genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11374--11423	27	1.9	25	88	8	73	50	4	2	44	1.32
12670--12711	22	1.9	22	85	0	57	35	0	0	64	0.94
12783--12817	3	11.7	3	87	0	52	28	0	5	65	1.15
14173--14236	18	3.6	18	80	0	83	26	20	18	34	1.96
14171--14243	36	2.0	36	89	0	110	26	20	16	36	1.93
27119--27151	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
34280--34323	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
34275--34325	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
44723--44781	20	3.1	20	78	14	70	52	6	0	40	1.28
44738--44775	17	2.3	17	90	4	60	52	7	0	39	1.31
45908--47996	698	3.0	697	99	0	4102	31	16	16	35	1.91
51333--51443	54	2.1	54	96	0	204	45	18	2	32	1.64
51460--51520	20	3.0	21	79	16	65	59	3	1	36	1.24
51491--51580	46	2.0	46	93	0	153	38	4	7	48	1.52
51944--52061	60	2.0	60	84	3	157	32	11	14	42	1.80
52899--52979	39	2.1	38	84	9	101	34	13	18	33	1.90
53444--53726	150	1.9	147	87	2	413	34	15	15	34	1.90
53581--53958	190	2.0	191	89	1	589	36	15	15	32	1.90
53591--54027	190	2.3	191	85	2	585	36	16	16	30	1.91
54996--55020	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
63289--63534	43	5.7	43	77	6	194	36	23	15	25	1.93
63289--63539	86	2.9	85	79	7	233	35	23	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64610--64646	14	2.4	16	86	13	51	5	13	35	45	1.66
68484--68550	23	2.9	23	73	20	68	23	5	0	70	1.09
68526--68565	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
68484--68558	23	3.3	22	71	25	59	26	5	0	68	1.11
68550--68591	2	21.5	2	83	13	52	42	4	0	52	1.22
68618--68691	37	2.1	36	87	7	107	25	5	2	66	1.27
68691--68741	16	3.2	17	78	10	54	23	3	0	72	1.01
68686--68741	17	3.2	17	78	14	53	23	3	0	73	0.99
68946--68981	19	1.9	18	88	5	54	11	0	5	83	0.80
68946--68978	10	3.4	10	91	4	50	9	0	6	84	0.76
68960--69021	26	2.4	28	76	13	69	11	4	6	77	1.11
70792--70825	7	4.7	7	96	3	59	14	14	14	55	1.69
71919--71976	11	4.9	11	82	15	71	79	1	17	1	0.90
71924--72001	37	2.2	34	86	6	102	79	0	16	3	0.87
71924--71977	13	4.3	13	86	4	76	81	0	16	1	0.78
72057--72194	69	2.0	69	95	0	249	36	22	14	26	1.92
73114--73203	31	2.8	31	83	9	119	31	12	18	37	1.88
73106--73212	32	3.4	31	79	8	117	28	14	20	36	1.92
73106--73225	32	3.8	32	79	8	86	30	14	20	35	1.92
74099--74217	36	3.3	36	82	2	148	26	21	13	38	1.90
74178--74346	67	2.6	67	86	4	220	30	22	9	37	1.86
75069--75319	110	2.4	106	75	7	251	34	23	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76780--76819	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
76872--76954	37	2.2	38	85	6	107	27	4	3	63	1.31
76929--76989	17	3.6	17	75	18	56	22	4	0	72	1.04
77096--77140	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
77094--77140	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
77185--77219	19	1.9	17	88	11	52	17	2	2	77	1.02
78094--78134	21	2.0	21	95	4	75	34	4	21	39	1.75
78708--78751	20	2.1	21	95	4	81	20	43	22	13	1.87
78725--78775	25	2.1	25	88	3	77	15	50	21	11	1.76
80029--80074	24	2.0	24	87	12	69	47	6	6	39	1.55
80052--80099	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
81493--81583	21	4.4	21	90	2	139	18	38	25	17	1.92
81493--81583	41	2.2	42	92	2	148	18	38	25	17	1.92
83120--83268	32	4.7	32	87	1	176	36	16	17	30	1.92
83161--83301	64	2.2	64	80	0	156	36	17	16	29	1.91
86335--86375	21	2.0	21	95	0	73	51	4	12	31	1.60
88333--88362	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
89522--89581	22	2.7	23	69	7	61	56	10	5	28	1.53
91815--91913	49	2.0	49	98	0	189	26	14	10	49	1.74
94076--94104	13	2.1	14	93	6	51	44	13	3	37	1.61
106417--106798	195	2.0	194	94	0	674	32	17	20	29	1.96
107766--108139	125	3.0	125	84	2	493	31	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108954--109166	37	5.9	36	80	4	216	36	21	19	23	1.95
108947--109132	73	2.5	73	83	5	241	38	19	19	22	1.94
108959--109166	36	5.8	35	76	8	141	36	21	20	22	1.96
109293--109390	42	2.4	42	78	1	108	26	21	21	30	1.98
109382--110403	213	4.8	213	91	1	1661	32	15	19	32	1.93
110348--110428	42	1.9	42	82	5	101	20	25	23	29	1.99
115705--115782	14	5.6	14	73	3	50	24	20	17	37	1.94
115720--115792	20	3.6	20	90	3	119	21	21	17	38	1.93
117884--117997	53	2.2	53	98	0	219	28	22	5	43	1.75
121497--121564	24	3.0	23	74	19	63	33	0	1	64	1.02
121495--121559	8	8.0	8	72	16	53	33	0	1	64	1.03
121518--121559	17	2.4	19	80	15	54	33	0	2	64	1.07
125707--125743	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
126255--126279	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
126629--126736	42	2.7	41	82	10	118	49	3	0	47	1.19
127160--127261	42	2.6	39	83	9	118	49	3	0	47	1.20
126586--127658	535	2.0	534	97	2	2017	40	11	8	39	1.72
133921--133951	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
134148--134183	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
136909--136949	21	2.0	21	90	0	64	46	4	2	46	1.37
138281--138412	18	7.3	18	93	0	219	18	30	16	34	1.94
140401--140440	18	2.2	18	100	0	80	22	22	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141018--141098	32	2.6	31	73	11	76	33	9	20	35	1.86
145887--145961	31	2.4	31	93	0	123	22	10	14	52	1.73
148970--149008	20	2.0	19	85	5	51	38	15	12	33	1.85
152217--152279	34	1.9	32	87	6	90	61	12	9	15	1.55
154636--154780	73	2.0	73	95	0	263	26	13	18	41	1.87
155909--155943	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
160611--160943	150	2.2	150	88	1	488	41	13	12	33	1.81
160918--160989	23	3.1	23	83	0	90	37	15	13	33	1.87
160611--160943	75	4.4	75	85	0	423	41	13	12	33	1.81
161019--161307	153	1.9	153	91	0	479	42	11	10	36	1.75
161481--161776	108	2.7	108	87	1	396	33	15	12	38	1.86
161623--162299	226	3.0	224	82	5	781	32	13	12	41	1.82
163139--163172	14	2.5	13	86	9	50	61	0	0	38	0.96
163348--163392	2	22.5	2	95	0	81	48	0	0	51	1.00
168024--168072	22	2.2	22	92	7	82	53	0	2	44	1.12
173254--173286	16	1.9	18	88	11	52	33	18	6	42	1.75
173831--173889	21	2.8	21	86	0	73	28	30	16	23	1.97
174573--174626	20	2.7	20	88	5	74	24	20	18	37	1.94
180797--180851	22	2.6	21	82	5	65	27	27	20	25	1.99
180810--180854	21	2.1	22	91	4	74	26	26	20	26	1.99
181587--181656	20	3.9	18	71	21	58	20	22	18	38	1.93
181587--181657	35	2.0	36	83	8	92	19	22	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184125--184171	18	2.6	19	86	10	71	61	0	6	31	1.21
184128--184176	18	2.5	20	77	19	57	65	0	6	28	1.16
185829--185898	22	2.9	24	75	10	63	4	18	8	68	1.32
187629--187653	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
190425--190471	18	2.6	19	83	16	64	63	2	2	31	1.18
191960--192007	21	2.3	21	85	0	60	35	18	12	33	1.89
191969--192013	21	2.1	21	87	0	63	37	22	8	31	1.85
203603--203640	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
204038--204078	17	2.4	17	84	8	57	63	0	7	29	1.21
205478--205550	3	25.7	3	72	10	55	58	1	1	38	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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