genome.fa.s8654.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111648_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3533819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052672--2052705	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
2057727--2057762	18	2.0	18	88	0	54	30	13	0	55	1.39
2059156--2059206	22	2.3	23	80	13	61	49	25	1	23	1.61
2062704--2062808	55	1.9	55	88	0	156	41	12	24	20	1.87
2065123--2065169	21	2.2	21	100	0	94	12	29	27	29	1.93
2067820--2068000	65	2.8	63	77	9	197	30	24	16	28	1.97
2068979--2069014	17	2.1	17	89	0	54	55	0	30	13	1.39
2069933--2069977	22	2.0	22	100	0	90	53	0	4	42	1.21
2075005--2075080	3	25.3	3	100	0	152	34	0	0	65	0.93
2082616--2082718	37	2.8	37	79	4	111	35	15	9	38	1.80
2082857--2082953	37	2.6	37	95	0	167	26	16	17	39	1.91
2082849--2083056	103	2.0	104	86	2	294	29	18	14	37	1.91
2082961--2083093	37	3.6	37	79	3	135	25	19	14	40	1.89
2082857--2083441	140	4.2	140	90	0	909	29	17	14	38	1.90
2082997--2083196	103	1.9	104	81	1	240	28	18	15	38	1.91
2083109--2083233	37	3.4	37	82	1	126	28	18	14	39	1.90
2083249--2083373	37	3.4	37	83	1	135	27	20	15	37	1.92
2083909--2083933	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2086070--2086233	65	2.5	64	84	1	220	27	16	26	29	1.97
2086074--2086280	65	3.2	62	78	12	195	27	17	24	30	1.97
2086450--2086489	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
2094414--2094577	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094528--2094574	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
2094418--2094624	65	3.2	62	80	12	204	27	16	24	30	1.97
2096055--2096103	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2096074--2096234	65	2.5	65	84	5	202	27	18	23	29	1.98
2104747--2104795	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2116701--2116763	21	3.3	21	62	25	57	46	6	12	34	1.68
2116693--2116764	36	2.0	36	100	0	144	47	8	11	33	1.69
2120572--2120605	10	3.4	10	87	0	50	5	17	11	64	1.45
2121370--2121432	27	2.3	27	88	0	90	44	7	11	36	1.69
2122911--2122947	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2123087--2123123	19	1.9	19	88	0	56	21	13	29	35	1.92
2123502--2123557	20	2.8	20	88	0	76	12	16	21	50	1.78
2123521--2123564	20	2.2	20	87	0	61	13	13	18	54	1.71
2125437--2125482	22	2.2	20	84	7	56	52	19	13	15	1.75
2125469--2125517	20	2.5	20	96	0	89	36	26	22	14	1.92
2125522--2125574	20	2.7	20	91	2	81	49	18	18	13	1.80
2125575--2125632	19	3.0	19	76	2	62	12	13	22	51	1.74
2125639--2125685	20	2.3	20	96	0	85	14	21	25	38	1.92
2125672--2125716	20	2.2	21	88	4	65	15	13	20	51	1.76
2126186--2126277	42	2.2	42	82	3	105	22	36	14	26	1.92
2127836--2127899	20	3.2	20	80	4	58	45	26	14	14	1.82
2127905--2128032	54	2.4	55	86	2	170	20	19	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127949--2127997	20	2.5	20	96	0	89	22	22	24	30	1.99
2127969--2128066	34	2.8	35	92	3	171	18	18	25	37	1.93
2128003--2128074	20	3.9	20	72	20	66	22	18	23	36	1.95
2128045--2128327	140	2.0	140	95	0	503	44	15	12	28	1.82
2128386--2128420	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2130683--2130736	24	2.2	24	86	0	72	42	16	18	22	1.89
2131555--2131643	20	4.4	20	88	0	106	26	21	28	23	1.99
2131890--2131966	22	3.5	22	89	0	109	19	14	42	23	1.87
2132143--2132198	21	2.7	21	97	0	103	17	14	25	42	1.87
2132213--2132259	21	2.2	21	80	0	58	36	19	21	23	1.95
2134950--2135025	36	2.1	36	82	4	91	43	39	10	6	1.65
2138092--2138142	21	2.3	23	83	12	63	70	0	1	27	0.98
2138190--2138245	25	2.3	26	75	9	64	37	5	3	53	1.41
2138338--2138561	77	2.9	75	86	8	301	44	8	4	43	1.54
2138338--2138561	39	5.8	38	86	6	310	44	8	4	43	1.54
2138932--2139654	201	3.6	201	84	0	867	27	21	18	32	1.97
2148203--2148232	4	7.2	4	92	7	51	73	0	0	26	0.84
2148184--2148232	18	2.8	18	84	9	57	73	0	2	24	0.94
2148194--2148243	12	3.9	13	84	10	59	70	0	2	28	0.99
2148307--2148359	23	2.2	24	83	9	65	45	5	3	45	1.45
2148315--2148359	21	2.0	23	87	12	67	40	6	4	48	1.49
2148336--2148406	37	1.9	37	88	0	106	40	7	5	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148430--2148589	37	4.3	36	84	10	191	44	7	2	45	1.45
2149910--2150060	60	2.6	59	87	6	209	32	14	17	35	1.91
2150300--2150355	28	1.9	29	82	13	71	51	7	8	32	1.60
2151118--2151165	23	2.1	23	84	0	60	37	12	18	31	1.88
2151641--2151690	23	2.2	23	92	0	82	38	22	6	34	1.78
2151239--2152413	466	2.5	469	94	3	2018	40	10	7	41	1.68
2152116--2152178	23	2.7	23	95	0	108	36	22	4	36	1.75
2151242--2152413	465	2.5	469	93	4	1853	40	10	7	41	1.68
2154901--2155836	183	5.1	183	93	1	1601	33	16	13	36	1.88
2154901--2155836	365	2.6	366	94	1	1610	33	16	13	36	1.88
2157046--2157137	6	15.3	6	78	4	78	23	31	7	36	1.83
2157046--2157142	12	8.1	12	85	4	106	23	30	8	37	1.84
2157068--2157155	12	7.3	12	85	0	113	20	30	9	39	1.83
2157068--2157155	6	14.7	6	76	4	70	20	30	9	39	1.83
2157128--2157164	18	2.1	18	89	0	56	16	29	10	43	1.82
2158755--2159590	200	4.2	200	94	0	1366	30	18	15	35	1.92
2159691--2159751	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2159703--2159751	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2161535--2161600	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2161634--2161698	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
2163907--2163949	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2163912--2163958	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163935--2164272	161	2.1	162	89	1	518	28	17	13	41	1.86
2165076--2165115	20	2.0	21	95	5	73	27	25	10	37	1.88
2166051--2166082	15	2.1	15	100	0	64	56	12	0	31	1.37
2168695--2168747	19	2.9	17	81	13	61	45	3	0	50	1.19
2170523--2170554	15	2.0	17	88	11	50	31	15	6	46	1.71
2170639--2170680	12	3.5	12	90	9	68	83	0	9	7	0.81
2171432--2171488	22	2.5	23	78	16	64	50	5	8	35	1.56
2172811--2172864	24	2.2	24	86	0	81	27	24	31	16	1.96
2181888--2181946	23	2.6	23	91	2	102	27	38	8	25	1.84
2187500--2187567	16	4.4	16	80	14	72	25	13	17	44	1.85
2187521--2187569	16	3.0	17	91	5	75	26	10	18	44	1.81
2188577--2188617	21	1.9	22	90	5	66	60	9	19	9	1.55
2195026--2195080	22	2.5	22	79	5	67	74	0	21	3	0.97
2197126--2197158	14	2.3	15	90	10	52	18	3	0	78	0.87
2200654--2200773	36	3.3	35	71	9	114	31	19	10	39	1.84
2200594--2200857	73	3.6	74	84	7	290	32	15	11	40	1.84
2200667--2200786	36	3.3	36	72	6	125	31	15	11	40	1.84
2200690--2200827	40	3.6	40	70	14	112	31	17	10	39	1.84
2200832--2201082	39	6.5	39	89	1	319	31	15	17	35	1.91
2200832--2201082	117	2.2	116	89	2	378	31	15	17	35	1.91
2201104--2201362	137	1.9	138	89	0	403	33	16	22	27	1.95
2204401--2204433	14	2.3	15	94	5	59	51	6	9	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205093--2205128	8	4.3	9	93	6	51	52	0	0	47	1.00
2205093--2205121	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2219043--2219086	15	2.9	15	86	3	61	79	0	15	4	0.89
2219039--2219095	25	2.3	25	81	3	71	82	0	14	3	0.80
2219415--2219476	19	3.1	18	80	15	61	29	8	8	54	1.58
2220217--2220622	83	4.9	83	93	1	663	28	12	22	36	1.91
2221268--2221707	113	3.9	113	94	2	724	38	14	20	27	1.91
2222027--2222113	3	29.7	3	84	9	117	34	3	0	62	1.12
2222617--2222651	18	1.9	18	100	0	70	80	2	17	0	0.84
2224651--2224724	31	2.4	31	100	0	148	28	10	12	48	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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