genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766859--2767229	139	2.7	139	89	0	564	36	15	21	26	1.93
2767018--2767081	17	3.3	19	67	20	51	40	10	23	25	1.87
2771664--2771710	15	3.1	15	80	14	53	31	4	0	63	1.13
2771640--2771709	36	1.9	36	82	5	88	27	5	0	67	1.13
2771695--2771731	18	2.0	19	94	5	67	29	0	0	70	0.88
2771769--2771805	15	2.3	17	90	9	60	35	5	0	59	1.20
2774331--2774360	13	2.3	13	94	0	51	56	3	23	16	1.55
2779462--2779491	13	2.3	13	94	0	51	56	3	23	16	1.55
2782920--2783108	28	6.6	29	75	16	112	41	3	0	55	1.20
2782971--2783123	29	5.3	29	73	11	120	37	5	1	55	1.31
2782971--2783110	57	2.4	57	83	10	169	37	4	0	57	1.24
2782920--2783129	57	3.7	54	75	15	167	40	3	0	54	1.25
2783132--2783198	30	2.3	30	87	7	93	41	7	0	50	1.30
2783201--2783637	30	14.9	28	74	13	212	54	2	6	36	1.38
2783252--2783384	59	2.3	58	80	9	146	55	3	9	31	1.49
2783432--2783511	32	2.6	32	83	13	105	52	0	7	40	1.30
2783431--2783643	61	3.6	59	70	21	171	54	0	7	37	1.34
2783252--2783657	175	2.3	179	80	12	434	54	1	6	36	1.39
2783320--2783659	177	1.9	177	81	11	405	53	1	6	37	1.37
2783811--2783851	21	2.0	21	90	0	64	17	26	19	36	1.94
2799442--2799560	60	2.0	60	85	3	159	32	16	4	46	1.67
2799589--2799620	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799707--2799852	59	2.4	59	81	7	161	41	5	21	31	1.76
2799687--2799852	59	2.8	57	79	8	152	40	5	22	31	1.76
2807829--2807982	70	2.3	67	85	6	204	37	10	14	37	1.81
2808078--2808271	102	1.9	103	87	3	284	39	11	17	31	1.85
2807703--2808272	168	3.4	167	76	10	505	39	10	16	33	1.84
2814846--2814888	21	2.0	23	86	9	63	39	4	27	27	1.76
2816501--2816701	48	4.2	48	87	2	296	24	8	17	48	1.76
2816724--2816825	53	1.9	53	91	0	168	29	15	19	35	1.93
2822144--2822177	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2822652--2822701	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2823380--2823426	21	2.2	21	100	0	94	55	17	10	17	1.69
2831981--2832033	18	3.1	17	81	7	63	77	5	1	15	1.04
2831987--2832015	12	2.4	12	100	0	58	86	0	0	13	0.58
2831952--2832033	23	3.5	23	75	12	60	74	7	2	15	1.15
2832412--2832445	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2832920--2832966	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
2835625--2835795	24	7.1	24	63	15	84	21	7	20	50	1.71
2835604--2835896	48	6.1	48	95	0	469	21	7	20	50	1.73
2835918--2836021	53	2.0	53	88	3	156	27	16	19	36	1.93
2836543--2836574	15	2.0	17	88	11	50	34	3	6	56	1.40
2836950--2836974	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2851050--2851202	43	3.5	43	78	4	155	25	14	5	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851076--2851199	44	2.9	43	81	11	130	25	13	6	54	1.63
2851134--2851218	43	2.0	43	84	9	111	24	18	7	49	1.72
2858683--2858736	27	2.0	28	82	10	67	62	3	1	31	1.23
2858856--2858931	13	5.8	13	69	17	59	68	2	2	26	1.16
2858853--2858918	29	2.3	28	84	7	96	71	3	1	24	1.09
2859127--2859234	51	2.1	51	86	3	146	19	32	30	17	1.95
2859789--2859862	28	2.7	26	73	19	78	48	1	5	44	1.34
2860793--2860846	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2861750--2861817	30	2.3	30	84	0	91	25	10	11	52	1.69
2861750--2861837	31	2.9	31	83	5	108	25	10	13	51	1.72
2864014--2864092	12	6.5	12	77	8	70	75	0	6	17	1.00
2864062--2864092	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2864188--2864239	23	2.3	23	87	9	72	71	9	0	19	1.13
2864393--2864430	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
2864491--2864526	11	3.4	11	96	3	65	52	8	5	33	1.55
2864956--2865060	37	2.8	37	86	0	147	31	13	15	40	1.85
2865791--2866302	106	4.9	106	84	3	633	22	18	24	34	1.96
2866229--2866365	63	2.2	63	91	0	220	26	15	25	32	1.95
2866124--2866471	169	2.1	169	96	0	633	23	17	25	33	1.96
2866019--2866577	275	2.0	275	94	0	965	23	17	25	33	1.96
2866285--2866911	106	5.9	105	91	1	941	23	17	24	34	1.96
2865975--2866680	381	1.9	381	91	0	1162	22	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2867738--2867811	22	3.4	21	90	7	112	18	14	27	39	1.90
2868406--2868481	36	2.1	34	79	9	80	2	15	3	77	1.03
2868431--2868502	23	3.0	23	78	17	83	0	15	5	79	0.91
2868439--2868497	9	7.2	8	72	16	50	0	15	3	81	0.82
2868430--2868503	17	4.7	15	73	22	64	0	14	5	79	0.90
2868440--2868496	22	2.6	20	81	13	60	0	15	3	80	0.84
2869650--2869685	8	4.6	8	89	6	56	55	13	16	13	1.69
2869650--2869685	15	2.3	15	90	4	54	55	13	16	13	1.69
2872940--2873018	4	19.2	4	71	14	54	72	0	8	18	1.10
2873056--2873109	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
2873060--2873110	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
2873292--2873383	21	4.6	19	71	15	60	61	2	3	32	1.24
2873290--2873350	21	3.0	20	79	13	63	63	0	3	32	1.10
2873360--2873405	2	24.5	2	82	12	62	56	0	0	43	0.99
2873479--2873527	21	2.4	22	80	13	59	63	2	4	30	1.24
2873883--2873979	37	2.6	37	83	0	131	30	12	15	41	1.84
2875159--2875208	20	2.5	19	90	9	73	44	4	0	52	1.20
2883637--2883777	20	7.1	20	86	1	176	25	21	19	32	1.97
2883828--2884037	36	5.9	36	79	5	221	36	17	19	26	1.94
2884259--2884301	20	2.2	20	87	8	61	44	2	2	51	1.27
2885560--2885587	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2886963--2887212	137	1.8	137	86	3	369	43	13	13	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2893675--2893770	28	3.2	31	69	18	85	42	4	20	32	1.71
2893686--2893787	28	3.5	28	68	12	80	41	5	19	33	1.76
2893638--2893805	59	2.8	59	86	4	223	43	6	19	30	1.76
2903527--2903583	29	2.0	29	86	6	80	24	22	7	45	1.77
2906175--2906293	23	5.3	22	81	11	127	30	26	18	25	1.98
2907107--2907162	20	2.7	21	84	10	71	30	26	8	33	1.87
2910060--2910099	20	2.1	19	85	4	53	75	0	20	5	0.99
2910733--2910796	28	2.3	28	81	5	85	39	34	3	23	1.71
2912789--2912830	18	2.2	20	91	8	70	45	9	7	38	1.64
2915780--2915824	20	2.3	19	88	3	63	75	0	4	20	0.97
2916470--2916617	76	2.0	76	90	4	237	58	10	2	29	1.45
2923096--2923138	18	2.5	17	80	3	50	67	0	2	30	1.03
2923165--2923213	22	2.2	23	88	3	73	75	2	4	18	1.06
2923841--2923903	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
2923806--2924003	64	2.8	68	80	14	199	58	11	1	28	1.42
2923861--2924025	76	2.2	76	87	3	244	56	10	2	30	1.47
2925661--2925762	53	1.9	53	90	2	161	18	18	15	47	1.83
2925662--2925758	28	3.6	28	69	17	87	18	19	15	46	1.84
2957137--2957263	59	2.1	60	80	7	150	29	14	16	38	1.89
2961802--2961844	21	2.0	21	95	0	77	30	23	23	23	1.99
2961823--2962944	565	2.0	567	93	1	1919	26	23	21	28	1.99
2963787--2963819	16	2.0	17	94	5	59	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964991--2965037	18	2.7	18	93	3	78	31	8	31	27	1.87
2965615--2965700	38	2.3	38	89	2	138	37	39	10	12	1.78
2966593--2966637	20	2.2	20	84	7	56	2	20	2	75	1.01
2970339--2970394	23	2.4	23	87	0	85	46	5	12	35	1.65
2970890--2970966	38	2.0	38	97	0	145	33	10	10	45	1.72
2972882--2974245	199	6.8	198	88	3	2013	30	15	14	40	1.87
2972887--2974217	399	3.3	397	92	2	2152	29	15	14	40	1.87
2972882--2974245	598	2.3	597	89	3	2080	30	15	14	40	1.87
2977114--2977151	12	3.2	12	92	0	58	26	31	2	39	1.70
2978042--2979374	198	6.7	199	87	2	1901	30	15	14	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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