genome.fa.s8463.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111276_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1833679

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670368--670405	20	1.9	20	84	10	51	28	7	18	44	1.78
674672--674725	24	2.2	24	96	0	99	31	20	22	25	1.98
675276--675319	18	2.4	18	92	0	70	15	18	36	29	1.92
682570--682611	22	1.9	22	100	0	84	23	23	26	26	2.00
682946--683034	31	3.0	30	80	4	81	35	8	13	41	1.76
682982--683047	30	2.2	31	91	2	107	34	9	16	39	1.80
684000--684079	40	2.0	40	92	0	133	33	8	12	45	1.73
691755--691867	42	2.8	39	76	10	104	28	15	23	33	1.94
691835--691929	41	2.3	41	90	3	156	23	18	23	34	1.96
699790--699865	21	3.6	21	83	0	80	43	19	35	1	1.60
700269--700377	43	2.5	43	82	5	114	29	28	15	26	1.96
700326--700529	86	2.4	87	81	6	229	30	26	18	24	1.98
700371--700555	43	4.3	42	78	5	165	32	25	19	22	1.97
700389--700577	86	2.2	85	85	5	247	31	24	20	23	1.98
700414--700587	43	4.1	42	77	6	170	33	23	17	25	1.96
705463--705552	3	30.3	3	97	2	173	34	0	0	65	0.93
709602--709916	157	2.0	158	99	0	623	42	4	19	34	1.71
711695--712007	31	10.0	31	76	11	280	30	18	18	32	1.95
711695--712007	63	5.0	63	90	1	470	30	18	18	32	1.95
722510--722580	34	2.1	33	87	10	99	63	14	2	19	1.42
722630--722666	13	2.8	13	87	0	56	67	13	2	16	1.34
722938--722962	9	2.8	9	100	0	50	48	12	28	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724825--724885	21	3.0	20	76	23	56	65	1	1	31	1.12
724905--724934	10	3.0	10	95	0	51	36	0	30	33	1.58
725845--725885	19	2.2	19	86	0	55	48	4	2	43	1.37
734185--734225	20	2.0	20	90	0	64	39	7	21	31	1.81
735230--735271	18	2.3	18	100	0	84	61	4	4	28	1.36
735512--735573	6	10.3	6	100	0	124	33	50	16	0	1.45
740015--740054	21	1.9	21	89	0	62	47	17	7	27	1.74
757599--757707	24	4.5	24	74	4	94	20	14	16	48	1.81
760727--760761	17	2.1	17	100	0	70	11	28	37	22	1.89
768416--768524	24	4.5	24	71	4	85	22	13	16	47	1.81
772607--772639	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
773243--773289	20	2.3	20	100	0	94	38	31	10	19	1.86
777514--777604	10	8.1	10	71	21	65	59	17	10	12	1.61
777517--777557	14	3.2	14	74	25	54	56	21	14	7	1.63
777535--777597	13	5.0	13	75	16	53	60	15	9	14	1.59
777514--777604	23	3.9	23	87	8	121	59	17	10	12	1.61
777884--777979	40	2.4	39	79	13	113	36	17	12	33	1.88
779086--779122	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
780913--781051	2	70.0	2	86	1	190	43	0	56	0	1.04
785985--786036	24	2.2	24	82	0	59	50	19	11	19	1.77
786001--786118	24	5.0	24	81	6	114	41	19	13	25	1.88
786001--786122	48	2.6	47	85	3	147	41	18	13	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791772--791796	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
794397--794421	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
798449--798483	16	2.2	16	94	0	61	17	5	17	60	1.55
802880--802906	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
803034--803239	108	1.9	105	81	5	243	26	16	23	33	1.96
812963--812989	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
815701--815750	2	24.5	2	95	4	91	50	0	2	48	1.12
816562--816622	29	2.1	28	82	14	72	37	9	3	49	1.52
820005--820161	63	2.4	67	79	15	168	46	4	7	42	1.51
825726--825756	14	2.2	14	100	0	62	45	6	6	41	1.55
829834--829884	18	2.8	18	90	0	84	19	21	29	29	1.98
833612--833784	80	2.0	81	90	9	267	33	10	13	42	1.78
835809--835839	14	2.2	14	100	0	62	45	6	22	25	1.76
839397--839427	16	1.9	16	93	0	53	38	45	6	9	1.63
839565--839617	17	2.9	18	80	11	63	54	0	5	39	1.24
839574--839622	17	2.7	18	81	9	55	55	0	8	36	1.30
844969--845487	146	3.6	146	90	2	792	33	19	25	21	1.97
847799--847917	47	2.6	47	90	1	186	31	15	21	31	1.94
848667--848709	6	7.2	6	89	10	70	16	16	18	48	1.81
848667--848709	19	2.4	18	92	7	70	16	16	18	48	1.81
852330--852558	125	1.8	125	82	5	293	31	18	29	20	1.96
853757--853878	36	3.4	36	72	3	111	36	21	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854248--854885	54	11.9	54	88	3	853	32	19	26	21	1.97
854836--855300	55	8.4	55	89	2	659	29	14	26	29	1.95
854249--855464	54	22.5	53	82	9	683	31	17	25	24	1.97
855993--856511	146	3.6	146	90	1	781	33	19	25	21	1.97
859234--859266	16	2.1	16	94	0	57	36	24	9	30	1.86
861686--861826	72	1.9	73	83	12	184	46	2	4	46	1.37
866047--866217	84	2.0	84	96	0	315	28	17	22	31	1.97
870177--870208	15	2.1	16	94	5	57	56	0	6	37	1.25
873642--873917	36	7.7	36	92	1	439	32	20	15	31	1.94
873610--873917	108	2.9	107	87	4	451	30	20	15	32	1.94
873969--874048	20	4.0	20	81	1	97	35	17	16	31	1.92
879244--879303	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
879604--879692	30	3.0	30	85	1	108	37	28	17	16	1.92
879631--879725	30	3.1	31	81	4	95	37	22	17	22	1.94
880955--881011	20	2.6	23	86	10	75	22	22	22	31	1.98
882063--882412	171	2.0	171	94	0	619	22	19	16	41	1.90
887929--888068	31	4.5	31	94	0	235	41	21	17	19	1.90
889044--889088	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
889961--889993	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
891090--891118	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
893475--893645	31	5.5	31	93	0	288	40	21	18	19	1.91
894626--894670	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899005--899058	20	2.7	20	82	8	56	44	3	25	25	1.71
901507--901551	18	2.5	18	96	0	81	24	26	11	37	1.89
904234--904272	20	2.0	19	90	5	60	20	0	2	76	0.90
905359--905411	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
905401--905473	21	3.5	21	84	1	85	38	17	21	21	1.93
905459--905596	41	3.4	41	79	2	161	36	24	15	23	1.94
905462--905576	20	5.7	20	77	6	106	33	26	16	23	1.95
907448--907495	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
908030--908075	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
908041--908099	19	3.1	19	85	2	73	38	20	23	16	1.92
908111--908169	14	3.9	14	76	20	64	8	16	25	49	1.74
908106--908185	33	2.4	33	95	0	142	10	17	23	48	1.77
908179--908244	20	3.3	20	95	0	114	15	24	25	34	1.94
908190--908270	20	4.1	19	85	6	81	20	18	25	34	1.96
908179--908264	40	2.2	40	85	4	111	17	20	26	34	1.95
908614--908672	21	2.8	21	78	0	73	23	40	13	22	1.89
908609--908699	41	2.2	42	86	2	130	21	40	15	21	1.90
908612--908729	42	2.8	42	83	2	114	22	38	16	22	1.92
910196--910244	19	2.6	19	96	0	89	51	16	18	14	1.77
910271--910308	18	2.1	18	100	0	76	39	0	21	39	1.53
911680--911735	26	2.2	26	96	0	103	14	35	26	23	1.93
912002--912133	33	3.8	33	86	6	165	42	22	21	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911983--912138	19	8.6	19	75	15	116	42	21	22	13	1.88
912134--912205	33	2.2	33	89	0	108	11	20	23	44	1.84
912145--912226	33	2.5	33	86	6	103	12	20	21	45	1.84
912769--912841	20	3.7	20	86	0	110	21	20	19	38	1.94
912838--912893	20	2.7	21	77	5	60	44	16	19	19	1.87
912913--912964	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
912771--912979	41	5.1	41	72	6	138	29	19	19	32	1.96
912954--913006	21	2.5	22	75	6	56	32	16	26	24	1.97
930935--931134	103	2.0	102	95	1	364	48	5	8	38	1.56
931708--931740	17	2.0	17	94	5	59	78	9	6	6	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11