genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508358--2508601	90	2.7	91	85	4	325	30	20	9	39	1.83
2508360--2508607	45	5.5	43	82	8	223	30	20	9	39	1.84
2510779--2511166	132	3.0	131	83	5	420	33	8	16	41	1.79
2522031--2522100	1	70.0	1	72	0	50	85	0	11	2	0.69
2522027--2522103	8	9.8	8	75	17	72	84	0	12	2	0.73
2522027--2522100	12	5.9	12	75	19	71	85	0	12	2	0.71
2522116--2522200	45	1.9	44	82	2	107	37	15	25	21	1.92
2524464--2524517	21	2.4	23	84	12	76	31	22	20	25	1.98
2526684--2526718	18	1.9	18	88	0	52	57	5	8	28	1.52
2527193--2527275	22	3.9	22	66	13	57	45	13	16	24	1.83
2527173--2527282	42	2.6	42	80	4	134	46	12	17	23	1.82
2532475--2532515	19	2.2	19	90	0	64	29	17	14	39	1.89
2536939--2536963	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2537017--2537415	81	4.9	81	91	0	602	28	22	12	36	1.90
2537365--2537616	68	3.7	68	85	0	351	32	21	14	31	1.93
2537365--2537616	136	1.9	136	91	0	414	32	21	14	31	1.93
2538243--2538283	19	2.2	19	86	0	55	29	14	14	41	1.86
2541700--2541774	21	3.6	21	80	3	89	34	12	17	36	1.87
2542114--2542153	20	2.0	20	85	4	55	40	0	2	57	1.12
2543718--2543759	21	2.0	20	90	4	66	28	0	28	42	1.56
2544381--2544414	2	17.0	2	93	0	59	2	50	0	47	1.16
2546367--2546403	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549718--2549747	14	2.1	14	100	0	60	13	13	20	53	1.72
2560374--2560398	13	1.9	13	100	0	50	32	32	0	36	1.58
2563101--2563141	12	3.4	12	82	0	55	51	14	2	31	1.56
2571447--2571521	35	2.1	35	90	0	114	32	0	24	44	1.54
2575818--2576201	55	6.9	55	91	1	599	28	23	15	32	1.95
2575830--2576201	111	3.4	111	93	1	624	29	23	15	31	1.95
2575818--2576201	166	2.3	166	90	2	610	28	23	15	32	1.95
2577195--2577271	19	4.1	18	83	8	91	3	14	1	80	0.92
2577203--2577247	7	6.4	7	85	15	58	2	13	0	84	0.72
2577195--2577270	11	6.8	11	79	8	73	3	13	1	81	0.89
2577196--2577268	29	2.4	29	76	14	60	4	12	1	82	0.88
2578460--2578506	19	2.5	19	96	0	85	38	6	12	42	1.69
2586231--2586269	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2591668--2591719	26	2.0	26	92	3	86	36	1	5	55	1.35
2594255--2594504	31	8.4	31	80	11	245	49	10	4	35	1.58
2594361--2594412	22	2.4	22	90	3	79	48	9	3	38	1.54
2594338--2594443	53	2.0	53	88	3	160	49	11	4	34	1.60
2594307--2594471	84	2.0	82	89	4	251	49	10	4	35	1.58
2594391--2594504	60	1.9	60	83	3	149	49	11	6	33	1.64
2594520--2594586	27	2.5	27	92	0	107	40	14	4	40	1.67
2596831--2596905	22	3.4	22	74	3	69	24	6	40	29	1.80
2596915--2597009	41	2.4	40	81	8	113	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596915--2597033	40	3.0	39	80	7	123	29	19	26	24	1.98
2607822--2607851	16	1.9	16	93	6	53	46	0	6	46	1.29
2620208--2620274	24	2.9	23	77	4	71	34	23	22	19	1.97
2620664--2620714	20	2.4	21	81	15	61	33	15	0	50	1.44
2621085--2621245	64	2.5	63	81	5	180	24	22	18	34	1.96
2630662--2630703	14	2.9	14	83	16	59	78	0	11	9	0.96
2630667--2630711	15	3.2	14	82	17	58	80	0	11	8	0.92
2630662--2630713	15	3.5	15	74	15	54	78	0	13	7	0.94
2632714--2632942	118	1.9	118	85	3	318	41	13	20	24	1.89
2632709--2632966	118	2.2	118	82	3	306	42	13	19	24	1.87
2632751--2633081	118	2.9	112	77	11	271	41	13	17	26	1.88
2633064--2633127	32	1.9	34	81	6	78	45	9	14	31	1.76
2633262--2633573	171	1.8	171	95	0	570	37	16	19	26	1.93
2636133--2636162	16	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
2653980--2654014	15	2.3	15	90	5	52	57	0	2	40	1.14
2656553--2656620	19	3.5	19	76	13	59	66	0	1	32	1.01
2656553--2656627	25	3.0	26	74	21	63	66	0	1	32	1.00
2656564--2656617	16	3.6	16	76	18	55	64	0	1	33	1.04
2656578--2656627	22	2.3	21	83	12	66	64	0	2	34	1.05
2656906--2657406	132	3.8	132	81	2	549	30	18	19	31	1.96
2656923--2657403	264	1.8	265	84	3	655	30	17	20	30	1.96
2658758--2658790	4	8.8	4	87	12	52	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658758--2658790	7	4.4	8	96	3	52	24	0	0	75	0.80
2658804--2658831	13	2.2	13	100	0	56	7	21	0	71	1.09
2668974--2669209	117	2.0	117	98	0	454	25	19	15	39	1.91
2675286--2675325	21	1.9	21	90	10	64	52	0	10	37	1.35
2679165--2679204	21	1.9	21	89	0	62	25	42	25	7	1.80
2682840--2682866	6	4.5	6	100	0	54	37	29	0	33	1.58
2682996--2683034	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2684399--2684431	16	2.1	16	88	11	50	69	6	9	15	1.34
2685695--2685720	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2690533--2690661	48	2.7	48	80	2	125	20	14	24	39	1.91
2694047--2694396	175	2.0	175	98	0	673	32	16	17	33	1.92
2699238--2699298	22	2.9	22	78	7	65	29	16	22	31	1.96
2705532--2705573	19	2.2	20	86	4	59	33	14	33	19	1.91
2705993--2706583	54	10.9	54	90	0	903	28	18	19	33	1.96
2709987--2710035	21	2.4	20	96	3	89	46	0	6	46	1.27
2711418--2711492	23	3.3	23	78	0	87	44	17	12	26	1.83
2715024--2715070	3	15.7	3	86	0	67	59	0	4	36	1.17
2715317--2715613	117	2.6	109	81	10	346	23	21	14	40	1.90
2715545--2716215	136	4.9	136	91	0	1074	26	21	18	33	1.96
2716271--2716380	42	2.6	41	87	4	148	38	19	17	25	1.93
2716362--2716563	90	2.2	90	88	1	307	35	20	18	25	1.95
2722436--2722540	37	2.8	37	86	0	147	40	16	14	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723308--2723349	18	2.3	18	80	15	50	28	4	2	64	1.26
2726265--2726341	22	3.5	22	92	0	127	38	27	12	20	1.89
2727166--2728328	106	11.0	106	90	1	1734	33	24	18	23	1.97
2729057--2729161	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	28	1.87
2729634--2729722	20	4.4	19	70	21	56	33	3	2	60	1.25
2729878--2729943	29	2.3	28	81	2	78	19	0	7	72	1.08
2729998--2730076	4	19.0	4	79	7	59	29	1	0	69	0.96
2730028--2730099	12	5.8	12	77	6	72	18	5	0	76	0.97
2734825--2734863	15	2.6	15	84	8	53	53	0	7	38	1.30
2735270--2735367	16	5.7	18	67	19	66	46	1	1	51	1.14
2735314--2735362	19	2.6	19	78	12	57	48	0	2	48	1.12
2735349--2735405	28	2.0	28	83	6	71	43	1	1	52	1.21
2735407--2735449	16	2.8	15	89	6	68	51	0	0	48	1.00
2735407--2735451	8	5.8	8	80	15	58	51	0	0	48	1.00
2735417--2735451	12	2.9	12	87	12	54	48	0	0	51	1.00
2735460--2735507	25	1.9	25	83	8	62	43	2	4	50	1.33
2738395--2738439	23	2.0	23	86	0	63	22	17	28	31	1.97
2745600--2745636	14	2.6	15	83	12	51	13	29	10	45	1.77
2747995--2748305	36	8.3	38	81	7	282	27	21	14	36	1.93
2748183--2748245	21	3.3	20	66	25	55	22	28	11	38	1.88
2748777--2749270	133	3.7	133	89	1	724	30	20	19	29	1.97
2749014--2749216	44	4.6	44	68	8	133	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749056--2749257	44	4.6	44	70	6	156	28	21	22	27	1.99
2757183--2757233	21	2.4	21	93	0	84	37	9	23	29	1.87
2757376--2757432	23	2.6	21	76	15	53	26	22	24	26	2.00
2757388--2757431	23	1.9	23	85	0	61	25	22	25	27	2.00
2762270--2762313	22	2.0	22	81	0	52	27	20	11	40	1.86
2763668--2763743	25	3.1	24	79	11	84	76	1	18	3	1.01
2763674--2763758	7	11.6	7	74	17	66	76	1	18	3	1.00
2763706--2763758	26	2.1	26	85	3	72	77	0	18	3	0.92
2765701--2766119	54	7.8	54	81	8	374	32	10	16	41	1.81
2765701--2766119	109	3.9	107	82	7	388	32	10	16	41	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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