genome.fa.s8463.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111276_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1833679

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
433--486	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2807--3089	140	2.0	140	97	0	530	27	13	15	43	1.84
3060--3264	20	11.1	20	72	18	135	39	23	16	20	1.92
3067--3268	34	5.5	39	76	14	152	38	24	16	20	1.93
3122--3268	54	2.7	53	71	23	144	39	23	17	19	1.92
3281--3339	20	3.0	20	90	2	84	13	16	23	45	1.83
3391--3631	71	3.5	71	90	8	340	49	17	3	29	1.62
4921--5043	42	2.9	42	78	7	133	24	18	35	21	1.95
4921--5035	21	5.5	21	70	4	79	23	19	35	21	1.96
5547--5614	20	3.4	19	84	8	82	38	25	19	17	1.93
5620--5658	19	2.0	20	85	5	53	53	15	12	17	1.72
5663--5738	33	2.3	34	86	2	100	15	19	18	46	1.85
5730--5778	20	2.5	20	93	0	80	18	20	26	34	1.95
5730--5797	20	3.4	20	81	4	66	17	17	26	38	1.92
7128--7168	20	2.0	20	90	0	64	58	21	12	7	1.58
7135--7198	20	3.2	20	84	4	67	45	26	14	14	1.82
7204--7246	19	2.3	19	92	8	70	46	23	18	11	1.82
7641--7716	22	3.5	22	88	0	107	18	11	43	26	1.84
8015--8051	19	1.9	19	88	0	56	21	13	29	35	1.92
8363--8394	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9425--9502	20	3.9	20	89	0	111	42	21	14	21	1.88
9414--9502	40	2.2	40	85	0	115	42	22	14	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9555--9619	20	3.2	19	78	10	67	35	23	10	30	1.89
10477--10512	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
10671--10726	29	1.9	29	96	0	103	28	16	23	32	1.96
10758--10823	20	3.3	20	80	0	87	22	21	22	33	1.97
10882--11032	64	2.4	64	90	1	232	54	15	1	27	1.53
11011--11043	13	2.4	14	90	5	50	51	21	0	27	1.48
11344--11387	22	2.0	22	100	0	88	36	40	9	13	1.76
12414--12484	21	3.4	21	76	7	72	22	21	35	21	1.96
15182--15238	20	2.8	20	83	2	69	21	14	22	42	1.88
15605--15640	3	13.0	3	83	16	51	27	0	0	72	0.85
15605--15640	11	3.3	11	92	7	56	27	0	0	72	0.85
15604--15636	16	2.1	16	100	0	66	24	0	0	75	0.80
18332--18366	18	1.9	18	88	0	52	8	11	0	80	0.92
20334--20395	14	4.6	13	77	18	65	79	1	16	3	0.95
20361--20422	30	2.1	31	82	11	76	74	4	17	3	1.13
21443--21531	32	2.8	32	79	6	99	28	17	24	29	1.98
22597--22785	37	5.1	36	82	5	234	26	20	13	40	1.89
22597--22785	73	2.5	73	83	5	236	26	20	13	40	1.89
22838--22915	33	2.3	34	91	6	124	38	20	7	33	1.81
23289--23325	3	13.3	3	83	16	53	29	0	0	70	0.88
23288--23341	16	3.2	16	82	10	63	29	0	1	68	1.00
23688--23938	20	12.5	20	75	7	168	39	22	17	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23749--23941	40	4.8	40	85	1	226	39	21	18	20	1.93
24773--24832	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
26091--26238	19	8.4	19	71	18	90	49	18	17	14	1.80
26103--26141	16	2.4	16	95	0	69	56	17	12	12	1.67
26119--26201	34	2.5	33	90	5	123	49	20	16	13	1.79
26438--26472	14	2.5	14	85	0	52	48	20	0	31	1.50
29430--29492	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
29428--29539	40	3.0	39	72	18	112	45	18	23	12	1.83
29428--29540	19	6.1	19	75	13	110	46	18	23	12	1.83
29578--29649	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
30191--30385	20	9.6	20	74	12	123	20	17	24	38	1.93
30189--30443	40	6.3	40	83	3	269	18	17	24	39	1.92
30189--30443	81	3.1	82	84	4	295	18	17	24	39	1.92
30270--30443	20	8.6	20	76	12	124	16	17	25	40	1.90
30270--30443	61	2.9	60	80	8	192	16	17	25	40	1.90
30478--30529	21	2.5	21	96	0	95	17	17	19	46	1.85
37482--37511	15	2.1	15	93	6	53	30	6	30	33	1.83
38111--38435	43	7.5	43	69	14	173	25	30	18	24	1.98
38199--38576	40	8.7	41	68	18	160	24	30	18	26	1.98
38280--38531	48	5.5	47	73	10	152	24	28	19	28	1.98
38281--38623	179	1.9	180	85	1	474	23	27	18	29	1.98
38088--38483	131	3.0	131	89	0	587	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38811--38848	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
40150--40174	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
41855--41900	21	2.2	21	100	0	92	36	13	41	8	1.75
42836--42871	14	2.6	14	90	0	54	8	8	22	61	1.51
43722--44147	208	2.0	208	99	0	834	17	31	21	29	1.96
50538--50713	69	2.5	70	79	6	169	42	24	20	13	1.87
60420--60505	22	3.9	22	75	3	91	26	19	20	32	1.97
61034--61087	3	18.3	3	76	17	51	29	1	0	68	1.00
61035--61087	14	3.7	14	85	11	72	28	1	0	69	0.99
61042--61099	26	2.2	26	84	6	73	31	1	0	67	1.01
61040--61100	23	2.4	27	79	17	78	31	3	0	65	1.09
62895--62986	32	2.9	32	79	7	91	32	17	18	31	1.94
62900--63019	62	1.9	62	86	5	170	29	18	20	31	1.96
62893--63020	31	4.1	31	75	11	118	28	17	20	32	1.96
65318--65533	29	7.4	28	71	14	125	18	15	8	57	1.63
65314--65533	59	3.7	59	81	8	236	18	16	8	56	1.64
67196--67292	51	1.9	51	84	0	131	43	12	13	30	1.81
70337--70427	22	4.3	22	79	8	107	18	18	24	38	1.93
70545--70586	6	7.2	6	97	2	77	30	52	16	0	1.44
71203--71334	22	6.3	22	72	12	107	38	24	18	18	1.93
71244--71398	20	7.6	20	70	15	95	38	23	21	16	1.93
71236--71423	41	4.6	42	90	7	255	37	22	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71323--71427	21	5.1	21	73	4	106	37	25	19	18	1.94
71936--71981	22	2.1	22	84	8	58	58	2	0	39	1.10
73739--73786	20	2.4	20	96	0	87	41	6	8	43	1.60
76815--76867	26	2.0	26	88	0	79	35	11	13	39	1.80
78152--78190	16	2.4	16	91	0	60	28	5	15	51	1.64
82932--82963	16	2.1	16	88	11	50	59	3	3	34	1.29
87193--87265	36	2.0	36	83	0	92	45	17	17	19	1.86
88697--88757	30	2.0	30	84	12	81	52	22	9	14	1.71
92894--92950	21	2.7	21	83	0	69	5	31	15	47	1.68
92926--93001	9	8.4	9	72	20	52	0	27	25	47	1.52
92933--92984	18	3.0	18	76	18	65	0	25	26	48	1.52
92929--93000	20	3.9	19	82	17	98	0	27	25	47	1.52
96678--96731	22	2.5	21	80	16	65	64	0	1	33	1.04
98910--98961	24	2.2	24	96	0	95	17	34	7	40	1.78
99564--99606	22	2.0	22	100	0	86	30	27	18	23	1.98
100722--100777	21	2.7	21	85	0	76	17	26	16	39	1.91
100725--100842	41	2.9	41	79	5	114	20	23	17	38	1.93
100722--100855	20	6.5	21	82	2	112	21	23	18	35	1.95
100741--100855	61	1.9	61	87	3	169	21	21	20	36	1.95
100825--100898	20	3.6	21	83	5	107	37	17	21	22	1.94
101427--101502	20	3.8	20	85	5	93	51	18	18	11	1.76
101530--101618	20	4.9	19	67	20	64	13	24	16	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102160--102198	14	2.8	14	85	14	62	38	0	17	43	1.50
102305--102384	33	2.4	33	89	0	115	47	21	20	11	1.80
102396--102474	19	4.4	18	72	16	58	12	24	20	43	1.86
102427--102481	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
104923--104981	24	2.5	24	88	0	91	35	18	20	25	1.95
104939--104990	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
105839--105926	21	4.3	20	80	8	79	37	17	21	23	1.94
105850--105925	21	3.7	21	83	1	91	40	17	22	19	1.91
106932--106980	22	2.2	22	81	0	62	36	10	4	48	1.56
107890--107959	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11