genome.fa.s8531.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008531.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3817888

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779354--779458	30	3.5	30	84	7	126	40	12	7	39	1.71
779943--779984	21	2.0	22	86	9	61	28	28	9	33	1.88
786039--786087	22	2.3	22	86	6	75	18	42	22	16	1.88
786049--786108	21	2.8	21	82	10	68	23	36	25	15	1.93
794594--794714	31	3.9	31	96	2	226	34	13	16	35	1.88
794594--794714	61	2.0	62	96	1	226	34	13	16	35	1.88
794738--795184	224	2.0	225	97	2	855	37	23	10	28	1.89
796017--796165	75	2.0	75	85	2	201	30	12	15	42	1.83
796426--796474	3	16.0	3	95	4	89	32	0	0	67	0.91
800231--800256	13	2.0	13	100	0	52	15	23	46	15	1.83
800233--800273	18	2.3	18	95	0	73	9	21	48	19	1.77
800251--800286	13	2.8	13	86	0	54	13	19	47	19	1.83
801467--801509	22	2.0	22	90	0	68	39	9	4	46	1.57
801554--801598	23	2.0	23	90	0	72	62	2	4	31	1.27
801573--802169	198	3.0	197	83	5	713	47	9	6	36	1.61
801950--801994	23	2.0	23	82	8	56	46	11	11	31	1.74
802720--802856	72	1.9	71	84	1	184	45	15	16	22	1.85
804594--804651	24	2.4	24	82	0	80	12	17	18	51	1.75
806798--806823	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
807253--807320	20	3.3	20	67	15	57	19	22	33	25	1.97
807162--807491	128	2.5	130	80	9	366	23	18	33	24	1.97
807251--807352	42	2.5	41	87	6	136	20	21	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807027--807507	134	3.6	129	76	10	386	24	18	31	25	1.97
807609--807735	33	3.8	33	79	10	150	37	13	18	30	1.89
807574--807743	68	2.6	68	91	4	269	34	11	19	34	1.88
807710--807865	66	2.4	65	86	4	213	40	12	17	30	1.86
807737--807863	36	3.7	35	65	25	90	40	11	14	32	1.83
809228--809282	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
811083--811118	17	2.2	17	90	5	56	27	11	13	47	1.77
812053--812100	19	2.5	19	96	0	87	31	18	6	43	1.75
815192--815231	20	2.0	20	90	0	62	12	2	32	52	1.52
815275--815339	34	1.9	34	93	0	112	16	24	38	20	1.93
815825--815873	23	2.1	23	85	7	64	12	16	14	57	1.66
815836--815883	21	2.2	23	85	7	64	12	14	14	58	1.64
816321--816411	35	2.6	36	89	1	148	34	13	8	43	1.74
816308--816411	35	3.0	35	87	2	147	34	12	8	44	1.73
817839--817892	27	2.0	27	100	0	108	33	18	22	25	1.97
820418--820456	19	2.0	20	90	5	62	41	0	0	58	0.98
821402--821454	22	2.4	22	81	6	63	35	7	0	56	1.28
823731--823824	20	4.7	20	75	12	93	38	19	19	23	1.93
823731--823846	61	1.9	60	89	5	180	36	19	18	25	1.94
823731--823824	41	2.3	41	83	8	113	38	19	19	23	1.93
824400--824526	20	7.1	19	73	20	94	11	23	18	45	1.83
824422--824477	14	3.6	14	74	21	58	8	25	23	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824405--824501	33	2.9	33	93	1	158	10	23	20	45	1.82
826274--826480	94	2.2	94	98	0	398	20	12	19	47	1.81
828168--828203	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
828310--828370	19	3.5	19	72	21	69	42	24	21	11	1.86
828328--828387	14	3.9	14	72	19	57	41	26	23	8	1.82
828310--828399	33	2.7	33	89	0	135	42	23	21	13	1.88
828395--828525	19	7.7	19	67	23	103	14	23	19	42	1.88
828399--828525	33	3.9	32	89	8	202	14	23	18	42	1.88
828392--828524	66	2.0	66	97	0	248	16	23	18	41	1.90
830818--830854	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
831029--831082	24	2.2	24	90	0	81	40	16	16	25	1.89
831852--831959	42	2.6	41	86	4	119	32	19	22	25	1.97
831867--831959	21	4.5	21	94	1	152	34	19	23	22	1.96
831974--832023	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94
832139--832206	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
832233--832319	19	4.8	19	83	9	112	14	20	17	47	1.83
832233--832349	33	3.4	33	79	12	126	14	19	20	45	1.85
833904--833998	44	2.2	42	83	3	118	22	14	42	21	1.89
834344--834429	19	4.4	19	83	4	109	36	23	23	17	1.95
834324--834429	39	2.7	39	85	1	122	35	23	20	19	1.96
834455--834589	19	7.6	19	79	15	155	13	18	20	48	1.81
834477--834540	33	1.9	33	96	0	119	12	18	20	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834575--834617	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
834460--834589	52	2.5	52	94	0	224	13	17	20	49	1.79
834583--834628	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
835175--835222	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
836542--836615	20	3.8	20	76	1	69	47	17	18	16	1.83
837098--837164	20	3.3	20	82	0	89	29	13	28	28	1.94
837132--837249	41	2.9	40	83	5	130	22	19	23	34	1.96
837130--837247	20	5.8	20	70	13	71	22	19	24	33	1.97
837256--837308	21	2.5	22	75	6	65	35	16	26	20	1.94
837815--837858	12	3.6	12	87	6	61	0	45	0	54	0.99
838780--838808	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
845338--845363	10	2.6	10	100	0	52	26	0	11	61	1.30
845407--845458	14	3.8	13	78	19	52	61	1	3	32	1.25
845832--845874	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
847325--847683	151	2.4	148	85	6	476	23	15	19	41	1.90
847386--847684	151	2.0	151	91	1	483	23	17	18	41	1.90
848792--848843	20	2.6	20	100	0	104	34	19	19	26	1.95
850356--850432	22	3.5	22	92	5	122	27	28	20	23	1.99
850412--850476	31	2.1	31	94	0	112	32	27	18	21	1.97
851453--851509	23	2.5	23	97	0	105	26	21	15	36	1.93
853838--853881	19	2.3	19	96	0	79	22	27	0	50	1.50
857244--857310	30	2.2	31	82	10	86	37	19	7	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862381--862457	21	3.6	21	85	1	109	29	16	23	29	1.96
862381--862464	43	2.0	43	92	2	143	29	19	22	28	1.98
862399--862464	22	3.0	22	78	10	82	28	22	21	27	1.99
862677--862716	21	1.9	21	89	0	62	45	12	15	27	1.82
863789--863844	20	2.8	20	97	2	105	30	5	8	55	1.53
865344--865413	33	2.1	33	89	0	104	22	30	15	31	1.95
865873--865958	22	3.9	22	87	6	129	25	20	23	30	1.99
867730--867785	23	2.4	23	100	0	112	26	0	44	28	1.54
887626--887659	15	2.3	15	90	5	52	55	2	2	38	1.30
887614--887661	16	2.9	16	78	9	51	52	2	2	43	1.24
890136--890185	20	2.5	20	84	12	75	26	22	14	38	1.91
890218--890266	20	2.5	20	86	0	62	32	20	20	26	1.97
890775--890833	20	3.0	20	87	0	91	54	18	10	16	1.70
890840--890902	20	3.2	20	79	2	74	19	17	15	47	1.83
892398--892496	42	2.4	42	84	3	119	28	34	20	17	1.95
892733--892786	21	2.6	21	79	5	65	18	18	29	33	1.95
893070--893110	21	2.0	21	85	0	55	24	36	14	24	1.93
897259--897292	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
898080--898247	40	4.2	40	74	10	110	34	12	23	29	1.92
898159--898207	20	2.5	20	86	6	64	34	12	28	24	1.91
898190--898337	20	7.3	21	77	11	121	33	12	25	27	1.93
898080--898247	60	2.8	60	75	3	142	34	12	23	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898730--898773	12	3.7	12	81	6	54	13	18	25	43	1.86
902083--902165	41	2.0	41	90	0	130	25	12	30	32	1.92
902788--902950	60	2.8	60	82	2	197	33	14	16	34	1.90
905363--905487	38	3.3	39	84	5	157	32	39	8	20	1.83
909459--910199	258	2.9	255	86	2	1011	35	17	15	31	1.91
910008--910374	175	2.1	175	88	2	531	35	15	15	33	1.90
910183--910762	247	2.3	249	85	4	745	32	17	17	32	1.93
912294--912343	21	2.4	21	89	0	73	30	12	20	38	1.88
915266--915301	16	2.2	16	90	9	56	77	8	0	13	0.98
918425--918570	45	3.2	44	76	9	141	21	17	19	41	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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