genome.fa.s8463.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111276_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1833679

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1213 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109405--109441	16	2.4	16	90	4	58	13	24	0	62	1.31
113244--113334	23	3.9	24	89	1	123	19	27	23	29	1.98
113953--113992	21	1.9	21	94	0	71	30	25	20	25	1.99
118552--118729	90	2.0	90	92	0	293	37	11	6	44	1.66
118684--118754	20	3.2	23	72	20	62	46	2	4	46	1.37
118691--118759	22	3.2	21	71	16	70	49	1	4	44	1.31
125093--125130	20	1.9	20	94	0	67	42	13	0	44	1.43
130045--130079	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
130432--130475	20	2.2	21	84	8	56	22	4	11	61	1.48
133805--133843	18	2.2	18	90	0	60	64	2	2	30	1.21
141192--141255	31	2.1	31	88	5	94	32	7	23	35	1.84
141852--141899	18	2.7	18	84	12	71	29	22	6	41	1.78
142448--142473	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
155204--155244	16	2.6	16	82	17	50	43	0	0	56	0.99
156231--156271	20	2.1	19	86	4	55	39	2	0	58	1.11
156429--156488	18	3.4	18	76	2	68	25	10	0	65	1.24
156837--156884	24	2.0	25	88	12	73	29	4	2	64	1.23
162139--162168	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
162759--162785	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
162978--163587	105	5.8	105	99	0	1202	32	25	18	22	1.97
163668--163709	20	2.1	20	90	0	66	26	23	16	33	1.96
164464--164506	3	13.3	3	90	4	50	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164957--165010	23	2.5	21	80	16	58	25	3	0	70	1.04
164965--165007	21	1.9	24	86	13	65	27	2	0	69	1.00
168834--168900	33	2.0	33	94	0	116	43	0	19	37	1.51
169742--169845	30	3.5	29	78	12	113	35	8	0	54	1.38
170005--170032	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
169978--170061	41	2.1	40	90	2	132	55	0	2	41	1.12
170085--170204	30	4.1	29	78	20	99	55	2	6	35	1.40
170100--170204	31	3.7	26	78	18	86	55	2	6	35	1.41
170642--170688	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
172585--172684	6	16.7	6	86	5	69	54	0	3	43	1.16
172597--172682	2	44.0	2	86	9	124	52	0	1	46	1.08
173194--173249	27	2.1	26	83	3	67	55	1	3	39	1.28
173212--173249	14	2.8	13	88	7	58	57	0	2	39	1.12
179235--179265	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
183753--183809	30	1.9	30	92	0	96	29	10	8	50	1.67
183990--184084	28	3.3	29	81	8	88	21	15	5	57	1.57
183984--184074	28	3.2	28	83	7	94	19	14	6	59	1.57
184004--184090	28	3.1	28	81	8	97	21	12	5	59	1.54
186815--186854	17	2.4	17	91	0	71	27	10	17	45	1.80
187497--187551	26	2.0	28	86	6	78	43	7	5	43	1.55
188024--188396	183	2.1	178	93	5	651	33	6	12	47	1.66
194244--194423	65	2.8	64	82	11	208	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197744--197795	19	2.7	19	93	0	95	19	21	32	26	1.97
200520--200601	23	3.6	22	75	8	69	24	23	26	25	2.00
204605--204648	19	2.3	19	88	7	63	59	0	2	38	1.10
204756--204801	10	4.5	11	81	10	53	67	0	0	32	0.91
207821--207845	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
208248--208371	60	2.1	59	95	3	223	37	8	11	42	1.70
214194--214237	19	2.3	18	85	11	61	54	9	18	18	1.69
214355--214401	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
214359--214406	20	2.6	18	84	15	62	56	10	14	18	1.66
216313--216377	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
216409--216469	32	1.9	32	89	0	95	29	0	47	22	1.52
218236--218283	19	2.6	19	90	3	71	31	2	10	56	1.45
218400--219741	195	6.9	199	92	6	2209	36	15	16	31	1.91
219700--219780	43	1.9	41	95	5	144	24	12	17	45	1.82
219700--219779	42	1.9	40	92	7	133	25	12	17	45	1.83
219741--220353	195	3.1	198	95	3	1102	35	15	16	31	1.91
221806--221873	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
221806--221901	6	15.3	6	74	8	57	36	7	35	20	1.81
221821--221905	3	28.0	3	74	2	71	35	5	35	23	1.79
221809--221891	42	2.0	42	92	0	139	34	8	34	21	1.84
223318--223654	181	1.9	180	87	3	498	35	13	17	33	1.89
226089--226153	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226437--226497	22	2.7	23	85	7	81	36	6	18	39	1.76
226457--226505	23	2.2	22	85	10	64	32	2	20	44	1.63
226508--226546	20	2.0	20	89	0	60	25	15	10	48	1.76
226854--226917	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
226854--226926	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
227191--227241	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
227824--227910	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
228097--228163	29	2.3	28	82	10	73	50	2	0	46	1.16
228241--228287	21	2.2	22	77	11	53	38	12	10	38	1.78
228305--228368	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
228305--228377	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
229711--229760	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
230895--230947	16	3.2	15	73	21	52	79	0	1	18	0.83
231043--231088	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
232494--232546	20	2.7	20	74	11	63	28	33	15	22	1.94
232593--232641	19	2.5	19	83	3	62	42	22	14	20	1.88
233200--233238	20	2.0	20	90	5	62	10	17	23	48	1.78
234936--234981	21	2.2	21	92	0	74	17	15	30	36	1.91
235210--235246	19	1.9	19	88	0	56	29	2	2	64	1.21
235416--235491	21	3.6	21	77	7	73	23	35	21	19	1.96
235418--235511	42	2.2	42	84	3	118	21	38	22	18	1.93
236788--236927	66	2.2	60	87	9	192	30	0	17	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236986--237075	20	4.8	20	69	15	84	38	23	20	17	1.93
237675--237713	18	2.2	18	90	0	60	48	10	5	35	1.59
240830--240883	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
241724--241886	81	2.0	81	100	0	326	31	11	13	43	1.79
255195--255221	14	1.9	14	100	0	54	44	11	22	22	1.84
255241--255270	14	2.1	15	93	6	53	30	13	13	43	1.82
269425--269467	16	2.7	17	86	10	56	39	0	0	60	0.97
269614--269669	20	2.8	20	86	0	85	48	25	10	16	1.78
269792--269843	22	2.3	23	86	6	79	21	42	13	23	1.88
269802--269844	22	2.0	22	100	0	86	23	37	13	25	1.92
270194--270224	14	2.2	14	94	0	53	48	25	19	6	1.72
272378--272492	21	5.6	21	76	12	96	21	32	21	24	1.98
272372--272476	39	2.6	39	85	5	122	20	35	19	25	1.95
272380--272512	60	2.2	61	83	6	162	21	33	21	24	1.97
272394--272512	39	3.0	39	85	3	130	21	35	19	24	1.96
272401--272512	21	5.5	20	76	10	93	21	34	20	23	1.96
273872--274029	64	2.5	64	94	1	280	30	1	17	50	1.56
274132--274222	20	4.6	20	91	0	128	39	20	16	23	1.92
274569--274603	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
276849--276902	24	2.2	24	93	0	90	40	20	16	22	1.91
276849--276916	24	2.8	24	84	0	64	38	20	16	25	1.92
277836--277903	20	3.4	20	76	11	68	30	11	23	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277998--278048	19	2.6	19	87	3	66	19	11	33	35	1.88
278504--278847	103	3.4	102	85	1	456	24	12	16	46	1.82
278504--278847	51	6.7	51	83	5	406	24	12	16	46	1.82
278503--278844	154	2.2	154	82	7	424	24	12	16	46	1.82
279498--279569	31	2.3	31	83	4	92	26	12	9	51	1.70
284854--284994	64	2.2	63	81	7	160	33	17	24	25	1.96
285961--286025	31	2.1	31	97	0	121	18	21	27	32	1.97
286011--286082	29	2.4	30	86	2	92	18	20	29	31	1.96
288678--288705	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
293934--293990	25	2.3	25	80	14	64	49	12	0	38	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11