genome.fa.s8531.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008531.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3817888

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1961038--1961098	22	3.0	20	68	17	61	22	19	24	32	1.97
1961035--1961334	135	2.2	135	87	0	429	30	18	21	30	1.97
1968581--1968611	13	2.4	13	94	0	53	32	19	19	29	1.96
1973804--1973867	27	2.3	27	83	2	74	28	12	14	45	1.81
1974514--1974553	15	2.7	15	96	0	71	22	20	25	32	1.98
1980440--1980473	15	2.3	15	94	0	59	8	26	29	35	1.87
1983052--1983101	25	2.0	26	84	11	68	62	0	2	36	1.07
1983669--1983769	34	2.8	36	82	13	129	43	14	13	27	1.84
1984145--1984187	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
1987300--1987338	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
1988533--1988579	18	2.6	17	75	21	51	82	4	10	2	0.88
1988523--1988557	11	3.3	11	96	4	63	85	5	8	0	0.73
1988523--1988573	9	5.2	10	81	9	61	84	3	9	1	0.83
1989178--1989221	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
1990186--1990309	36	3.4	36	80	10	153	25	20	12	41	1.88
1990285--1990441	68	2.4	68	84	5	205	31	22	8	36	1.85
1991085--1991811	105	7.0	105	91	2	1106	34	26	17	22	1.96
1992358--1992459	34	2.8	37	89	10	167	43	14	14	27	1.85
1992358--1992493	37	3.8	35	84	9	168	41	13	14	29	1.85
1992849--1992940	13	6.9	12	73	24	62	29	1	2	67	1.09
1992861--1992940	3	25.3	3	74	14	56	30	0	2	67	1.04
1992861--1992949	17	5.1	17	75	14	83	31	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994207--1994232	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2004418--2004493	13	5.8	13	74	13	66	69	10	1	18	1.24
2004615--2004663	6	8.2	6	86	0	62	2	48	14	34	1.55
2004621--2004663	15	2.9	15	89	0	68	2	48	13	34	1.56
2006737--2006774	17	2.2	18	81	13	53	63	2	2	31	1.22
2006813--2006862	10	5.0	10	82	0	55	44	0	30	26	1.55
2012450--2012505	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2015642--2015814	65	2.7	65	78	5	181	24	26	19	28	1.99
2017356--2017427	24	3.0	24	77	2	65	47	18	12	22	1.81
2017388--2017451	23	2.7	23	85	2	83	43	18	17	20	1.88
2019866--2019933	8	8.5	8	76	18	63	22	25	35	17	1.95
2019911--2019937	13	2.1	13	100	0	54	14	22	44	18	1.86
2019915--2019959	18	2.6	18	85	3	65	8	17	51	22	1.73
2022114--2022144	16	1.9	16	93	0	53	58	0	32	9	1.31
2025613--2025661	21	2.3	20	86	10	71	26	14	10	48	1.75
2034379--2035029	111	5.9	111	91	0	1018	28	15	24	31	1.96
2035029--2035197	79	2.1	79	85	0	230	26	18	24	30	1.98
2035157--2035259	34	3.0	34	92	0	161	28	18	23	30	1.98
2043475--2043514	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2045040--2045074	3	11.7	3	88	11	54	65	0	0	34	0.93
2045037--2045078	13	3.5	13	87	12	63	64	0	0	35	0.94
2046035--2046089	3	18.7	3	83	10	69	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047392--2047447	27	2.0	28	93	3	96	19	10	16	53	1.71
2049561--2049628	32	2.1	32	83	0	82	26	22	10	41	1.85
2050387--2050413	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2050409--2050486	30	2.7	29	92	5	124	71	0	21	6	1.08
2050436--2050488	20	2.7	19	80	13	54	77	0	16	5	0.96
2050457--2050511	24	2.3	23	84	3	65	78	0	18	3	0.90
2050409--2050511	30	3.9	24	83	15	68	72	0	21	5	1.05
2051309--2051698	134	2.9	134	88	1	534	29	18	19	32	1.96
2051892--2051942	3	17.7	3	82	8	61	31	1	0	66	1.03
2053282--2053308	14	1.9	14	100	0	54	7	18	22	51	1.70
2053281--2053335	24	2.3	24	87	0	74	9	12	23	54	1.66
2054110--2054168	16	3.7	16	88	0	91	11	11	16	59	1.61
2055030--2055077	22	2.1	23	85	11	64	43	6	14	35	1.71
2056100--2056244	41	3.5	40	74	12	125	33	16	18	31	1.93
2056110--2056266	83	1.9	83	82	5	201	36	14	18	30	1.91
2060069--2060929	283	3.0	283	98	0	1661	40	17	12	29	1.87
2064127--2064177	3	16.7	3	89	4	75	60	0	3	35	1.15
2064373--2064717	134	2.6	135	83	1	383	31	14	22	32	1.93
2065004--2065037	16	2.0	17	88	11	52	38	5	2	52	1.41
2065128--2065594	237	2.0	233	84	4	607	34	15	16	34	1.90
2065397--2065807	191	2.1	190	84	6	542	32	17	17	33	1.93
2065592--2066644	233	4.5	232	85	3	1348	32	17	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069950--2070201	137	1.8	136	85	8	359	28	13	16	41	1.86
2081685--2081716	16	2.0	16	93	0	55	25	9	31	34	1.87
2091694--2091758	17	3.8	17	75	18	55	78	1	7	12	1.02
2092760--2093139	55	6.9	55	89	2	489	32	14	24	28	1.94
2101167--2101418	137	1.8	137	87	1	380	28	13	15	42	1.85
2102171--2102313	1	143.0	1	68	0	61	2	14	0	82	0.80
2102171--2102310	12	11.7	12	76	11	103	2	15	0	82	0.81
2102170--2102313	29	4.6	30	72	21	86	2	14	0	81	0.83
2102181--2102313	46	2.8	45	81	12	142	2	15	0	81	0.82
2102173--2102311	27	5.0	26	76	14	111	2	15	0	82	0.82
2127036--2127089	3	17.7	3	84	3	72	62	3	1	31	1.23
2129162--2129255	23	4.3	23	62	24	58	44	1	4	50	1.28
2129951--2129992	12	3.5	12	81	12	50	38	9	2	50	1.48
2129951--2129996	14	3.6	13	85	11	60	36	10	2	50	1.50
2131141--2131165	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
2131251--2131361	20	5.4	20	67	19	77	39	23	22	14	1.91
2131248--2131443	41	4.8	41	93	0	338	39	25	21	14	1.91
2131740--2131770	11	2.8	11	95	0	53	51	3	6	38	1.44
2131822--2131862	21	2.0	21	95	0	73	9	4	17	68	1.35
2141959--2142149	76	2.5	77	83	5	221	28	15	14	41	1.86
2142128--2142307	40	4.5	42	78	10	198	28	17	15	39	1.89
2142157--2142322	79	2.1	79	94	0	287	29	18	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142157--2142361	40	5.3	39	82	3	207	30	18	14	36	1.90
2142346--2142462	29	3.9	28	71	20	92	35	17	11	35	1.87
2142309--2142535	65	3.5	65	87	1	312	31	20	13	35	1.91
2142569--2142685	37	3.2	36	63	7	92	29	20	13	36	1.91
2142497--2142701	73	2.8	72	86	2	266	28	19	13	39	1.89
2143209--2143237	12	2.4	12	100	0	58	0	41	31	27	1.56
2144666--2144704	20	2.0	20	84	0	51	23	5	23	48	1.70
2151069--2151187	61	2.0	61	81	6	143	31	21	13	34	1.92
2155611--2155693	12	6.6	12	68	10	58	18	15	8	57	1.62
2159122--2159230	36	2.9	38	76	11	109	29	14	11	44	1.81
2159136--2159384	76	3.3	77	80	7	244	29	15	12	42	1.84
2159329--2159476	40	3.7	40	80	4	192	29	16	14	39	1.88
2159306--2159501	79	2.5	79	89	3	288	28	17	15	38	1.91
2159487--2159595	29	3.5	29	67	24	87	32	22	11	34	1.89
2159453--2159612	65	2.4	65	88	3	230	30	21	12	35	1.90
2159585--2159634	22	2.3	21	82	3	64	30	26	10	34	1.89
2159519--2159699	87	2.1	86	91	1	299	30	22	10	37	1.88
2159454--2159758	152	2.0	154	87	3	438	30	20	12	36	1.90
2159605--2159762	65	2.4	65	84	5	203	28	20	12	37	1.90
2159769--2159955	36	5.1	35	65	12	108	27	18	12	41	1.87
2159724--2160000	73	3.8	73	85	1	351	29	18	13	39	1.88
2159796--2160001	36	5.6	36	65	9	112	29	17	13	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159942--2160062	61	2.0	61	82	6	147	33	19	13	34	1.90
2161594--2161697	30	3.5	29	72	12	86	25	9	7	57	1.57
2162046--2162093	17	2.8	17	84	6	62	41	4	4	50	1.41
2164732--2164756	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2164915--2165051	21	6.5	21	77	5	125	20	17	27	35	1.95
2165042--2165088	24	2.0	24	86	0	67	17	23	25	34	1.96
2166430--2166486	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
2172939--2172979	13	3.2	13	100	0	82	41	14	21	21	1.89
2176532--2176641	55	2.0	55	100	0	220	38	12	27	21	1.90
2179878--2179935	30	2.0	29	82	3	71	41	12	12	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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