genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232363--2232390	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
2235811--2235863	22	2.5	21	75	6	61	52	0	0	47	1.00
2236128--2236332	65	3.2	65	91	0	322	37	5	16	40	1.73
2245367--2245406	19	2.1	19	86	9	55	45	2	7	45	1.45
2249735--2249805	31	2.3	31	87	4	108	33	19	11	35	1.88
2249894--2250040	59	2.4	61	82	5	165	40	12	14	33	1.83
2252380--2252454	30	2.5	30	72	8	71	60	4	9	26	1.46
2253000--2253042	23	2.0	22	90	9	70	58	2	9	30	1.42
2253740--2253893	75	2.1	75	97	0	290	27	18	24	29	1.98
2258906--2259141	37	6.4	34	75	16	179	44	2	10	42	1.53
2259152--2259179	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2260468--2260506	21	1.9	21	89	5	62	10	5	2	82	0.93
2261583--2261614	16	1.9	17	93	6	57	6	9	3	81	0.97
2274315--2274379	33	2.0	33	84	6	87	40	1	12	46	1.51
2274306--2274393	33	2.6	33	73	7	79	44	3	9	43	1.52
2274279--2274434	70	2.2	71	82	11	187	44	3	8	42	1.54
2274279--2274541	34	7.4	34	76	10	199	43	3	9	43	1.54
2274524--2274548	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2275797--2275831	17	2.0	18	88	5	54	17	0	0	82	0.66
2275805--2275881	37	2.1	37	90	4	120	22	2	1	74	1.02
2275805--2275898	37	2.8	32	79	14	107	21	4	2	72	1.12
2285393--2285665	89	3.1	89	77	9	270	60	12	11	16	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285393--2285665	30	9.2	30	80	7	279	60	12	11	16	1.60
2285393--2285686	59	4.9	60	76	6	183	59	11	11	16	1.60
2285963--2286000	16	2.4	16	95	0	67	57	13	2	26	1.49
2286873--2286926	3	17.7	3	96	3	99	68	0	0	31	0.90
2287102--2287593	130	3.7	134	75	6	423	25	18	31	24	1.97
2287667--2287734	35	2.0	35	88	2	102	36	11	20	30	1.89
2287697--2287874	65	2.7	64	85	4	230	42	14	14	29	1.84
2287828--2287924	31	3.2	29	84	7	122	39	13	11	36	1.81
2287949--2288048	34	2.8	36	77	8	107	36	11	20	33	1.87
2289664--2289710	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2290099--2290151	21	2.5	22	75	12	56	28	24	22	24	2.00
2296082--2296354	30	9.2	30	77	4	221	61	11	10	16	1.56
2296171--2296233	29	2.1	30	85	2	83	66	14	4	14	1.40
2297277--2297342	7	9.4	7	98	0	123	0	54	0	45	0.99
2305166--2305203	20	1.9	20	84	10	51	39	21	15	23	1.92
2313843--2313934	3	30.7	3	100	0	184	67	0	0	32	0.91
2316319--2316363	18	2.4	18	96	3	81	17	13	24	44	1.85
2317125--2317170	23	2.0	23	83	8	58	43	15	6	34	1.72
2321357--2321421	13	5.0	13	84	0	85	30	21	16	30	1.96
2321579--2321609	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2337109--2337317	109	1.9	109	86	2	296	25	17	28	28	1.97
2342351--2342547	108	1.8	108	87	2	297	23	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2344657--2344708	23	2.3	23	93	0	86	55	13	19	11	1.68
2347041--2347074	15	2.3	15	90	5	52	44	11	26	17	1.83
2356007--2356052	18	2.6	18	92	0	74	54	6	28	10	1.60
2357767--2357801	18	1.9	18	94	0	61	37	20	25	17	1.94
2357890--2357930	21	1.9	22	85	14	59	39	14	19	26	1.90
2359850--2359920	37	1.9	37	83	11	92	67	1	5	25	1.20
2361114--2361173	16	3.8	16	73	8	52	58	0	0	41	0.98
2361138--2361191	22	2.5	22	76	8	58	55	0	1	42	1.10
2361303--2361943	151	4.2	152	95	1	1146	34	21	20	23	1.96
2361303--2361943	76	8.5	76	96	1	1146	34	21	20	23	1.96
2362617--2362671	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
2363035--2363144	54	2.0	54	89	0	166	24	22	16	36	1.94
2371891--2371945	19	3.0	18	82	15	60	72	0	1	25	0.94
2372751--2372821	37	1.9	37	83	11	92	67	1	5	25	1.20
2374020--2374061	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2374064--2374097	3	11.3	3	93	0	59	61	0	0	38	0.96
2380573--2380733	78	2.1	78	82	4	191	52	11	3	32	1.54
2380595--2380754	78	2.0	79	91	3	261	50	12	3	33	1.58
2382840--2382921	31	2.7	31	72	18	84	47	0	1	51	1.08
2382892--2382984	49	1.9	48	86	6	134	50	1	1	47	1.15
2382969--2383009	21	2.0	20	90	4	64	43	0	2	53	1.13
2383096--2383120	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384450--2384475	11	2.4	11	100	0	52	7	65	19	7	1.43
2384461--2384527	31	2.2	30	91	2	116	5	64	19	10	1.45
2384462--2384527	15	4.3	15	94	3	114	6	63	19	10	1.47
2385443--2385547	36	2.9	36	84	8	142	32	14	15	38	1.87
2390186--2390245	21	2.7	21	79	7	57	26	23	25	25	2.00
2395369--2395514	64	2.3	65	87	3	215	29	16	23	30	1.96
2395483--2395533	19	2.7	19	100	0	102	25	17	33	23	1.96
2403512--2403657	65	2.3	65	85	1	204	28	15	23	32	1.95
2403623--2403676	19	2.8	19	100	0	108	25	16	35	22	1.95
2403704--2403741	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2407718--2407752	16	2.1	17	94	5	63	37	11	17	34	1.85
2407748--2407851	36	2.9	36	85	5	140	34	14	14	36	1.87
2408578--2408687	58	1.9	58	84	0	148	44	5	11	38	1.64
2410671--2410740	34	2.1	32	84	5	86	20	30	17	32	1.95
2411023--2411064	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2411192--2411231	20	2.0	20	90	9	64	17	30	35	17	1.93
2414217--2414286	34	2.1	32	86	5	95	21	31	14	32	1.93
2414723--2414807	34	2.5	35	90	1	136	20	25	34	20	1.96
2414773--2414811	20	2.0	20	90	10	62	17	30	33	17	1.94
2415365--2415398	17	2.1	17	88	5	52	17	14	2	64	1.40
2418156--2418193	18	2.1	18	100	0	76	39	0	28	31	1.57
2420031--2420132	44	2.3	44	78	9	102	64	2	9	22	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421625--2421815	40	4.8	40	75	9	140	28	16	26	28	1.97
2422331--2422590	101	2.6	101	82	0	295	40	13	17	29	1.87
2424352--2424400	21	2.3	22	80	16	59	8	10	0	81	0.87
2424357--2424400	17	2.6	17	85	0	52	6	11	0	81	0.86
2446123--2446270	76	1.9	76	83	2	190	27	20	10	40	1.86
2455146--2455214	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97
2456785--2456946	64	2.5	63	83	5	200	24	24	19	32	1.98
2458650--2459105	117	3.9	117	79	5	433	26	21	13	37	1.91
2465363--2465404	19	2.2	19	87	8	59	42	4	11	40	1.63
2467452--2467490	15	2.6	15	100	0	78	0	33	5	61	1.18
2468039--2468246	112	1.8	113	82	11	264	25	21	16	36	1.94
2468983--2469064	42	2.0	42	87	0	119	35	20	18	25	1.95
2468733--2469586	260	3.4	247	90	3	1178	32	20	17	29	1.95
2469224--2469320	42	2.3	42	87	1	133	34	20	21	23	1.97
2469485--2469581	42	2.3	42	87	5	135	34	22	20	22	1.97
2469513--2469587	20	3.7	20	70	10	62	38	22	20	18	1.93
2472202--2472248	21	2.3	21	82	7	62	2	19	0	78	0.85
2478401--2478442	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2481036--2481062	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2482056--2482112	23	2.3	23	82	8	60	50	3	0	45	1.18
2484733--2484778	17	2.7	18	90	6	69	28	32	6	32	1.83
2487062--2487159	32	3.1	32	92	0	160	41	20	19	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488476--2488507	14	2.4	14	94	5	57	28	0	43	28	1.55
2489684--2489718	15	2.3	15	90	0	52	74	14	2	8	1.17
2490551--2490592	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2490923--2490966	21	2.1	21	84	12	56	27	0	4	68	1.09
2496495--2496537	21	2.0	22	86	4	61	37	2	4	55	1.33
2498540--2498567	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2498916--2498948	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2501327--2501544	45	4.8	45	85	0	283	29	19	9	42	1.82
2502107--2502162	22	2.7	22	83	8	73	25	28	17	28	1.98
2508354--2508571	45	4.8	45	89	0	301	30	19	8	41	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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