genome.fa.s8656.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008656.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111650_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2456495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1653--1826	59	2.9	59	81	5	235	34	10	24	30	1.89
1662--1880	59	3.7	58	80	6	219	36	10	24	29	1.88
1653--1880	118	1.9	118	86	3	325	36	10	24	28	1.89
1919--2211	59	4.9	58	72	11	220	36	11	22	29	1.90
1683--2083	198	2.0	198	98	0	768	36	10	22	29	1.88
1920--2137	118	1.8	119	83	6	291	38	11	22	28	1.88
1917--2211	119	2.5	118	78	8	305	36	11	22	28	1.90
2256--2458	44	4.6	44	90	3	282	39	6	21	32	1.80
2256--2462	88	2.3	88	89	0	315	40	6	20	32	1.79
2924--2968	23	2.0	23	100	0	90	20	17	22	40	1.92
17587--17644	20	2.8	20	80	10	62	56	3	1	37	1.26
21868--22171	132	2.3	134	80	5	323	31	20	17	30	1.96
22779--24622	257	7.2	256	86	3	2292	34	17	15	32	1.91
22779--24622	516	3.6	511	84	3	2337	34	17	15	32	1.91
23881--23960	42	1.9	42	84	2	108	33	18	21	26	1.96
22780--24622	773	2.4	768	86	3	2466	34	17	15	32	1.91
35584--35683	3	32.3	3	87	4	119	34	5	1	60	1.25
39049--39129	28	2.9	27	76	8	83	24	1	43	30	1.62
39532--40524	33	30.3	33	88	4	1399	20	20	19	39	1.93
42681--42715	14	2.5	14	95	0	61	28	28	11	31	1.92
42717--42851	7	19.7	7	89	7	199	0	13	0	85	0.63
42721--42849	1	129.0	1	73	0	105	0	12	0	86	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43144--43172	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
46875--46913	20	2.1	19	86	13	55	61	7	12	17	1.54
49579--49617	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
50754--50825	28	2.5	29	77	4	92	29	0	40	30	1.57
56109--56146	3	12.7	3	88	0	58	71	0	26	2	1.00
57613--57693	39	2.1	39	84	9	103	39	12	18	29	1.87
58889--59061	35	4.9	36	86	1	233	37	20	22	19	1.94
58889--59061	71	2.4	71	87	1	240	37	20	22	19	1.94
61478--61524	7	6.7	7	100	0	94	25	29	29	14	1.95
61523--61594	17	4.8	15	84	8	71	12	22	44	20	1.85
61524--61572	13	3.8	13	91	2	82	12	22	46	18	1.82
68747--68793	7	6.7	7	100	0	94	25	29	29	14	1.95
68792--68863	17	4.8	15	84	8	71	12	22	44	20	1.85
68793--68841	13	3.8	13	91	2	82	12	22	46	18	1.82
72826--72863	19	2.0	20	89	5	60	65	0	0	34	0.93
72828--72871	22	2.0	23	86	4	63	63	0	0	36	0.95
77673--77847	60	2.9	60	80	9	171	44	5	17	33	1.71
89154--89187	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
89161--89197	16	2.2	16	90	4	56	40	0	5	54	1.24
89225--89258	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
89719--89963	129	1.9	128	93	2	420	35	12	15	36	1.85
89729--89992	129	2.1	125	86	7	340	38	11	14	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90360--90433	33	2.2	35	87	4	107	33	1	25	39	1.65
92459--92544	33	2.8	30	76	11	86	60	3	10	25	1.45
98166--98221	22	2.5	22	88	0	85	39	3	28	28	1.73
98353--98399	21	2.3	19	85	10	58	44	2	2	51	1.25
98339--98404	20	3.2	20	72	12	62	50	1	4	43	1.32
99433--99665	2	119.5	2	70	21	104	48	3	5	42	1.43
102101--102153	25	2.1	25	100	0	106	33	3	13	49	1.60
103297--103354	23	2.5	23	94	0	107	24	12	41	22	1.87
103795--103834	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
103863--103904	21	2.0	21	95	0	75	23	26	19	30	1.98
104105--104163	29	2.0	31	93	6	104	44	13	3	38	1.61
104275--104330	19	2.9	19	82	10	69	46	10	14	28	1.78
107268--107307	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
107336--107377	21	2.0	21	90	0	66	21	26	21	30	1.98
107579--107636	30	2.0	30	86	6	84	43	13	6	36	1.71
107579--107636	28	2.0	29	86	6	82	43	13	6	36	1.71
112204--112232	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
115187--115336	42	3.6	41	73	10	126	32	17	22	28	1.96
116739--116833	41	2.3	41	87	0	136	25	16	22	35	1.95
116850--116933	43	2.0	42	81	6	98	30	15	19	34	1.93
124724--124847	21	5.9	21	88	3	160	41	20	37	0	1.58
124727--124847	63	1.9	63	87	0	179	42	20	36	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125384--125511	42	3.1	42	74	6	127	31	22	21	25	1.98
125647--125834	45	4.2	45	87	0	277	28	24	10	36	1.89
130598--130639	18	2.2	20	79	12	52	47	0	11	40	1.40
130604--130641	18	2.1	19	90	5	60	50	0	13	36	1.42
137229--137274	23	2.0	22	83	4	56	50	4	10	34	1.57
138746--138810	29	2.2	29	83	5	76	53	15	0	30	1.42
143462--143490	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
147337--147390	20	2.6	21	88	11	85	14	11	11	62	1.53
147415--147458	21	2.1	21	86	0	61	50	2	11	36	1.51
147949--148085	20	6.8	21	74	7	95	32	27	13	27	1.94
148075--148121	20	2.3	20	85	7	60	31	27	17	23	1.96
148112--148280	20	8.8	20	80	7	161	42	25	14	17	1.87
148152--148255	54	1.9	54	90	0	163	42	25	12	19	1.86
148132--148275	74	1.9	74	88	2	218	40	25	14	18	1.89
150486--150595	42	2.6	42	89	2	168	24	14	31	29	1.95
150937--151052	21	5.6	20	74	10	90	20	31	21	26	1.98
150937--151056	41	2.9	42	86	6	156	20	32	20	25	1.97
152374--152547	64	2.6	65	85	10	221	28	1	15	54	1.52
152601--152688	39	2.2	39	86	6	124	44	22	14	18	1.86
152601--152737	20	6.9	20	78	4	143	40	21	17	19	1.91
152633--152766	59	2.4	56	85	8	166	37	20	20	20	1.95
155304--155355	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155467--155500	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
156095--156132	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
156288--156336	20	2.5	19	90	3	71	30	12	24	32	1.92
156288--156347	19	3.1	19	90	2	84	33	11	21	33	1.90
156348--156539	20	9.6	20	74	13	123	20	16	22	40	1.91
156303--156500	60	3.3	58	77	12	186	23	15	22	38	1.92
156327--156539	40	5.3	38	74	15	173	21	15	22	39	1.91
156339--156534	60	3.3	59	75	11	193	21	16	22	39	1.92
158685--158724	17	2.3	18	86	4	55	35	0	2	62	1.09
177928--178039	48	2.3	48	81	0	134	19	32	14	33	1.92
177965--178044	24	3.3	24	70	6	81	18	36	12	32	1.89
180117--180162	23	1.9	25	86	8	69	45	28	6	19	1.75
185328--185361	17	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
187790--188075	157	1.8	157	100	0	545	43	15	11	30	1.82
189126--189184	25	2.4	25	97	0	109	20	32	13	33	1.91
191919--191988	20	3.5	20	84	1	79	37	10	18	34	1.84
196566--196634	35	2.0	35	85	0	93	44	21	1	31	1.61
196637--196713	35	2.2	35	83	0	100	40	0	18	41	1.50
197551--197593	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
203365--203402	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
204163--204232	18	3.9	18	96	0	122	17	25	34	22	1.96
204480--204519	2	21.0	2	87	10	57	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207768--207825	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
208371--208464	18	5.2	18	79	5	100	18	22	30	28	1.97
208371--208464	36	2.6	35	86	3	116	18	22	30	28	1.97
208370--208478	18	6.1	18	81	0	92	18	21	32	28	1.96
208408--208488	36	2.2	36	93	0	135	18	19	33	28	1.96
213810--213917	55	2.0	55	80	10	123	38	20	17	23	1.93
214550--214617	23	3.0	23	86	0	91	20	20	26	32	1.97
218374--218451	2	39.5	2	97	2	149	51	0	0	48	1.00
218453--218514	30	2.1	28	82	11	72	62	3	4	29	1.31
219283--219322	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12