genome.fa.s8531.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008531.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3817888

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180056--2180128	25	2.9	25	83	4	85	26	20	20	32	1.97
2183274--2183339	23	2.9	22	79	4	69	30	24	25	19	1.98
2188154--2188218	28	2.4	26	80	12	69	50	18	1	29	1.56
2189831--2189904	20	3.7	20	94	0	130	27	22	22	27	2.00
2189892--2190053	64	2.5	63	80	9	177	24	23	18	33	1.96
2194481--2194624	45	3.2	45	76	10	134	31	19	10	38	1.85
2196186--2196236	15	3.5	15	79	15	61	41	7	15	35	1.76
2196368--2196422	25	2.2	25	90	0	83	23	21	20	34	1.97
2204249--2204273	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2206780--2206831	26	2.0	26	84	3	68	50	1	13	34	1.53
2206827--2206877	24	2.1	25	81	3	59	60	3	1	33	1.26
2208792--2208830	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2221350--2221385	16	2.3	16	90	4	56	44	2	2	50	1.31
2221455--2221508	23	2.2	25	80	9	67	50	1	0	48	1.11
2223395--2223437	19	2.2	20	88	12	63	58	0	2	39	1.11
2223404--2223448	18	2.4	19	85	3	56	51	4	0	44	1.21
2225685--2225726	22	1.9	22	90	0	66	16	0	7	76	1.00
2225985--2226020	8	4.2	8	86	13	54	75	0	2	22	0.94
2226239--2226445	86	2.4	85	79	6	209	33	17	18	29	1.94
2227839--2227903	4	15.8	4	81	15	62	16	3	0	80	0.85
2227838--2227899	12	5.1	12	86	9	74	16	3	0	80	0.83
2227838--2227903	17	3.9	18	79	20	79	16	3	0	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261902--2261947	22	2.1	22	95	0	83	32	13	13	41	1.82
2262518--2262786	119	2.3	119	88	0	385	33	16	17	33	1.92
2262738--2262859	20	6.1	20	86	3	165	22	20	22	33	1.97
2262738--2262859	40	3.0	40	90	2	192	22	20	22	33	1.97
2263043--2263314	140	1.9	140	92	0	454	35	15	23	26	1.94
2263713--2263758	17	2.6	18	86	10	60	45	0	0	54	0.99
2264877--2264917	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2267756--2268017	2	130.0	2	71	15	157	47	3	3	45	1.35
2267893--2267966	13	5.4	13	74	9	67	45	8	5	40	1.56
2268119--2268173	19	2.9	18	86	7	58	41	0	32	25	1.56
2268129--2268173	20	2.3	20	92	3	74	42	0	35	22	1.54
2268416--2268561	2	76.0	2	69	20	89	47	2	4	45	1.33
2268407--2268436	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
2268617--2268698	7	11.7	7	74	0	56	48	32	1	17	1.55
2268619--2268658	21	1.9	21	94	0	71	47	27	0	25	1.52
2268614--2268698	14	6.1	14	77	6	66	50	31	1	16	1.53
2268695--2268742	20	2.4	20	96	0	87	41	14	16	27	1.87
2269185--2269244	14	4.3	14	77	8	68	53	20	0	26	1.46
2269176--2269244	28	2.5	28	81	9	70	50	24	0	24	1.49
2275053--2275104	7	7.4	7	80	0	50	44	28	1	25	1.65
2275053--2275104	14	3.7	14	82	10	61	44	28	1	25	1.65
2275040--2275104	21	3.1	21	84	6	71	44	27	1	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275494--2275576	16	5.2	16	85	2	96	40	12	25	21	1.88
2276710--2276736	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2276911--2276947	14	2.6	14	91	0	56	24	16	2	56	1.53
2276975--2277004	14	2.1	14	93	0	51	23	10	6	60	1.52
2277042--2277071	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2284180--2284361	90	2.0	91	89	1	276	27	23	28	21	1.99
2288657--2288798	7	19.4	7	68	17	76	74	0	16	7	1.08
2288699--2288798	6	16.5	6	67	22	50	77	0	16	7	0.98
2288679--2288798	13	8.9	13	68	23	70	75	0	17	6	1.07
2288671--2288779	30	3.7	30	75	17	97	74	0	15	9	1.11
2288712--2288779	27	2.4	28	82	12	93	75	0	14	10	1.06
2288703--2288772	27	2.8	24	79	16	79	75	0	14	10	1.04
2288754--2288798	20	2.2	20	88	7	65	80	0	17	2	0.82
2288699--2288798	23	4.7	20	71	23	71	77	0	16	7	0.98
2290517--2290606	43	2.1	43	97	0	171	35	7	12	44	1.71
2290489--2290785	55	5.6	53	78	14	258	34	9	14	41	1.79
2290565--2290784	55	4.0	55	86	3	289	35	9	14	40	1.79
2290565--2290784	111	2.0	110	86	0	305	35	9	14	40	1.79
2290899--2290995	42	2.3	41	80	5	106	25	22	19	31	1.98
2290893--2291674	238	3.3	237	86	3	1072	31	16	16	35	1.92
2293719--2293754	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
2293847--2293880	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304719--2304827	54	2.0	54	100	0	218	33	12	16	36	1.87
2308804--2308969	60	2.8	60	83	0	197	29	21	7	40	1.81
2313669--2313783	61	1.9	61	90	0	185	23	19	27	29	1.98
2313893--2314050	47	3.5	46	89	5	225	37	8	19	34	1.82
2314493--2314542	20	2.5	20	100	0	100	22	44	18	16	1.87
2315712--2315790	30	2.7	29	84	9	97	34	18	5	41	1.73
2331404--2331451	17	2.7	17	81	9	51	77	0	14	8	0.99
2332706--2333022	129	2.4	129	80	3	357	34	22	14	29	1.93
2340683--2340725	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
2343990--2344039	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
2345556--2345714	65	2.5	65	87	6	218	30	22	18	28	1.97
2353641--2353688	23	2.2	22	82	10	64	18	20	41	18	1.90
2363005--2363033	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
2363313--2363375	24	2.6	24	92	0	99	41	0	39	19	1.51
2363354--2363408	16	3.4	16	97	0	101	38	0	40	21	1.54
2363749--2363957	65	3.3	63	80	12	221	30	24	18	27	1.98
2365118--2365290	90	1.9	89	94	1	301	39	10	5	44	1.63
2371927--2372096	90	1.9	88	91	2	277	38	10	5	45	1.61
2376972--2377029	27	2.1	28	84	9	75	74	3	12	10	1.19
2376945--2377014	22	3.2	22	74	21	58	74	4	14	7	1.19
2379164--2379402	54	4.4	54	79	5	248	34	10	17	37	1.85
2379172--2379374	108	1.9	109	86	3	293	31	12	17	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380712--2381188	118	4.1	117	84	2	573	37	17	21	23	1.94
2386339--2386368	14	2.1	14	93	6	51	23	0	0	76	0.78
2389748--2389807	28	2.1	28	84	3	75	38	28	5	28	1.78
2391084--2391273	55	3.5	54	86	6	249	34	11	12	41	1.79
2391292--2391547	53	4.7	54	81	4	259	32	7	17	42	1.78
2391292--2391550	106	2.4	110	82	5	314	32	8	16	42	1.78
2392060--2392667	139	4.4	139	88	1	851	36	16	20	26	1.94
2394521--2394698	94	1.9	94	89	2	277	37	13	22	26	1.91
2395118--2395419	46	6.6	46	93	1	507	43	12	22	21	1.86
2395119--2395466	92	3.8	88	86	6	403	43	12	22	21	1.85
2395119--2395466	138	2.5	135	88	6	459	43	12	22	21	1.85
2395197--2395478	72	4.0	72	77	15	300	43	12	22	21	1.85
2401561--2401609	19	2.6	19	83	9	64	16	12	6	65	1.45
2402072--2402097	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2403404--2403437	13	2.5	14	90	4	52	73	0	5	20	1.04
2404410--2404465	13	4.2	13	77	8	58	53	1	0	44	1.11
2404422--2404468	15	3.3	15	82	11	71	57	2	0	40	1.11
2404647--2404850	47	4.5	46	72	15	145	29	19	15	35	1.93
2404683--2404854	89	1.9	88	90	3	274	31	19	13	35	1.90
2404947--2405085	20	6.9	20	87	0	197	38	23	17	20	1.93
2405062--2405637	248	2.3	247	92	1	947	36	16	15	31	1.91
2408504--2408531	14	2.0	14	100	0	56	50	28	7	14	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410574--2410627	4	13.5	4	100	0	108	25	0	24	50	1.50
2414681--2414725	15	2.9	15	83	6	54	62	4	2	31	1.27
2415279--2415391	60	1.9	60	81	0	136	33	11	15	39	1.83
2423098--2423167	29	2.4	28	83	6	104	42	20	7	30	1.78
2423661--2423760	40	2.4	41	79	11	107	63	1	4	32	1.20
2423702--2423764	15	4.1	16	73	21	53	65	3	3	28	1.24
2423890--2423932	16	2.6	16	85	3	59	74	2	2	20	1.04
2425396--2426388	106	9.4	106	94	0	1736	22	18	25	33	1.96
2427121--2427167	9	5.7	9	83	16	57	0	25	0	74	0.82
2427121--2427168	18	2.8	17	87	9	71	0	25	0	75	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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