genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   

This is table  39  of  56  ( 6656 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8893999--8894254	59	4.3	59	86	1	334	29	16	27	26	1.97
8894279--8894392	42	2.7	42	81	4	142	30	23	18	27	1.98
8894388--8894579	56	3.5	54	78	10	201	39	20	10	30	1.86
8894387--8894668	117	2.5	111	84	9	329	37	18	10	33	1.85
8896573--8896640	26	2.5	28	81	13	81	1	20	4	73	1.08
8896574--8896631	24	2.4	25	80	11	75	1	22	5	70	1.16
8899363--8899405	19	2.3	19	80	4	52	41	0	4	53	1.21
8906314--8906358	21	2.1	22	83	4	56	22	8	20	48	1.76
8906947--8907003	22	2.6	22	97	0	105	22	17	28	31	1.97
8907061--8907115	21	2.5	22	82	2	67	30	25	20	23	1.98
8908196--8908303	55	2.0	55	85	3	146	35	12	15	37	1.85
8911527--8911989	233	2.0	233	85	7	627	38	13	14	33	1.85
8913652--8913711	24	2.5	24	88	0	84	38	20	1	40	1.62
8928300--8928329	15	2.0	15	100	0	60	53	20	13	13	1.72
8932743--8932794	16	3.6	16	75	24	69	23	13	25	38	1.91
8932743--8932809	9	7.4	9	75	24	70	23	13	23	38	1.91
8932742--8932807	27	2.4	27	100	0	132	24	13	25	36	1.92
8932836--8933220	182	2.1	182	92	2	641	46	9	2	41	1.50
8933347--8933375	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
8938821--8938899	41	1.9	41	92	0	131	22	22	13	40	1.90
8946116--8946765	324	2.0	324	92	0	1068	25	25	12	36	1.91
8948190--8948431	123	2.0	123	95	0	439	38	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8958434--8958518	30	2.8	29	78	7	89	56	10	10	22	1.63
8959171--8959208	10	3.9	10	89	6	60	55	0	44	0	0.99
8959999--8960031	3	10.7	3	93	6	57	69	0	0	30	0.88
8959998--8960052	16	3.4	16	85	9	76	69	1	0	29	0.99
8960284--8960545	135	1.9	135	88	0	389	22	17	32	28	1.96
8960572--8960636	30	2.2	29	86	13	89	44	13	10	30	1.78
8960556--8960636	29	2.8	28	83	12	92	43	13	13	29	1.83
8960647--8960754	37	2.9	38	80	10	102	33	12	10	44	1.75
8960822--8961042	66	3.4	63	79	10	191	41	17	14	26	1.88
8961084--8961143	30	1.9	31	83	12	79	40	13	11	35	1.81
8961233--8961342	37	3.0	36	77	7	98	40	12	14	32	1.84
8961442--8961523	33	2.5	33	92	2	130	26	20	18	34	1.96
8963154--8963313	65	2.5	65	86	7	211	28	18	23	30	1.97
8963154--8963361	65	3.2	63	79	12	208	26	18	23	31	1.97
8966015--8966094	21	3.7	21	83	3	97	23	22	23	30	1.99
8971903--8972026	64	1.9	65	84	11	166	29	17	21	31	1.96
8971905--8972062	65	2.4	65	81	9	164	28	17	22	31	1.97
8973599--8973746	76	1.9	81	82	10	191	43	4	8	43	1.54
8974797--8974836	20	2.0	20	90	5	62	45	15	25	15	1.84
8978166--8978213	18	2.7	18	96	0	87	16	27	33	22	1.96
8978155--8978213	27	2.2	26	85	8	75	16	28	30	23	1.97
8978155--8978213	9	6.7	9	78	16	61	16	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8979997--8980056	3	19.7	3	77	16	61	70	1	0	28	0.97
8982621--8982686	22	3.3	22	64	27	65	40	6	12	40	1.67
8982609--8982703	37	2.6	37	96	0	172	40	6	13	40	1.70
8985128--8985157	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
8985340--8985380	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
8986361--8986406	16	2.8	17	87	12	69	19	15	58	6	1.58
8986498--8986535	13	3.1	12	88	7	51	42	0	2	55	1.14
8986531--8986622	3	30.7	3	91	0	148	63	1	1	34	1.09
8986765--8987972	114	10.6	113	91	2	1755	29	19	13	37	1.91
8986765--8987972	227	5.3	226	93	1	1843	29	19	13	37	1.91
8988624--8989012	83	4.7	83	95	1	667	36	22	13	28	1.91
8990109--8990145	13	2.8	13	88	11	58	0	21	0	78	0.75
8990109--8990145	14	2.7	14	91	4	58	0	21	0	78	0.75
8997407--8997439	15	2.3	15	89	5	50	48	3	0	48	1.17
9001313--9001342	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
9002524--9002557	16	2.1	16	89	10	52	20	14	58	5	1.57
9002656--9002696	11	3.8	10	87	9	55	41	0	2	56	1.13
9002692--9002783	3	30.7	3	91	0	148	63	1	1	34	1.09
9006885--9006909	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
9009779--9009819	18	2.2	19	86	4	57	68	0	4	26	1.10
9013230--9013287	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
9013557--9013823	34	7.8	34	71	15	171	43	5	4	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9013537--9013798	35	7.8	34	80	10	206	44	5	4	45	1.48
9013509--9013790	69	4.3	66	79	13	248	44	4	4	45	1.46
9013541--9013823	69	4.1	68	79	11	219	43	6	4	44	1.51
9014467--9015740	655	1.9	655	92	1	2144	22	21	26	28	1.99
9014467--9015740	163	7.8	164	96	1	2112	22	21	26	28	1.99
9020944--9020986	16	2.7	16	81	0	50	69	2	9	18	1.26
9021789--9021846	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
9021999--9022024	12	2.2	12	100	0	52	84	0	7	7	0.77
9022092--9022376	35	8.3	34	79	11	239	44	5	4	44	1.50
9022105--9022376	69	4.0	68	78	13	240	43	5	4	45	1.49
9022092--9022334	104	2.4	100	82	8	287	44	5	5	44	1.49
9025182--9025214	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
9025334--9025670	81	4.2	81	86	2	444	28	24	11	35	1.90
9025810--9026421	54	11.3	54	87	1	843	28	20	18	32	1.96
9026703--9026928	95	2.4	95	83	3	258	26	25	15	32	1.96
9029218--9029266	20	2.5	19	83	9	55	30	16	2	51	1.56
9032809--9032868	17	3.6	17	79	2	68	38	16	1	43	1.58
9039057--9039108	17	3.1	16	86	8	68	38	15	5	40	1.71
9040290--9040341	21	2.5	21	77	0	59	38	15	7	38	1.76
9040853--9041006	64	2.4	63	90	3	238	27	22	18	32	1.97
9040853--9041026	64	2.7	63	81	14	214	26	22	18	32	1.97
9047175--9047216	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9047322--9047369	19	2.6	18	80	9	51	37	14	10	37	1.81
9047435--9047493	29	2.0	31	86	6	86	42	18	5	33	1.72
9047530--9047610	23	3.6	22	74	14	76	25	23	22	28	1.99
9049142--9049196	27	2.0	27	85	0	74	12	43	12	30	1.80
9050281--9050316	19	1.9	18	88	5	54	22	27	19	30	1.98
9052958--9052982	9	2.8	9	100	0	50	0	0	44	56	0.99
9053633--9053666	14	2.5	13	86	13	50	23	26	14	35	1.94
9066326--9066367	20	2.1	20	90	0	66	21	40	21	16	1.91
9075771--9076674	54	16.8	55	84	4	1157	33	23	17	25	1.96
9078852--9078888	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
9080570--9080633	20	3.2	20	97	0	119	31	17	31	20	1.95
9082005--9082176	21	7.9	20	68	20	71	31	22	21	23	1.98
9082100--9082174	21	3.7	20	80	5	87	32	28	20	20	1.97
9082194--9082233	21	1.9	21	84	0	53	35	15	17	32	1.91
9084678--9084719	20	2.2	19	83	12	50	40	11	23	23	1.88
9088213--9088271	26	2.4	25	78	13	59	44	11	10	33	1.75
9089856--9090031	89	2.0	89	94	0	307	44	6	11	38	1.66
9096722--9096895	89	2.0	88	89	2	267	44	5	11	38	1.65
9113700--9113839	31	4.7	31	73	18	127	37	5	11	45	1.64
9113703--9113807	55	1.9	55	84	7	142	40	6	11	41	1.67
9120704--9120778	30	2.5	30	84	4	89	28	16	24	32	1.96
9120764--9120836	28	2.6	28	100	0	146	28	15	31	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9131966--9132097	50	2.6	52	75	17	134	6	17	2	73	1.15
9133193--9133233	6	6.8	6	88	0	64	31	29	17	21	1.96
9133193--9133233	12	3.4	12	96	0	73	31	29	17	21	1.96
9138575--9138627	22	2.4	22	93	0	88	58	15	11	15	1.63
9172947--9172995	25	2.0	25	91	0	80	28	18	26	26	1.98
9192531--9192610	23	3.5	23	84	5	108	61	0	3	35	1.14
9211476--9211506	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9219475--9220201	246	3.0	245	87	2	1062	31	18	21	29	1.97
9223938--9224039	43	2.3	44	78	11	111	48	9	15	26	1.76
9224150--9224343	43	4.3	42	72	18	124	46	9	17	26	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56