genome.fa.s8531.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008531.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3817888

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427126--2427170	9	5.0	9	88	0	72	0	26	0	73	0.84
2434318--2434355	18	2.2	19	86	13	55	71	5	10	13	1.30
2437686--2437722	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2437927--2437969	16	2.6	16	85	3	59	74	2	2	20	1.04
2445440--2445476	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2445752--2445810	22	2.7	22	94	0	100	18	45	13	22	1.84
2446173--2446269	20	5.2	19	71	16	69	17	18	22	41	1.90
2446188--2446291	53	2.0	53	86	3	147	19	16	20	44	1.87
2448179--2448223	21	2.2	21	92	4	74	51	22	13	13	1.75
2448210--2448278	20	3.5	20	87	0	102	36	26	20	17	1.94
2448270--2448345	33	2.3	34	90	2	118	46	19	19	14	1.84
2448312--2448349	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
2448345--2448407	19	3.3	19	80	6	74	12	14	25	47	1.79
2448412--2448458	20	2.3	20	85	0	67	19	21	25	34	1.96
2448447--2448491	20	2.2	21	88	4	65	11	13	22	53	1.71
2448982--2449093	42	2.7	42	81	0	116	22	35	18	23	1.96
2449024--2449093	21	3.3	21	74	5	70	22	35	20	21	1.96
2450481--2450517	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
2450637--2450714	40	2.0	40	84	5	104	44	23	17	14	1.85
2450637--2450702	20	3.3	20	87	4	89	43	22	18	15	1.87
2450759--2450923	20	8.6	20	84	9	200	26	17	21	34	1.96
2453152--2453178	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453394--2453445	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
2455006--2455067	22	2.7	24	80	16	69	35	6	0	58	1.24
2456488--2456521	15	2.3	15	90	10	52	50	5	2	41	1.42
2458739--2458812	15	5.0	15	77	12	73	59	0	0	40	0.97
2458749--2458798	3	17.0	3	91	4	75	62	0	0	38	0.96
2458740--2458812	21	3.7	19	79	15	78	60	0	0	39	0.97
2459035--2459933	113	8.0	113	95	0	1439	29	17	16	36	1.92
2460233--2460333	52	1.9	52	100	0	202	34	15	13	35	1.88
2460715--2461347	83	7.6	83	96	0	1140	38	21	12	27	1.90
2462492--2462547	17	3.5	15	80	17	60	3	12	0	83	0.76
2475303--2475350	15	3.3	15	80	11	64	56	0	0	43	0.99
2476192--2476246	9	6.0	9	79	12	58	63	0	3	32	1.12
2476194--2476246	19	2.8	19	82	2	63	62	0	3	33	1.13
2476232--2476279	22	2.2	22	81	7	53	56	0	12	31	1.37
2484224--2484292	30	2.3	30	94	0	120	28	10	30	30	1.90
2489420--2489458	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
2490601--2490631	16	1.9	16	100	0	62	38	6	9	45	1.63
2491370--2491426	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2491719--2491748	12	2.5	12	94	0	51	66	6	3	23	1.30
2493261--2493326	23	3.2	23	60	28	56	19	19	16	43	1.88
2493250--2493347	39	2.5	39	98	0	187	19	20	13	46	1.83
2493431--2493695	105	2.5	105	85	1	359	24	20	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494214--2494444	101	2.3	101	82	1	266	41	14	12	30	1.84
2494856--2494901	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
2496482--2496571	21	4.4	20	75	8	76	4	16	1	77	0.98
2505564--2505661	42	2.3	42	79	8	110	26	19	23	30	1.98
2505743--2505921	83	2.2	83	100	0	358	26	19	21	32	1.97
2505743--2505932	42	4.6	40	80	7	218	27	20	20	31	1.97
2506288--2507034	247	2.9	256	85	4	968	34	15	17	32	1.91
2507283--2507308	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2514788--2514848	24	2.6	24	82	12	65	27	1	3	67	1.16
2517620--2517704	19	4.7	18	75	13	59	72	4	8	14	1.23
2517619--2517804	9	20.1	9	73	12	87	70	3	5	20	1.23
2517685--2517797	4	29.8	4	79	13	68	69	1	3	24	1.13
2517737--2517776	3	12.7	3	92	5	62	65	2	0	32	1.06
2517686--2517796	23	5.1	22	76	20	85	69	1	3	25	1.14
2517813--2517922	48	2.2	49	82	9	127	71	0	11	16	1.13
2517833--2517889	21	2.8	20	82	12	62	78	0	8	12	0.95
2517775--2517922	47	3.1	47	77	11	124	70	2	10	16	1.23
2517834--2517928	24	3.8	25	72	19	74	73	0	9	16	1.08
2520154--2520763	249	2.5	248	84	2	715	24	19	22	33	1.97
2520149--2520763	167	3.7	165	81	2	581	25	19	22	33	1.97
2520123--2520763	84	7.7	84	79	3	555	25	19	22	32	1.97
2521894--2522155	94	2.7	96	87	5	361	32	17	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526050--2526272	12	21.4	10	71	19	81	72	1	6	18	1.15
2526093--2526117	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2526043--2526176	39	3.6	35	75	19	103	72	2	4	20	1.13
2526130--2526286	27	5.6	26	71	20	95	73	1	7	17	1.12
2526043--2526274	56	4.1	54	70	18	170	72	1	6	18	1.14
2526205--2526297	31	2.9	31	80	12	91	74	0	6	19	1.03
2526665--2526701	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
2526741--2526782	3	13.7	3	95	5	75	66	0	0	33	0.92
2530194--2530222	15	1.9	15	100	0	58	55	6	3	34	1.44
2532829--2532853	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
2532978--2533008	16	2.0	15	93	6	53	38	0	16	45	1.47
2533183--2533257	26	3.2	26	64	33	69	66	13	9	10	1.44
2534748--2534789	6	7.0	6	83	0	57	33	0	14	52	1.42
2537091--2537125	14	2.5	14	100	0	70	14	48	22	14	1.79
2538714--2538739	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2538745--2538777	15	2.1	16	88	5	50	36	0	21	42	1.53
2540812--2540905	21	4.5	21	89	2	120	46	15	18	19	1.84
2547152--2547296	36	3.9	37	84	6	170	42	21	18	17	1.90
2547152--2547296	73	2.0	73	86	6	204	42	21	18	17	1.90
2547334--2548740	214	6.5	214	89	3	2067	33	15	19	31	1.93
2547970--2548050	42	2.0	41	82	2	99	27	19	22	30	1.98
2550968--2551000	15	2.1	16	88	5	50	36	0	21	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552527--2552635	53	2.1	53	91	0	173	39	17	16	26	1.91
2558903--2559006	53	2.0	53	88	0	154	36	19	17	26	1.94
2563566--2563596	14	2.2	14	94	0	53	70	12	3	12	1.27
2564081--2564127	20	2.4	19	86	10	67	57	10	14	17	1.65
2563871--2564340	180	2.6	180	89	1	699	42	13	16	27	1.85
2564261--2564307	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2564270--2564312	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2566527--2566591	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2566625--2566690	33	2.0	33	93	0	114	30	0	46	22	1.52
2568479--2568524	19	2.4	19	96	0	83	34	2	8	54	1.43
2568683--2569561	200	4.7	179	87	6	1031	35	15	18	30	1.92
2568864--2569453	200	3.0	200	96	0	1090	35	15	18	30	1.92
2571070--2571174	6	17.5	6	82	0	120	37	8	33	20	1.84
2571057--2571174	12	9.8	12	91	0	173	38	8	33	20	1.83
2572384--2573506	183	6.1	183	95	1	1930	34	15	16	33	1.90
2575920--2576011	25	3.8	25	72	8	100	41	9	10	38	1.73
2576358--2576430	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2576848--2576920	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2577274--2577317	22	2.0	21	82	4	52	38	9	11	40	1.73
2577335--2577407	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
2576011--2577808	490	3.7	490	97	1	3340	40	7	10	40	1.69
2579680--2579815	3	44.7	3	71	15	84	28	5	2	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579779--2579828	21	2.4	22	80	12	61	36	2	0	62	1.07
2579719--2579839	55	2.2	55	81	10	133	32	3	1	62	1.21
2580372--2580439	35	1.9	35	93	0	118	26	0	29	44	1.55
2582751--2582912	86	1.9	86	93	0	279	25	18	15	40	1.90
2591558--2591616	27	2.2	27	87	6	84	25	16	23	33	1.96
2591568--2591619	27	1.9	27	100	0	104	23	19	21	36	1.95
2598463--2598505	20	2.2	20	86	0	59	32	23	13	30	1.93
2617952--2618003	21	2.4	21	81	9	61	26	25	17	30	1.97
2619529--2619570	21	2.0	22	90	4	68	78	0	9	11	0.96
2620833--2620946	44	2.6	43	80	5	122	33	17	15	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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