genome.fa.s8356.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12862612

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7916256--7916697	54	8.2	54	83	2	530	38	19	15	26	1.92
7916256--7916672	107	3.9	108	85	0	550	39	19	14	26	1.90
7916256--7916682	161	2.6	159	85	4	536	39	19	14	26	1.91
7922799--7922846	20	2.4	20	100	0	96	47	12	16	22	1.80
7923259--7923784	54	9.9	54	82	3	591	37	20	15	26	1.93
7923260--7923781	156	3.3	160	84	3	601	37	20	15	26	1.93
7923255--7923784	264	2.0	266	83	4	667	37	20	15	26	1.93
7938332--7938363	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7940352--7940405	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
7942087--7942121	17	2.1	17	88	0	52	20	45	20	14	1.85
7949211--7949255	9	4.8	9	81	8	54	20	24	22	33	1.97
7949211--7949255	19	2.4	19	78	10	56	20	24	22	33	1.97
7951437--7951483	19	2.5	19	76	10	53	61	2	10	25	1.39
7951883--7951932	18	2.8	18	100	0	100	30	4	16	50	1.63
7959503--7959543	16	2.6	16	88	3	57	31	19	9	39	1.84
7960113--7960156	15	2.9	15	93	3	70	27	29	6	36	1.83
7969261--7969307	21	2.2	21	88	3	67	48	29	0	21	1.50
7972345--7972394	15	3.3	15	77	0	55	10	58	18	14	1.63
7980189--7980244	28	2.0	29	82	10	71	42	16	8	32	1.79
7984343--7984394	22	2.4	22	86	0	68	28	15	26	28	1.96
7988625--7988671	9	5.1	9	80	14	60	78	0	4	17	0.90
7988605--7988671	14	4.8	13	74	20	55	76	1	7	14	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7989215--7989239	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7989294--7989329	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
7989708--7989779	35	2.1	35	97	0	135	27	20	9	41	1.84
7990420--7990582	87	1.9	87	93	0	281	41	9	15	33	1.79
7999767--7999810	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
8000403--8000464	31	2.0	31	96	0	115	27	3	33	35	1.73
8000462--8000490	13	2.3	13	94	5	51	48	13	0	37	1.43
8001869--8002115	120	2.1	120	94	0	431	38	16	13	31	1.87
8001700--8002298	303	2.0	305	95	1	1076	34	16	14	34	1.89
8001989--8002577	183	3.2	183	94	1	993	33	16	14	35	1.89
8003786--8003842	3	19.0	3	88	0	87	28	33	1	36	1.68
8005298--8005344	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
8005479--8005539	20	3.1	19	80	13	70	19	14	11	54	1.71
8005265--8005737	181	2.6	182	90	0	714	27	17	13	41	1.86
8029489--8029542	20	2.6	21	79	5	65	27	14	14	42	1.85
8035824--8035873	20	2.5	20	86	0	64	32	10	32	26	1.89
8035846--8035894	21	2.4	20	86	3	62	28	14	28	28	1.95
8044213--8044259	21	2.2	21	88	0	67	27	27	21	23	1.99
8044671--8045070	46	8.8	46	91	2	621	32	22	7	38	1.81
8046945--8047001	24	2.4	25	85	8	82	21	38	29	10	1.87
8047026--8047184	60	2.7	60	90	0	255	33	19	12	34	1.89
8050107--8050168	30	2.0	32	87	6	92	32	6	9	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8055309--8055345	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8056777--8056881	3	35.0	3	84	0	138	40	0	0	59	1.04
8056777--8056888	27	4.0	28	88	8	158	41	0	0	58	1.04
8056997--8057034	16	2.4	16	100	0	76	5	57	18	18	1.58
8069618--8069659	9	4.7	9	79	8	50	83	0	16	0	0.65
8069619--8069659	17	2.4	17	95	4	73	82	0	17	0	0.66
8070809--8071440	83	7.6	83	96	0	1140	25	14	22	37	1.92
8072165--8072615	113	4.0	113	93	1	701	38	13	17	29	1.89
8072938--8073033	3	32.0	3	74	10	63	39	1	2	57	1.17
8073145--8073184	15	2.6	16	92	8	73	7	55	20	17	1.66
8074970--8074995	11	2.4	11	100	0	52	69	0	23	7	1.14
8075734--8075810	31	2.5	31	95	0	136	25	14	16	42	1.86
8075817--8075867	27	1.9	26	84	4	66	58	19	11	9	1.60
8076127--8076169	14	3.1	14	86	0	59	60	18	9	11	1.57
8076929--8076960	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8077662--8077694	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
8078788--8078838	14	3.8	13	77	10	50	35	1	3	58	1.28
8081280--8081332	23	2.3	23	78	12	63	26	0	5	67	1.12
8081224--8081619	198	2.0	196	94	1	686	39	5	6	48	1.50
8081686--8081726	21	2.0	21	85	0	55	31	26	17	24	1.97
8083127--8083187	21	2.9	21	70	0	59	34	21	14	29	1.93
8083711--8083758	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8085765--8085865	50	2.0	51	94	1	177	37	12	17	31	1.88
8085962--8086011	11	4.5	11	80	12	50	78	4	0	18	0.91
8086126--8086191	20	3.2	20	83	12	80	78	1	6	13	1.00
8086133--8086191	5	11.6	5	79	16	68	79	0	5	15	0.89
8087541--8087587	9	5.3	9	80	14	53	68	0	0	31	0.90
8087540--8087583	4	10.2	4	81	13	52	70	0	0	29	0.88
8087540--8087583	13	3.4	12	84	12	52	70	0	0	29	0.88
8091342--8091407	30	2.2	30	89	5	98	42	7	18	31	1.78
8092677--8092747	30	2.4	30	97	0	133	45	5	5	43	1.51
8093034--8093076	22	2.0	22	95	0	77	39	6	13	39	1.72
8097034--8097092	3	20.7	3	89	10	97	32	0	0	67	0.91
8100424--8100458	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8116964--8117005	22	1.9	22	90	0	66	35	4	14	45	1.66
8117167--8117310	59	2.4	59	97	0	270	29	14	25	30	1.95
8118940--8118990	26	2.0	26	88	0	75	54	11	1	31	1.47
8118998--8119053	29	1.9	29	85	0	76	39	21	5	33	1.76
8119072--8119124	21	2.5	21	90	6	81	39	24	18	16	1.91
8123791--8123877	45	1.9	45	92	0	147	37	21	11	28	1.89
8127946--8128009	30	2.1	30	82	5	76	29	17	7	45	1.76
8137828--8137858	14	2.2	14	94	0	53	0	3	38	58	1.15
8149659--8149736	13	5.3	13	70	24	57	16	19	44	19	1.86
8149665--8149758	18	5.6	18	80	12	92	14	18	46	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8149659--8149736	31	2.6	30	85	2	102	16	19	44	19	1.86
8152284--8152317	17	2.0	17	94	0	59	38	17	20	23	1.93
8157548--8157637	30	3.0	29	79	4	108	35	14	4	45	1.65
8162505--8162564	31	2.0	30	86	3	84	20	21	40	18	1.92
8167464--8167554	18	5.4	18	72	15	68	15	20	42	20	1.88
8167480--8167504	13	1.9	13	100	0	50	16	16	48	20	1.82
8168939--8169002	21	3.1	21	80	6	69	43	3	0	53	1.16
8168951--8169002	21	2.5	21	84	3	70	46	3	0	50	1.20
8169566--8169637	23	3.3	23	82	9	87	19	11	13	55	1.68
8169573--8169642	21	3.3	21	86	6	79	17	10	11	61	1.56
8170369--8170395	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8170798--8170840	19	2.3	19	84	4	61	20	0	27	51	1.48
8173844--8173889	24	1.9	24	86	0	65	32	2	30	34	1.70
8174843--8174887	19	2.4	19	81	7	56	55	11	0	33	1.35
8176594--8176623	15	2.0	15	100	0	60	13	20	6	60	1.55
8176755--8176888	5	26.8	5	67	11	60	71	5	6	16	1.26
8176755--8176840	19	4.5	19	91	4	111	70	3	9	16	1.27
8176755--8176820	29	2.3	29	84	5	89	74	3	6	16	1.15
8176847--8176905	11	5.4	11	86	8	84	81	6	0	11	0.87
8182211--8182261	19	2.7	19	80	14	61	72	1	3	21	1.11
8183250--8183841	170	3.5	170	78	5	578	29	15	20	34	1.94
8184062--8184624	170	3.4	167	77	5	566	28	17	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183255--8184829	784	2.0	786	86	2	2169	31	16	18	33	1.93
8185145--8185215	36	1.9	37	86	8	101	69	7	2	21	1.26
8189315--8189350	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
8191069--8191134	33	2.0	33	90	0	105	50	12	12	25	1.74
8199378--8200158	385	2.0	385	97	0	1465	34	14	17	33	1.90
8214688--8214763	24	3.2	23	67	14	55	26	34	0	39	1.57
8214700--8214779	24	3.4	24	70	14	76	25	37	0	37	1.56
8214744--8214793	23	2.1	26	82	17	65	24	40	0	36	1.55
8214681--8214784	48	2.2	48	87	0	145	25	36	0	37	1.57
8217090--8217139	19	2.6	19	81	6	57	38	0	2	60	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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