genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1257235--1257272	20	1.9	19	94	5	67	13	15	26	44	1.83
1258784--1258850	21	3.2	21	65	4	55	22	19	32	25	1.97
1260740--1260795	20	2.8	20	81	10	78	41	21	23	14	1.89
1260731--1260868	19	7.7	19	73	18	107	45	19	21	13	1.84
1260872--1260993	20	6.5	19	78	11	74	11	18	20	50	1.77
1260922--1260993	20	3.5	20	86	5	101	13	16	18	51	1.77
1261547--1261737	20	9.4	20	73	8	163	20	17	23	38	1.93
1261547--1261737	40	4.7	41	88	1	269	20	17	23	38	1.93
1261749--1261798	20	2.5	20	87	6	66	16	18	22	44	1.87
1261547--1261798	121	2.1	121	81	5	305	20	17	23	38	1.93
1261833--1261869	13	2.8	13	91	0	56	10	18	27	43	1.83
1266839--1266994	65	2.4	64	82	5	181	28	22	17	31	1.97
1271976--1272025	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
1274426--1274494	21	3.2	21	68	11	59	31	20	18	28	1.96
1276334--1276400	29	2.4	28	85	9	84	23	1	16	58	1.47
1277060--1277215	65	2.4	65	78	7	167	28	20	19	30	1.97
1277910--1278076	40	4.2	40	87	0	219	23	17	26	32	1.97
1289415--1289540	23	5.4	23	78	8	105	30	23	27	17	1.97
1289433--1289540	46	2.3	46	82	3	119	31	23	28	16	1.96
1290265--1290319	15	3.7	15	95	0	92	14	21	27	36	1.93
1293735--1293781	25	1.9	24	86	4	67	31	21	25	21	1.98
1293604--1293790	94	2.0	93	84	5	245	28	17	22	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1295251--1295284	16	2.1	16	94	0	59	29	14	8	47	1.75
1295510--1295546	19	1.9	19	88	0	56	40	10	2	45	1.53
1296325--1296440	57	2.0	57	93	0	196	45	9	17	27	1.79
1298787--1298929	64	2.3	63	80	8	166	60	11	7	20	1.55
1299343--1299415	2	36.0	2	73	13	60	47	2	2	46	1.31
1299344--1299408	33	1.9	33	87	6	94	47	3	3	46	1.33
1304920--1304962	19	2.3	19	84	11	61	16	4	4	74	1.16
1307551--1307627	2	38.5	2	97	0	145	49	1	0	49	1.09
1313054--1313107	24	2.4	21	77	17	56	42	3	1	51	1.30
1313099--1313132	16	2.2	15	89	5	50	70	0	0	29	0.87
1314540--1314587	20	2.5	20	96	3	89	66	4	8	20	1.35
1314909--1314969	6	11.2	6	70	19	53	55	26	13	4	1.57
1314899--1314991	16	5.8	16	94	0	159	54	22	12	9	1.67
1318419--1318461	22	2.0	22	95	0	77	34	18	25	20	1.96
1321084--1321149	34	1.9	34	96	0	123	28	22	21	27	1.99
1325712--1325792	31	2.7	30	78	17	87	48	4	0	46	1.23
1325713--1325792	15	5.3	15	81	14	85	48	5	0	46	1.24
1325754--1325811	30	1.9	30	82	6	73	56	5	0	37	1.21
1326116--1326207	20	4.6	20	91	0	157	9	25	20	44	1.82
1326220--1326291	22	3.4	22	73	11	78	18	20	25	36	1.95
1326241--1326306	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
1326214--1326313	41	2.4	41	94	1	173	21	18	23	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1326920--1326973	6	9.0	6	91	0	90	0	16	46	37	1.48
1327865--1328049	31	6.0	31	95	1	318	38	22	18	20	1.93
1328290--1328322	16	2.0	17	94	5	59	48	12	9	30	1.71
1329196--1329231	13	2.6	15	79	20	51	61	0	36	2	1.11
1332283--1332467	31	6.0	31	94	1	309	38	22	18	20	1.94
1332705--1332737	16	2.0	17	94	5	59	48	12	9	30	1.71
1333611--1333646	13	2.6	15	79	20	51	61	0	36	2	1.11
1333930--1334055	19	6.5	19	83	5	171	40	17	20	21	1.91
1334065--1334108	21	2.1	21	86	0	61	34	29	15	20	1.94
1334438--1334501	27	2.4	27	94	2	112	31	15	10	42	1.82
1336087--1336154	35	1.9	35	84	0	91	30	0	25	44	1.54
1338312--1338679	138	2.7	138	87	1	533	41	13	14	30	1.84
1341859--1341955	22	4.5	21	70	21	67	10	15	0	74	1.07
1341872--1341954	44	2.0	41	85	7	112	7	16	0	75	1.01
1342297--1342390	39	2.4	39	96	0	170	14	28	14	41	1.86
1342316--1342384	22	3.4	22	68	25	69	11	33	14	40	1.82
1342177--1342508	157	2.1	160	89	2	501	22	25	15	37	1.93
1342495--1342535	19	2.2	19	100	0	82	24	26	4	43	1.74
1342378--1342650	138	2.0	138	89	0	422	25	22	15	36	1.93
1343169--1343261	36	2.6	36	83	5	100	43	10	16	30	1.82
1343323--1343376	22	2.5	22	87	0	81	37	5	18	38	1.74
1343223--1343461	125	1.9	122	86	2	334	39	9	17	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1346356--1346390	14	2.5	14	85	0	52	60	14	11	14	1.60
1346373--1346448	28	2.7	28	87	0	116	52	6	15	25	1.67
1346413--1346456	20	2.2	20	87	0	61	59	6	11	22	1.55
1348629--1349293	139	4.8	138	82	4	673	42	13	12	31	1.82
1348623--1349293	275	2.4	272	81	6	751	42	13	12	31	1.82
1349581--1349617	14	2.8	13	88	8	56	51	0	16	32	1.45
1351328--1351364	19	2.0	20	89	10	60	29	0	0	70	0.88
1352256--1352369	60	1.9	60	85	0	156	24	24	25	25	2.00
1360972--1361023	21	2.4	22	87	9	72	51	0	0	48	1.00
1361184--1361231	23	2.1	23	84	7	62	45	0	0	54	0.99
1361181--1361235	12	4.4	13	75	13	53	45	0	0	54	0.99
1361620--1361684	26	2.5	26	83	14	73	75	0	9	15	1.04
1364230--1364297	34	2.0	34	88	0	100	32	8	29	29	1.87
1364508--1364710	48	4.2	48	85	5	223	33	14	23	28	1.94
1364508--1364710	96	2.1	96	85	3	266	33	14	23	28	1.94
1364738--1364874	46	2.9	46	87	3	193	32	18	21	27	1.97
1364553--1364710	48	3.3	48	88	3	228	34	17	22	25	1.95
1364576--1365146	159	3.6	159	94	1	953	32	17	23	26	1.96
1364902--1365028	46	2.7	46	91	2	200	33	18	20	27	1.96
1364944--1365167	113	2.0	112	92	0	376	32	16	23	27	1.96
1365056--1365146	48	1.9	47	90	2	146	34	17	20	27	1.95
1373494--1373523	11	2.7	11	89	0	51	50	10	16	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1378718--1378785	34	2.0	34	85	0	91	32	10	27	29	1.90
1378978--1379040	20	3.2	20	79	0	81	9	23	52	14	1.71
1378973--1379056	40	2.1	40	93	0	141	10	22	52	14	1.72
1378986--1379054	20	3.5	20	77	0	75	13	18	50	17	1.77
1380528--1380870	124	2.8	124	90	0	560	25	14	25	34	1.94
1380952--1381247	64	4.6	64	89	0	459	28	10	21	39	1.87
1380952--1381247	127	2.3	128	93	0	495	28	10	21	39	1.87
1382194--1382391	99	2.0	99	86	0	279	31	17	16	34	1.92
1387495--1387535	20	2.0	20	95	0	73	26	24	31	17	1.97
1387721--1387751	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1391645--1391719	29	2.5	30	82	6	91	42	2	8	46	1.47
1394994--1395046	12	4.3	13	75	20	51	56	0	1	41	1.10
1395008--1395047	9	4.4	9	84	12	55	55	0	0	45	0.99
1395201--1395943	136	5.7	131	69	14	351	26	22	16	34	1.95
1395453--1395511	17	3.4	17	67	19	50	18	22	10	49	1.77
1395200--1395925	242	2.8	258	84	8	880	26	21	16	35	1.95
1395446--1396065	136	4.5	136	87	5	790	26	22	17	33	1.96
1396130--1396345	91	2.4	89	90	4	335	36	20	17	25	1.94
1396397--1396736	43	7.9	43	84	5	422	31	27	13	27	1.94
1396403--1396743	128	2.6	128	88	3	506	31	28	13	27	1.94
1396815--1397051	36	6.6	36	83	7	243	35	13	23	27	1.93
1396845--1396906	21	3.2	21	65	25	64	37	12	24	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1396902--1396951	15	3.3	15	88	0	73	32	18	26	24	1.97
1396866--1396992	66	1.9	66	90	0	200	34	16	25	23	1.95
1396932--1397090	39	4.1	39	86	3	180	36	15	19	28	1.93
1396986--1397118	40	3.3	40	90	1	187	41	13	16	28	1.86
1406302--1406337	18	2.0	18	100	0	72	55	5	11	27	1.57
1407318--1407355	5	7.6	5	100	0	76	42	0	57	0	0.98
1409859--1409994	59	2.3	59	85	1	173	41	17	8	32	1.80
1411235--1411282	17	2.8	17	93	0	78	47	8	10	33	1.68
1420142--1420211	24	3.0	23	72	6	68	20	21	25	32	1.97
1421857--1422239	185	2.1	186	89	3	583	49	8	6	35	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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