genome.fa.s8531.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008531.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3817888

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  14  of  19  ( 2279 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621308--2621449	3	46.7	3	78	13	121	27	2	3	66	1.22
2622707--2622984	103	2.7	103	92	0	459	25	17	17	38	1.92
2625420--2625470	21	2.3	22	83	16	70	50	0	9	39	1.35
2625473--2625523	26	2.0	26	88	7	77	50	1	3	43	1.31
2629900--2630189	155	1.9	155	86	4	424	37	13	11	37	1.80
2630974--2631017	17	2.6	17	100	0	88	29	4	36	29	1.77
2635426--2635484	21	2.8	21	86	0	82	15	5	10	69	1.33
2636713--2636744	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2637708--2637777	18	3.7	18	67	14	59	38	1	4	55	1.28
2641555--2641613	29	2.0	29	93	0	100	38	13	23	23	1.91
2645228--2645726	161	3.1	160	86	4	700	27	18	20	32	1.96
2645338--2645441	40	2.6	41	83	4	113	23	18	25	32	1.97
2650126--2650152	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
2654832--2655553	81	8.9	81	90	0	1032	31	21	11	34	1.90
2659966--2660094	66	2.0	66	100	0	258	34	23	8	34	1.85
2660747--2661541	81	9.8	81	87	1	1042	31	21	10	36	1.88
2669788--2670107	52	6.0	52	84	5	406	36	13	24	25	1.92
2669728--2670048	104	3.0	105	85	5	385	36	13	23	25	1.92
2676587--2676907	52	6.0	54	84	4	343	35	12	24	27	1.91
2676587--2676907	104	3.0	107	84	5	382	35	12	24	27	1.91
2676654--2676966	52	5.8	52	86	3	356	35	11	25	27	1.90
2676721--2676805	26	3.2	27	67	18	79	38	10	27	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690066--2690203	57	2.5	56	78	12	140	28	3	2	65	1.21
2690279--2690322	22	2.0	23	90	4	72	20	2	2	75	1.03
2690274--2690346	13	5.5	13	72	16	53	19	6	1	72	1.14
2690233--2690346	35	3.3	35	71	9	90	15	8	3	71	1.24
2690428--2690453	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2692744--2692773	16	1.9	15	93	6	51	40	6	30	23	1.80
2693694--2693956	95	2.7	96	85	4	352	32	16	17	32	1.93
2695283--2695433	36	4.2	36	88	2	225	31	17	10	39	1.84
2695448--2695566	36	3.3	36	77	3	132	22	20	14	42	1.88
2695364--2695711	138	2.5	137	85	3	450	27	18	11	42	1.85
2695611--2695743	37	3.6	37	75	8	128	26	15	12	45	1.81
2695585--2695744	73	2.2	73	84	6	200	26	18	10	44	1.82
2697556--2697603	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
2697636--2697727	4	21.8	4	71	16	53	18	6	1	73	1.10
2697636--2697702	9	7.8	9	73	23	56	19	2	1	76	1.00
2705861--2705903	19	2.3	17	78	21	50	48	0	0	51	1.00
2716663--2716803	44	3.2	43	67	7	113	31	20	19	29	1.97
2716669--2716856	88	2.1	88	90	0	286	32	19	19	28	1.96
2716698--2716853	44	3.5	44	70	6	136	31	20	18	29	1.96
2716698--2716942	132	1.9	131	82	5	307	30	20	19	30	1.97
2716917--2717090	96	1.8	96	91	0	285	31	17	23	27	1.97
2717480--2717599	36	3.3	36	65	2	87	38	15	18	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2717447--2717627	73	2.4	76	87	5	278	35	13	20	30	1.91
2717595--2717659	35	1.9	32	84	9	85	33	12	20	33	1.89
2717522--2717740	108	2.0	109	91	0	359	35	12	21	31	1.90
2717792--2717950	36	4.4	35	85	4	201	39	13	20	25	1.90
2717934--2718072	29	4.6	29	78	15	163	37	10	21	30	1.87
2717898--2718044	65	2.3	65	92	0	240	37	11	21	29	1.89
2718057--2718170	36	3.2	36	78	0	129	37	9	18	34	1.84
2718055--2718208	72	2.1	72	83	3	184	35	10	18	36	1.85
2719418--2719450	15	2.2	15	94	0	57	9	69	15	6	1.34
2720684--2720737	20	2.9	20	81	15	71	3	12	0	83	0.78
2720693--2720735	12	3.6	12	78	9	52	2	11	0	86	0.67
2720693--2720735	14	3.2	13	87	9	59	2	11	0	86	0.67
2720693--2720735	9	4.8	9	83	11	52	2	11	0	86	0.67
2720737--2720769	4	8.2	4	100	0	66	24	24	0	51	1.48
2721041--2721079	2	19.5	2	83	0	51	43	0	0	56	0.99
2721435--2721466	15	2.1	15	100	0	64	53	6	12	28	1.62
2722369--2722666	149	2.0	149	82	2	357	22	25	16	35	1.95
2725039--2725073	18	1.9	18	88	0	52	22	48	17	11	1.79
2725121--2725272	29	5.3	29	76	10	143	30	6	21	40	1.79
2729115--2729324	64	3.2	64	80	8	196	26	16	25	31	1.97
2729285--2729324	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2737718--2737766	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737738--2737945	64	3.2	65	81	10	207	25	16	25	31	1.96
2741467--2741502	15	2.4	15	100	0	72	16	0	27	55	1.42
2746930--2746994	31	2.2	31	81	10	73	78	4	3	13	1.03
2747055--2747108	22	2.4	22	79	17	65	59	5	11	24	1.53
2747066--2747109	22	2.0	21	91	4	70	54	6	11	27	1.61
2748478--2748524	3	15.7	3	86	0	67	61	2	0	36	1.08
2748812--2749263	91	5.0	91	87	1	663	24	20	16	38	1.92
2751316--2751497	7	24.9	7	85	10	190	2	15	0	81	0.81
2751316--2751466	1	151.0	1	68	0	86	1	13	0	84	0.74
2753464--2753584	40	3.0	40	92	0	206	33	26	15	23	1.95
2759875--2759932	11	5.3	11	73	19	50	77	5	1	15	1.02
2761341--2761396	11	4.5	12	76	22	53	5	3	46	44	1.43
2761340--2761396	25	2.3	23	80	19	62	7	3	45	43	1.48
2761401--2761459	3	19.7	3	96	0	109	67	0	0	32	0.91
2762597--2762669	32	2.3	32	80	0	83	32	4	4	58	1.36
2764356--2764437	4	21.2	4	74	12	73	65	0	34	0	0.93
2764360--2764408	11	4.7	11	75	14	59	67	0	32	0	0.91
2764354--2764426	15	4.9	15	98	0	137	65	0	34	0	0.93
2764353--2764443	15	5.5	17	88	11	104	65	0	34	0	0.93
2766048--2766079	16	2.0	16	93	0	55	40	0	15	43	1.47
2766286--2766345	20	3.4	16	81	18	75	51	8	0	40	1.32
2766710--2766818	54	1.9	58	83	10	147	49	11	1	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766705--2766826	58	2.2	54	81	8	138	50	13	1	35	1.51
2766794--2766856	28	2.2	30	91	5	103	55	12	0	31	1.37
2766833--2766875	21	2.0	21	90	0	68	58	13	0	27	1.37
2766893--2766954	14	4.3	14	75	15	63	1	33	0	64	1.03
2766912--2766955	19	2.3	19	84	7	54	2	29	0	68	1.02
2776255--2776290	9	3.9	9	96	3	63	86	0	11	2	0.68
2776262--2776309	6	7.8	6	80	13	53	83	0	12	4	0.79
2776279--2776310	13	2.4	14	85	15	50	81	0	12	6	0.87
2778135--2778593	45	10.2	45	93	0	769	31	21	7	38	1.81
2778388--2778458	21	3.2	21	63	18	54	29	21	9	39	1.85
2778132--2778593	179	2.6	179	94	0	800	31	22	7	38	1.81
2778454--2778527	24	3.2	24	62	30	61	33	20	4	41	1.71
2778465--2778533	20	3.2	20	64	25	50	36	21	4	37	1.74
2778703--2778824	61	2.0	60	80	6	138	31	27	16	23	1.96
2783124--2783786	267	2.5	266	84	2	848	32	23	14	29	1.94
2783124--2783784	133	5.0	134	83	3	787	32	23	14	29	1.94
2783983--2784062	3	27.0	3	82	7	101	38	1	0	60	1.05
2785449--2785517	29	2.5	28	84	11	88	20	8	7	63	1.46
2785449--2785519	28	2.5	29	78	17	78	21	8	7	63	1.46
2788760--2788881	65	1.9	65	86	3	174	32	18	21	27	1.96
2791548--2791627	23	3.6	22	72	13	74	28	21	23	26	1.99
2796184--2796224	21	1.9	22	90	5	66	63	0	14	21	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802721--2802817	25	3.8	25	76	15	83	73	0	14	12	1.11
2802768--2802813	21	2.1	22	92	4	76	73	0	19	6	1.04
2804078--2804324	135	1.8	135	85	3	354	34	21	14	30	1.93
2804585--2804631	6	7.5	6	86	9	58	19	4	0	76	0.95
2804585--2804631	20	2.5	18	82	6	58	19	4	0	76	0.95
2808344--2808370	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
2811937--2812130	30	6.5	30	74	4	115	59	9	11	19	1.58
2813529--2813588	3	20.0	3	93	6	104	66	0	0	33	0.92
2814289--2814491	69	3.0	67	84	8	254	41	15	12	30	1.84
2817137--2817173	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19