	82	22	24	25	27	2.00
811663--811718	18	3.2	17	84	5	67	76	1	1	19	0.96
811974--812016	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
811897--812004	56	1.9	55	82	12	132	62	1	2	33	1.21
811898--812017	62	2.0	59	82	12	145	61	1	3	33	1.22
813018--813473	105	4.3	106	90	2	648	21	18	26	33	1.97
814077--814530	65	6.7	65	72	11	284	38	11	19	30	1.87
814209--814471	36	7.4	36	77	9	254	39	13	19	27	1.89
814161--814530	138	2.7	138	84	0	472	38	12	19	29	1.88
814245--814429	102	1.8	102	85	2	264	39	13	17	29	1.88
814893--814928	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
815328--815382	22	2.5	22	93	0	92	23	10	25	40	1.87
816012--816069	23	2.5	23	80	8	64	1	15	6	75	1.09
816026--816112	29	2.9	29	74	14	88	0	13	8	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816033--816105	8	9.0	8	76	11	69	0	13	5	80	0.87
819930--819968	17	2.2	18	86	4	53	76	2	0	20	0.90
820133--820173	21	2.0	21	85	0	55	58	0	2	39	1.11
820222--820264	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
821861--821894	13	2.8	12	86	8	50	26	2	2	67	1.19
824451--824500	22	2.2	24	85	7	68	26	8	36	30	1.85
825177--825252	23	3.3	23	94	0	125	22	19	27	30	1.98
831430--831517	2	44.5	2	94	2	151	48	1	1	48	1.16
833334--833547	102	2.1	102	96	0	392	49	14	16	20	1.80
833668--833697	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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